文章 - 第3页 - 生信人

文献分享（1）肿瘤细胞和正常细胞之间mRNA丰度的关联

肿瘤是由良性和恶性细胞组成的复杂混合物，这两类细胞共同构成了相互关联的肿瘤微环境。在肿瘤研究中，只有分析多个细胞群的组合才能去真正了解肿瘤临床表型的进展和起源。在这篇文章中，作者去刻画了组织样本、分解后的肿瘤细胞和正常细胞之间mRNA丰度的关联，发现使用分解后的肿瘤细胞mRNA表达谱较组织样本的mRNA表达谱去对肿瘤进行研究，前者能识别更鲁棒的基因标志物。总结来说，就是通过计算机模拟分解的肿瘤细胞和正常细胞mRNA表达有利于肿瘤之间复杂的转录网络、微环境和癌症侵袭的研究。

1
0
柚子
发布于 2019-11-25 18:46
阅读 ( 3973 )

文献解读(9) What ? 为预测胶质母细胞瘤的预后提供新的标志物？

在这项研究中,作者选择了包括22个基因的基因标记集如DSG3 FN1, IGFBP2, CLDN1, HDAC7,和L1CAM等,可用于预测胶质母细胞瘤的预后,基于EMT的状态评估等构建了预后预测公式，在混合的细胞程序中，有效地评估胶质母细胞瘤患者的生存，这将有助于开发新的治疗方法，并为预测胶质母细胞瘤的预后提供新的标志物。

0
0
柚子
发布于 2019-11-25 18:45
阅读 ( 2309 )

文献解读（8）有助于TNBC的早期诊断的分子标志物有114个？

作者通过差异表达，差异甲基化，药物靶点预测功能富集等方法，强调了差异甲基化以及差异表达基因在TNBC发展过程中的重要角色。研究最终确定了114个DMEGs，它们能够作为分子标志物有助于TNBC的早期诊断。除此之外作者还识别出了一些靶向这些基因的药物。

0
0
柚子
发布于 2019-11-25 14:26
阅读 ( 2419 )

文献解读（7）肺ADC中的空间甲基化异质性

为了重建组织形态学模式的克隆进化，本研究对27个原发性肿瘤区域，7个匹配的正常组织和7个ADC病例的6个淋巴结转移进行了整体DNA甲基化分析。结果表明，表观基因组特征的广泛变化有助于原发性ADC和淋巴结转移的分子和表型异质性。

0
0
柚子
发布于 2019-11-25 13:41
阅读 ( 2868 )

文献解读（6）胎盘转录组与孕妇孕前体重指数和新生儿出生体重的共表达分析

作者通过应用WGCNA，确定了与孕妇孕前BMI和新生儿体重相关的胎盘共表达基因模块和枢纽基因，并且研究了这些模块和hub基因是否介导了孕前BMI与新生儿体重之间的关联。这可能为母体和后代代谢健康之间的分子联系提供新的认识。

0
0
柚子
发布于 2019-11-25 12:09
阅读 ( 2073 )

文献解读（5）对于那些存在整体甲基化水平缺失的病人，使用免疫治疗药物对于这一类病人的生存时间竟然会有显著地改善

PMD：部分甲基化结构域（partial methylation domains） LINE-1/L1：长散布细胞核元件（long interspersed nuclear element-1） TMB：肿瘤突变负荷（tumor mutation burden）

0
0
柚子
发布于 2019-11-25 11:55
阅读 ( 3085 )

文献解读（4）m6A修饰可能和AML疾病的发生发展相关？TP53突变特征与m6A调控基因发生基因组学改变存在一定的关系？m6A对生存有影响？m6A修饰发生基因组学上可以改变相关的临床特征？

m6A：m6A甲基化(Methylation of N6 adenosine) AML：急性髓性白血病（acute myeloid leukemia） OS：整体生存（overall survival） EFS：无事件存活率（event-free survival）

0
0
柚子
发布于 2019-11-25 11:40
阅读 ( 2689 )

文献解读（3）what？铁代谢的分子治疗可能对癌症的治疗有帮助?

作者通过对泛癌分析发现铁代谢在不同的癌症类型中都失调，并且这与患者生存显著相关，特别是在KIRC中。这一观察结果在肾癌组织中得到了证实。此外，DFO和erastin可抑制多种肿瘤细胞的增殖，影响多种铁相关基因的表达。因此，针对铁代谢的分子治疗可能对癌症的治疗有帮助。

0
0
柚子
发布于 2019-11-25 10:07
阅读 ( 3283 )

文献解读（2）通过膀胱癌肿瘤突变负荷和免疫治疗的关系来进行多组学分析

结合TCGA数据库中膀胱癌的体细胞突变数据计算病人的TMB值，基于该值的中位数值将样本划分为高TMB组合低TMB组，首先刻画高低TMB组生存的差异；接下来，结合膀胱癌病人的表达谱数据，识别高低TMB组差异的基因，使用单因素和多因素cox回归分析进而结合构建了由8个基因组成的膀胱癌预后模型；考虑到TMB值和免疫治疗的关系，使用CIBERSORT软件对膀胱癌病人中22中免疫细胞的组成刻画，基于单因素cox回归分析，找到潜在影响病人生存的免疫细胞类。

1
0
柚子
发布于 2019-11-18 18:22
阅读 ( 3846 )

文献解读(1）MiRNA表达模式与肺腺癌的肿瘤突变负担相关?

肿瘤突变负荷(Tumor mutational burden, TMB)已成为预测肺腺癌(LUAD)患者对免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors, ICIs)治疗反应的独立生物标志物。近年来，用于治疗NSCLC的免疫检查点抑制剂(ICIs)的引入革新了晚期NSCLC患者的治疗方法，极大地提高了某些患者的生存率，而MicroRNAs (miRNAs)在调节抗癌免疫反应中发挥重要作用，但miRNA表达模式与TMB在LUAD中的关系尚不明确，今天介绍的文献就是研究这一问题。

0
0
柚子
发布于 2019-11-15 18:05
阅读 ( 4078 )

文章解读汇总

本期汇总的文章来自优质微信公众号：弗雷赛斯如果大家喜欢可以关注一下。 1.通过几个特征分类方法和明星TMB找关系 2.通过肿瘤干细胞特征和免疫微环境识别潜在靶向药物 3.利用共表达...

1
0
生信分析流
发布于 2019-11-07 11:11
阅读 ( 2008 )

近期可以模仿的数据分析pipeline汇总

本次文章很多，需要细品，再仔细品。

0
1
生信分析流
发布于 2019-10-28 19:51
阅读 ( 4470 )

生信文献解读（3）乳腺癌组织病理学与蛋白基因组学相关分析

这篇文章分析揭示了整合形态学信息和分子数据，使人们对组织形态学调控和蛋白质这一过程有更深的理解，有助于对癌症生物学和预后预测产生新的见解。

0
0
柚子
发布于 2019-08-26 14:54
阅读 ( 3457 )

生信文献解读（2）What? 传统识别基因预后标志物的方法存在鲁棒性差，可移植性差的问题得到解决了？

进一步将HiFreSP算法识别到的预后标志物与Lasso cox以及RSF（随机森林）预后模型识别到的标志物的预后能力进行比较，发现HiFreSP预后评估性能和鲁棒性最好。Li等人将HiFreSP算法思想的代码存放在GitHub上（https：//github.com/chunquanlipathway/HiFreSP），以便感兴趣的研究员方便使用。