多组箱线图(小提琴图)绘制工具

在数据统计和分析过程中经常需要进行多个分组之间的比较,在这里我们开发了 简易的多组比较的 绘图工具,非常简单,支持 小提琴图和箱线图 带点和不带点 四种绘图模式 数据输入界面如下:...

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  • 发布于 2021-07-22 17:16
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缺失值补全和数据标准化工具

在数据分析过程中必然会面临两种问题,一种数据 数据存在缺失,一种是数据没有标准化,在这里我们提供了 一个简易的一体化的工具用于处理数据缺失补全和数据标准化。 界面如下: 工具界面非常...

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  • 发布于 2021-07-22 10:45
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Sangerbox 3.0: 多个芯片数据集合并的简易工具

在做数据挖掘过程中经常会遇到数据集样本不够的情况,在此过程我们就需要对多个 小数据集合并成大数据集的需要,在这里我们开发了一款芯片数据的多数据集合并的简易工具 工具界面如下: 输...

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  • 发布于 2021-07-20 15:49
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如果做一个发表级的单基因在泛癌中的表达与预后的关系的森林图

众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达及与预后的关系。 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析,不用输入数据,鼠标点点点即可,...

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  • 发布于 2021-07-20 13:28
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火山图快速绘制工具

火山图是差异分析中最直观的可视化方式,通过火山图可以直观的观察到表达倍数的整体分布和差异显著性的整体分布,因此是做差异分析必备的可视化方式之一 在这里我们开发了简易版本的火山图绘制...

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  • 发布于 2021-07-14 17:40
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如何做一个发表级的单基因在泛癌中的表达差异分析

众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达,这是一个万能钥匙,因为如果这个基因只在你研究的肿瘤中差异表达的话说明了特异性,如果他在大多数...

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  • 发布于 2021-07-04 15:37
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分边小提琴图绘制工具

分边小提琴图(Split violin plot)类似于分组小提琴图,但更便于进行两两(类似癌与癌旁、处理和对照、预后差和好等)比较,如下图 本工具旨在快速简易的绘制分边小提琴图,采用的是 长数据...

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  • 发布于 2021-06-28 17:08
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宽数据转换成长数据简易工具

处理数据常常会遇到两张数据格式,一种是长数据(long data),另一种是宽数据(wide data)。 以常见的股票收盘价数据为例,表1是长数据常见形式,而表2是宽数据常见形式。而R语言作为处理数...

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  • 发布于 2021-06-27 20:52
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KaplanMeier生存曲线绘制工具

在临床研究中,生存曲线(又称Kaplan-Meier曲线)是最常用图片之一,旨在描述各组患者的生存状况。一张漂亮的、专业的生存曲线图不仅可以令编辑、读者和审稿专家眼前一亮,同时也能为论文增色不...

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  • 发布于 2021-06-24 10:22
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UpSetR简易绘制工具绘制多维的venn图

R 语言中的维恩图绘制有很多包,Vennerable(最多9维),VennDigram(最多5维),venn(最多7维),当然先前已介绍过最多6维的韦恩图在线工具 https://shengxin.ren/article/1950,而UpSetR绘...

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  • 发布于 2021-06-22 13:10
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韦恩图快速绘制工具

韦恩图又称文氏图,是科研文章中最常见的图,可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。 在这里我们基于先前的研究集成了一个非常简单的韦恩图工具,使用该工具请引用文献:...

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  • 发布于 2021-06-21 15:17
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定制化气泡图绘制工具

基于表格数据绘制的气泡的,可用于任何数据的四个维度的展示,和使用Excel一样方便。 在做富集分析的结果可视化中使用尤其适合,即需要展示显著性、也需要展示富集基因个数和富集程度,这里就...

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  • 发布于 2021-06-19 19:00
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简易森林图绘制工具

这是一款非常简单的森林图绘制工具,和用Excel一样进行绘图,此外 通过控制行高和列高可以很方便的进行 绘图时的 单行高度和宽度调整 标准的可视化图如下: 几种小技巧 1、通过改变行...

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  • 发布于 2021-06-16 16:34
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配对样本检验和可视化工具

这是一款简易的 配对样本的 检验和可视化工具,支持配对T检验和秩和检验,同时也支持一组和多组数据的可视化统计分析。 使用方式简单,跟用Excel一样,如下: 结果部分,分两种,一种是图,...

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  • 发布于 2021-06-16 16:13
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Sangerbox 3.0:一站式的科研数据分析和写作投稿平台

从第一款简易TCGA下载工具开始,SangerBox便有了傻瓜式、易操作的基因,秉承简易、高效的原则,SangerBox已经进入 第三代系统。 第一代 SangerBox为一款 桌面式的 软件,易上手,但是 在不同电...

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  • 发布于 2021-06-16 15:37
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ORCID 注册和使用

学术活动是一个连续的、长时间的活动,那么怎样才能将你的所有研究活动关联在一起呢?这里就需要用到一个【学术身份证】——即ORCID,你所有的国外投稿都是需要用到这样一个系统的,今天,小编就...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2021-05-05 13:12
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RNA pull down实验原理及操作步骤

RNA pull down原理-先将体外转录的RNA结合到Beads上,再将RNA-Beads和细胞裂解液孵育,这样与目标RNA结合的蛋白便会一起吸附在Beads上。洗涤掉不结合的蛋白后,用洗脱液将RNA-protein复合物从Beads洗脱下来,之后可以采用Western Blot技术检测特定的结合蛋白,还可以采用质谱方法鉴定与目标RNA结合的未知蛋白。

GST pull down实验—gst融合蛋白沉降技术原理

GST pull down原理:先将体外表达的GST融合蛋白结合到谷胱甘肽Beads上,再将靶蛋白-GST-Beads和细胞裂解液孵育,这样互作蛋白便一起吸附在Beads上。洗涤掉未结合的蛋白后,再用洗脱液将互作蛋白复合物从Beads洗脱下来,即GST pulldown产物。这种互作复合物既可以用WesternBlot检测已知蛋白,也可以用质谱鉴定出未知蛋白。广泛应用于筛选或验证和靶蛋白的互作蛋白。

R语言实战系列(二)——数据类型

2. R 语言常用的数据类型 数值型:如1, 2, 3 基本操作: 字符型:如  "haha", "a12", "1", "2", "123" 基本操作: 逻辑型:逻辑型只有两个:TRUE(T) 、FALSE(F) 基本操作: 数据类型之间的转换: 最

R语言实战系列(一)——R的介绍与安装

1. R 包的下载与安装 1.1 为什么要使用R 包? R 语言下载安装后,有很多基础函数可以使用,满足我们大部分需求。但在进行一些特定的分析时,需要用到一些人开发的R 包。 目前有很多R 包可