R语言聚类分析--cluster, factoextra

R语言聚类分析--cluster, factoextra 本文转载自“R语言中文社区”,己获授权,宏基因组公众号编辑对内容进行测试、修改及补充。 原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/M_rJqcHz6HUlGIHVeN4RkQ...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-06 20:51
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R堆叠柱状图各成分连线画法:突出展示组间物种丰度变化

作者:朱微金 李陈浩 堆叠柱状图连线画法提出问题 18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化 》。其中的图3基于堆叠柱状图...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-01 18:37
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宏基因组扩增子1图表解读-理解文章思路,零基础测序分析图表解读大全(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络),老板再也不愁我的文献阅读了!

本网内容转载自“宏基因组”公众号,更佳阅读体验、更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号。 写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生,感觉图表丰富多样高大上,但...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-01 18:36
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Nature Microbiology:肠道菌群如何划分肠型

题目:基于肠道菌群组成的“肠型”如何定义? 认识肠道菌群领域的29位大佬,从熟悉他们的名字和单位开始。 作者:Paul I. Costea 1, Falk Hildebrand 1,2,3, Arumugam Manimozhiyan 4, Fredrik...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-25 21:58
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Nature:如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章

本文转载自“科研小榴莲”,己获授权。 今天小榴莲和大家一起探讨一篇17年十一月份发表在Nature的文章。 在西方以及中国部分地区高盐饮食是一种非常普遍的现象,高盐饮食已经成为高血压以及心...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-23 19:53
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编程模板-R语言脚本写作:最简单的统计与绘图,包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

写在前面 个人认为:是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python等(胶水语言,数据格式转换,软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。 之前分享过我个...

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  • 发布于 2018-01-18 22:55
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Nature Genetics:微生物基因组如何适应植物?(news & views)

Nature Genetics于2017年12月18日在线发表了美国北卡教堂山的Jeffery L. Dangl团队(http://labs.bio.unc.edu/Dangl/)领衔,美国能源部JGI研究所的Tanja Woyke和Susannah G. Tringe共同通讯...

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  • 发布于 2018-01-17 21:26
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Annual Review:人与微生物组

本公众号之前推荐并解读过一篇植物微生物组综述《Annu Rev:植物微生物组—系统见解与展望》,今天再给大家推荐一篇人类微生物组的综述。 本文是Rob Knight (https://knightlab.ucsd.edu/)...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-16 22:58
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Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗?快看此文

关于测试数据共享文件声明 百度云是一种非常方便的文件共享方式,但是有时会出现文件无法通过审核,导致大家访问失败?之前团队分享视频(百度管片最严,你懂的,上周六的纪录片将扩展名mkv修改...

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  • 发布于 2018-01-16 00:05
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16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun

之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人,有需求的用户还是非常多的。其中提到了4个软件,之前已经介绍了其中非常有特点的三种,分别为: PICRUSt预测宏基...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-03 09:47
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ggrepel-解决散点图样品标签重叠,方便筛选样品

ggrepel解决标签之间重叠问题简介 有时样本比较多,而我们想在图形中添加标签的时候,容易出现标签遮盖的问题。 尤其是在扩增子研究中,在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-02 20:14
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一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr

本文转载自“EasyChart”,己获授权。本平台编辑对内容进行测试、修改和补充。 Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化,但是如果要通过ggplot2定制一套图形,尤其是...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-12-27 12:36
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漫谈16S的前世今生

本文转载自“微微悦明”,已获授权。本人对内容有编辑和修改。 16S的基础概念 16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟,其种类少,含量大(约占细菌RNA含量的80%),分子大小...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-12-18 23:07
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16S预测细菌组表型-bugbase:革兰氏阴阳、生物膜、致病力、移动元件、氧气消耗等

基于16S OTU表预测细菌表型数据库,同时可进行组间差异分析 BugBase Predicts Organism Level Microbiome Phenotypes Tonya Ward, Jake Larson, Jeremy Meulemans, Ben Hillmann, Joshua Lynch...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-12-15 08:31
  • 阅读 ( 5933 )

你想要的生物信息知识全在这——生信宝典文章目录

程序学习心得 生物信息之程序学习如何优雅的提问生信宝典视频教程好色之旅-画图三字经转录组分析的正确姿势学习生信的系列教程学习生信的系列书籍教师节献礼 - 文章用图的修改和排版简单强大的...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-12-10 11:55
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Co-occurrence网络图在R中的实现

作者:陈亮 单位:中科院微生物所 编者按:上个月菌群月坛,在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验,不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识,更使我手上一个关于菌根的课题有极大...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-12-07 20:07
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Nature:地球微生物组计划首发成果

Thompson LR, Sanders JG, McDonald D, Amir A, Ladau J,Locey KJ et al (2017). A communal catalogue reveals Earth’s multiscalemicrobial diversity. Nature. 本文今年11月1日在线发表,23...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-28 15:24
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Nature Reviews:拥抱未知:解析土壤微生物组的复杂性

Fierer N. Embracing the unknown: disentangling the complexities of the soil microbiome. Nature Reviews Microbiology, 15:579-590 (2017) 本文今年8月21日在线发表的综述,翻译转载自"...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-28 12:57
  • 阅读 ( 10868 )

宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系列前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-22 23:37
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宏基因组实战8. 分箱宏基因组binning, MqaxBin, MetaBin, VizBin

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-21 09:25
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