生物信息之程序学习
作为本科学生物，后来转行生物信息的人，经常会被人问起，为啥学习生物信息了呢？这背后通常会带着一些困惑，生物信息分析好不好学？我读书的时候，实验室纯计算机出身的人员只占很小
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-27 20:18
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shengxinbaodian
干货收藏！生命科学和医学SCI期刊大汇总！
图片 | 摄图网 SCI的全称为Science Citation Index，翻译过来是“科学引文索引”。 SCI论文是被SCI索引收录的期刊所刊登的论文。SCI的原意是要帮助科研人员有效获取文献信息。 SCI现在对科研
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- 生信分析流
- 发布于 2018-08-26 13:07
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生信分析流
Bioconda使用
### Conda包管理系统Conda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包，[https://www.anaconda.com/download/#download](https://www.an...
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-23 19:20
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生信宝典Linux学习系列文章整理
生信宝典推出的Linux从入门到常用命令、软件安装方法、数据处理方法都在这了。没有别的好招，常读，常练，记住了，练熟了，就会了；如果没有时间集中练习，可以来找我们做陪练。反响好
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-23 19:16
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好用的在线GO富集分析工具
点击上方蓝字关注生信宝典，换个角度学生信。GeneOntology富集分析是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-23 19:13
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ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
作者：严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源 编者按：数据可视化是解析、理解和展示数据不可缺少的一部分。炫或不炫看个人喜好和功
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-23 19:06
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转录组分析工具哪家强？
本文是导读版，生信宝典公众号同一期还有完整翻译版RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛，也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-23 19:01
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TCGA现有数据汇总
今天看到一篇帖子， 193种已发表植物基因组汇总，简简单单多余的东西一概没有。唤起了我很多最初的想法和感动，见贤思齐，把我整理过的东西也发一发。 截止 2018年GDC的最新一次更新后
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- 生信分析流
- 发布于 2018-08-23 18:34
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要研究细胞系，基因？你可能会对这个网站爱不释手哦
细胞系是很多基础研究的同学主要的研究的对象，也是体外实验不可缺少的步骤，我们往往会想知道 某个基因在某个细胞系的表达情况 ，为啥呢？ 因为如果该细胞有某种表型B比如增殖能力
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- 生信分析流
- 发布于 2018-08-23 15:49
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奥拉帕利获批，中国卵巢癌30年来首个靶向新药来了！
文|菠萝 精华看点奥拉帕利在国内获批用于铂敏感复发性卵巢癌的维持治疗。是中国上市的第一个卵巢癌靶向新药。使用奥拉帕利做辅助治疗的患者无进展生存期延长了近2倍，疾病进展或死
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- 生信分析流
- 发布于 2018-08-23 10:30
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祝让飞
甲基化芯片注释中的CpG shores, open sea 是什么
在甲基化芯片中，对于CpG位点所在的区域，会有对应的注释信息，比如CpG islands。CpG island是基因组上一段CpG位点密度较高的区域，这个概念是非常常见的 ，出了CpG island 之外，还会有CpG shores, CpG
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- 菜鸟新手
- 发布于 2018-08-22 09:10
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菜鸟新手
手把手教你从TCGA乳腺癌的表达谱样本中提取出三阴性的样本的表达矩阵
刚好在做课件是有同学问怎么搞到三阴性乳腺癌的表达谱数据，故有此文 首先使用TCGA简易下载工具下载乳腺癌的表达谱和临床随访信息。 问句1： 这是他的临床数据： ER PR在临床随访信息中...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-21 22:02
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简易矩阵操作工具使用教程
为了临床的童鞋更方便的处理大的表格矩阵，我们开发了一款简易的矩阵操作工具来对大的表格矩阵进行简单的数据处理 该简易矩阵操作工具主要包括以下几个功能： 1、从大的矩阵文件中提取指定列...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-21 21:34
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开挖掘机的老司机告诉你，除了GEO还能挖哪里的数据？
我叫林平之，是一个挖掘机驾驶员，不，应该是莫愁师姐的师弟，呃，有一个小小的问题一直困扰着我。就是要怎么分析别 人家的芯片。GEO虽然好，但感觉Datasets上的芯片真的很少，根本不够用
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- 生信分析流
- 发布于 2018-08-21 11:26
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甲基化研究新发现：与DNMT3A有关的CpG岛高甲基化是急性髓性白血病过程中的结果
摘要 DNMT3A突 变发生在约25%的急性髓性白血病（AML）病人中。最普遍的突变是 ， DNMT3A R882H ， 在体内能减少约80%的DNA甲基化活动。为了理解白血病中DNMT3A有关的甲基化活动的作用，在带有DNMT3A
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-20 17:50
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DNA甲基化测序方法介绍
DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。 DNA 甲基化及CpG岛 DNA 甲基化是最
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-20 17:07
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权威解析！2018年国自然基金中的“热点”表现如何？
2018年国自然基金评审结束，今年基金委共资助面上项目18,947项、青年科学基金项目17,671项、优秀青年科学基金项目400项、重点项目701项、重大项目1项、重点国际（地区）合作研究项目106项。 其
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-19 10:26
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2篇五分数据分析文章教你怎么正确的利用CeRNA假说
在pubmed上利用TCGA的数据及CeRNA假说整合分析所发表的文章已经快五十篇了，他们从不同程度上来诠释CeRNA假说以及应用场景，我们都知道ceRNA全称为competing endogenous RNA，是一种能够竞争结...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-17 14:38
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