零基础测序分析图表解读大全：老板再也不愁我的文献阅读了! 宏基因组扩增子(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络)
本网内容转载自“宏基因组”公众号，更佳阅读体验、更多相关文章，欢迎点我跳转至公众号。 写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生，感觉图表丰富多样高大上，但根...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:10
- 阅读 ( 4632 )
刘永鑫
在R语言中关于目录的问题小结
在敲了很多R脚本，然后需要互相引用的时候就会遇到路径问题了 1、如果获取当前工作目录使用： getwd() 2、获取R 包安装目录使用: .libPaths()[1] 3、获取R脚本当前目录咋整？ 这个问题其...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-09-30 15:13
- 阅读 ( 4625 )
祝让飞
Windows不用虚拟机或双系统，轻松实现linux shell环境：gitforwindows
windows缺少shell命令支持 用过Linux服务器分析数据的小伙伴，一定对Linux强大Shell命令所折服，经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。 还有想学习Linux Shell命令的小伙伴，一直没有...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-11 23:05
- 阅读 ( 4625 )
一只临床狗如何从零基础学习生信成为生信大神的？敬请期待连载
从来没有想到自己会有这样的幸运，刚刚接到生信人的邀请，成为第一批临床同学加入到生信逆袭训练营，之后的几个月，我将经常性的骑车到生信人位于杭州余杭的总部学习。 对不起，我现在的心情...
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- 王国胜
- 发布于 2017-10-24 22:11
- 阅读 ( 4617 )
王国胜
文献解读（2）早期诊断的生物标记增加：DIS和PIS
通过对消化系统疾病肿瘤微环境的探索，识别出了在消化类癌症中更为有效和精确的诊断和预后标志物。他们的研究全面分析了免疫细胞在DSC诊断和预后中的作用，并且他们识别的DIS和PIS可以用作早期诊断的生物标记和用来预测DSC病人的生存。
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- 柚子
- 发布于 2019-12-02 18:08
- 阅读 ( 4590 )
柚子
文献解读（7）肺ADC中的空间甲基化异质性
为了重建组织形态学模式的克隆进化，本研究对27个原发性肿瘤区域，7个匹配的正常组织和7个ADC病例的6个淋巴结转移进行了整体DNA甲基化分析。结果表明，表观基因组特征的广泛变化有助于原发性ADC和淋巴结转移的分子和表型异质性。
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- 柚子
- 发布于 2019-11-25 13:41
- 阅读 ( 4584 )
真正做到“零基础、零代码、高质量”生物信息学习方法，发表文章，事半功倍
由于现在网络的发达，大部分生物、医学方向的同学都已经知道生物信息学是对 提升科研效率，发文章 是极其有帮助的，然后都想学。 确实，看到这些炫酷的图真是眼馋，加上几幅，文
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- 生信分析流
- 发布于 2018-08-16 17:30
- 阅读 ( 4575 )
生信分析流
多组箱线图（小提琴图）绘制工具
在数据统计和分析过程中经常需要进行多个分组之间的比较，在这里我们开发了 简易的多组比较的 绘图工具，非常简单，支持 小提琴图和箱线图 带点和不带点 四种绘图模式 数据输入界面如下：...
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- admin
- 发布于 2021-07-22 17:16
- 阅读 ( 4565 )
admin
文献解读（1）What?这篇文章为预测预后和发现抗转移药物提供了帮助?
从单细胞测序数据入手，结合多种生物信息方法，筛选了基于scRNA-seq的标记基因，并在大量ccRCC样本中进行了验证。不仅描述了pRCC和mRCC的基因组特征和异质性，还发现了一些MAGs，为预测预后和发现抗转移药物提供了可能的帮助
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- 柚子
- 发布于 2019-11-27 17:24
- 阅读 ( 4545 )
免疫治疗系列（一）——节后第一天，温习故事吧！
我们生物科研工作者对诺贝尔奖一定不感到陌生。今年10月1号， 2018年度诺贝尔生理学或医学奖（我一直觉得这里用个和是不是语法更通顺，但是不重要）颁布的消息刷爆了小
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- 生信分析流
- 发布于 2018-10-08 11:20
- 阅读 ( 4521 )
开挖掘机的老司机告诉你，除了GEO还能挖哪里的数据？
我叫林平之，是一个挖掘机驾驶员，不，应该是莫愁师姐的师弟，呃，有一个小小的问题一直困扰着我。就是要怎么分析别 人家的芯片。GEO虽然好，但感觉Datasets上的芯片真的很少，根本不够用
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- 生信分析流
- 发布于 2018-08-21 11:26
- 阅读 ( 4503 )
文献解读（4）m6A修饰可能和AML疾病的发生发展相关？TP53突变特征与m6A调控基因发生基因组学改变存在一定的关系？m6A对生存有影响？m6A修饰发生基因组学上可以改变相关的临床特征？
m6A：m6A甲基化(Methylation of N6 adenosine) AML：急性髓性白血病（acute myeloid leukemia） OS：整体生存（overall survival） EFS：无事件存活率（event-free survival）
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- 柚子
- 发布于 2019-11-25 11:40
- 阅读 ( 4479 )
文章分享（三）iCCA的亚型与基因组、表观组、预后以及细胞来源的差异的关系
结合多组学的数据，识别肝内胆管细胞癌的亚型，并对这些亚型拷贝数改变情况、甲基化（如：发生的位置，高甲基化的基因所参与功能）以及各亚型预后等方面进行系统地刻画。
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- 柚子
- 发布于 2019-07-25 13:29
- 阅读 ( 4470 )
pre-mRNA中存在的修饰及其对剪接影响
撰文丨苗苗 责编丨迦溆 日前，作为“诺贝尔奖风向标”的拉斯克奖——拉斯克·科什兰医学特殊成就奖颁给了Joan Argetsinger Steitz教授（致敬Joan Steitz！2018年拉斯克特别成就奖获得者），以表
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- 祝让飞
- 发布于 2018-10-09 07:56
- 阅读 ( 4470 )
SXR
豆浆包子
【精品思路在手，高分Paper不愁】转录组数据-免疫微环境精品分析思路（三）
作者刻画了结直肠癌（ CRC）的免疫表型和抗原基因组特征，描绘了肿瘤和免疫细胞的关系，试图揭示肿瘤的逃逸机制并寻找免疫治疗的 biomarker。 思路导图： 数据来源：作者利用 TCGA中结
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- 生信分析流
- 发布于 2019-05-23 11:03
- 阅读 ( 4426 )
张海伦
我学习的R与shell编程笔记，也许可以帮助想要接触的你
在这年末之时，我将之前的笔记都进行了整理和排版，对一些文章进行了删改。感谢简书君，给我的两本笔记加上了连载权限，现在大家已经可以像看一本书一样阅读我写下的东西了。
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- 王诗翔
- 发布于 2018-02-07 20:35
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王诗翔
SCHISM 构建克隆进化树
SCHISM介绍 SCHISM是一种计算工具，旨在推断亚克隆层次结构和肿瘤从体细胞突变的演变。推理过程涉及肿瘤进化的两个基本属性的计算评估：谱系优先规则和谱系分歧规则 基于体细胞突变细胞...
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- 吴婷婷
- 发布于 2018-09-26 17:08
- 阅读 ( 4410 )
吴婷婷
