文章分享(二)不同的肿瘤微环境中,缺氧及免疫与预后关系

在不同的肿瘤环境中,肿瘤内缺氧和免疫与患者预后有关。然而,由于缺乏有效的生物标志物,这些因素目前还没有被考虑用于头颈部癌症(HNC)的治疗中。在此,为大家介绍一篇发在Clinical cancer research上的关于预后相关低氧免疫分类器的文献

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  • 柚子
  • 发布于 2019-07-25 10:49
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文章分享(一)What?肿瘤纯度是一个潜在的关键因素

在胶质瘤组织中不仅仅只包含胶质瘤细胞,也存在与胶质瘤相关的非肿瘤细胞,如基质细胞以及免疫细胞。这些非肿瘤细胞稀释了胶质瘤细胞的纯度,并且在胶质瘤的生物学过程中起到重要作用,但是胶质瘤纯度变化的影响仍不是十分清楚,这篇文章旨在研究这个问题。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-07-25 10:07
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实战系列(三)模仿4分胃癌发病机制和预后关键基因的文章

DOI : 10.3389/fgene.2018.00265我们桑格助手的读者一定明白给 DOI是为什么,如果万一第一次看本公众号的文章,不明白,我稍稍解释一下,通过DOI可以浏览到文献的全文(我们不说下载(#^.^#)桑格助

实战系列(一)手把手复现3分lncRNA经典小文章

DOI :  10.1080/21691401.2017.1366334 17年发表的与肺鳞癌预后相关的lncRNA研究,影响因子3.026 此篇相对有点早,但是作为一个标准,如果不能完成这样的一个研究,想做近期热点的免疫研究是很难

实战系列(四)来自Aging(5分)的免疫微环境研究

这是我们今天要实战的文章,IF 5.515 DOI: 10.18632/aging.101415 这篇文章相对较难一些,不过想要模仿,我们仍有办法。先来看文章。 研究背景 肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细

实战系列(三)模仿4分胃癌发病机制和预后关键基因的文章

DOI : 10.3389/fgene.2018.00265我们桑格助手的读者一定明白给 DOI是为什么,如果万一第一次看本公众号的文章,不明白,我稍稍解释一下,通过DOI可以浏览到文献的全文(我们不说下载(#^.^#)桑格助

一篇曾经10+胃癌亚型预后相关的文章解析

从标题来看做的是基于TCGA数据分析胃癌四个亚型临床意义 n 研究背景: 胃癌在全球范围内最常见的癌症中排名第四,死亡率位居世界第三,每年约723,100人死于该疾病。2014年,TCGA数据...

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  • 调研图
  • 发布于 2019-06-28 10:17
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医学博士的开题神器,了解一下?

最近有一些博士与小编讨论开题问题。 小编就会问到那你都有什么准备呢,做了哪些前期工作,得到的答案是啥也没有... 原因很复杂,但主要原因是没有足够的时间去看文献和前沿的报道,

【精品思路在手,高分Paper不愁】转录组数据-免疫微环境精品分析思路(三)

作者刻画了结直肠癌( CRC)的免疫表型和抗原基因组特征,描绘了肿瘤和免疫细胞的关系,试图揭示肿瘤的逃逸机制并寻找免疫治疗的 biomarker。 思路导图: 数据来源:作者利用 TCGA中结

基于生物信息学综合分析鉴定胃癌的发病机制和预后相关的潜在关键基因

本文与18年7月17日发表在Front. Genet(影响因子4.151)上,基本思路是通过一系列的生物信息分析的方法挖掘胃癌预后相关的潜在标志物。该研究的结果为进一步研究诊断和预后生物标志物以及促

基于T细胞浸润特点的免疫学肿瘤分类

(一) 热性免疫肿瘤的特征 •肿瘤组织中有高密度T细胞和细胞毒性T细胞浸润;(高免疫评分) •检查点分子激活(Checkpoint activation),包括:PD-1(程序性细胞死亡蛋白-1);CTLA4(细胞毒性...

今天给大家介绍一篇19分来自Immunity的文章

Highlights Six identified immune subtypes span cancer tissue types and molecular subtypes Immune subtypes differ by somatic aberrations, microenvironment, and survival Multiple control modalities of molecular networks affect tumor-immune interactions Th

分享一段从KEGG通路中提取基因互作数据的R代码

从KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)网站上获得差异表达基因所富集通路的XML文件。使用R包XML提取这些XML文件中的relation,entry和group关系。然后利用脚本组合它们从中提取其...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-21 15:10
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节后第一篇--如何用生信去挖掘新型甲基化预后标记

节后第一篇推送,首先当然是祝大家节日快乐!! 传统意义上,过完初十五,这个年,才算彻底过完。在节日里我们肯定许下了各种美好心愿,节日过完,该向着我们的目标出发了! 拿一

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  • chris
  • 发布于 2019-03-21 12:53
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身边没有电脑,如何让下载文献变得更简单

PC端下载文献的神器有很多,不论是用小软件还是sci-hub都可以做到。 但如果恰好身边没有电脑,或者只有一台公共电脑不适合存放私人的文件,这时候咋办呢? 方法其实很简单 第一步,微

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  • chris
  • 发布于 2019-03-21 12:51
  • 阅读 ( 8501 )

肿瘤研究不能不知道的TCGA数据库挖掘工具大全,TCGA再也不愁!

TCGA数据库的挖掘工具层出不穷,从数据下载到数据挖掘,这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全: http://www.cancerimagingarchive.net/ The Cancer Imaging Archive (TCIA) TCIA存储...

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  • 余繁荣
  • 发布于 2019-03-21 12:36
  • 阅读 ( 5773 )

肿瘤研究不能不知道的TCGA数据库挖掘工具大全,TCGA再也不愁!

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  • 余繁荣
  • 发布于 2019-03-21 12:36
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基因表达与甲基化表达谱纯生信分析4分文章,你也可以

好久没有写稿子了,今天分享一篇纯生信文章,发表在scientific reports上,虽说很多人吐槽SR为水刊,个人认为其实人家发表的很多文章还是很值得学习的,比较喜欢直接一点,我们看图说话哈。...

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  • 余繁荣
  • 发布于 2019-03-21 12:26
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R语言生物信息大数据分析与深度挖掘及论文呈现

随着高通量测序以及生物信息学的发展,R语言在生物大数据分析以及数据挖掘中发挥着越来越重要的作用。想要成为一名优秀的生物数据分析者与科研团队不可或缺的人才,除了掌握对生物大数据挖掘与分析技能之外,还要具备一定的统计分析能力与SCI论文质量绘图能力

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  • 至尊宝
  • 发布于 2019-03-14 11:32
  • 阅读 ( 4319 )

生信扯上免疫相关就是容易上五分啊

肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细胞的程度对预后有显着贡献,在肿瘤微环境中,免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分,并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的;基于ESTIMA...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-11 20:53
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