生信分析云平台产品开发 - 5 生信分析pipeline服务器端运行

前文链接: 图形化生物信息分析系统开发 - 1 需求分析及技术实现 图形化生物信息分析系统开发 - 2 样本信息处理 图形化生物信息分析系统开发 - 3 生信分析pipeline的进化 图形化生物信息分...

基因注释工具

我很奇怪这个基因注释工具在教程不同位置有的软件没有加载GTF的框,有的却有呢?https://shengxin.ren/image/show/attachments-2018-08-zeccVMgy5b8744c07db3d.png https://shengxin.ren/image...

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  • dbszzy
  • 发布于 2018-09-15 22:43
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一键式获取基因在泛癌中的突变特征(棒棒糖图)

本工具是单基因在肿瘤中突变的棒棒糖图的升级版,目前的所有分析中工具只能查看单个肿瘤的单个基因的突变棒棒糖图如下: 而本工具则提供了所有肿瘤中的突变信息 在 网页下方 有详细的数据描述...

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  • admin
  • 发布于 2021-09-30 13:47
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【求助】DECenter中edgR报错

样本共分有2组 1组样本共有375个 0组样本共有32个 ========= ========= 运行R命令:"C:\Users\kesongs\Desktop\Sanger\source\softs\R-Portable\App\R-Portable\bin\Rscript.exe" "C:\dec_...

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  • kesongs
  • 发布于 2018-10-16 10:49
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文献解析(6)What?放射可以用于头颈鳞癌患者的治疗?

研究的目的是基于放射学的非侵入性生物标记物来促进治疗相关分子亚型的转译,用于头颈鳞癌患者的治疗选择。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-26 14:40
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基于生物信息学综合分析鉴定胃癌的发病机制和预后相关的潜在关键基因

本文与18年7月17日发表在Front. Genet(影响因子4.151)上,基本思路是通过一系列的生物信息分析的方法挖掘胃癌预后相关的潜在标志物。该研究的结果为进一步研究诊断和预后生物标志物以及促

文献解读(2)基于MRI的放射学模型可在术前预测肝细胞癌患者的5年生存率

该研究构建了一个方便可行的放射学模型,该模型结合了MRI放射学signature和术前临床危险因素,可预测可切除HCC患者的5年生存率。

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  • 柚子
  • 发布于 2020-04-07 16:53
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nginx调试系列之一

本系列文章用来记录我在用nginx部署时出现的各种问题及解决方案。

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  • deepxin
  • 发布于 2017-09-06 17:10
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建模的精髓:可靠性>方法

总结:这篇文章构建模型的方法非常简单,门槛不高。 建模可以有很多角度:关键基因,诊断,复发风险,耐药,转移,预后等等等等 数据可以有多种维度:mRNA miRNA lncRNA,CNV,SNP,甲基化等等等等 要把更多的篇幅放在模型鲁棒性的检验上

生信宝典Linux学习系列文章整理

生信宝典推出的Linux从入门到常用命令、软件安装方法、数据处理方法都在这了。没有别的好招,常读,常练,记住了,练熟了,就会了;如果没有时间集中练习,可以来找我们做陪练。反响好

哈哈~今天用桑格助手赚了个红包,真没想到。。。。

今日闲来无事,刷着手机,忽然看到一条消息,下载文章有红包: 在这样的年头里下载个文章有什么难的,顺手掉出了 我们的 桑格助手 ,准备下载文献,未曾想 群里只给了 文章截图,故把文章截...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-12 19:34
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组装技术的新进展

1、测序和组装 很难想象今天距离提出测序和组装已经有40年啦。我们回头来看一下这个问题。 “With modern fast sequencing techniques and suitable computer programs it is now possible...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-05-16 17:35
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富集分析圈图快速绘制工具

本工具专门用于绘制富集结果圈图,输入数据主要为富集结果的三列表格固定的格式,第一列为Term,第二列为p值(可以是-log10(pvalue)),第三列为基因,可以由各种富集分析的软件结果整理而来,...

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  • admin
  • 发布于 2021-09-01 11:25
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文献分享(6)对表观遗传酶进行综合泛癌分析揭示了癌症中表观基因组失调的普遍模式

该研究表明存在超越癌症类型的表观基因组失调的普遍模式,并且全基因组DNA低甲基化和高甲基化的肿瘤内水平由不同的过程控制。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-25 19:34
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告别繁琐 “傻瓜式”操作 >>计算肿瘤微环境<<

肿瘤微环境是肿瘤组织或细胞所处的细胞环境,它由免疫细胞,间充质细胞,内皮细胞,具有炎症介质和细胞外基质(ECM)分子[1-2]。在肿瘤微环境中,免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分,并且已被证实对于肿瘤的诊断和预后评估具有很大价值[3]。

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  • 柚子
  • 发布于 2020-04-29 09:30
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文献解读(6)胎盘转录组与孕妇孕前体重指数和新生儿出生体重的共表达分析

作者通过应用WGCNA,确定了与孕妇孕前BMI和新生儿体重相关的胎盘共表达基因模块和枢纽基因,并且研究了这些模块和hub基因是否介导了孕前BMI与新生儿体重之间的关联。这可能为母体和后代代谢健康之间的分子联系提供新的认识。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-25 12:09
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R语言实战系列(三)——数据结构

没有哪一个教程可以满足所有人的需求。在阅读教程时,一边动手操作,一边上网搜索更多相关的知识才会学的更快。

数据不够——缺失值“来凑”

“ 根据将缺失值和缺失值周围距离最近的k个值,其中距离方式可以选择欧式距离和马氏距离,用这k个值的中值或均值代表这个缺失值”

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  • 柚子
  • 发布于 2020-05-26 10:32
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医学科研研究报告

优小白Ulabor,网址 http://www.ulaborbbs.com/ ,欢迎提出宝贵意见!优小白,做一名优秀的科研小白。 by ulaborkz2018

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  • 孔力
  • 发布于 2018-06-25 17:36
  • 阅读 ( 2022 )

怎样使用Sangerbox筛选目标杂志

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-12-17 15:10
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