文章 - 第21页 - 生信人

视频讲解0实验成本的发文方法——基因家族分析

视频教程讲解基因家族分析方法，真正做到“用别人的数据，发自己的文章”！

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组学生物
发布于 2018-03-12 14:45
阅读 ( 6769 )

为什么生存分析时KM法和Cox回归的结论不一致

偶然看到这样的一个问题：R做生存分析关于survdiff函数的问题,让我想起了这个问题有时候K-M法和Cox回归的结论不一样，尤其是在做Cox时是显著的，在使用K-M时却分不开，不显著，很多人在这个时候...

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祝让飞
发布于 2018-03-12 08:18
阅读 ( 29148 )

一个认真分享基因组学知识和生物信息技术的公众号

如果你对基因组学或者生物信息学感兴趣，那么关注解螺旋的矿工，你一定会有所收获的。

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解螺旋的矿工
发布于 2018-03-11 22:28
阅读 ( 4057 )

R画月亮阴晴圆缺：corrplot绘图相关系数矩阵

今天是十五元宵节，即是和家人团聚的机会，也是赏月的好日子。但作为科研汪的我，在狗年应更加努力，争取在狗年旺旺，从加班狗中脱颖而出。分享一个相关分析可视化实战，祝大家元宵节快乐...

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刘永鑫
发布于 2018-03-01 22:11
阅读 ( 12330 )

文章中的Figures制作流程

开源免费软件处理科技图片

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文虎
发布于 2018-03-01 00:09
阅读 ( 4145 )

Cell：人体细菌到究竟有多少，再作报告必引此文

关于人体细菌与人体细胞的比例，有众多文章和学术报告反复引用1972年关于细菌数量是人体细胞10倍的结论来突出细菌的重要性。然而这一46年前的粗糙结论显然不符合最新研究的结果。以色列魏茨...

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刘永鑫
发布于 2018-02-25 17:31
阅读 ( 5902 )

riverplot绘制桑基图

桑基图是一种方便说明信息、资源流动和图形，图形中的分、合正如漂流的分叉与汇合，如可用于比较不同簇间关系，可以用来表示各个节点之间转换。 Sankey plots are a type of diagram that is c...

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刘永鑫
发布于 2018-02-22 16:10
阅读 ( 9529 )

在linux系统下如何使用百度云

有时候数据需要通过网络传输或者备份，百度云是一个不错的选择，今天刚好有这样的一个需求，通过linux下载了大量数据然后想把数据传给另外一个朋友，本着服务器不能被外面访问，只能通过网盘的...

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祝让飞
发布于 2018-02-19 10:35
阅读 ( 3162 )

R语言添加p-value和显著性标记

R语言添加p-value和显著性标记，原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/gRw0krS3LY7c0QK9y47EJw 作者简介 Introduction taoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.gi...

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刘永鑫
发布于 2018-02-18 13:38
阅读 ( 12915 )

ggalluvial：冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram

感谢“宏基因组0”群友李海敏、沈伟推荐此包绘制堆叠柱状图各成分连线：突出展示组间物种丰度变化。冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种，最初开发用于代表网络结构的时间变...

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刘永鑫
发布于 2018-02-17 14:49
阅读 ( 9799 )

R语言交互式可视化包CanvasXpress

作者简介刘永鑫，博士。2008年和2011年毕业东北农业大学微生物学和作物遗传育种专业。2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，...

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刘永鑫
发布于 2018-02-15 11:18
阅读 ( 6298 )

Windows不用虚拟机或双系统，轻松实现linux shell环境：gitforwindows

windows缺少shell命令支持用过Linux服务器分析数据的小伙伴，一定对Linux强大Shell命令所折服，经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。还有想学习Linux Shell命令的小伙伴，一直没有...

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刘永鑫
发布于 2018-02-11 23:05
阅读 ( 3575 )

Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

本文“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下编辑：metagenome 摘要前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊：高通量&无偏差，分析微生物群落的新方法》。文中摘要提到：1.几十年以来细...

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刘永鑫
发布于 2018-02-10 22:41
阅读 ( 4159 )

我学习的R与shell编程笔记，也许可以帮助想要接触的你

在这年末之时，我将之前的笔记都进行了整理和排版，对一些文章进行了删改。感谢简书君，给我的两本笔记加上了连载权限，现在大家已经可以像看一本书一样阅读我写下的东西了。

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王诗翔
发布于 2018-02-07 20:35
阅读 ( 3219 )

视频教程：R语言recharts包绘制交互式图形

写在前面你见过随月份变化的温度拆线图你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图互联网中铺天盖地的词云线图、柱状图、堆叠图任意切换，不再为选择类型纠结甚至...

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刘永鑫
发布于 2018-02-07 14:16
阅读 ( 4199 )

R语言聚类分析--cluster, factoextra

R语言聚类分析--cluster, factoextra 本文转载自“R语言中文社区”，己获授权，宏基因组公众号编辑对内容进行测试、修改及补充。原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/M_rJqcHz6HUlGIHVeN4RkQ...

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刘永鑫
发布于 2018-02-06 20:51
阅读 ( 9858 )

sync deploy 命令工具

该命令集可以非常方便地向远程主机/服务器上传文件、运行远程脚本、下载文件等。

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王诗翔
发布于 2018-02-05 22:06
阅读 ( 2598 )

基本的shell编程知识，都在这里了

shell，一种壳层与命令行界面，是Unix操作系统下传统的用户和计算机的交互界面。第一个用户直接输入命令来执行各种各样的任务。普通意义上的shell就是可以接受用户输入命令的程序。它之所以被称作shell是因为它隐藏了操作系统低层的细节。同样的Unix下的图形用户界面GNOME和KDE，有时也被叫做“虚拟shell”或“图形shell”。