宏基因组实战9. 组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi'o
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-20 20:28
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刘永鑫
宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-13 20:33
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中文速读微生物组(宏基因组)前沿文献——这个可以有
写在前面 微生物组/宏基因组是当今世界生物科学的热门领域，本领域文章也比较多，有没有人在整理和翻译优秀文章的导读呢？让我们可以用母语快速浏览最新进展，并筛选符合自己口味的研究成果...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-13 20:32
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一片看懂肠道菌群在人体中的作用
## 影片信息 日文名：腸内フローラ解明！驚異の細菌パワー 中文名：肠道细菌 / 肠道花园 类型：医療健康 时长：49min 官网：http://www.nhk.or.jp/special/detail/2015/0222/ ...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-13 20:25
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宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon
前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-08 21:09
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宏基因组实战5. sourmash基于Kmer比较数据集
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-07 08:56
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宏基因组实战4.基因注释Prokka
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-02 20:54
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你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180701)
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-31 20:15
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宏基因组实战3. MEGAHIT组装拼接及quast评估
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-30 17:50
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宏基因组实战2. 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
本文英文原版见下方github链接，由中科院朱微金博士翻译、测试、并进行中文注释和补充，全网首发“宏基因组”公众号。 https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/toc.html 前...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-26 13:51
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还找不到想要的文章吗？公众号搜索方法大全
随着公众号发展，历史文章越来越多，有很多小伙伴在查找某篇看过的文章、或想找相关的文章还是有困难的。 检索的方法还是有很多的。大家常用的是人工查看历史消息，但历史过久或文章过多查找十...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-25 14:00
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Jason Y.J. Wei
宏基因组分析实战教程1. 背景知识
上次我写的学习经验和推荐的教程——《微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车》，小伙伴们当天阅读破2700+人次，3.5天破3000+，达到了宏基因组快车满三千人发车的要求。我也按约定...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-23 20:37
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微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车
本文转载自“宏基因组”公众号，作者朱微金，己获原作者授权。写在前面 作为纯wet遗传学博士，转行微生物组领域已经有两年。目睹微生物组文章中分析所占比重之大，让我痛下决心苦学dry技能。目前...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-17 10:13
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零基础测序分析图表解读大全：老板再也不愁我的文献阅读了! 宏基因组扩增子(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络)
本网内容转载自“宏基因组”公众号，更佳阅读体验、更多相关文章，欢迎点我跳转至公众号。 写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生，感觉图表丰富多样高大上，但根...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:10
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宏基因组扩增子统计绘图大全：中文首发,最详系,零基础(箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、韦恩图、三元图、网络图)
本网对Markdown排版支持较差，对格式不满意的用户请跳转至 或“宏基因组”公众号阅读； 注：文为蓝色字均为文章链接，可点击直达 写在前面 优秀的作品都有三部分曲，如骇客帝国、教父、指环...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:09
- 阅读 ( 3872 )
宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2：官方中文帮助文档
QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.9.10被引8335次)的全新版(不是升级版)，采用python3全新编写，并于2018年1月全面接档QIIME，是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准，我们跟着用就好了)
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:09
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宏基因组-扩增子分析流程：中文首发,史上最详系,零基础自学
本系统文章叫分析解读，即有详细的扩增子分析流程代码，又有本人对使用参数、备选参数意义的解读，可以让大部分人零基础学习并理解数据分析过程，并可亲自实践在自己的课题上，获得更好、更合理的实验结果。
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:08
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五彩进化树与热图更配-ggtree美颜进化树(宏基因组扩增子)
研究基因功能的人建个树，需要找近缘物种、外类群十几至几十个物种，费N天的劲才能做个树。而宏基因组领域的人不用去收集其它物种，因为研究的对像本身就有几百到几千的物种，为了方便阅读或展示主要信息，我们反而会挑选结果中前100以内的物种去分析并展示。这是我们绝对的优势。
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:05
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PICRUSt：16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花
16S分析能获得的信息比较有限，一般找到差异OTU，就很难再深入分析了。 如何把差异OTU与细菌自身的基因组功能建立联系呢？很多人在这方面做出了努力。
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:02
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