文章 - 第23页 - 生信人

比PCA更好用的监督排序—LDA分析、作图及添加置信-ggord

线性判别分析LDA 线性判别分析，英文Linear Discriminant Analysis, 以下简称LDA。LDA在模式识别领域（比如人脸识别，舰艇识别等图形图像识别领域）中有非常广泛的应用，在生物学大数据研究中...

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刘永鑫
发布于 2018-01-07 09:16
阅读 ( 5394 )

NC：自体免疫水泡皮肤病中鉴定基因与微生物组互作(微生物组关联分析MWAS)

之前我们平台分享过《Nature：宏基因组关联分析》综述，让大家系统的了解这一领域。同时还分享过一篇《GigaScience:谷子产量与微生物组关联分析》是植物领域中的优秀工作。今天再分享一篇在动物...

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刘永鑫
发布于 2018-01-06 08:41
阅读 ( 3842 )

16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun

之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人，有需求的用户还是非常多的。其中提到了4个软件，之前已经介绍了其中非常有特点的三种，分别为： PICRUSt预测宏基...

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刘永鑫
发布于 2018-01-03 09:47
阅读 ( 6324 )

ggrepel-解决散点图样品标签重叠，方便筛选样品

ggrepel解决标签之间重叠问题简介有时样本比较多，而我们想在图形中添加标签的时候，容易出现标签遮盖的问题。尤其是在扩增子研究中，在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少...

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刘永鑫
发布于 2018-01-02 20:14
阅读 ( 6535 )

一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr

本文转载自“EasyChart”，己获授权。本平台编辑对内容进行测试、修改和补充。 Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是...

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刘永鑫
发布于 2017-12-27 12:36
阅读 ( 8999 )

分享一个基因融合(Gene_Fusion)检测的新软件--Arriba

基因融合检测软件

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文虎
发布于 2017-12-24 15:58
阅读 ( 7895 )

SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法

方便快捷下载SRA、SAM及FASTQ文件

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文虎
发布于 2017-12-24 15:54
阅读 ( 4931 )

TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据

下载、处理及初步分析TCGA level3的RNA-seq数据

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文虎
发布于 2017-12-24 15:51
阅读 ( 10228 )

ggbiplot-最好看的PCA作图：样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献和相关

写在前面 https://github.com/vqv/ggbiplot/blob/master/README.md 前几天在《宏基因组0》微信讨论群看到了有人发了一个上面链接，点开一看居然是一条命令出帅图，真是太实用了。我立即使用本...

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刘永鑫
发布于 2017-12-23 09:27
阅读 ( 9923 )

桌面版SCI-Hub,简单易用，再也不用担心找不到可用的SCI-hub网址了

最近SCI-Hub风雨飘摇，今天收藏的网址明天就不能用了，心碎的很，某程序员同学一机灵就弄了个桌面版的SCI-Hub，丢到了工具盒中

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调研图
发布于 2017-12-22 11:08
阅读 ( 8649 )

漫谈16S的前世今生

本文转载自“微微悦明”，已获授权。本人对内容有编辑和修改。 16S的基础概念 16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，其种类少，含量大（约占细菌RNA含量的80％），分子大小...

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刘永鑫
发布于 2017-12-18 23:07
阅读 ( 7140 )

16S预测细菌组表型-bugbase：革兰氏阴阳、生物膜、致病力、移动元件、氧气消耗等

基于16S OTU表预测细菌表型数据库，同时可进行组间差异分析 BugBase Predicts Organism Level Microbiome Phenotypes Tonya Ward, Jake Larson, Jeremy Meulemans, Ben Hillmann, Joshua Lynch...

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刘永鑫
发布于 2017-12-15 08:31
阅读 ( 6030 )

你想要的生物信息知识全在这——生信宝典文章目录

程序学习心得生物信息之程序学习如何优雅的提问生信宝典视频教程好色之旅-画图三字经转录组分析的正确姿势学习生信的系列教程学习生信的系列书籍教师节献礼 - 文章用图的修改和排版简单强大的...

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刘永鑫
发布于 2017-12-10 11:55
阅读 ( 4869 )

记录clusterProfiler GO分析的一些疑问

闲暇时突然想写一个GO富集分析的小工具，说到富集分析的话不得不提Y叔的clusterProfiler了，简单的使用clusterProfiler提供的GO富集分析的例子： ## Not run: data(geneList)de <- name...

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祝让飞
发布于 2017-12-08 14:32
阅读 ( 16868 )

Co-occurrence网络图在R中的实现

作者：陈亮单位：中科院微生物所编者按：上个月菌群月坛，在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验，不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识，更使我手上一个关于菌根的课题有极大...

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刘永鑫
发布于 2017-12-07 20:07
阅读 ( 8726 )

RegulomeDB和HaploReg数据库：后GWAS时代的数据整合

RegulomeDB和HaploReg数据库提供了将大量基因组学数据与非编码突变整合的思路。

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Bryce
发布于 2017-12-05 12:33
阅读 ( 9957 )

Nature：地球微生物组计划首发成果

Thompson LR, Sanders JG, McDonald D, Amir A, Ladau J,Locey KJ et al (2017). A communal catalogue reveals Earth’s multiscalemicrobial diversity. Nature. 本文今年11月1日在线发表，23...

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刘永鑫
发布于 2017-11-28 15:24
阅读 ( 5659 )

Nature Reviews：拥抱未知：解析土壤微生物组的复杂性

Fierer N. Embracing the unknown: disentangling the complexities of the soil microbiome. Nature Reviews Microbiology, 15：579-590 (2017) 本文今年8月21日在线发表的综述，翻译转载自"...