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GSEA输入数据是RNA-seq，应该是fpkm还是counts，需要做预处理吗

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  • ZaCH 2017-11-21 20:05

3 下载TCGA counts数据后用EdgeR做差异分析，后续如果计算lncRNA与mRNA表达的相关系数，是用哪种数据呢？

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10 关于ENSG_ID转换成基因名称的问题。

1 回答

5 如何用TCGA的数据，分析某一基因在癌和癌旁的表达差异

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WGCNA数据输入问题思考

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5 人和鼠的基因比较

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count数据如何转为FPKM数据

1 回答

WGCNA的问题，我做的关联性不强，请问这种情况常见吗？怎么改进呢

1 回答

5 TCGA数据移除批次效应

4 回答

3 急啊，从GEO下载的series_matrix文件，解压之后得到TXT，3.95G，怎么打开啊？

1 回答

5 sangerbox转化的TPM，表达值之间感觉差距很大，可以直接用于差异分析和heatmap.2热图绘制吗

1 回答

软阈值自动算出是1，但R2是负数。

1 回答

LncRNA如何GO分析？

2 回答

10 count数据做差异分析的时候，利用盒子edgeR或者DESeq2方法进行分析。edgeR获取的差异基因（FC 1和FDR0.05）对比别人用R包直接编程的总少很多。

1 回答

RNA-Seq测序结果怎么进行分析？

1 回答
  • ZaCH 2017-11-23 20:16

关于TCGA数据filtration的问题

1 回答

如何利用TCGA的miRNA profiling中的read_count求RPKM？

1 回答
  • Xl 2019-02-20 05:16

lncRNA的GO 和KEGG分析第一步是靶基因预测嘛？一般选择哪个数据库呀？

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3 本人生信小白一枚，想问大家一个问题，最近在做RNA_seq分析，想问你kegg pathway怎么分析？如何画下图的B和D？

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求助：TCGA数据差异分析，DEseq和edgeR包都运行失败

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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