从结构到功能-生物信息学如何有助于揭示我们的基因组功能（第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理）
第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理
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- 爽儿
- 发布于 2017-10-28 21:25
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爽儿
拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例
数据准备 1、下载TCGA RNA-Seq数据，我们使用TCGA简易下载工具进行下载，因为我们是做预后所以就没有显著正常样本，如图共有407个样本（这是包含所有可下载的样本，要全部下载就将右上角的复选...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-10-28 16:24
- 阅读 ( 30769 )
祝让飞
拿TCGA肝癌的RNA-Seq数据来做差异分析例子
刚写了一篇如何用GEO数据来做差异的例子如：https://www.shengxin.ren/article/207 这次来用TCGA的肝癌的数据来演示以下，我们选择大家比较喜欢的RNA-Seq Counts数据 使用TCGA简易下载工具选...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-10-26 20:27
- 阅读 ( 31583 )
拿一套GEO数据集用DECenter来花式做差异详解
之前很多人使用DECenter出现各种奇奇怪怪的错误，然后程序猿一直希望将学习成本降到最低，经过多次努力，已更新到了第四版本 这次就用V4来做一下一套GEO芯片数据的差异分析 这套芯片数据为：G...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-10-26 15:20
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宏基因组实战2. 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
本文英文原版见下方github链接，由中科院朱微金博士翻译、测试、并进行中文注释和补充，全网首发“宏基因组”公众号。 https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/toc.html 前...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-26 13:51
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刘永鑫
还找不到想要的文章吗？公众号搜索方法大全
随着公众号发展，历史文章越来越多，有很多小伙伴在查找某篇看过的文章、或想找相关的文章还是有困难的。 检索的方法还是有很多的。大家常用的是人工查看历史消息，但历史过久或文章过多查找十...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-25 14:00
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一只临床狗如何从零基础学习生信成为生信大神的？敬请期待连载
从来没有想到自己会有这样的幸运，刚刚接到生信人的邀请，成为第一批临床同学加入到生信逆袭训练营，之后的几个月，我将经常性的骑车到生信人位于杭州余杭的总部学习。 对不起，我现在的心情...
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- 王国胜
- 发布于 2017-10-24 22:11
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王国胜
张海伦
Jason Y.J. Wei
宏基因组分析实战教程1. 背景知识
上次我写的学习经验和推荐的教程——《微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车》，小伙伴们当天阅读破2700+人次，3.5天破3000+，达到了宏基因组快车满三千人发车的要求。我也按约定...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-23 20:37
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What？PC跑转录组。
What？PC跑转录组。 简介 上次小编介绍了如何利用生信人小工具进行芯片数据的处理。但是相信大家有些时候还是需要从转录组数据开始的。 应用场景：比如之前的数据大家只是对编码的基因进...
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- 张海伦
- 发布于 2017-10-23 17:09
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微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车
本文转载自“宏基因组”公众号，作者朱微金，己获原作者授权。写在前面 作为纯wet遗传学博士，转行微生物组领域已经有两年。目睹微生物组文章中分析所占比重之大，让我痛下决心苦学dry技能。目前...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-17 10:13
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【DNA甲基化分析系列】450K甲基化谱分析，6篇讲义从零入门
本文由【计算表观遗传学】公众号首发，针对表观遗传领域中研究最为广泛的DNA甲基化修饰及其广泛应用的群体研究中甲基化水平检查芯片技术进行系列讲解，帮助初学者了解芯片甲基化数据的获取、处理及深入分析的流程。感兴趣者可在公众号和社区中留言交流。
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- Jason Y.J. Wei
- 发布于 2017-10-14 09:21
- 阅读 ( 12354 )
零基础测序分析图表解读大全：老板再也不愁我的文献阅读了! 宏基因组扩增子(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络)
本网内容转载自“宏基因组”公众号，更佳阅读体验、更多相关文章，欢迎点我跳转至公众号。 写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生，感觉图表丰富多样高大上，但根...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:10
- 阅读 ( 3078 )
宏基因组扩增子统计绘图大全：中文首发,最详系,零基础(箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、韦恩图、三元图、网络图)
本网对Markdown排版支持较差，对格式不满意的用户请跳转至 或“宏基因组”公众号阅读； 注：文为蓝色字均为文章链接，可点击直达 写在前面 优秀的作品都有三部分曲，如骇客帝国、教父、指环...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:09
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宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2：官方中文帮助文档
QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.9.10被引8335次)的全新版(不是升级版)，采用python3全新编写，并于2018年1月全面接档QIIME，是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准，我们跟着用就好了)
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:09
- 阅读 ( 5122 )
宏基因组-扩增子分析流程：中文首发,史上最详系,零基础自学
本系统文章叫分析解读，即有详细的扩增子分析流程代码，又有本人对使用参数、备选参数意义的解读，可以让大部分人零基础学习并理解数据分析过程，并可亲自实践在自己的课题上，获得更好、更合理的实验结果。
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:08
- 阅读 ( 4387 )
