关于Omisc Core WES 计算TMB的一点见解

TMB

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  • chendz
  • 发布于 2019-12-06 11:37
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生信分析云平台产品开发 - 6 生信分析pipeline批量运行与过程控制

一、分析流程的批量运行顺序 二、分析流程的过程控制

表达芯片数据预处理四部曲-N,T,B,Q(normalization,transformation,bac

如果得到了一个可靠的表达矩阵,那么后续的一切分析都不是事,非常简单,分分钟做几百个差异分析,富集分析。但是,如果保证你的表达矩阵是可靠的呢?毕竟一般人也就是从GEO里面直接下载作者处...

缺失值补全和数据标准化工具

在数据分析过程中必然会面临两种问题,一种数据 数据存在缺失,一种是数据没有标准化,在这里我们提供了 一个简易的一体化的工具用于处理数据缺失补全和数据标准化。 界面如下: 工具界面非常...

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  • admin
  • 发布于 2021-07-22 10:45
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MongoDB GridFS初探

本文以简单明了的方式说明了MongoDB GridFS的使用,看完本文章你将能够使用PyMongo来存取GridFS

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  • deepxin
  • 发布于 2017-06-09 15:12
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建模的精髓:可靠性>方法

总结:这篇文章构建模型的方法非常简单,门槛不高。 建模可以有很多角度:关键基因,诊断,复发风险,耐药,转移,预后等等等等 数据可以有多种维度:mRNA miRNA lncRNA,CNV,SNP,甲基化等等等等 要把更多的篇幅放在模型鲁棒性的检验上

如果做一个发表级的单基因在泛癌中的表达与预后的关系的森林图

众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达及与预后的关系。 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析,不用输入数据,鼠标点点点即可,...

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  • admin
  • 发布于 2021-07-20 13:28
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R语言实战系列(一)——R的介绍与安装

1. R 包的下载与安装 1.1 为什么要使用R 包? R 语言下载安装后,有很多基础函数可以使用,满足我们大部分需求。但在进行一些特定的分析时,需要用到一些人开发的R 包。 目前有很多R 包可

微课堂|超大孔填料在蛋白质分离纯化中的应用

超大孔产品层析纯化技术由于其高选择性、灵活性、易放大性等优点,已经成为蛋白质药物纯化中不可或缺的技

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-16 10:16
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怎么高效的使用Sangerbox查文献

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-12-17 15:05
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怎样使用Sangerbox筛选目标杂志

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-12-17 15:10
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生信干货~如何从零开始学生信~教程小结

生信干货~如何从零开始学生信~教程小结 教程都在这

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  • 娄佳成
  • 发布于 2018-03-23 12:20
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中文速读微生物组(宏基因组)前沿文献——这个可以有

写在前面 微生物组/宏基因组是当今世界生物科学的热门领域,本领域文章也比较多,有没有人在整理和翻译优秀文章的导读呢?让我们可以用母语快速浏览最新进展,并筛选符合自己口味的研究成果...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-13 20:32
  • 阅读 ( 3714 )

文献解读(2)基于MRI的放射学模型可在术前预测肝细胞癌患者的5年生存率

该研究构建了一个方便可行的放射学模型,该模型结合了MRI放射学signature和术前临床危险因素,可预测可切除HCC患者的5年生存率。

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  • 柚子
  • 发布于 2020-04-07 16:53
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文献分享(2)患者的生存期和对精准免疫治疗反应的影响

NSCLC:非小细胞肺癌(non–small cell lung cancer) ICIs:免疫检查点抑制剂(Immune checkpoint inhibitors) IC:免疫细胞(immune cell) OS:总体生存(overall survival) PFS:无进展生存期(progression-free survival) TMB:肿瘤突变负荷(tumor mutation burden)

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-25 18:46
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基本的shell编程知识,都在这里了

shell,一种壳层与命令行界面,是Unix操作系统下传统的用户和计算机的交互界面。第一个用户直接输入命令来执行各种各样的任务。 普通意义上的shell就是可以接受用户输入命令的程序。它之所以被称作shell是因为它隐藏了操作系统低层的细节。同样的Unix下的图形用户界面GNOME和KDE,有时也被叫做“虚拟shell”或“图形shell”。

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  • 王诗翔
  • 发布于 2018-02-05 14:16
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主编亲授:SCI论文写作的几点重要规则

本系列课程原名:“scientific writing for publication”,弗雷赛斯润色主编AliA专门为中国科研者录制,AliA来自UK。 为了让学员更容易听懂,主编专门将语速降低,使用更简单的词语,跟着PPT,相信不会有过多障碍,所以,这也是非常好的听力教材。

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  • 王国胜
  • 发布于 2018-09-03 16:43
  • 阅读 ( 3670 )

文章解读汇总

本期汇总的文章来自优质微信公众号:弗雷赛斯 如果大家喜欢可以关注一下。 1.通过几个特征分类方法和明星TMB找关系 2.通过肿瘤干细胞特征和免疫微环境识别潜在靶向药物 3.利用共表达...

文献分享(6)对表观遗传酶进行综合泛癌分析揭示了癌症中表观基因组失调的普遍模式

该研究表明存在超越癌症类型的表观基因组失调的普遍模式,并且全基因组DNA低甲基化和高甲基化的肿瘤内水平由不同的过程控制。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-11-25 19:34
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数据不够——缺失值“来凑”

“ 根据将缺失值和缺失值周围距离最近的k个值,其中距离方式可以选择欧式距离和马氏距离,用这k个值的中值或均值代表这个缺失值”

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  • 柚子
  • 发布于 2020-05-26 10:32
  • 阅读 ( 3637 )