一键式WGCNA使用教程参数详解

一键式WGCNA总共需要输入两个文件,九个参数,界面如下: 1、表达谱文件:一个表头为样本,第一列为基因名称的表格矩阵 2、样本文件:一个第一列为样本,后面各列为定义的为样本表型的矩阵...

两篇文章一字之差,影响因子差了三倍,他们都干了啥?(第二篇)

话不多说先上图: 最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程,检索素材时发现了一篇文章,哦不,是两篇,他们长的几乎一样,且看: Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-e...

两篇文章一字之差,影响因子差了三倍,他们都干了啥?(第一篇)

话不多说先上图: 最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程,检索素材时发现了一篇文章,哦不,是两篇,他们长的几乎一样,且看:Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-exp...

一篇典型的WGCNA文章解读

我们鉴定了两个模块和10个hub基因,这些基因与OSCC的肿瘤发生有关。 这两个模块提供的参考将促进对OSCC中肿瘤发生机制的理解。 此外,hub基因可以作为生物标志物和治疗靶标,用于未来OSCC的精确诊断和治疗。

服务器里删过SSL的后遗症,R不能正常的安装包了,错误:status was 'Peer certificate cannot be authenticated with given CA certificates

技术不小心删了openssl,然后没挽救回来,通过各种折腾终于能进系统了,各方便都感觉修复了,唯独这个R无法正常的使用install.packages和biocLite来安装依赖包,究其原因则是CA证书错误,status...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-10-11 11:18
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第三篇lncRNA signature的文章解析,IF五分胶质瘤

这是一篇比较老的建模的文章,发表在Neurobiology of Disease上,目前影响因子五分多点。 Long non-coding RNA expression profiles predict clinical phenotypes in glioma 本文从lncRNA...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-10-09 17:06
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两篇胃癌lncRNA signature文章解读之二(IF=3.2)

这是一篇2017年的文章,文章从lncRNA的角度筛选lncRNA signature,该文章发表在Journal of Cancer上,影响因子如下: 文章题目为:Differentially Expressed lncRNAs in Gastric Cancer Patien...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-10-09 09:06
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pre-mRNA中存在的修饰及其对剪接影响

撰文丨苗苗 责编丨迦溆 日前,作为“诺贝尔奖风向标”的拉斯克奖——拉斯克·科什兰医学特殊成就奖颁给了Joan Argetsinger Steitz教授(致敬Joan Steitz!2018年拉斯克特别成就奖获得者),以表

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-10-09 07:56
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两篇胃癌lncRNA signature文章解读之一(IF=7.7)

这是一篇2016年的文章,文章从lncRNA的角度筛选lncRNA signature,该文章发表在Molecular Cancer上,影响因子如下: 下面我们一起来解析一下这篇文章 文章标题如: 看signature大体思路...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-10-08 21:01
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免疫治疗系列(一)——节后第一天,温习故事吧!

     我们生物科研工作者对诺贝尔奖一定不感到陌生。今年10月1号, 2018年度诺贝尔生理学或医学奖(我一直觉得这里用个和是不是语法更通顺,但是不重要)颁布的消息刷爆了小

ConsensusCluster未选择最优阈值的用法案例

我们常用ConsensusCluster来做聚类或者寻找分子亚型,常见的用法是考虑CDF下降坡度稳定小,比如图B、D中应该是k=5,然而有时候选择该值未必完全遵循此规律。 比如这篇CCR的文章,就没有按照...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-10-08 09:10
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Cell:首次解析出CRISPR-Cas13d的三维结构

源自最初在细菌中发现的基因,CRISPR被描述为“分子剪刀”。它将一段遗传密码换成另一段遗传密码。在CRISPR-Cas9系统中,Cas9是切割DNA的酶。 图片来自Cell, doi:10.1016/j.cell.2018.09.001。 在过去

关于细胞自噬,这些你都知道吗?

细胞自噬是指在自噬相关基因的调控下,利用溶酶体降解自身受损的细胞器及大分子物质的过程,以此维持细胞自身的需要及细胞器的更新。 一、细胞自噬的基本概念及特征 1、自噬的过程

SCHISM 构建克隆进化树

SCHISM介绍 SCHISM是一种计算工具,旨在推断亚克隆层次结构和肿瘤从体细胞突变的演变。推理过程涉及肿瘤进化的两个基本属性的计算评估:谱系优先规则和谱系分歧规则   基于体细胞突变细胞...

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  • 吴婷婷
  • 发布于 2018-09-26 17:08
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文章解读——基于20个基因的预后模型预测肺腺癌的生存

基于20个基因的预后模型预测肺腺癌的生存 Twenty-gene-based prognostic model predicts lung adenocarcinoma survival 肺腺癌(LAC)占非小细胞肺癌的一半以上,它具有高发病率和死亡率...

【资源网站集合2】免费在线编辑工具

【往期回顾】 点击文字跳转: 【功能群】 —专利检索下载网站 SCI Translate 8:科技论文全文翻译利器 在校外也可以访问Web of Science 五款在线 PDF编辑工具(几乎解决所有的PDF问题) PPT模板

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  • 调研图
  • 发布于 2018-09-17 16:26
  • 阅读 ( 157 )

GEO数据库及应用场景介绍

NCBI于2000年发起的基因表达汇编(GEO)计划。致力于建立一个基因表达数据仓库和在线资源,用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。 GEO主要包含各种芯片数据,也有少部分测序数据,

人类lncRNA 简介

Part 1.目前研究相对比较透彻的lncRNA汇总 与癌症相关lncRNA lncRNA长度Cytoband癌症类型HOTAIR2158nt12q13.13乳腺癌MALAT1/a/NEAT27.5 kb11q13.1乳腺癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、宫颈癌、前...

MALAT-1简介

MALAT-1的发现2003年,Ji等从初期非小细胞肺癌患者的肿瘤细胞中筛选出数个差异表达基因,其中包括含一个与肺癌转移和预后相关的未知转录物,采用RACE法扩增到一个长约940nt的片段,经检索比对...

R包装不上怎么办?不用怕分分钟教你如何搞定

最近小编发现大家再用小工具时候总是有一些R包安装不上,今天小编交给大家一个方法。这个是很多免安装的R包提供给大家,欢迎大家使用

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  • 发布于 2018-09-10 17:20
  • 阅读 ( 191 )