热门的文章 - 第28页

文献解析（4）这篇研究确定了一个高效的DNA损伤修复相关风险信号作为预测低度胶质瘤预后的指标！

该signature可区分患者的预后，高风险得分患者生存时间短。时间依赖的ROC曲线、Cox回归和Nomogram模型显示生存signature具有独立的预后效果和较高的预后准确性。结合IDH突变状态，这种风险特征可以进一步细分生存期不同的患者。相关基因的功能分析揭示了与signature相关的基因参与细胞周期和DNA修复的生物学过程，同时这些机制已在患者样本中得到证实

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柚子
发布于 2019-11-26 13:32
阅读 ( 3058 )

不畏浮云遮望眼，能发20分杂志的文章，牛逼在何处？

最近从合作医院那里收到这样一条信息。尴尬不，这份清单涵盖了大家所熟知的主流水刊，哦不 sorry，是期刊。物极必反的道理大家都懂，这一现象推广到所有的医院也只是时间问题。当所有

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生信分析流
发布于 2018-12-05 11:06
阅读 ( 3051 )

谁来调控我感兴趣的DNA？100%可行的全面解决方案

本文关心的是直接调控，即哪个蛋白/RNA直接结合我感兴趣的DNA。研究哪个蛋白质结合某段DNA，有两种方法screen： Plan A：大量ChIP-seq公共数据 Plan B：motif分析预测

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生信分析流
发布于 2018-11-16 20:46
阅读 ( 3049 )

火山图快速绘制工具

火山图是差异分析中最直观的可视化方式，通过火山图可以直观的观察到表达倍数的整体分布和差异显著性的整体分布，因此是做差异分析必备的可视化方式之一在这里我们开发了简易版本的火山图绘制...

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admin
发布于 2021-07-14 17:40
阅读 ( 3018 )

快速绘制分组小提琴图工具

“小提琴图 (Violin Plot) 用于显示数据分布及其概率密度”

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柚子
发布于 2020-05-26 09:49
阅读 ( 3018 )

文献解读（1）What?这篇文章为预测预后和发现抗转移药物提供了帮助?

从单细胞测序数据入手，结合多种生物信息方法，筛选了基于scRNA-seq的标记基因，并在大量ccRCC样本中进行了验证。不仅描述了pRCC和mRCC的基因组特征和异质性，还发现了一些MAGs，为预测预后和发现抗转移药物提供了可能的帮助

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柚子
发布于 2019-11-27 17:24
阅读 ( 2975 )

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这

本文转载自“宏基因组”，更多文章跳转公众号阅读宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“...

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刘永鑫
发布于 2017-10-12 23:03
阅读 ( 2965 )

Weinberg教授继的癌症综述

简述了最近10年肿瘤学中的热点和进展，包括细胞自噬、肿瘤干细胞、肿瘤微环境等等，并且将原有的肿瘤细胞六大特征扩增到了十个.

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生信菜鸟团
发布于 2017-05-11 15:26
阅读 ( 2957 )

Python极其简单的分布式异步作业管理系统RQ入门

RQ是一个极其简单的作业管理系统，具有异步、分布式等特点，本文是一个简单的入门教程。

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deepxin
发布于 2017-08-14 17:19
阅读 ( 2953 )

文章分享（三）iCCA的亚型与基因组、表观组、预后以及细胞来源的差异的关系

结合多组学的数据，识别肝内胆管细胞癌的亚型，并对这些亚型拷贝数改变情况、甲基化（如：发生的位置，高甲基化的基因所参与功能）以及各亚型预后等方面进行系统地刻画。

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柚子
发布于 2019-07-25 13:29
阅读 ( 2939 )

简单易用的序列处理工具SeqHandler-v1.0.0介绍

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deepxin
发布于 2017-09-11 11:34
阅读 ( 2935 )

孟德尔随机化之遗传学概述

为了理解孟德尔随机化，我们有必要对遗传学有一个粗略的了解。 1. 读取遗传密码许多生物的遗传信息（或基因组）由长长的一串遗传密码组成，这些遗传密码以DNA（脱氧核糖核酸）的形式?

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米老鼠
发布于 2020-09-13 23:18
阅读 ( 2929 )

表达芯片数据预处理四部曲-N,T,B,Q(normalization,transformation,bac

如果得到了一个可靠的表达矩阵，那么后续的一切分析都不是事，非常简单，分分钟做几百个差异分析，富集分析。但是，如果保证你的表达矩阵是可靠的呢？毕竟一般人也就是从GEO里面直接下载作者处...

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生信菜鸟团
发布于 2017-08-15 07:39
阅读 ( 2921 )

火山图快速绘制工具

前两期公众号给小伙伴们推荐了两个做基因差异分析网页交互式小工具，很多小伙伴私信小编说，用网页小工具做差异分析，结果文件中的火山图默认只展示差异倍数（即logFC）最大的前十个基因。

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柚子
发布于 2020-05-26 11:02
阅读 ( 2918 )

分享一个画堆积柱状图的函数代码

library(ggplot2) library(tidyverse) library(reshape2) plotMutiBar=function(dat,ist=F,xlb='',ylb='',lineCol='black',lineW=0.5,legTitle='Group',showValue=F,showLine=T){ if(ist){...

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祝让飞
发布于 2019-10-15 12:35
阅读 ( 2911 )

MongoDB GridFS初探

本文以简单明了的方式说明了MongoDB GridFS的使用，看完本文章你将能够使用PyMongo来存取GridFS

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deepxin
发布于 2017-06-09 15:12
阅读 ( 2902 )

基本的shell编程知识，都在这里了

shell，一种壳层与命令行界面，是Unix操作系统下传统的用户和计算机的交互界面。第一个用户直接输入命令来执行各种各样的任务。普通意义上的shell就是可以接受用户输入命令的程序。它之所以被称作shell是因为它隐藏了操作系统低层的细节。同样的Unix下的图形用户界面GNOME和KDE，有时也被叫做“虚拟shell”或“图形shell”。