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GSEA输入数据是RNA-seq，应该是fpkm还是counts，需要做预处理吗

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  • ZaCH 2017-11-21 20:05

3 下载TCGA counts数据后用EdgeR做差异分析，后续如果计算lncRNA与mRNA表达的相关系数，是用哪种数据呢？

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10 关于ENSG_ID转换成基因名称的问题。

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LncRNA如何GO分析？

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3 急啊，从GEO下载的series_matrix文件，解压之后得到TXT，3.95G，怎么打开啊？

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  • Xl 2019-02-20 05:16

lncRNA的GO 和KEGG分析第一步是靶基因预测嘛？一般选择哪个数据库呀？

2 回答

10 count数据做差异分析的时候，利用盒子edgeR或者DESeq2方法进行分析。edgeR获取的差异基因（FC 1和FDR0.05）对比别人用R包直接编程的总少很多。

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RNA-Seq测序结果怎么进行分析？

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  • ZaCH 2017-11-23 20:16

关于TCGA数据filtration的问题

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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