文章 - 第10页 - 生信人

生信分析云平台产品开发 - 2样本信息处理

生信分析云平台开发 - 2样本信息处理

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豆浆包子
发布于 2019-08-28 23:10
阅读 ( 3191 )

生信文献解读（3）乳腺癌组织病理学与蛋白基因组学相关分析

这篇文章分析揭示了整合形态学信息和分子数据，使人们对组织形态学调控和蛋白质这一过程有更深的理解，有助于对癌症生物学和预后预测产生新的见解。

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柚子
发布于 2019-08-26 14:54
阅读 ( 3479 )

生信文献解读（2）What? 传统识别基因预后标志物的方法存在鲁棒性差，可移植性差的问题得到解决了？

进一步将HiFreSP算法识别到的预后标志物与Lasso cox以及RSF（随机森林）预后模型识别到的标志物的预后能力进行比较，发现HiFreSP预后评估性能和鲁棒性最好。Li等人将HiFreSP算法思想的代码存放在GitHub上（https：//github.com/chunquanlipathway/HiFreSP），以便感兴趣的研究员方便使用。

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柚子
发布于 2019-08-26 13:34
阅读 ( 2805 )

生信文献解读（1）多组学数据的生存分析识别胰腺癌中的预后标志物

文章通过对TCGA中的PDAC甲基化以及表达等数据进行分析，使用差异表达，生存分析，功能富集等生信方法，最终识别出了PDAC的预后标志物。

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柚子
发布于 2019-08-26 13:15
阅读 ( 6830 )

生信文献解读（1）多组学数据的生存分析识别胰腺癌中的预后标志物

文章通过对TCGA中的PDAC甲基化以及表达等数据进行分析，使用差异表达，生存分析，功能富集等生信方法，最终识别出了PDAC的预后标志物。

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柚子
发布于 2019-08-26 12:22
阅读 ( 1701 )

生信分析云平台产品开发 - 1简单需求分析及技术实现

我的生信生产系统/全自动分析系统开发过程- 1简单需求分析及技术实现起因/背景几张图片实践问题一，图形化替代命令行脚本交互实践问题二，解决迁移部署问题实践问题三，解决环境搭建、软件安装问题需求：分析流程（pipeline）能够快速部署迁移技术实现：使用虚拟化技术：最终软件架构设计如图：自动运行结构如图（针对Illumina机型）：

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豆浆包子
发布于 2019-08-21 17:19
阅读 ( 4196 )

小编：无话可说-----我从未见过如此……细致之文章

最近小编读到一篇关于 m6A 修饰的文章，完全被震撼和折服了！！思路之清晰、手段之全面、机制之详尽，让小编甘愿奉上自己的膝盖 …… 毫不夸张的说够得上 Cell 级别（但是为什么没发 Cell

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生信分析流
发布于 2019-08-21 09:37
阅读 ( 3287 )

生信文章解析（第八篇）胃癌中m6A修饰的减少预示恶性表型以及Wnt/PI3K-Akt信号通路增强

文章结合CG的表达信息，采用功能富集生存分析等方法推断出m6A-损失介导致癌信号传导（例如Wnt和PI3K-Akt）可以优先促进GC进展，系统的阐明了m6A在GC中的临床病理学作用，研究了m6A对肿瘤功能抑制及其潜在分子机制。

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柚子
发布于 2019-08-15 11:29
阅读 ( 7258 )

生信文章解析（第七篇）非小细胞肺癌中免疫应答相关的突变特征以及驱动基因

研究非小细胞肺癌免疫应答相关的signature的文章，整合了113例经过ICB治疗的非小细胞肺癌样本的体细胞突变谱以及临床信息。研究的目的是刻画经ICB治疗的非小细胞肺癌患者的突变特征和预后。

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柚子
发布于 2019-08-15 10:44
阅读 ( 7816 )

