使用TCGA做CeRNA又有了便捷的方法

在早先时候我介绍了CeRNA的一些做法,尤其是怎么构建CeRNA网络和怎么去对网络做剪枝,在视频中都是针对于不需要编程去操作,实际上如果你会R的话,下面介绍的工具会让你事半功倍。 这是一篇上...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-13 09:52
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哈哈~今天用桑格助手赚了个红包,真没想到。。。。

今日闲来无事,刷着手机,忽然看到一条消息,下载文章有红包: 在这样的年头里下载个文章有什么难的,顺手掉出了 我们的 桑格助手 ,准备下载文献,未曾想 群里只给了 文章截图,故把文章截...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-12 19:34
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KEGG通路图定制化绘制工具

做组学离不开KEGG,离不开KEGG通路的标记和富集,KEGG通路图定制化绘制工具支持在KEGG 通路中任意标记你的目标基因及任意颜色

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-08 12:59
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UCSCXenaTools包用法介绍——搜索与下载TCGA、GDC、ICGC等公开数据库数据集

下载UCSC Xena公开数据集

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  • 王诗翔
  • 发布于 2018-08-07 15:36
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小白也能画漂亮的热图--赐你一个非编程热图工具

文章投稿,除了文好当然还要“颜好”!在这个看脸的世界,为了给文章加分,各位老师学生也是做足功课了!但是不会编程敲代码?——那必须学学各种绘图小工具了。

加权基因共表达网络(WGCNA)寻找与疾病相关的hub基因

低成本发一篇sci,你也可以的!!!快来围观吧!

DECenter:简便的差异分析工具使用教程

DECenter:简便的差异分析工具使用教程

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  • 调研图
  • 发布于 2018-07-12 20:44
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简易数据标准化工具使用说明

简易数据标准化工具

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  • 调研图
  • 发布于 2018-07-12 17:08
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GEO便捷转换器使用教程,帮你轻松处理GEO平台数据

GEO便捷转换器使用教程,帮你轻松处理GEO平台数据

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  • 发布于 2018-07-12 14:08
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学R学系列-03-R,Git和Github(下)

R,Git和Github

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  • 文虎
  • 发布于 2018-06-15 21:15
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学R学系列-03-R,Git和Github(上)

R,Git和Github

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  • 文虎
  • 发布于 2018-06-15 21:12
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多套数据集我们分别筛完了差异该怎么去整合?

之前讲到通过DEcenter做差异分析,利用多套数据集都得到各自的差异基因,简单粗暴的可以通过Veen图的方法观察多套数据集中同时差异的基因,通过RRA算法简易实现工具来尝试更为合理整合方法。

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  • 调研图
  • 发布于 2018-06-15 17:41
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GEO数据挖掘之原始数据下载

复现文章第一步,GEO数据下载,这里详细解释了GEO数据库中SOFT formatted famliy file、MINiML formatted famliy file、Series Matrix File和RAE.tar四种数据的异同点。 GEO数据库详细解读,包...

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  • 发布于 2018-06-08 10:23
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reset

reset

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  • admin
  • 发布于 2018-05-10 18:27
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多因素回归模型简易分析工具

内嵌视频 正在内测中,请勿扫码。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-04-10 21:48
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RMAExpress使用教程

RMAExpress 是一款芯片原始数据的RMA标准化工具,非常简单易用的一款小工具

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-04-09 20:30
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简易KM曲线绘制工具 使用教程

其实绘制KM曲线的软件有很多,KM曲线是1958年,E. L. Kaplan 和 Paul Meier 两位教授介绍的一种全新的、解决随访期间右删失 (right censoring) 问题的生存分析方法,被称作Kaplan-Meier方法,这种方法精确地记录并利用每个个体发生终点事件的具体时间,在任何一个终点事件发生的时间点计算出一个新的、基于之前所有信息的总生存率 (Cumulative survival) 。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-04-04 21:56
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批量计算相关系数工具使用教程

相关表和相关图可反映两个变量之间的相互关系及其相关方向,但无法确切地表明两个变量之间相关的程度。 相关系数是用以反映变量之间相关关系密切程度的统计指标。相关系数是按积差方法计算,同样以两变量与各自平均值的离差为基础,通过两个离差相乘来反映两变量之间相关程度;着重研究线性的单相关系数。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-04-04 21:56
  • 阅读 ( 13620 )

GEO 芯片数据转换器 转换出的gene symbol和官网给的注释文件不一致

GEO 芯片数据转换器 转换出的gene symbol和官网给的注释文件不一致,可能原因是GEO上数据所用平台种类比较多, 我用的数据平台是GPL6947,大家注意下吧。 TCGA的gene symbol转换我没有去试验,个...

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  • 戴瑨
  • 发布于 2018-03-26 11:25
  • 阅读 ( 3900 )

文章中的Figures制作流程

开源免费软件处理科技图片

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  • 文虎
  • 发布于 2018-03-01 00:09
  • 阅读 ( 4201 )