零代码系列之三教你如何进行功能富集

上一节课讲解如果使用工具盒中一键式WGCNA软件并且找到共表达模块,那么接下来我们看下如何获取目标模块基因集,已经目标模块的具体有哪些功能。1、功能模块基因获取;2、在线富集分析操作步骤;3、富集结果两种可视化方法。

零代码系列之三教你如何看懂WGCNA分析结果

上一节课已经成体系的讲解数据下载到处理完成完整过程,本节可开始讲解如何一键式WGCNA工具使用。1、WGCNA方法总结;2、一键式WGCNA操作说明;3、结果的解读以及参数的调试;4、目标模块分析。

零代码系列之三教你如何做WGCNA数据准备

上一节课我们已经通篇解析待复现文章的整体思路,那么接下来开始我们正题数据预处理,1、GEO数据下载;2、数据选择已经多种标准化处理方法;3、缺失值补全;4、箱线图绘制;5、临床特征样本信息准备。那么下一节就是我们的重头戏,怎么使用一键式WGCNA已经模块筛选。

零代码系列之三教你如何做WGCNA开篇复现文章解析

最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程,检索素材时发现了一篇文章,哦不,是两篇,他们长的几乎一样但是分数却相差近三倍,我们的目的就是零代码完美复现1、数据采用GEO公开数据集;2、老思路,通过sangerbox中的DEcenter来实现差异基因筛选,想必大家已经并不陌生;3、重头戏,sangerbox中的一键式WGCNA分析使用以及讲解老师的个人经验分享;4、结合临床信息筛选关键模块,通过万能的excel实现;5、hub基因筛选,以及预后相关性,在线网站统统搞定;6、最后就是外部数据验证。

不畏浮云遮望眼,能发20分杂志的文章,牛逼在何处?

最近从合作医院那里收到这样一条信息。 尴尬不,这份清单涵盖了大家所熟知的主流水刊,哦不 sorry,是期刊。 物极必反的道理大家都懂,这一现象推广到所有的医院也只是时间问题。当所有

对方向扔了一个赤果果的生信分析SCI思路

很久没有写稿子了,今天给大家分享一篇纯生信的SCI,思路简单粗暴。文章2017年发表在Oncotarget上(虽然已经牺牲了),但是我们可以取其精华呀,只要还有值得我们学习的地方,我们就挖掘出来。

保藏微生物菌种方法

各种微生物由于遗传特性不同,因此适合采用的保藏方法也不一样。一种良好的有效保藏方法,首先应能保持原菌种的优良性状长期不变,同时还须考虑方法的通用性、操作的简便性和设备的普及性。下面介绍几种常用的菌种保藏方法:

双向电泳(2D电泳)实验技术

双向电泳(Two-dimensional electrophoresis)的基本原理是利用蛋白质的等电点(pI)和分子量(Mr)不同而分离蛋白质:第一向电泳——等电聚焦(Isoelectric Focusing,IEF)根据蛋白质的等电点不同将蛋白质分离,第二向电泳——十二烷基硫酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳(Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis, SDS—PAGE)利用蛋白质的分子量大小不同将蛋白质分离。

用TCGA数据不用编程轻轻松松构建CeRNA网络

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。

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  • 发布于 2018-11-23 18:02
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腺病毒实验5大问题及解决对策

如何解决细胞感染病毒后高死亡率的问题? 1) 一些细胞株有类似E1区活性 若一定要使用该细胞株,改用较低MOI。 2) 细胞内含有内源性病毒(野生型腺病毒可产生辅助病毒样作用,使非重组腺病毒也能 感染细胞),更换冻存的细胞,初代培养的较适用。 3) 建议先进行目的细胞的转染预实验。

重组腺病毒8大优点

1 、宿主范围广,对人致病性低这套腺病毒载体系统可广泛用于人类及非人类蛋白的表达。 腺病毒可感染一系列哺乳动物细胞,因此在大多哺乳动物细胞和组织中均可用来表达重组蛋 白。 2、 在增殖和非增殖细胞中感染和表达基因 逆转录病毒只能感染增殖性细胞,因此 DNA 转 染不能在非增殖细胞中进行,而必须使细胞处于持续培养状态。腺病毒则能感染几乎所有的细 胞类型,除了一些抗腺病毒感染的淋巴瘤细胞。腺病毒是研究原代非增殖细胞基因表达的最佳 系统,它可以将转化细胞和原代细胞中得到的结果直接进行对比。

他山之石可以攻玉:又能发SCI,毕业了!

《诗经》里有一句话一直广为流传。“他山之石,可以攻玉”,意思是别的山头的石头坚硬,可以琢磨玉器。 作为一只科研汪,在科研上,我们同样可以借用“别人山头的石头”,来琢磨“

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  • 发布于 2018-11-21 13:26
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辉骏生物—串联亲和纯化/质谱(Tandem affinity purification,TAP/MS)

服务简介TAP/MS是Co-IP/MS的“近亲”,两者在寻找诱饵蛋白的互作蛋白以及纯化互作蛋白的原理方面非常相似。但是TAP/MS经过2步亲和纯化,而Co-IP/MS只有1步亲和纯化,故而TAP/MS可以有效减少非特异...

蛋白-核酸及蛋白-蛋白互作研究

蛋白质或核酸功能的发挥并非依靠自己独立起作用,而是主要通过互作复合物的形式来执行其功能,所以其功能阐释的重点之一是蛋白-核酸或蛋白-蛋白互作研究。我司是国内最早开展分子互作研究的公司...

谁来调控我感兴趣的DNA?100%可行的全面解决方案

本文关心的是直接调控,即哪个蛋白/RNA直接结合我感兴趣的DNA。研究哪个蛋白质结合某段DNA,有两种方法screen: Plan A:大量ChIP-seq公共数据 Plan B:motif分析预测

CeRNA终篇-生存分析优化CeRNA网络

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。作为本系列的最后一讲,给大家介绍工具盒中批量生存分析和MRE统计算法,对ceRNA网络进行最后优化。

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  • 发布于 2018-11-16 17:30
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CeRNA网络美化篇

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要通过相关性优化ceRNA网络,去除大量假阳性位点。

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  • 发布于 2018-11-16 16:14
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miRNA与lncRNA的关系网络构建

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要lncRNA与miRNA的关系对构建。

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  • 发布于 2018-11-16 14:48
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miRNA-mRNA网络构建

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要mRNA-miRNA的互作网络构建。

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  • 发布于 2018-11-16 14:27
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零代码对不同类型的RNA Seq数据进行差异分析

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要讲解TCGA中不同类型RNA-Seq数据差异分析方法。

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  • 发布于 2018-11-16 13:31
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