利用这个神经网络模型,作者分别在训练集、验证集和测试集实现了82.8% (AUC = 0.90)、83.0% (AUC = 0.93)和85.7% (AUC = 0.94)的IDH预测精度。当诊断年龄纳入模型时,训练、验证和测试的准确率分别增加到87.3% (AUC = 0.93)、87.6% (AUC = 0.95)和89.1% (AUC = 0.95)。表明这种深度学习技术能够实现非侵入性的高效准确预测II-IV级胶质瘤的IDH基因型,有助于指导治疗决策。
自扯自蛋
library(ggplot2) library(tidyverse) library(reshape2) plotMutiBar=function(dat,ist=F,xlb='',ylb='',lineCol='black',lineW=0.5,legTitle='Group',showValue=F,showLine=T){ if(ist){...
韦恩图又称文氏图,是科研文章中最常见的图,可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。 在这里我们基于先前的研究集成了一个非常简单的韦恩图工具,使用该工具请引用文献:...
节后第一篇推送,首先当然是祝大家节日快乐!! 传统意义上,过完初十五,这个年,才算彻底过完。在节日里我们肯定许下了各种美好心愿,节日过完,该向着我们的目标出发了! 拿一
GEO 芯片数据转换器 转换出的gene symbol和官网给的注释文件不一致,可能原因是GEO上数据所用平台种类比较多, 我用的数据平台是GPL6947,大家注意下吧。 TCGA的gene symbol转换我没有去试验,个...
三代全长转录组辅助基因预测
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前两期公众号给小伙伴们推荐了两个做基因差异分析网页交互式小工具,很多小伙伴私信小编说,用网页小工具做差异分析,结果文件中的火山图默认只展示差异倍数(即logFC)最大的前十个基因。
该signature可区分患者的预后,高风险得分患者生存时间短。时间依赖的ROC曲线、Cox回归和Nomogram模型显示生存signature具有独立的预后效果和较高的预后准确性。结合IDH突变状态,这种风险特征可以进一步细分生存期不同的患者。相关基因的功能分析揭示了与signature相关的基因参与细胞周期和DNA修复的生物学过程,同时这些机制已在患者样本中得到证实
这篇文章研究分析了五种胃肠道肿瘤(GI)患者的TCGA数据。利用cBioPortal的数据,研究了9种已知的癌症m1A相关酶的分子特征。利用多种生物信息学方法,研究了m1A调控因子对其下游信号通路的影响。为了进一步证实这一调控,还利用已发表的数据库中的RNA-seq数据,研究了m1A writer基因 ALKBH3敲除的效果。
截止 2018 年 4 月,约有 193 种植物完成了基因组测序,详情查看下图:
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本网内容转载自“宏基因组”公众号,更佳阅读体验、更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号。 写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生,感觉图表丰富多样高大上,但根...
对于表达谱数据,我们经常需要批量的筛选与肿瘤预后显著相关的基因,在这里我们开发了一个可以批量计算 每个基因与预后相关的工具,界面极简化,傻瓜式操作,如下: 完成后,点击载入结果...
为了理解孟德尔随机化,我们有必要对遗传学有一个粗略的了解。 1. 读取遗传密码 许多生物的遗传信息(或基因组)由长长的一串遗传密码组成,这些遗传密码以DNA(脱氧核糖核酸)的形式?
王晶研究员研究组主要从事精神疾病多组学数据挖掘的生物信息技术开发以及精神疾病的候选分子标志物研究。目前因研究工作需要,招聘如下人员: 一、岗位需求:助研1人,岗位博士后1人 二...
怎样使用Sangerbox进行文献分析 怎样使用Sangerbox进行文献分析 怎样使用Sangerbox进行文献分析
本地化ORFfinder本来是一件相当简单的事情,NCBI已经做的足够简洁,下载ORFfinder二进制文件,然后就可以了,但是我这边却遇到了难题。
windows缺少shell命令支持 用过Linux服务器分析数据的小伙伴,一定对Linux强大Shell命令所折服,经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。 还有想学习Linux Shell命令的小伙伴,一直没有...