快速差异分析工具——limma包
limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。
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- 欢乐豆
- 发布于 2020-05-26 19:47
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欢乐豆
limma快速差异分析工具！
limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 11:53
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柚子
更新了！多数据集合并及去除批次效应工具使用详解！
批次效应表示样品在不同批次中处理和测量产生的试验期间记录与任何生物变异无关的技术差异。
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 11:36
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limma的两个弟弟：edgeR和DESeq2
01 — 研究背景 上一篇公众号我们为大家详细的介绍了R软件包limma筛选差异基因，limma包做差异分析要求数据满足正态分布或近似正态分布，如基因芯片、TPM格式的高通量测序数据。随着高...
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 11:09
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富集分析结果展示（一）——气泡图
记得在两年前刚学生信时，和很多小伙伴一样，在做完差异基因分析或者进行基因特异性筛选时，发现结果有几百个甚至上千个基因。心里想，这么多基因，如果每一个基因去NCBI、Gene Card等公共数据库上去注释基因功能，等注释完了，黄花菜都凉了。
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 10:57
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一文解决各种ID转化成Gene Symbol
为了解决生信小白的困难，我们公司研发的一个网页板的小工具，里面内置了包括Ensembl、GPL570等常用的注释平台文件，你只需要上传自己的表达谱矩阵，点击鼠标即可完成各种ID之间的转换，非常方便。这么好的平台，亲们准备好了吗，和我一起去体验吧。
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 10:48
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数据不够——缺失值“来凑”
“ 根据将缺失值和缺失值周围距离最近的k个值，其中距离方式可以选择欧式距离和马氏距离，用这k个值的中值或均值代表这个缺失值”
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 10:32
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单因素生存分析工具在线版等你来用！R语言都不用安装？
“做cox比例分析和KM曲线结合分析，阈值该怎么选取，数据是否需要标准化等等问题的解决方法”
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 10:25
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简易批量生存分析工具！省时又省力！
省时又省力，几百个基因做生存分析，挑选对样本的生存状态有显著影响的基因，然后用这些基因进行进一步的做生存分析，绘制ROC曲线。
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 10:13
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富集分析结果展示（二）——富集分析圈图
“做cox比例分析和KM曲线结合分析，阈值该怎么选取，数据是否需要标准化等等问题的解决方法”
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 10:06
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森林图快速绘制工具——既不要编程又能直观的展示cox比例分析结果的工具来了！
1. 如果是以文件的格式将数据导入到云平台，平台默认无法读取Excel中的数据，必须将Excel文件转为以制表位符分割的文本文件，否则小工具将无法运行。 2. 森林图不仅能展示单因素cox比例分险结果，同样能展示多因素cox比例分险结果
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 09:25
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免费领取泛癌研究视频了！还在等什么，赶快加小编微信吧！
之前答应给大家的泛癌视频今天终于可以领取了，已经在粉丝群里的老铁们，赶快私信小编，小编在会发给您优惠劵兑换码，然后按照下面的推文领取视频和资料
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- 柚子
- 发布于 2020-05-15 09:53
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告别繁琐 “傻瓜式”操作 >>计算肿瘤微环境<<
肿瘤微环境是肿瘤组织或细胞所处的细胞环境，它由免疫细胞，间充质细胞，内皮细胞，具有炎症介质和细胞外基质（ECM）分子[1-2]。在肿瘤微环境中，免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，并且已被证实对于肿瘤的诊断和预后评估具有很大价值[3]。
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- 柚子
- 发布于 2020-04-29 09:30
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GEO数据快速下载——终于不用去国外数据中下载数据了
我们通过研发的新的数据平台将常用的公共数据库全部同步到国内服务器中，并且每天同步更新，同时按照常规发表SCI的习惯对所有数据进行整合，编排，方便大家下载与使用。
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- 欢乐豆
- 发布于 2020-04-26 13:57
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