cBioportal (含TCGA)数据的分组与下载

TCGA基因表达的数据分组、数据下载

• 1
• 3
• weilong
• 发布于 2023-02-01 13:21
• 阅读 ( 4171 )

关于国际期刊预警的整理

对于期刊和过去自己一些文章的检查，可以参考中科院amend学术论文预警系统

• 0
• 0
• chris
• 发布于 2023-01-31 13:22
• 阅读 ( 4104 )

雷达图绘制工具

所谓雷达图（Radar Chart），又可称为戴布拉图、螂蛛网图（Spider Chart），起先是财务分析报表的一种，目前在医学领域内作为一种能对多变量资料进行综合分析的图形。它是以一点为中心，每一变量为一轴，有n个变量即形成n轴的由内向外放射状图形。

• 0
• 0
• 沈玮涛
• 发布于 2022-02-18 11:37
• 阅读 ( 4968 )

单基因泛癌分析工具

从早先的2.0版本更新而来，拆分成不同的部分，每个部分均可以定制分析

• 0
• 3
• admin
• 发布于 2021-11-10 18:11
• 阅读 ( 5714 )

桑基图绘制工具

桑基图主要由边、流量和支点组成，其中边代表了流动的数据，流量代表了流动数据的具体数值，节点代表了不同分类。边的宽度与流量成比例地显示，边越宽，数值越大。他常用与观察样本在不同亚组中...

• 0
• 0
• admin
• 发布于 2021-11-10 17:26
• 阅读 ( 5942 )

支持两千多个芯片平台的简易ID转换工具

基因ID转换是做数据分析过程中最常见的工作，在这里我们整理了两千多个基因芯片平台的注释基因，利用genecard 进行了统一的匹配，提供了一个简易的ID转换工具。简易的输入界面： 点击 开始分...

• 0
• 0
• admin
• 发布于 2021-11-08 21:21
• 阅读 ( 6345 )

小白福音：TCGA突变瀑布图简易个性化绘制工具

突变相关分析的时候我们经常会选择瀑布图进行展示，瀑布图看起来十分的复杂高端，TCGA数据库中提供了近30种肿瘤的外显子测序数据，在这里我们开发了一个 个性化的工具 可以快速的展示指定基因在...

• 0
• 0
• admin
• 发布于 2021-10-25 12:07
• 阅读 ( 7327 )

最新5+套路：免疫基因对已成过去式，新的对子再次出发！细胞与细胞相互作用换个角度看肿瘤预后

说起了小编很感慨，在19年的时候我们推出了免疫基因对的思路，并且当时做了好些个大肿瘤，伴随着早先的文章见刊，后面被录成了套路视频，各种层出不穷的基因对如火山般的爆发，尽管这个套路我们...

• 0
• 0
• admin
• 发布于 2021-10-18 14:29
• 阅读 ( 6246 )

动态列线图简易绘制工具

同样是构建多因素回归模型，往往我们另一个主要目的是为了对结局事件的发生风险进行预测，那么是否也可以将预测模型的结果，像森林图那样可视化地展示出来呢?列线图(Nomogram)是一种最佳的展示...

• 0
• 1
• admin
• 发布于 2021-10-17 18:04
• 阅读 ( 6874 )

一步一步教你做热图，从简单到复杂

热图（heatmap）是分子生物学文章里（尤其是microarray, RNA-seq相关论文）经常出现的图片，热图可以： 1）直观呈现多样本多个基因的全局表达量变化； 2）呈现多样本或多基因表达量的聚类关系...

• 0
• 10
• admin
• 发布于 2021-10-12 16:04
• 阅读 ( 37629 )

简易一致性聚类分析软件（ConsensusClusterPlus）

一致性聚类是一种为确定数据集中可能的聚类的数量和成员提供定量证据的方法，例如作为微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用，在那里发现了新的疾病分子亚类。 一致性聚类方...

• 0
• 0
• admin
• 发布于 2021-10-09 17:31
• 阅读 ( 7567 )

一键计算泛癌中基因表达与肿瘤干性指数的关系

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 肿瘤细胞干性与基因表达的关系，我们从先前的研究中（Machine Learning Identif...

• 0
• 1
• admin
• 发布于 2021-10-07 12:06
• 阅读 ( 6030 )

一键获取基因在不同肿瘤中不同临床分期的表达差异

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 不同临床分期与基因表达的关系，比如T、N、M、Stage、性别和年龄。 在这里我们...

• 0
• 4
• admin
• 发布于 2021-10-07 11:17
• 阅读 ( 7767 )

一键计算泛癌中基因表达与TMB、MSI、purity、ploidy、HRD、LOH、新抗原的关系

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 基因组异质性与基因表达的关系，比如 TMB：肿瘤突变负荷，TMB与PD-1/PD-L1抑制...

• 0
• 0
• admin
• 发布于 2021-10-05 11:51
• 阅读 ( 6724 )

如何做一个发表级的单基因在泛癌中基因组突变表达差异分析

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 基因组变异与基因表达的关系 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析，...

• 0
• 0
• admin
• 发布于 2021-09-30 14:24
• 阅读 ( 2535 )

一键式获取基因在泛癌中的突变特征（棒棒糖图）

本工具是单基因在肿瘤中突变的棒棒糖图的升级版，目前的所有分析中工具只能查看单个肿瘤的单个基因的突变棒棒糖图如下： 而本工具则提供了所有肿瘤中的突变信息 在 网页下方 有详细的数据描述...

• 0
• 0
• admin
• 发布于 2021-09-30 13:47
• 阅读 ( 2990 )

基因集变异分析（GSVA）分析工具介绍

基因富集分析（Gene set enrichment analysis，GSEA）需要预先有一个有生物学意义的基因集（如同一个通路中的基因），再将基因集内（具有相同意义/功能）的基因一并计算并归纳为单个富集分数。...

• 1
• 1
• admin
• 发布于 2021-09-30 11:49
• 阅读 ( 8821 )

用lasso做预后模型的简易工具

Lasso是Least Absolute Shrinkage and Selection Operator的简称，是一种采用了L1正则化（L1-regularization)的线性回归方法，采用了L1正则会使得部分学习到的特征权值为0，从而达到稀疏化和特...

• 0
• 0
• admin
• 发布于 2021-09-16 20:15
• 阅读 ( 4335 )

预后模型与预后和基因表达热图绘制

在做预后建模的文章中，经常需要 观察预后模型与模型中基因表达的关系，比如这篇文章(Development of an Immune-Related Prognostic Signature in Breast Cancer)中的Fig3,这篇文章(Identificat...

• 0
• 0
• admin
• 发布于 2021-09-16 14:26
• 阅读 ( 2660 )

ROC简易分析工具使用

ROC分析主要针对 存在一组真实的连续型数值数据设定阈值的不同对响应变量（二分类）的影响（真阳性率、假阳性率），它常用于 模型的构建过程中对结果预测的性能的一个评估，我们主要分为两类...

• 0
• 0
• admin
• 发布于 2021-09-15 15:07
• 阅读 ( 3021 )