文章 - 第10页 - 生信人

TCGA RNASeq数据归一化工具使用例子

例子1：有多个FPKM文件如：打开软件，点击“选择多个文件”按钮，然后选择要转换的FPKM样本，当然值得注意的是左侧的复选框，复选框勾选的才会进行转换然后左下角选择需要转换的方法，我...

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祝让飞
发布于 2017-09-01 17:07
阅读 ( 7312 )

TCGA RNASeq数据归一化工具说明

TCGA RNASeq数据提供了三种下载格式，很多新手不知道下载哪种格式的数据比较好，因为一些筛选差异的包比如（edgR等）需要Counts，所以很多人去下载了Counts，然后后续却不知道怎么去处理，当然...

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祝让飞
发布于 2017-09-01 16:49
阅读 ( 18756 )

TCGA RNAseq数据中FPKM与TPM转换介绍

在新版数据中TCGA的RNAseq数据主要提供了三种数据下载，FPKM，FPKM-UQ,Counts，如果要用edgR等筛选差异的话会下载使用Counts数据，但是笔者在过去的数据分析中发现TCGA数据使用edgR等软件筛选差...

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祝让飞
发布于 2017-08-24 10:41
阅读 ( 38917 )

批量计算生存分析工具使用例子

以下我们使用GEO的一套数据来演示以下该工具使用首先我们选择下载GSE25065数据集，下载之后使用GEO芯片数据转换器将数据提取出来，最终我们得到了这两个文件打开SampleInfo.xls文件找到随访...

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祝让飞
发布于 2017-08-16 15:39
阅读 ( 14755 )

批量计算生存分析工具说明

生存分析：对一个或多个非负随机变量进行统计推断，研究生存现象和响应时间数据及其统计规律的一门学科,既考虑结果又考虑生存时间的一种统计方法，并可充分利用截尾数据所提供的不完全信息，对...

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祝让飞
发布于 2017-08-16 14:30
阅读 ( 7991 )

R来完成表达芯片分析全流程-有笔记有视频

需要学R语言，一站式学会表达芯片处理

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生信菜鸟团
发布于 2017-08-10 22:50
阅读 ( 6212 )

GEO芯片数据转换器使用案例

以GEO芯片数据GSE14520为例：首先从GEO下载GSE14520数据: 从图中可以看出共有488个样本，我们选择MINiML格式的数据（软件只支持该格式），下载完：然后我们将该文件导入到软件中：从图...

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祝让飞
发布于 2017-08-10 10:57
阅读 ( 58116 )

GEO芯片数据转换器使用说明

随着微阵列芯片技术尤其是基因芯片的广泛应用，产生了海量的数据，为基因研究提供了大量的高通量数据资料，而GEO数据库就是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。用户不仅可以上传自己的数...

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祝让飞
发布于 2017-08-10 10:36
阅读 ( 12498 )

开源基因组浏览器JBrowse教程系列第二篇：使用拟南芥基因组演示怎么配置JBrowse

本文以拟南芥为例演示了JBrowse的配置。

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deepxin
发布于 2017-08-09 17:31
阅读 ( 7029 )

TCGA ID转换器使用案例

以TCGA简易下载工具下载数据为例，首先下载工具下载之后合并矩阵会得到一个名字为：Merge_matrix.txt 的矩阵矩阵格式上满足本工具的要求：打开本工具界面极其简单如下：从图中可以看...

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祝让飞
发布于 2017-08-04 21:42
阅读 ( 10688 )

TCGA ID转换器使用说明

为了便于新版TCGA RNA-Seq数据的转换提取，特制作RNA-Seq数据的ENSG_ID转换成lncRNA、编码蛋白基因、假基因等的转换器

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祝让飞
发布于 2017-08-04 17:05
阅读 ( 7941 )

GSEA （Gene Set Enrichment Analysis基因集富集分析）简介

官网 http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp

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金晓妍
发布于 2017-07-21 20:12
阅读 ( 23541 )

KEGG Pathway 中基因的颜色怎么简单的标记上去

在组学的文章中经常会看到各种KEGG Pathway，上面的基因经常会被标记成不同的颜色，而不同的颜色代表基因的不同的差异水平，那么除了公司流程中能够将KEGG pathway的基因标上去颜色之外还有什么工具也能方便的标记呢，事实上这是一个数据可视化的过程，在做科研的过程中常常存在不同的需求

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祝让飞
发布于 2017-07-17 13:49
阅读 ( 17846 )

用小提琴图来可视化基因差异表达之美化过程

为了表示基因在样本中的差异，对于许多个基因的话用火山图感觉挺高大上的，那么对于少数几个基因的话一般用什么来展示其表达差异呢，有很多种办法，比如箱线图，柱状图等等，今天主要用小提琴图来可视化几个基因的差异表达。

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祝让飞
发布于 2017-07-03 21:09
阅读 ( 21138 )

事实上很多院校对SR、OT都嗤之以鼻，但是今年oncotarget竟然逆势上涨，小编又不小心关注了一下，刚好看到一篇比较简单适合新手入手的文章，今天就来聊一聊这篇不做实验依然发五分以上文章的套路。这篇文章是去年十月份发表在oncotarget上的题目是：A seven-gene signature predicts overall survival of patients with colorectal cancer

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祝让飞
发布于 2017-06-26 16:35
阅读 ( 13530 )

在R中求一致性指数( Harrell'concordance index:C-index)案例

C-index，英文名全称concordance index，中文里有人翻译成一致性指数，最早是由范德堡大学（Vanderbilt University）生物统计教教授Frank E Harrell Jr 1996年提出，主要用于计算生存分析中的COX模型预测值与真实之间的区分度（discrimination），和大家熟悉的AUC其实是差不多的