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TCGA套路文章大全

TCGA数据库的肿瘤相关测序数据非常丰富，各种玩法都可以发文章，基本上都是有人带头其余模仿即可

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• 生信菜鸟团 发布于 2017-07-17 18:14

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如何利用自己已发表的数据来再发一篇SCI

话不多说，今天来安利一篇老少皆宜的数据挖掘的非编码RNA的“五分以上”文章，标题：Identification of a RNA-Seq based prognostic signature with five lncRNAs for lung squamous cell carcinoma，本文思路清晰，实现简单。

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• 祝让飞 发布于 2017-07-01 17:09

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用公共数据库数据不做实验也能发五分以上文章套路

事实上很多院校对SR、OT都嗤之以鼻，但是今年oncotarget竟然逆势上涨，小编又不小心关注了一下，刚好看到一篇比较简单适合新手入手的文章，今天就来聊一聊这篇不做实验依然发五分以上文章的套路。 这篇文章是去年十月份发表在oncotarget上的题目是：A seven-gene signature predicts overall survival of patients with colorectal cancer

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• 祝让飞 发布于 2017-06-26 16:35

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TCGA CNV全攻略

TCGA里面主要是通过Affymetrix SNP6.0 array这款芯片来测拷贝数变异！

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• 生信菜鸟团 发布于 2017-06-16 17:28

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TCGA临床病理随访资料解读

很多人问怎么计算病人的生存时间，怎么获取病人的治疗方案，怎么知道病人肿瘤转移位置等等，每个人研究关注点不同，但是TCGA提供了非常详细的病理资料以供不同的研究人员研究，今天就用胃癌作为例子简单讲解一下。

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• 祝让飞 发布于 2017-06-12 14:26

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简易TCGA下载工具V8版升级简要说明

简易TCGA不知不觉已经更新到了第八个版本,之所以更新无非是有很多同志们遇到了各种各样的需求

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• 祝让飞 发布于 2017-06-10 19:03

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就拿TCGA的乳腺癌RNA-seq数据来做个WGCNA示例吧

WGCNA（Weighted Correlation Network analysis）是一个基于基因表达数据，构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析（DEG）的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异，而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基因之间的关联关系，将基因区分为多个模块。而最后通过这些模块和样本表型之间的关联性分析，寻找特定表型的分子特征。

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• 祝让飞 发布于 2017-06-04 10:53

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TCGA miRNASeq 数据生存分析

基于简易小工具下载TCGA表达数据做生存分析。软件工具：R。参考教程：https://www.biostars.org/p/153013/。有建议或问题希望指出，互相促进互相学习：）

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• 金晓妍 发布于 2017-05-22 05:46

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菜鸟第一次提取TCGA编码蛋白基因和lncRNA表达谱

TCGA 编码蛋白基因和lncRNA表达谱提取简介

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• 爽儿 发布于 2017-05-07 18:13

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TCGA简易下载工具使用总结

TCGA简易下载工具上线一周，有许许多多的同志们使用它来下载TCGA数据，也有部分同志反应了一些问题，也是这些问题让这个工具更新到了第六个版本，经过六次的更新，也解决了不少在极端情况下的下载使用问题，现在总结一下问的比较多的软件问题

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• 祝让飞 发布于 2017-04-11 20:46

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新手在TCGA中怎么找各类样本

经常遇到很多人问怎么在TCGA中找到正常样本，在这里详细给大家支个招

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• 祝让飞 发布于 2017-04-07 17:44

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你从没见过的的TCGA下载工具

TCGA新版数据下载之前有很多教程，但是都不是特别方便，这里属性就给大家写一个很方便的下载工具，总共7M,下载即用免安装，还支持断点续传。

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• 生信人 发布于 2017-03-31 14:01

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记录TCGA的somatic mutation文件在哪下载

很多地方都下载不到somatic mutation数据了，新版改版之后已经没有了这样的数据，找到下载不容易，且行且珍惜。

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• 祝让飞 发布于 2017-03-31 11:48

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下载TCGA数据的工具

TCGA数据如何下载，吼吼。

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• SXR 发布于 2017-03-28 20:31

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简易TCGA下载工具使用教程

简易TCGA下载工具是一个可以下载TCGA数据的小软件，它能够在线搜索可用资源并批量下载。除下载之外，还提供临床数据的简单处理，将xml格式的单个临床信息文件转换成矩阵格式数据；另外，对于RNA-seq，methyarray，miRNA数据还提供将单个文件合并成矩阵格式数据的功能模块，并可以将RNA-Seq中ENSG_ID转换为geneSymbol 。在此提供此软件的使用教程，希望可以帮助大家快速，批量下载TCGA数据。

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• Fei 发布于 2017-03-28 20:11