文章 - 第4页 - 生信人

生信文章解析（第四篇）能不能找到与PTC分化相关的代谢基因，且进一步识别和PTC预后相关的代谢基因？

在上海复旦大学癌症研究中心头颈外科和肿瘤科的Ben Ma等研究员的研究中，他们试图去找到与PTC分化相关的代谢基因，且进一步识别和PTC预后相关的代谢基因

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柚子
发布于 2019-07-30 17:12
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生信文章解析（第三篇）生物信息学分析膀胱癌不同亚型中免疫调节基因

通过仔细阅读文章小编了解到作者主要分析了五种来自癌症基因组图谱的膀胱癌（MIUC）的分子亚型的转录组图谱，使用CIBERSORT免疫细胞丰度测定工具进行分析，显示了MIUC亚型之间免疫细胞谱和丰度的显著差异。包括免疫刺激和抑制基因在内的67个基因的的表达模式显示出与亚型和DDR基因突变状态的显著关联。

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柚子
发布于 2019-07-30 16:52
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生信文章解析（第二篇）使用深度学习的方法整合多组学数据预测肝癌预后

作者使用深度学习的方法整合多组学数据，对HCC样本群进行了预后分型，并且评估了模型的鲁棒性，及分型效能，对这个方法感兴趣或者也在研究预后的小伙伴可以仔细研读下这篇文献哦。

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柚子
发布于 2019-07-30 10:55
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生信文章解析（第一篇）在乳腺癌中，MAPK通路的突变驱动扰动与肿瘤内免疫反应负相关？

基于免疫相关基因对乳腺癌样本重新划分具有不同免疫表型的病人，从多组学的角度刻画这些不同免疫表型病人的特征。

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柚子
发布于 2019-07-30 10:21
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文章分享（七）m1A甲基化酶基因竟与mTOR存在可靠的联系？

这篇文章研究分析了五种胃肠道肿瘤（GI）患者的TCGA数据。利用cBioPortal的数据，研究了9种已知的癌症m1A相关酶的分子特征。利用多种生物信息学方法，研究了m1A调控因子对其下游信号通路的影响。为了进一步证实这一调控，还利用已发表的数据库中的RNA-seq数据，研究了m1A writer基因 ALKBH3敲除的效果。

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柚子
发布于 2019-07-29 10:19
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文章分享（六）膀胱癌特异性基因组改变，M2可能是巨噬细胞浸润的重要驱动因素？

作者从多个角度研究了膀胱癌中巨噬细胞浸润，特别是M2巨噬细胞，联系了肿瘤微环境与基因组改变，研究的角度方法值得借鉴，感兴趣的小伙伴可以仔细研读。

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柚子
发布于 2019-07-25 15:33
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文章分享（五）这篇文章竟然能为癌症的治疗提供新的研究思路？

基于TCGA中8种癌症（BRCA, KIRC, KIRP, LGG, LIHC, LUAD, SARC和THCA8）的mRNA表达、miRNA表达、体细胞突变以及甲基化数据，通过泛癌的多组学数据对TERT高(TERThigh)和TERT低样本组(TERTlow)进行系统的分析，去找到那些在疾病中特异以及共同的影响TERT的关键基因，并系统而深入地分析这些基因的功能。

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柚子
发布于 2019-07-25 15:13
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文章分享（四）CT基因的表达与癌症的亚型、分子机制、调控以及预后之间的关系

在研究中作者使用TCGA数据在多种癌型中从多个角度分析了CT基因的表达与癌症的亚型、分子机制、调控以及预后之间的关系，无论是研究的角度还是方法都值得借鉴

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柚子
发布于 2019-07-25 14:52
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文章分享（三）iCCA的亚型与基因组、表观组、预后以及细胞来源的差异的关系

结合多组学的数据，识别肝内胆管细胞癌的亚型，并对这些亚型拷贝数改变情况、甲基化（如：发生的位置，高甲基化的基因所参与功能）以及各亚型预后等方面进行系统地刻画。

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柚子
发布于 2019-07-25 13:29
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文章分享（二）不同的肿瘤微环境中，缺氧及免疫与预后关系

在不同的肿瘤环境中，肿瘤内缺氧和免疫与患者预后有关。然而，由于缺乏有效的生物标志物，这些因素目前还没有被考虑用于头颈部癌症(HNC)的治疗中。在此，为大家介绍一篇发在Clinical cancer research上的关于预后相关低氧免疫分类器的文献

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柚子
发布于 2019-07-25 10:49
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文章分享（一）What？肿瘤纯度是一个潜在的关键因素

在胶质瘤组织中不仅仅只包含胶质瘤细胞，也存在与胶质瘤相关的非肿瘤细胞，如基质细胞以及免疫细胞。这些非肿瘤细胞稀释了胶质瘤细胞的纯度，并且在胶质瘤的生物学过程中起到重要作用，但是胶质瘤纯度变化的影响仍不是十分清楚，这篇文章旨在研究这个问题。

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柚子
发布于 2019-07-25 10:07
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实战系列（四）来自Aging(5分)的免疫微环境研究

这是我们今天要实战的文章，IF 5.515 DOI： 10.18632/aging.101415 这篇文章相对较难一些，不过想要模仿，我们仍有办法。先来看文章。研究背景肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细

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生信分析流
发布于 2019-07-08 16:00
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实战系列（三）模仿4分胃癌发病机制和预后关键基因的文章

DOI ： 10.3389/fgene.2018.00265我们桑格助手的读者一定明白给 DOI是为什么，如果万一第一次看本公众号的文章，不明白，我稍稍解释一下，通过DOI可以浏览到文献的全文（我们不说下载(#^.^#）桑格助

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生信分析流
发布于 2019-07-02 11:51
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一篇曾经10+胃癌亚型预后相关的文章解析

从标题来看做的是基于TCGA数据分析胃癌四个亚型临床意义 n 研究背景：胃癌在全球范围内最常见的癌症中排名第四，死亡率位居世界第三，每年约723,100人死于该疾病。2014年，TCGA数据...

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调研图
发布于 2019-06-28 10:17
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Highlights Six identified immune subtypes span cancer tissue types and molecular subtypes Immune subtypes differ by somatic aberrations, microenvironment, and survival Multiple control modalities of molecular networks affect tumor-immune interactions Th