众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达及与预后的关系。 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析,不用输入数据,鼠标点点点即可,...
火山图是差异分析中最直观的可视化方式,通过火山图可以直观的观察到表达倍数的整体分布和差异显著性的整体分布,因此是做差异分析必备的可视化方式之一 在这里我们开发了简易版本的火山图绘制...
众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达,这是一个万能钥匙,因为如果这个基因只在你研究的肿瘤中差异表达的话说明了特异性,如果他在大多数...
分边小提琴图(Split violin plot)类似于分组小提琴图,但更便于进行两两(类似癌与癌旁、处理和对照、预后差和好等)比较,如下图 本工具旨在快速简易的绘制分边小提琴图,采用的是 长数据...
处理数据常常会遇到两张数据格式,一种是长数据(long data),另一种是宽数据(wide data)。 以常见的股票收盘价数据为例,表1是长数据常见形式,而表2是宽数据常见形式。而R语言作为处理数...
在临床研究中,生存曲线(又称Kaplan-Meier曲线)是最常用图片之一,旨在描述各组患者的生存状况。一张漂亮的、专业的生存曲线图不仅可以令编辑、读者和审稿专家眼前一亮,同时也能为论文增色不...
韦恩图又称文氏图,是科研文章中最常见的图,可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。 在这里我们基于先前的研究集成了一个非常简单的韦恩图工具,使用该工具请引用文献:...
基于表格数据绘制的气泡的,可用于任何数据的四个维度的展示,和使用Excel一样方便。 在做富集分析的结果可视化中使用尤其适合,即需要展示显著性、也需要展示富集基因个数和富集程度,这里就...
这是一款非常简单的森林图绘制工具,和用Excel一样进行绘图,此外 通过控制行高和列高可以很方便的进行 绘图时的 单行高度和宽度调整 标准的可视化图如下: 几种小技巧 1、通过改变行...
这是一款简易的 配对样本的 检验和可视化工具,支持配对T检验和秩和检验,同时也支持一组和多组数据的可视化统计分析。 使用方式简单,跟用Excel一样,如下: 结果部分,分两种,一种是图,...
博士磕磕绊绊读到了第三年~ 终于进入了出成果的阶段了,也对生信这个学科建立了一些系统的理解,觉得应该做一些系统的梳理和记录了(虽然这个宏图大志从博一就有了但没有知识积累又懒。那么就从...
压缩TIF图片到达合适的大小
文件内容色彩变灰来维持价值
相关性基础知识 “ 相关表和相关图可反映两个变量之间的相互关系及其相关方向,但无法确切地表明两个变量之间相关的程度。 相关系数是用以反映变量之间相关关系密切程度的统计指标。相关系数是按积差方法计算,同样以两变量与各自平均值的离差为基础,通过两个离差相乘来反映两变量之间相关程度;着重研究线性的单相关系数 ”
“Sangerbox云平台有交互式、可视化分析,无需会编程,只需将数据进行简单整理,点击鼠标,即可出图,快速便捷,很是厉害”
“为了解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题,话不多说直接看教程,干货满满”
“Venn图是我们科学研究中常用的图形之一,今天小编给小伙伴们介绍三种Venn图绘制工具,小伙伴根据自己的要求进行选择,如果小伙伴觉得对你有帮助,欢迎转发与收藏。”
参考文献 Wagner, G.P., Kin, K. & Lynch, V.J. Measurement of mRNA abundance using RNA-seq data: RPKM measure is inconsistent among samples. Theory Biosci. 131, 281–285 (2012).
为了解决四个难题我们设计开发了“GSEA简易分析工具”和” GSEA结果可视化工具”
“在生信分析之前对数据进行清洗,其过程对后续的分析起的重要的作用,有时直接影响结果的好坏”