生信文章解析（第六篇）揭示MuBC的分子结构

通过研究MuBC和IDC样本之间基因表达，拷贝数和突变水平的差异，揭示MuBC的分子结构，表明MUC2基因的DNA甲基化异常可能是MuBC胞外粘蛋白产生的原因。

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柚子
发布于 2019-08-15 10:24
阅读 ( 3671 )

生信文章解析（第五篇）IPM对HCC免疫微环境影响的综合分析

作者研究了不同人群和平台中TP53突变状态和RNA表达，并建立了基于免疫相关基因的免疫预后模型（IPM），这些基因在不具有TP53 突变和TP53突变型HCC样本之间差异表达。然后，作者综合分析了IPM对HCC免疫微环境的影响。

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柚子
发布于 2019-07-30 17:47
阅读 ( 6292 )

生信文章解析（第四篇）能不能找到与PTC分化相关的代谢基因，且进一步识别和PTC预后相关的代谢基因？

在上海复旦大学癌症研究中心头颈外科和肿瘤科的Ben Ma等研究员的研究中，他们试图去找到与PTC分化相关的代谢基因，且进一步识别和PTC预后相关的代谢基因

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柚子
发布于 2019-07-30 17:12
阅读 ( 3804 )

生信文章解析（第三篇）生物信息学分析膀胱癌不同亚型中免疫调节基因

通过仔细阅读文章小编了解到作者主要分析了五种来自癌症基因组图谱的膀胱癌（MIUC）的分子亚型的转录组图谱，使用CIBERSORT免疫细胞丰度测定工具进行分析，显示了MIUC亚型之间免疫细胞谱和丰度的显著差异。包括免疫刺激和抑制基因在内的67个基因的的表达模式显示出与亚型和DDR基因突变状态的显著关联。

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柚子
发布于 2019-07-30 16:52
阅读 ( 5087 )

生信文章解析（第二篇）使用深度学习的方法整合多组学数据预测肝癌预后

作者使用深度学习的方法整合多组学数据，对HCC样本群进行了预后分型，并且评估了模型的鲁棒性，及分型效能，对这个方法感兴趣或者也在研究预后的小伙伴可以仔细研读下这篇文献哦。

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柚子
发布于 2019-07-30 10:55
阅读 ( 6320 )

生信文章解析（第一篇）在乳腺癌中，MAPK通路的突变驱动扰动与肿瘤内免疫反应负相关？

基于免疫相关基因对乳腺癌样本重新划分具有不同免疫表型的病人，从多组学的角度刻画这些不同免疫表型病人的特征。

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柚子
发布于 2019-07-30 10:21
阅读 ( 5651 )

文章分享（七）m1A甲基化酶基因竟与mTOR存在可靠的联系？

这篇文章研究分析了五种胃肠道肿瘤（GI）患者的TCGA数据。利用cBioPortal的数据，研究了9种已知的癌症m1A相关酶的分子特征。利用多种生物信息学方法，研究了m1A调控因子对其下游信号通路的影响。为了进一步证实这一调控，还利用已发表的数据库中的RNA-seq数据，研究了m1A writer基因 ALKBH3敲除的效果。

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柚子
发布于 2019-07-29 10:19
阅读 ( 3448 )

文章分享（六）膀胱癌特异性基因组改变，M2可能是巨噬细胞浸润的重要驱动因素？

作者从多个角度研究了膀胱癌中巨噬细胞浸润，特别是M2巨噬细胞，联系了肿瘤微环境与基因组改变，研究的角度方法值得借鉴，感兴趣的小伙伴可以仔细研读。

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柚子
发布于 2019-07-25 15:33
阅读 ( 5064 )

文章分享（五）这篇文章竟然能为癌症的治疗提供新的研究思路？

基于TCGA中8种癌症（BRCA, KIRC, KIRP, LGG, LIHC, LUAD, SARC和THCA8）的mRNA表达、miRNA表达、体细胞突变以及甲基化数据，通过泛癌的多组学数据对TERT高(TERThigh)和TERT低样本组(TERTlow)进行系统的分析，去找到那些在疾病中特异以及共同的影响TERT的关键基因，并系统而深入地分析这些基因的功能。