文献解析（3）是什么基因分类器竟能应用到头颈癌病人预后以及靶向治疗的药物反应评估中？

HNC：头颈癌（head and neck cancer） HPV：人类乳头状病毒（human papillomaviruses） TCGA：癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas） FFPE：福尔马林固定，石蜡包埋（formalin-fixed, paraffin-embedded） IHC：免疫组化（immunohistochemistry）

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• 柚子
• 发布于 2019-11-26 13:08
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学R学系列-序

R语言学习教程-[学R学]：序

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• 文虎
• 发布于 2018-01-26 21:36
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十年攻克水稻癌症

R基因的表观调控控制水稻稻瘟病抗性与水稻产量平衡 写在前面 上海植生所何祖华老师实验室最新(2月2日)发表在Science上的这篇文章短小精悍地讲了水稻一个locus上的两个基因通过蛋白水平的...

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• SXR
• 发布于 2017-03-30 21:43
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主编亲授：SCI论文写作的几点重要规则

本系列课程原名：“scientific writing for publication”，弗雷赛斯润色主编AliA专门为中国科研者录制，AliA来自UK。 为了让学员更容易听懂，主编专门将语速降低，使用更简单的词语，跟着PPT，相信不会有过多障碍，所以，这也是非常好的听力教材。

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• 王国胜
• 发布于 2018-09-03 16:43
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TreeView使用教程

留坑待填， 补字 补字 补字 补字 补字

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• 祝让飞
• 发布于 2018-04-02 14:46
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CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性

CIRCOS图在有了染色体信息界定绘图区域后，就可以向里面添加离散数据如标记特定的区域或连续数据如展示修饰的丰度等。经过前面部分对CIRCOS基本安装，最简单绘图和调整各部分属性的熟悉后

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• shengxinbaodian
• 发布于 2018-10-26 18:09
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生信文献解读（2）What? 传统识别基因预后标志物的方法存在鲁棒性差，可移植性差的问题得到解决了？

进一步将HiFreSP算法识别到的预后标志物与Lasso cox以及RSF（随机森林）预后模型识别到的标志物的预后能力进行比较，发现HiFreSP预后评估性能和鲁棒性最好。Li等人将HiFreSP算法思想的代码存放在GitHub上（https：//github.com/chunquanlipathway/HiFreSP），以便感兴趣的研究员方便使用。

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• 柚子
• 发布于 2019-08-26 13:34
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宽数据转换成长数据简易工具

处理数据常常会遇到两张数据格式，一种是长数据（long data），另一种是宽数据（wide data）。 以常见的股票收盘价数据为例，表1是长数据常见形式，而表2是宽数据常见形式。而R语言作为处理数...

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• admin
• 发布于 2021-06-27 20:52
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怎样使用Sangerbox进行文献分析

怎样使用Sangerbox进行文献分析 怎样使用Sangerbox进行文献分析 怎样使用Sangerbox进行文献分析

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• 祝让飞
• 发布于 2019-12-17 15:08
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单因素生存分析工具在线版等你来用！R语言都不用安装？

“做cox比例分析和KM曲线结合分析，阈值该怎么选取，数据是否需要标准化等等问题的解决方法”

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• 柚子
• 发布于 2020-05-26 10:25
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韦恩图快速绘制工具

韦恩图又称文氏图，是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。 在这里我们基于先前的研究集成了一个非常简单的韦恩图工具，使用该工具请引用文献：...

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• admin
• 发布于 2021-06-21 15:17
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蛋白-核酸及蛋白-蛋白互作研究

蛋白质或核酸功能的发挥并非依靠自己独立起作用，而是主要通过互作复合物的形式来执行其功能，所以其功能阐释的重点之一是蛋白-核酸或蛋白-蛋白互作研究。我司是国内最早开展分子互作研究的公司...

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• 辉骏生物
• 发布于 2018-11-20 15:49
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文献解读（4）预测前列腺癌患者预后的新型分层框架

这些结果凸显了使用更复杂的方法来分析基因组数据的重要性，可能有助于药物靶向，并允许构建结合DESNT和其他临床因素的列线图用于临床管理。

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• 柚子
• 发布于 2020-04-14 15:25
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一键式的批量生存分析工具

对于表达谱数据，我们经常需要批量的筛选与肿瘤预后显著相关的基因，在这里我们开发了一个可以批量计算 每个基因与预后相关的工具，界面极简化，傻瓜式操作，如下： 完成后，点击载入结果...

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• admin
• 发布于 2021-07-26 18:19
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Excel改变了你的基因名，30% 相关Nature文章受影响，NCBI也受波及

EXCEL是常用的查看表格的工具，提供了很好的数据筛选、绘图等功能，不少基因表达数据也会在EXCEL中打开查看、筛选和排序。还有 3 个超赞的 EXCEL 插件，让你 5 分钟从小白变大神。但是EXCEL也

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• shengxinbaodian
• 发布于 2018-10-26 17:58
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中文速读微生物组(宏基因组)前沿文献——这个可以有

写在前面 微生物组/宏基因组是当今世界生物科学的热门领域，本领域文章也比较多，有没有人在整理和翻译优秀文章的导读呢？让我们可以用母语快速浏览最新进展，并筛选符合自己口味的研究成果...

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-11-13 20:32
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文献解读（4）m6A修饰可能和AML疾病的发生发展相关？TP53突变特征与m6A调控基因发生基因组学改变存在一定的关系？m6A对生存有影响？m6A修饰发生基因组学上可以改变相关的临床特征？

m6A：m6A甲基化(Methylation of N6 adenosine) AML：急性髓性白血病（acute myeloid leukemia） OS：整体生存（overall survival） EFS：无事件存活率（event-free survival）

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• 柚子
• 发布于 2019-11-25 11:40
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GO、KEGG一键化富集分析工具

功能富集分析是解释在不同高通量实验中发现的基因列表的关键步骤，一般我们获得某个基因集（如差异基因）后，希望观察这些基因的功能或者通路时，做富集分析是一种最便捷的方法，在这里我们开发...

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• admin
• 发布于 2021-08-28 21:32
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文献解读（6）一种用于系统计算诊断和预后基因特征的方法研究

该研究开发了一种用于诊断和预后基因signature识别的有效工具箱。它是第一个将meta分析与基因表达分析和ML方法相结合的R软件包工具，用于系统地计算统计上可靠的基因signature。重要的是，该工具不限于特定疾病。该工具为有效分析数据和更好地对疾病进行临床管理打开了新的窗口。

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• 柚子
• 发布于 2019-12-30 17:49
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pre-mRNA中存在的修饰及其对剪接影响

撰文丨苗苗 责编丨迦溆 日前，作为“诺贝尔奖风向标”的拉斯克奖——拉斯克·科什兰医学特殊成就奖颁给了Joan Argetsinger Steitz教授（致敬Joan Steitz！2018年拉斯克特别成就奖获得者），以表

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• 祝让飞
• 发布于 2018-10-09 07:56
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