文章 - 第31页 - 生信人

关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲

首先来了解一下三个概念： 1、adapter是一段短的序列已知的核酸链，用于链接序列未知的目标测序片段。 2、barcode，也称为index，是一段很短的寡居核酸链，用于在多个样品混合测序时，标记不同的样品。 3、insert是用于测序的目标片段，因为是包括在两个adapter之间，所以被称为“插入”片段。

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祝让飞
发布于 2017-06-03 19:04
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推荐一个软件：GFFview

A Web Server for Parsing and Visualizing Annotation Information of Eukaryotic Genome 大家好，今天给大家推荐一款软件，GFFview ，顾名思义这款软件主要用于gff文件的可视化展示。相信...

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张海伦
发布于 2017-06-03 10:31
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畅想未来的测序

这几天代表公司参加了Pacbio测序在武汉召开的会议，收获很多，特意跟大家分享下。小编在学校学习的时候，由于就读于医科院校，老师经常会跟小编和小编的同学们讲，未来每个人都有一个基因身份...

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百迈客
发布于 2017-06-02 11:32
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R语言做主成分分析实例

主成分分析法是数据挖掘中常用的一种降维算法,是Pearson在1901年提出的,再后来由hotelling在1933年加以发展提出的一种多变量的统计方法，其最主要的用途在于“降维”，通过析取主成分显出的最大的个别差异,也可以用来削减回归分析和聚类分析中变量的数目，与因子分析类似。

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祝让飞
发布于 2017-06-01 12:37
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在现在的组学研究中几乎离不开GO分析，那么GO是干什么的呢，GO的诞生主要目的是来归类统一生物学方言的（不同的生物学数据库可能会使用不同的术语），它是一个有向无环图（DAG）本体,主要形式是一term标记，每个GO term代表一种功能描述，都属于ontology，而GO总共分成三个ontology:molecular function, cellular component和biological process

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祝让飞
发布于 2017-05-30 18:00
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微生物多样性分析神器Qiime的centos 6.7的安装历程

QIIME （Quantitative Insights Into Microbial Ecology）是一个专门针对于微生物群落的分析pipline，可以进行OTU,以及多样性分析等等。拥有处理16s rRNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。所谓分析pipline必是集成软件，QIIME也不例外。因此安装起来超级麻烦。

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祝让飞
发布于 2017-05-26 21:39
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纯三代向日葵基因组登上Nature

看见文章小编只能说“又一个基因组被纯三代测序组装给攻克了”，吃瓜子群众看好了！研究背景向日葵是重要的经济作物，其地位，小编不阐述了。想象一下，闲来无事，看看电视，嗑嗑瓜子是...

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百迈客
发布于 2017-05-25 07:26
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记录宏基因组分析时去除嵌合体没有usearch 64-bit怎么破

在做细菌16S的高通量数据处理时你不得不面对去除嵌合体这玩意，嵌合体是什么鬼，百度一下就知道了，在序列扩增时多数序列是顺着单条序列前进的，如Read1扩增产生新的Read1，Read2扩增产生新的Read2。但有时两条序列也可能缠在一起，扩增时产生的新序列前半段可能属于Read1，后半段属于Read2，形成了拥有两条序列信息的嵌合体序列