实战系列(三)模仿4分胃癌发病机制和预后关键基因的文章

DOI : 10.3389/fgene.2018.00265我们桑格助手的读者一定明白给 DOI是为什么,如果万一第一次看本公众号的文章,不明白,我稍稍解释一下,通过DOI可以浏览到文献的全文(我们不说下载(#^.^#)桑格助

Python - 我写代码时如果有一行过长该怎么处理?

Python的编码规范要求每行的长度不超过80,那就就有一个问题,如果我真的需要在一行写80个字符以上的代码怎么办?

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  • deepxin
  • 发布于 2017-06-23 11:31
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Python极其简单的分布式异步作业管理系统RQ入门

RQ是一个极其简单的作业管理系统,具有异步、分布式等特点,本文是一个简单的入门教程。

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  • deepxin
  • 发布于 2017-08-14 17:19
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文献解读(8)CPC特有的DNAm标记的整合可保护一些年轻患者免于由不同原因造成的破坏性和永久性神经系统的损害

DNA甲基化谱分析可将CPTs细分为3个疾病亚组,而CPC特有的DNAm标记的整合可显著改善预后风险的预测,从而可做出明智的治疗决策,从而保护一些年轻患者免于由不同原因造成的破坏性和永久性神经系统的损害。

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  • 柚子
  • 发布于 2020-01-06 15:21
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你想要的宏基因组-微生物组知识全在这

本文转载自“宏基因组”,更多文章跳转公众号阅读 宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-12 23:03
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文献解析(5)表观遗传时钟与共识分子亚型和结直肠癌总体生存率的关系

关于表观遗传年龄加速与癌症结局之间关系上,发现表观遗传年龄加速与CRC肿瘤分子特征相关,是CRC总生存期、年龄和肿瘤分期的重要预测因子,以及结合结肠组织的表观遗传年龄和肿瘤分子特征可以改善CRC的预后预测。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-26 14:29
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学R学系列-03-R,Git和Github(上)

R,Git和Github

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  • 文虎
  • 发布于 2018-06-15 21:12
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文献分享(8)RNA-Seq分析人肺腺癌和鳞状细胞癌中的环状RNA

在该研究中作者分析了NSCLC中的circRNA表达,包括LUAD和LUSC肿瘤及其相邻的正常组织,发现LUAD和LUSC组织不仅具有共同的差异表达模式,而且还具有不同的circRNA表达特征。此外,ROC分析表明hsa_circ_0077837和hsa_circ_0001821具有NSCLC患者的诊断潜力,而hsa_circ_0001073和hsa_circ_0001495可作为NSCLC病理亚型的生物标志物。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-25 19:53
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简单易用的序列处理工具SeqHandler-v1.0.0介绍

简单易用的序列处理工具SeqHandler-v1.0.0介绍

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  • deepxin
  • 发布于 2017-09-11 11:34
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学R学系列-03-R,Git和Github(下)

R,Git和Github

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  • 文虎
  • 发布于 2018-06-15 21:15
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文献解析(1)如何构建关系网络来更好的揭示一些相关的生物学机制?

基因表达谱数据、拷贝数变异数据以及相应的临床数据最终构建了多发性骨髓瘤分子关系网络(M3CN)

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-26 13:09
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CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性

CIRCOS图在有了染色体信息界定绘图区域后,就可以向里面添加离散数据如标记特定的区域或连续数据如展示修饰的丰度等。经过前面部分对CIRCOS基本安装,最简单绘图和调整各部分属性的熟悉后

文献分享(4)联合抑制PD-L2和TGF-β2可能会提高免疫治疗的效果?

缩写: PD-1:Programmed cell death protein 1(程序性细胞死亡蛋白1) PD-L2:Programmed death ligand-2(程序性死亡蛋白配体-2) PDAC:pancreatic ductal adenocarcinoma(胰腺导管腺癌) OS:overall survival(整体生存)

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-25 19:12
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文献解读(8)有助于TNBC的早期诊断的分子标志物有114个?

作者通过差异表达,差异甲基化,药物靶点预测功能富集等方法,强调了差异甲基化以及差异表达基因在TNBC发展过程中的重要角色。研究最终确定了114个DMEGs,它们能够作为分子标志物有助于TNBC的早期诊断。除此之外作者还识别出了一些靶向这些基因的药物。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-25 14:26
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在linux系统下如何使用百度云

有时候数据需要通过网络传输或者备份,百度云是一个不错的选择,今天刚好有这样的一个需求,通过linux下载了大量数据然后想把数据传给另外一个朋友,本着服务器不能被外面访问,只能通过网盘的...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-02-19 10:35
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生信文献解读(2)What? 传统识别基因预后标志物的方法存在鲁棒性差,可移植性差的问题得到解决了?

进一步将HiFreSP算法识别到的预后标志物与Lasso cox以及RSF(随机森林)预后模型识别到的标志物的预后能力进行比较,发现HiFreSP预后评估性能和鲁棒性最好。Li等人将HiFreSP算法思想的代码存放在GitHub上(https://github.com/chunquanlipathway/HiFreSP),以便感兴趣的研究员方便使用。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-08-26 13:34
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文献解读(3)这种网络竟然能预测胃癌生存和化疗获益的深度学习CT signature的开发和验证?

该研究开发并验证了基于深度学习的CT影像学特征,以预测切除的GC患者的生存率,这为当前TNM分期系统提供了额外的预后价值。此外,DeLIS分类器可以识别出从辅助化疗中获益最大的II期和III期疾病的高危患者。

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  • 柚子
  • 发布于 2020-04-07 17:11
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多因素回归模型简易分析工具

内嵌视频 正在内测中,请勿扫码。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-04-10 21:48
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R语言实战系列(一)——R的介绍与安装

1. R 包的下载与安装 1.1 为什么要使用R 包? R 语言下载安装后,有很多基础函数可以使用,满足我们大部分需求。但在进行一些特定的分析时,需要用到一些人开发的R 包。 目前有很多R 包可

不畏浮云遮望眼,能发20分杂志的文章,牛逼在何处?

最近从合作医院那里收到这样一条信息。 尴尬不,这份清单涵盖了大家所熟知的主流水刊,哦不 sorry,是期刊。 物极必反的道理大家都懂,这一现象推广到所有的医院也只是时间问题。当所有