TCGA简易下载工具V10更新
TCGA简易下载工具V10更新主要在于成熟体miRNA的数据合并上，支持miRNA的isoform合并，从中可以得到新的矩阵然后再使用便捷ID转换器就可以将miRNA的表达谱矩阵转换成-3p、5p的miRNA了
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- 祝让飞
- 发布于 2018-01-28 17:24
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祝让飞
文虎
美吉生物
Nature Microbiology：肠道菌群如何划分肠型
题目：基于肠道菌群组成的“肠型”如何定义？ 认识肠道菌群领域的29位大佬，从熟悉他们的名字和单位开始。 作者：Paul I. Costea 1, Falk Hildebrand 1,2,3, Arumugam Manimozhiyan 4, Fredrik...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-25 21:58
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刘永鑫
Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章
本文转载自“科研小榴莲”，己获授权。 今天小榴莲和大家一起探讨一篇17年十一月份发表在Nature的文章。 在西方以及中国部分地区高盐饮食是一种非常普遍的现象，高盐饮食已经成为高血压以及心...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-23 19:53
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一行命令从cds的fasta序列转换成bed
数据来源： http://www.plantkingdomgdb.com/tea_tree/data/cds/Teatree_CDS.fas 转换成bed命令： grep '>' Teatree_CDS.fas |awk -F '>' '{print $2}'|awk -F ' ' '{print $3"\t"$1}'...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-01-21 16:17
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编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
写在前面 个人认为：是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python等(胶水语言，数据格式转换，软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。 之前分享过我个...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-18 22:55
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娄佳成
超简单！每个样本只要10元的转录组分析教程
十元十元？ 第一次写教程还是要标题党一下。不过十元并不夸张，十元真的买不了吃亏，买不了上当。作为一个临床外科小大夫，写生物分析教程，求专业级别的人放过。看中结果，忽略过程中的瑕疵。...
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- 娄佳成
- 发布于 2018-01-18 15:55
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Nature Genetics：微生物基因组如何适应植物？(news & views)
Nature Genetics于2017年12月18日在线发表了美国北卡教堂山的Jeffery L. Dangl团队(http://labs.bio.unc.edu/Dangl/)领衔，美国能源部JGI研究所的Tanja Woyke和Susannah G. Tringe共同通讯...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-17 21:26
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Annual Review：人与微生物组
本公众号之前推荐并解读过一篇植物微生物组综述《Annu Rev：植物微生物组—系统见解与展望》，今天再给大家推荐一篇人类微生物组的综述。 本文是Rob Knight (https://knightlab.ucsd.edu/)...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-16 22:58
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使用linux终端下载GEO数据
Bioconductor的GEOquery几个常用函数可以实现GEO数据的下载，但有时候我想直接通过终端下载而不是使用Rstudio然后运行脚本的方式，所以下面用shell脚本对GEOquery两个下载函数getGEO()以及getGEOSuppFiles()进行了简单的封装。
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- 王诗翔
- 发布于 2018-01-16 13:50
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王诗翔
Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗？快看此文
关于测试数据共享文件声明 百度云是一种非常方便的文件共享方式，但是有时会出现文件无法通过审核，导致大家访问失败？之前团队分享视频(百度管片最严，你懂的，上周六的纪录片将扩展名mkv修改...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-16 00:05
- 阅读 ( 5491 )
微生物组：3分和30分文章差距在哪里？
好的分析和可视化，可以提供大量的信息，同时兼顾简洁优雅。 今天我们抛开实验设计、方法和工作量等因素，仅从文章最吸引人的图片来讨论3分和30分(顶级)文章差距在哪里？
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-14 21:31
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ID便捷转换工具使用教程
为了方便平时的各种ID转换，工具盒里提供了便捷式的转换工具，主要提供两种方式 1、TCGA的RNA-Seq转换，内置TCGA RNA-Seq数据的ID对应关系无需导入背景文件的转换方式 2、自定义的转换方式，...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-01-14 21:24
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关于TCGA RNA-Seq数据ID的转换方法
使用TCGA简易下载工具的同志们一直很好奇，RNA-Seq数据集中的ID是怎么转换的，今天就介绍一下原理 首先我们根据TCGA官网提供的RNA-Seq pipline（https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformat...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-01-14 19:18
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分子互作的异常是导致孟德尔疾病的普遍原因
核心观点： 1，Most missense disease mutations appear not to impair protein folding or stability ,2，Interaction profiling helps distinguish disease mutations from non-disease var...
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- 涣醒
- 发布于 2018-01-08 20:35
- 阅读 ( 3658 )
涣醒
