2018学术影响力排名前100名期刊推荐!

8月2日,Google Scholar发布了2018年最新的学术期刊影响力排名。

生物信息毕业生如何走向应用

自扯自蛋

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-08-17 21:04
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火山图快速绘制工具

前两期公众号给小伙伴们推荐了两个做基因差异分析网页交互式小工具,很多小伙伴私信小编说,用网页小工具做差异分析,结果文件中的火山图默认只展示差异倍数(即logFC)最大的前十个基因。

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  • 柚子
  • 发布于 2020-05-26 11:02
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文献解析(7)胶质瘤MR预测IDH

利用这个神经网络模型,作者分别在训练集、验证集和测试集实现了82.8% (AUC = 0.90)、83.0% (AUC = 0.93)和85.7% (AUC = 0.94)的IDH预测精度。当诊断年龄纳入模型时,训练、验证和测试的准确率分别增加到87.3% (AUC = 0.93)、87.6% (AUC = 0.95)和89.1% (AUC = 0.95)。表明这种深度学习技术能够实现非侵入性的高效准确预测II-IV级胶质瘤的IDH基因型,有助于指导治疗决策。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-26 14:48
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分享一个画堆积柱状图的函数代码

library(ggplot2) library(tidyverse) library(reshape2) plotMutiBar=function(dat,ist=F,xlb='',ylb='',lineCol='black',lineW=0.5,legTitle='Group',showValue=F,showLine=T){ if(ist){...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-10-15 12:35
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韦恩图快速绘制工具

韦恩图又称文氏图,是科研文章中最常见的图,可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。 在这里我们基于先前的研究集成了一个非常简单的韦恩图工具,使用该工具请引用文献:...

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  • admin
  • 发布于 2021-06-21 15:17
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文献解析(4)这篇研究确定了一个高效的DNA损伤修复相关风险信号作为预测低度胶质瘤预后的指标!

该signature可区分患者的预后,高风险得分患者生存时间短。时间依赖的ROC曲线、Cox回归和Nomogram模型显示生存signature具有独立的预后效果和较高的预后准确性。结合IDH突变状态,这种风险特征可以进一步细分生存期不同的患者。相关基因的功能分析揭示了与signature相关的基因参与细胞周期和DNA修复的生物学过程,同时这些机制已在患者样本中得到证实

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-26 13:32
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Weinberg教授继的癌症综述

简述了最近10年肿瘤学中的热点和进展,包括细胞自噬、肿瘤干细胞、肿瘤微环境等等,并且将原有的肿瘤细胞六大特征扩增到了十个.

节后第一篇--如何用生信去挖掘新型甲基化预后标记

节后第一篇推送,首先当然是祝大家节日快乐!! 传统意义上,过完初十五,这个年,才算彻底过完。在节日里我们肯定许下了各种美好心愿,节日过完,该向着我们的目标出发了! 拿一

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  • chris
  • 发布于 2019-03-21 12:53
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GEO 芯片数据转换器 转换出的gene symbol和官网给的注释文件不一致

GEO 芯片数据转换器 转换出的gene symbol和官网给的注释文件不一致,可能原因是GEO上数据所用平台种类比较多, 我用的数据平台是GPL6947,大家注意下吧。 TCGA的gene symbol转换我没有去试验,个...

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  • 戴瑨
  • 发布于 2018-03-26 11:25
  • 阅读 ( 4947 )

【资源网站集合2】免费在线编辑工具

【往期回顾】 点击文字跳转: 【功能群】 —专利检索下载网站 SCI Translate 8:科技论文全文翻译利器 在校外也可以访问Web of Science 五款在线 PDF编辑工具(几乎解决所有的PDF问题) PPT模板

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  • 调研图
  • 发布于 2018-09-17 16:26
  • 阅读 ( 4944 )

三代全长转录组辅助基因预测

三代全长转录组辅助基因预测

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-06 11:17
  • 阅读 ( 4942 )

学R学系列-序

R语言学习教程-[学R学]:序

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  • 文虎
  • 发布于 2018-01-26 21:36
  • 阅读 ( 4925 )

文章分享(七)m1A甲基化酶基因竟与mTOR存在可靠的联系?

这篇文章研究分析了五种胃肠道肿瘤(GI)患者的TCGA数据。利用cBioPortal的数据,研究了9种已知的癌症m1A相关酶的分子特征。利用多种生物信息学方法,研究了m1A调控因子对其下游信号通路的影响。为了进一步证实这一调控,还利用已发表的数据库中的RNA-seq数据,研究了m1A writer基因 ALKBH3敲除的效果。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-07-29 10:19
  • 阅读 ( 4924 )

文献解读(2)早期诊断的生物标记增加:DIS和PIS

通过对消化系统疾病肿瘤微环境的探索,识别出了在消化类癌症中更为有效和精确的诊断和预后标志物。他们的研究全面分析了免疫细胞在DSC诊断和预后中的作用,并且他们识别的DIS和PIS可以用作早期诊断的生物标记和用来预测DSC病人的生存。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-12-02 18:08
  • 阅读 ( 4919 )

零基础测序分析图表解读大全:老板再也不愁我的文献阅读了! 宏基因组扩增子(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络)

本网内容转载自“宏基因组”公众号,更佳阅读体验、更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号。 写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生,感觉图表丰富多样高大上,但根...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-13 20:10
  • 阅读 ( 4917 )

一键式的批量生存分析工具

对于表达谱数据,我们经常需要批量的筛选与肿瘤预后显著相关的基因,在这里我们开发了一个可以批量计算 每个基因与预后相关的工具,界面极简化,傻瓜式操作,如下: 完成后,点击载入结果...

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  • admin
  • 发布于 2021-07-26 18:19
  • 阅读 ( 4914 )

怎样使用Sangerbox进行文献分析

怎样使用Sangerbox进行文献分析 怎样使用Sangerbox进行文献分析 怎样使用Sangerbox进行文献分析

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-12-17 15:08
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多组箱线图(小提琴图)绘制工具

在数据统计和分析过程中经常需要进行多个分组之间的比较,在这里我们开发了 简易的多组比较的 绘图工具,非常简单,支持 小提琴图和箱线图 带点和不带点 四种绘图模式 数据输入界面如下:...

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  • admin
  • 发布于 2021-07-22 17:16
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孟德尔随机化之遗传学概述

为了理解孟德尔随机化,我们有必要对遗传学有一个粗略的了解。 1. 读取遗传密码 许多生物的遗传信息(或基因组)由长长的一串遗传密码组成,这些遗传密码以DNA(脱氧核糖核酸)的形式?

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  • 米老鼠
  • 发布于 2020-09-13 23:18
  • 阅读 ( 4865 )