SXR
拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例
数据准备 1、下载TCGA RNA-Seq数据，我们使用TCGA简易下载工具进行下载，因为我们是做预后所以就没有显著正常样本，如图共有407个样本（这是包含所有可下载的样本，要全部下载就将右上角的复选...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-10-28 16:24
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祝让飞
爽儿
调研图
五年生存率 三年生存率 该怎么计算？
在做生存分析的时候经常会有各种年份的生存率计算，比如手术的五年生存率，某种治疗方法的五年生存率等等，那么我们经常使用K-M法来制作生存曲线，看不同的样本之间的差异，在低分的杂志中五年生存率见得比较少，但在很多大文章中还是比较常见，那么五年生存率是怎么计算的呢
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- 祝让飞
- 发布于 2018-06-23 21:27
- 阅读 ( 31753 )
为什么生存分析时KM法和Cox回归的结论不一致
偶然看到这样的一个问题：R做生存分析关于survdiff函数的问题,让我想起了这个问题有时候K-M法和Cox回归的结论不一样，尤其是在做Cox时是显著的，在使用K-M时却分不开，不显著，很多人在这个时候...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-03-12 08:18
- 阅读 ( 31614 )
干货：基因组注释详解
基因组注释(Genome annotation) 是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因和其他结构高通量注释，是当前研究的一个热点。 基因组注释主要包括五个研究方向： （1）重复序列的识别...
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- SXR
- 发布于 2017-04-01 09:19
- 阅读 ( 30018 )
组学生物
生信分析流
一步一步教你做芯片重注释
这里以GPL570为例 首先我们需要下载GPL570的探针序列： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL570 找到官网链接： 点击进入官网，搜索探针序列：fasta 点击下载，即可得...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-28 15:51
- 阅读 ( 28844 )
GEO数据库及应用场景介绍
NCBI于2000年发起的基因表达汇编（GEO）计划。致力于建立一个基因表达数据仓库和在线资源，用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。 GEO主要包含各种芯片数据，也有少部分测序数据，
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- 生信分析流
- 发布于 2018-09-14 10:40
- 阅读 ( 28636 )
超详细！三种方法来绘制Venn图
“Venn图是我们科学研究中常用的图形之一，今天小编给小伙伴们介绍三种Venn图绘制工具，小伙伴根据自己的要求进行选择，如果小伙伴觉得对你有帮助，欢迎转发与收藏。”
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- 柚子
- 发布于 2020-06-15 15:10
- 阅读 ( 28442 )
柚子
你从没见过的的TCGA下载工具
TCGA新版数据下载之前有很多教程，但是都不是特别方便，这里属性就给大家写一个很方便的下载工具，总共7M,下载即用免安装，还支持断点续传。
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- 生信人
- 发布于 2017-03-31 14:01
- 阅读 ( 28399 )
生信人
TCGA下载工具V12用教程
由于TCGA下载工具之前的版本中用户无法连接TCGA时无法下载，也无法支持GEO数据下载，本次升级将对上述的两个问题进行解决
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- 祝让飞
- 发布于 2017-11-09 16:05
- 阅读 ( 27164 )
TCGA临床病理随访资料解读
很多人问怎么计算病人的生存时间，怎么获取病人的治疗方案，怎么知道病人肿瘤转移位置等等，每个人研究关注点不同，但是TCGA提供了非常详细的病理资料以供不同的研究人员研究，今天就用胃癌作为例子简单讲解一下。
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- 祝让飞
- 发布于 2017-06-12 14:26
- 阅读 ( 26314 )
美吉生物
拿一套GEO数据集用DECenter来花式做差异详解
之前很多人使用DECenter出现各种奇奇怪怪的错误，然后程序猿一直希望将学习成本降到最低，经过多次努力，已更新到了第四版本 这次就用V4来做一下一套GEO芯片数据的差异分析 这套芯片数据为：G...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-10-26 15:20
- 阅读 ( 25754 )
