在linux系统下如何使用百度云

有时候数据需要通过网络传输或者备份,百度云是一个不错的选择,今天刚好有这样的一个需求,通过linux下载了大量数据然后想把数据传给另外一个朋友,本着服务器不能被外面访问,只能通过网盘的...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-02-19 10:35
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sync deploy 命令工具

该命令集可以非常方便地向远程主机/服务器上传文件、运行远程脚本、下载文件等。

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  • 王诗翔
  • 发布于 2018-02-05 22:06
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TCGA简易下载工具V10更新

TCGA简易下载工具V10更新主要在于成熟体miRNA的数据合并上,支持miRNA的isoform合并,从中可以得到新的矩阵然后再使用便捷ID转换器就可以将miRNA的表达谱矩阵转换成-3p、5p的miRNA了

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-01-28 17:24
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一行命令从cds的fasta序列转换成bed

数据来源: http://www.plantkingdomgdb.com/tea_tree/data/cds/Teatree_CDS.fas 转换成bed命令: grep '>' Teatree_CDS.fas |awk -F '>' '{print $2}'|awk -F ' ' '{print $3"\t"$1}'...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-01-21 16:17
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如何提升系统进化树的颜值?

“高颜值系统进化树”诞生记

教你用iTOL轻松绘制高颜值系统进化树

高颜值系统进化树,您值得拥有

使用linux终端下载GEO数据

Bioconductor的GEOquery几个常用函数可以实现GEO数据的下载,但有时候我想直接通过终端下载而不是使用Rstudio然后运行脚本的方式,所以下面用shell脚本对GEOquery两个下载函数getGEO()以及getGEOSuppFiles()进行了简单的封装。

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  • 王诗翔
  • 发布于 2018-01-16 13:50
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ID便捷转换工具使用教程

为了方便平时的各种ID转换,工具盒里提供了便捷式的转换工具,主要提供两种方式 1、TCGA的RNA-Seq转换,内置TCGA RNA-Seq数据的ID对应关系无需导入背景文件的转换方式 2、自定义的转换方式,...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-01-14 21:24
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SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法

方便快捷下载SRA、SAM及FASTQ文件

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  • 文虎
  • 发布于 2017-12-24 15:54
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桌面版SCI-Hub,简单易用,再也不用担心找不到可用的SCI-hub网址了

最近SCI-Hub风雨飘摇,今天收藏的网址明天就不能用了,心碎的很,某程序员同学一机灵就弄了个桌面版的SCI-Hub,丢到了工具盒中

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  • 调研图
  • 发布于 2017-12-22 11:08
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记录clusterProfiler GO分析的一些疑问

闲暇时突然想写一个GO富集分析的小工具,说到富集分析的话不得不提Y叔的clusterProfiler了,简单的使用clusterProfiler提供的GO富集分析的例子: ## Not run:     data(geneList)de <- name...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-12-08 14:32
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使用REST API批量下载ENCODE数据

玩转ENCODE项目的数据资源(二)(附示例代码)

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  • Bryce
  • 发布于 2017-11-26 11:26
  • 阅读 ( 5544 )

基因组学数据分析常用的在线资源

最前沿的在线资源列表

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  • Bryce
  • 发布于 2017-11-22 23:19
  • 阅读 ( 6245 )

SangerBox 永久下载地址(原生信人工具盒)

SangerBox 新一代数据分析盒子,集成常见的傻瓜式数据分析软件,让你轻松做分析。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-11-09 16:15
  • 阅读 ( 115379 )

TCGA下载工具V12用教程

由于TCGA下载工具之前的版本中用户无法连接TCGA时无法下载,也无法支持GEO数据下载,本次升级将对上述的两个问题进行解决

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-11-09 16:05
  • 阅读 ( 26318 )

三维基因组常用分析工具汇总

Hi-C技术主要将空间结构临近的DNA片段进行交联,并将交联的DNA片段富集,然后进行高通量测序,对测序数据进行分析即可揭示全基因组范围内的染色体片段间的交互作用。利用Hi-C技术可以揭示基因组...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-11-06 20:51
  • 阅读 ( 7836 )

怎么下载R的老版本

今天为了使用一个R包的缘故,试了好多个R版本,终于安装上 笑哭 那么问题来了,怎么下载老版本的R呢 嗯,记住这个链接:https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/ 所有的版本的R都...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-11-02 15:05
  • 阅读 ( 9379 )

拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例

数据准备 1、下载TCGA RNA-Seq数据,我们使用TCGA简易下载工具进行下载,因为我们是做预后所以就没有显著正常样本,如图共有407个样本(这是包含所有可下载的样本,要全部下载就将右上角的复选...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-10-28 16:24
  • 阅读 ( 31062 )

拿一套GEO数据集用DECenter来花式做差异详解

之前很多人使用DECenter出现各种奇奇怪怪的错误,然后程序猿一直希望将学习成本降到最低,经过多次努力,已更新到了第四版本 这次就用V4来做一下一套GEO芯片数据的差异分析 这套芯片数据为:G...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-10-26 15:20
  • 阅读 ( 24554 )

GEO数据做生存分析

小编今日又一次以小白的身份完成了从下载GEO数据到批量运行生存分析。

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-10-24 21:53
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