4分+纯生信分析:免疫结合病毒如何实现抗肿瘤作用

大家好, 今天和大家分享的是 2020 年 4 月发表在Biomed Pharmacother(IF:4.545)上的一篇文章,作者通过网络药理学结合生物信息学方法,分析了传统中药——家蚕对于肝癌的药理机制。 标题:Study on th

文献解读(4)识别与m6A相关的mRNA Signature 来预测胰腺癌患者的预后情况

发表期刊:Mol Ther Oncolytics 发表日期:2020 Apr 29 影响因子:5.71 DOI: 10.1016/j.omto.2020.04.011

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  • 柚子
  • 发布于 2020-06-17 14:20
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读了这篇文章,你也能无代码生信分析发四分SCI

其实前段时间小编已经给大家分享了单基因泛癌分析,拿着自己研究的基因,通过Sangger box云平台就可以得到了属于自己的单基因分析报告(如果有兴趣的话可以去翻一下那篇文章) 强调:代码编程和网页小工具只是数据分析方法,重要是研究思路,如何将分析结果将生物学含义联系起来才是至关重要的点。 下面这篇文章的分析内容比小伙伴们拿到的那份分析报告内容少了很多,但是文章分数却不低,文章的题目虽然是关于胃癌的,但是作者研究的研究思路却是泛癌,值得小伙伴们借鉴。一起来看看吧!

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  • 发布于 2020-06-16 09:39
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文献解读(3)在AML中是否存在RNA剪切差异?

发表期刊:Clinical Cancer Research 发表日期:2020 Mar 2. 影响因子:8.91 DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-20-0184

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  • 发布于 2020-06-15 15:51
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文献解读(2)在鉴别肺腺癌患者与预后相关 immune signatures

发表期刊:Cellular Oncology 发表日期:2020 May 28 影响因子:5.52 DOI: 10.1007/s13402-020-00515-7

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  • 发布于 2020-06-15 15:47
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文献解读(1)用免疫风险评分预测黑色素瘤转移的风险

发表期刊:Front Bioeng Biotechnol 发表日期:2020 Mar 31 影响因子:5.12 DOI:10.3389/fbioe.2020.00206

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  • 发布于 2020-06-15 15:37
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高颜值的相关性计算工具——你爱了吗!

相关性基础知识 “ 相关表和相关图可反映两个变量之间的相互关系及其相关方向,但无法确切地表明两个变量之间相关的程度。 相关系数是用以反映变量之间相关关系密切程度的统计指标。相关系数是按积差方法计算,同样以两变量与各自平均值的离差为基础,通过两个离差相乘来反映两变量之间相关程度;着重研究线性的单相关系数 ”

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  • 发布于 2020-06-15 15:25
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继“Venn图”之后的新秀“山峦图”

“Sangerbox云平台有交互式、可视化分析,无需会编程,只需将数据进行简单整理,点击鼠标,即可出图,快速便捷,很是厉害”

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  • 发布于 2020-06-15 15:21
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TCGA RNA测序ID转换一文就够

“为了解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题,话不多说直接看教程,干货满满”

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  • 发布于 2020-06-15 15:17
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超详细!三种方法来绘制Venn图

“Venn图是我们科学研究中常用的图形之一,今天小编给小伙伴们介绍三种Venn图绘制工具,小伙伴根据自己的要求进行选择,如果小伙伴觉得对你有帮助,欢迎转发与收藏。”

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  • 发布于 2020-06-15 15:10
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如何解决生信新手分析时常常遇到的数据问题

参考文献 Wagner, G.P., Kin, K. & Lynch, V.J. Measurement of mRNA abundance using RNA-seq data: RPKM measure is inconsistent among samples. Theory Biosci. 131, 281–285 (2012).

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  • 发布于 2020-06-15 15:03
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快速上手的中文版GSEA工具!

为了解决四个难题我们设计开发了“GSEA简易分析工具”和” GSEA结果可视化工具”

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  • 发布于 2020-06-15 14:53
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必看!绘制高颜值图的秘诀!

“在生信分析之前对数据进行清洗,其过程对后续的分析起的重要的作用,有时直接影响结果的好坏”

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  • 发布于 2020-06-15 14:46
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多种生信套路组合——发4分的文章

这篇文章今年1月份发表在J Cell Mol Med上;文章只有两套数据,一套训练集和一套验证集;作者构建的模型AUC也不是很高,但是文章的分数发了4.6分。 主要原因是作者能够将很多常规分析串起来,这些分析大家在泛癌课程和之前分享的文章、小工具推文中大家都接触过。 所以小编提议大家多看文章,英文看不懂,没有关系,可以先看小编的解读,再看看原文,锻炼自己的思维。

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  • 发布于 2020-06-10 23:20
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爱学习:手把手教你复现一篇Nature子刊的基于WGCNA的生信分析+实验验证的文章

“Identifcation of the key genes and pathways involved in the tumorigenesis and prognosis of kidney renal clear cell carcinoma” 肾脏肾透明细胞癌的发生,发展及预后的关键基因和途径的鉴定 发表于: 2020年3月6日, Scientific Reports 杂志上,还是热乎的。

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  • 发布于 2020-05-29 18:50
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快速差异分析工具——limma包

limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具,目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法,它既可以对芯片数据进行差异分析,也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。

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  • 发布于 2020-05-26 19:47
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limma快速差异分析工具!

limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具,目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法,它既可以对芯片数据进行差异分析,也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。

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  • 柚子
  • 发布于 2020-05-26 11:53
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更新了!多数据集合并及去除批次效应工具使用详解!

批次效应表示样品在不同批次中处理和测量产生的试验期间记录与任何生物变异无关的技术差异。

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  • 发布于 2020-05-26 11:36
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limma的两个弟弟:edgeR和DESeq2

01 — 研究背景 上一篇公众号我们为大家详细的介绍了R软件包limma筛选差异基因,limma包做差异分析要求数据满足正态分布或近似正态分布,如基因芯片、TPM格式的高通量测序数据。随着高...

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  • 发布于 2020-05-26 11:09
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火山图快速绘制工具

前两期公众号给小伙伴们推荐了两个做基因差异分析网页交互式小工具,很多小伙伴私信小编说,用网页小工具做差异分析,结果文件中的火山图默认只展示差异倍数(即logFC)最大的前十个基因。

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  • 发布于 2020-05-26 11:02
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