介绍几个DNA甲基化差异筛选的软件

DNA甲基化是最早发现的修饰途径之一，可能存在于所有高等生物中。DNA甲基化 导致某些区域DNA构象变化，从而影响了蛋白质与DNA的相互作用，抑制了转录因子与启动区DNA的结合效率，能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。DNA甲基化的主要形式为5-甲基胞嘧啶，N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鸟嘌呤。在真核生物中，5-甲基胞嘧啶主要出现在CpG和CpXpG中，原核生物中CCA/TGG和GATC也常被甲基化

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• 祝让飞
• 发布于 2017-06-10 17:21
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wwwblast的优秀替代品ViroBLAST使用指南

wwwblast已经不再更新啦，有没有比较好用的替代品呢？ViroBLAST帮你解决问题

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• deepxin
• 发布于 2017-06-09 16:45
• 阅读 ( 4077 )

karyoploteR：基因组可视化定制版

简介 karyoploteR是Bioconductor的一个包。这个包主要功能是可以用它来肆意的绘制基因组相关的可视化，文章说了任何数据都可以。这个软件的特点就是自由，半自动话，他只是提供一些组件和工...

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• 张海伦
• 发布于 2017-06-08 15:07
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推荐一个软件：GFFview

A Web Server for Parsing and Visualizing Annotation Information of Eukaryotic Genome 大家好，今天给大家推荐一款软件，GFFview ，顾名思义这款软件主要用于gff文件的可视化展示。 相信...

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• 张海伦
• 发布于 2017-06-03 10:31
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微生物多样性分析神器Qiime的centos 6.7的安装历程

QIIME （Quantitative Insights Into Microbial Ecology）是一个专门针对于微生物群落的分析pipline，可以进行OTU,以及多样性分析等等。拥有处理16s rRNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。所谓分析pipline必是集成软件，QIIME也不例外。因此安装起来超级麻烦。

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• 祝让飞
• 发布于 2017-05-26 21:39
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记录宏基因组分析时去除嵌合体没有usearch 64-bit怎么破

在做细菌16S的高通量数据处理时你不得不面对去除嵌合体这玩意，嵌合体是什么鬼，百度一下就知道了，在序列扩增时多数序列是顺着单条序列前进的，如Read1扩增产生新的Read1，Read2扩增产生新的Read2。但有时两条序列也可能缠在一起，扩增时产生的新序列前半段可能属于Read1，后半段属于Read2，形成了拥有两条序列信息的嵌合体序列

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• 祝让飞
• 发布于 2017-05-22 19:05
• 阅读 ( 4951 )

RCricos绘制简单圈图

RCricos绘制简单圈图

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• 爽儿
• 发布于 2017-05-20 10:25
• 阅读 ( 6660 )

R语言可以这么玩 |高质量图片这样导出！

众所周知，可视化是统计中不可缺少的一部分，也是很直观的传递信息的一种方式，并且SCI文章投稿最重要的也是对于图片的处理。 一般杂志对图片要求：图片最低分辨率300DPI，部分杂志要求不低于6...

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• 易统计
• 发布于 2017-05-17 14:04
• 阅读 ( 66169 )

python：程序输出

关于python程序输出的相关技巧介绍

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• SXR
• 发布于 2017-04-20 10:07
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转座子分析软件及用法

转座子分析软件及用法

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• SXR
• 发布于 2017-04-18 11:21
• 阅读 ( 8313 )

TCGA简易下载工具使用总结

TCGA简易下载工具上线一周，有许许多多的同志们使用它来下载TCGA数据，也有部分同志反应了一些问题，也是这些问题让这个工具更新到了第六个版本，经过六次的更新，也解决了不少在极端情况下的下载使用问题，现在总结一下问的比较多的软件问题

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• 祝让飞
• 发布于 2017-04-11 20:46
• 阅读 ( 11016 )

blast中的m8结果文件格式介绍

经常使用blast，一般我都是使用m8格式作为blast结果的，但是blast的m8结果竟然没有标题，这是一个坑爹的事情，硬记时间长了肯定忘，那就记录一下吧

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• 祝让飞
• 发布于 2017-04-10 10:25
• 阅读 ( 19593 )

新手在TCGA中怎么找各类样本

经常遇到很多人问怎么在TCGA中找到正常样本，在这里详细给大家支个招

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• 祝让飞
• 发布于 2017-04-07 17:44
• 阅读 ( 17597 )

Vcf文件怎么看？

vcf怎么看

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• 百迈客
• 发布于 2017-04-07 10:16
• 阅读 ( 14617 )

png如何转为svg格式：R语言

分分钟换成高清大图

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• SXR
• 发布于 2017-04-07 09:51
• 阅读 ( 4267 )

MCScanx:共线性分析软件

共线性研究的好软件。

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• SXR
• 发布于 2017-04-01 16:36
• 阅读 ( 10505 )

基因预测结果整合软件：EVM

EVM很好的基因预测整合软件。

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• SXR
• 发布于 2017-04-01 15:18
• 阅读 ( 10470 )

muscle软件介绍

1、软件介绍 MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件，在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有...

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• SXR
• 发布于 2017-04-01 09:15
• 阅读 ( 13564 )

你从没见过的的TCGA下载工具

TCGA新版数据下载之前有很多教程，但是都不是特别方便，这里属性就给大家写一个很方便的下载工具，总共7M,下载即用免安装，还支持断点续传。

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• 生信人
• 发布于 2017-03-31 14:01
• 阅读 ( 27352 )

记录TCGA的somatic mutation文件在哪下载

很多地方都下载不到somatic mutation数据了，新版改版之后已经没有了这样的数据，找到下载不容易，且行且珍惜。

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• 祝让飞
• 发布于 2017-03-31 11:48
• 阅读 ( 9727 )