GEO 芯片数据转换器 转换出的gene symbol和官网给的注释文件不一致

GEO 芯片数据转换器 转换出的gene symbol和官网给的注释文件不一致,可能原因是GEO上数据所用平台种类比较多, 我用的数据平台是GPL6947,大家注意下吧。 TCGA的gene symbol转换我没有去试验,个...

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  • 戴瑨
  • 发布于 2018-03-26 11:25
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分享一个画堆积柱状图的函数代码

library(ggplot2) library(tidyverse) library(reshape2) plotMutiBar=function(dat,ist=F,xlb='',ylb='',lineCol='black',lineW=0.5,legTitle='Group',showValue=F,showLine=T){ if(ist){...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-10-15 12:35
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节后第一篇--如何用生信去挖掘新型甲基化预后标记

节后第一篇推送,首先当然是祝大家节日快乐!! 传统意义上,过完初十五,这个年,才算彻底过完。在节日里我们肯定许下了各种美好心愿,节日过完,该向着我们的目标出发了! 拿一

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  • chris
  • 发布于 2019-03-21 12:53
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三代全长转录组辅助基因预测

三代全长转录组辅助基因预测

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-06 11:17
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文献解析(4)这篇研究确定了一个高效的DNA损伤修复相关风险信号作为预测低度胶质瘤预后的指标!

该signature可区分患者的预后,高风险得分患者生存时间短。时间依赖的ROC曲线、Cox回归和Nomogram模型显示生存signature具有独立的预后效果和较高的预后准确性。结合IDH突变状态,这种风险特征可以进一步细分生存期不同的患者。相关基因的功能分析揭示了与signature相关的基因参与细胞周期和DNA修复的生物学过程,同时这些机制已在患者样本中得到证实

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-26 13:32
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多因素生存分析工具

生存分析是分析生存时间的统计学方法,其因变量需要用生存时间和结局状态两个变量来刻画,可以将终点事件是否发生以及发生终点事件所经历的时间相结合起来。生存分析的主要内容有生存时间的分布...

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  • admin
  • 发布于 2021-09-08 21:28
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生物信息毕业生如何走向应用

自扯自蛋

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-08-17 21:04
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韦恩图快速绘制工具

韦恩图又称文氏图,是科研文章中最常见的图,可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。 在这里我们基于先前的研究集成了一个非常简单的韦恩图工具,使用该工具请引用文献:...

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  • admin
  • 发布于 2021-06-21 15:17
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【资源网站集合2】免费在线编辑工具

【往期回顾】 点击文字跳转: 【功能群】 —专利检索下载网站 SCI Translate 8:科技论文全文翻译利器 在校外也可以访问Web of Science 五款在线 PDF编辑工具(几乎解决所有的PDF问题) PPT模板

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  • 调研图
  • 发布于 2018-09-17 16:26
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193种已发表植物基因组植物

截止 2018 年 4 月,约有 193 种植物完成了基因组测序,详情查看下图:

文章分享(七)m1A甲基化酶基因竟与mTOR存在可靠的联系?

这篇文章研究分析了五种胃肠道肿瘤(GI)患者的TCGA数据。利用cBioPortal的数据,研究了9种已知的癌症m1A相关酶的分子特征。利用多种生物信息学方法,研究了m1A调控因子对其下游信号通路的影响。为了进一步证实这一调控,还利用已发表的数据库中的RNA-seq数据,研究了m1A writer基因 ALKBH3敲除的效果。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-07-29 10:19
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【助研】【博后】【中科院】中科院心理所生物信息实验室助研及博士后招聘启事

王晶研究员研究组主要从事精神疾病多组学数据挖掘的生物信息技术开发以及精神疾病的候选分子标志物研究。目前因研究工作需要,招聘如下人员:   一、岗位需求:助研1人,岗位博士后1人 二...

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  • bioinfo
  • 发布于 2018-03-24 15:53
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孟德尔随机化之遗传学概述

为了理解孟德尔随机化,我们有必要对遗传学有一个粗略的了解。 1. 读取遗传密码 许多生物的遗传信息(或基因组)由长长的一串遗传密码组成,这些遗传密码以DNA(脱氧核糖核酸)的形式?

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  • 米老鼠
  • 发布于 2020-09-13 23:18
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火山图快速绘制工具

前两期公众号给小伙伴们推荐了两个做基因差异分析网页交互式小工具,很多小伙伴私信小编说,用网页小工具做差异分析,结果文件中的火山图默认只展示差异倍数(即logFC)最大的前十个基因。

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  • 柚子
  • 发布于 2020-05-26 11:02
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记一次ORFfinder本地化所遇到的问题

本地化ORFfinder本来是一件相当简单的事情,NCBI已经做的足够简洁,下载ORFfinder二进制文件,然后就可以了,但是我这边却遇到了难题。

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  • deepxin
  • 发布于 2017-09-18 19:47
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勤能补拙,过目不忘,提高m6A助力好记性?中科院王秀杰/杨运桂合作最新成果

CellRes | 王秀杰组联合杨运桂组揭示RNA m6A修饰影响长时记忆形成效率长时记忆的形成(long-term memory formation)是哺乳动物适应环境变化、智力发展所必需的,对于人类的社会活动尤其重要。大脑

一键式的批量生存分析工具

对于表达谱数据,我们经常需要批量的筛选与肿瘤预后显著相关的基因,在这里我们开发了一个可以批量计算 每个基因与预后相关的工具,界面极简化,傻瓜式操作,如下: 完成后,点击载入结果...

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  • admin
  • 发布于 2021-07-26 18:19
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重新定义生信分析

生物信息

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-04-20 11:03
  • 阅读 ( 4643 )

怎样使用Sangerbox进行文献分析

怎样使用Sangerbox进行文献分析 怎样使用Sangerbox进行文献分析 怎样使用Sangerbox进行文献分析

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-12-17 15:08
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