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R语言聚类分析--cluster, factoextra

R语言聚类分析--cluster, factoextra 本文转载自“R语言中文社区”，己获授权，宏基因组公众号编辑对内容进行测试、修改及补充。原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/M_rJqcHz6HUlGIHVeN4RkQ...

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刘永鑫
发布于 2018-02-06 20:51
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R堆叠柱状图各成分连线画法：突出展示组间物种丰度变化

作者：朱微金李陈浩堆叠柱状图连线画法提出问题 18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化》。其中的图3基于堆叠柱状图...

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刘永鑫
发布于 2018-02-01 18:37
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宏基因组扩增子1图表解读-理解文章思路，零基础测序分析图表解读大全(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络)，老板再也不愁我的文献阅读了!

本网内容转载自“宏基因组”公众号，更佳阅读体验、更多相关文章，欢迎点我跳转至公众号。写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生，感觉图表丰富多样高大上，但...

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刘永鑫
发布于 2018-02-01 18:36
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Nature Microbiology：肠道菌群如何划分肠型

题目：基于肠道菌群组成的“肠型”如何定义？认识肠道菌群领域的29位大佬，从熟悉他们的名字和单位开始。作者：Paul I. Costea 1, Falk Hildebrand 1,2,3, Arumugam Manimozhiyan 4, Fredrik...

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刘永鑫
发布于 2018-01-25 21:58
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Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章

本文转载自“科研小榴莲”，己获授权。今天小榴莲和大家一起探讨一篇17年十一月份发表在Nature的文章。在西方以及中国部分地区高盐饮食是一种非常普遍的现象，高盐饮食已经成为高血压以及心...

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刘永鑫
发布于 2018-01-23 19:53
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编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

写在前面个人认为：是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python等(胶水语言，数据格式转换，软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。之前分享过我个...

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刘永鑫
发布于 2018-01-18 22:55
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Nature Genetics：微生物基因组如何适应植物？(news & views)

Nature Genetics于2017年12月18日在线发表了美国北卡教堂山的Jeffery L. Dangl团队(http://labs.bio.unc.edu/Dangl/)领衔，美国能源部JGI研究所的Tanja Woyke和Susannah G. Tringe共同通讯...

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刘永鑫
发布于 2018-01-17 21:26
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Annual Review：人与微生物组

本公众号之前推荐并解读过一篇植物微生物组综述《Annu Rev：植物微生物组—系统见解与展望》，今天再给大家推荐一篇人类微生物组的综述。本文是Rob Knight (https://knightlab.ucsd.edu/)...

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刘永鑫
发布于 2018-01-16 22:58
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Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗？快看此文

关于测试数据共享文件声明百度云是一种非常方便的文件共享方式，但是有时会出现文件无法通过审核，导致大家访问失败？之前团队分享视频(百度管片最严，你懂的，上周六的纪录片将扩展名mkv修改...

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刘永鑫
发布于 2018-01-16 00:05
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16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun

之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人，有需求的用户还是非常多的。其中提到了4个软件，之前已经介绍了其中非常有特点的三种，分别为： PICRUSt预测宏基...

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刘永鑫
发布于 2018-01-03 09:47
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ggrepel-解决散点图样品标签重叠，方便筛选样品

ggrepel解决标签之间重叠问题简介有时样本比较多，而我们想在图形中添加标签的时候，容易出现标签遮盖的问题。尤其是在扩增子研究中，在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少...

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刘永鑫
发布于 2018-01-02 20:14
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一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr

本文转载自“EasyChart”，己获授权。本平台编辑对内容进行测试、修改和补充。 Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是...

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刘永鑫
发布于 2017-12-27 12:36
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漫谈16S的前世今生

本文转载自“微微悦明”，已获授权。本人对内容有编辑和修改。 16S的基础概念 16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，其种类少，含量大（约占细菌RNA含量的80％），分子大小...

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刘永鑫
发布于 2017-12-18 23:07
阅读 ( 8029 )

16S预测细菌组表型-bugbase：革兰氏阴阳、生物膜、致病力、移动元件、氧气消耗等

基于16S OTU表预测细菌表型数据库，同时可进行组间差异分析 BugBase Predicts Organism Level Microbiome Phenotypes Tonya Ward, Jake Larson, Jeremy Meulemans, Ben Hillmann, Joshua Lynch...

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刘永鑫
发布于 2017-12-15 08:31
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你想要的生物信息知识全在这——生信宝典文章目录

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刘永鑫
发布于 2017-12-10 11:55
阅读 ( 5218 )

Co-occurrence网络图在R中的实现

作者：陈亮单位：中科院微生物所编者按：上个月菌群月坛，在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验，不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识，更使我手上一个关于菌根的课题有极大...

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刘永鑫
发布于 2017-12-07 20:07
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Nature：地球微生物组计划首发成果

Thompson LR, Sanders JG, McDonald D, Amir A, Ladau J,Locey KJ et al (2017). A communal catalogue reveals Earth’s multiscalemicrobial diversity. Nature. 本文今年11月1日在线发表，23...

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刘永鑫
发布于 2017-11-28 15:24
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Nature Reviews：拥抱未知：解析土壤微生物组的复杂性

Fierer N. Embracing the unknown: disentangling the complexities of the soil microbiome. Nature Reviews Microbiology, 15：579-590 (2017) 本文今年8月21日在线发表的综述，翻译转载自"...