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如何利用TCGA的miRNA profiling中的read_count求RPKM？

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GEO数据库geo81089的Supplementary file有两个文件，哪个是原始counts数据，哪个是已经标准化（归一化）的数据？

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求助：TCGA数据差异分析，DEseq和edgeR包都运行失败

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GEO数据转换之后看不懂基因ID

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3 本人生信小白一枚，想问大家一个问题，最近在做RNA_seq分析，想问你kegg pathway怎么分析？如何画下图的B和D？

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分析GEO数据库GSE117830中lncRNA,但是分析出来ID没有见过，ASHG19A3A011733。。。这种怎么转换成ENSG啊？

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  • zero 2018-09-12 09:26

wgcna分析tcga的数据，好多基因表达为0，可以删除这些基因吗？怎么删除？谢谢！

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3 GEO的RNA-Seq数据为RPM，如何转换为TPM?

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20 GEO数据基因注释问题（GPL17586）Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0

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5 请问利用TCGA的数据求两个基因的相关系数，应该用FPKM还是应该用TPM呢？

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FPKM转换TPM后的分析方法

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怎样快速简洁的从TCGA数据库中提取预后相关信息？

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关于TCGA生存分析FPKM数据处理的问题

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15 edgeR找差异基因运行出的火山图，热图看不懂啊，求大神指点。

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  • ZaCH 2017-11-10 20:28

3 请问TCGA下载工具V6整理的临床信息，怎么确定是否复发来计算DFS？

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  • ZaCH 2018-03-23 11:35

5 gene signature模型构建的方法

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  • omo 2018-05-07 22:47

15 大家如何评价GPL570检测lncRNA表达呢，它的数据与TCGA数据比起来没有任何突出的优点吗？现在不能用了吗，望指点，谢谢！

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DEC运行出错b'ERROR : No residual degrees of freedom in linear model fits \r\n'求解答

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根据芯片筛选出的差异基因绘制其染色体定位分析图

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3 请教一下WGCNA的软阈值问题

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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