文献解读（2）通过膀胱癌肿瘤突变负荷和免疫治疗的关系来进行多组学分析
结合TCGA数据库中膀胱癌的体细胞突变数据计算病人的TMB值，基于该值的中位数值将样本划分为高TMB组合低TMB组，首先刻画高低TMB组生存的差异；接下来，结合膀胱癌病人的表达谱数据，识别高低TMB组差异的基因，使用单因素和多因素cox回归分析进而结合构建了由8个基因组成的膀胱癌预后模型；考虑到TMB值和免疫治疗的关系，使用CIBERSORT软件对膀胱癌病人中22中免疫细胞的组成刻画，基于单因素cox回归分析，找到潜在影响病人生存的免疫细胞类。
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- 柚子
- 发布于 2019-11-18 18:22
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柚子
文献解读(1）MiRNA表达模式与肺腺癌的肿瘤突变负担相关?
肿瘤突变负荷(Tumor mutational burden, TMB)已成为预测肺腺癌(LUAD)患者对免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors, ICIs)治疗反应的独立生物标志物。近年来，用于治疗NSCLC的免疫检查点抑制剂(ICIs)的引入革新了晚期NSCLC患者的治疗方法，极大地提高了某些患者的生存率，而MicroRNAs (miRNAs)在调节抗癌免疫反应中发挥重要作用，但miRNA表达模式与TMB在LUAD中的关系尚不明确，今天介绍的文献就是研究这一问题。
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- 柚子
- 发布于 2019-11-15 18:05
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分享一段比较不同模型的C-index和RMS的代码
已封装成函数，如下： compareRiskModal=function(os,ev,risks){ library('survRM2') library('Hmisc') require(survival) library(survcomp) library(prodlim) os=data$SURVIVAL_...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-11-12 15:16
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祝让飞
生信分析流
豆浆包子
分享一个画堆积柱状图的函数代码
library(ggplot2) library(tidyverse) library(reshape2) plotMutiBar=function(dat,ist=F,xlb='',ylb='',lineCol='black',lineW=0.5,legTitle='Group',showValue=F,showLine=T){ if(ist){...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-10-15 12:35
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生信分析云平台产品开发 - 6 生信分析pipeline批量运行与过程控制
一、分析流程的批量运行顺序 二、分析流程的过程控制
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- 豆浆包子
- 发布于 2019-10-14 12:28
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R语言实战系列（三）——数据结构
没有哪一个教程可以满足所有人的需求。在阅读教程时，一边动手操作，一边上网搜索更多相关的知识才会学的更快。
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- 生信分析流
- 发布于 2019-10-12 17:48
- 阅读 ( 2084 )
生信分析云平台产品开发 - 5 生信分析pipeline服务器端运行
前文链接： 图形化生物信息分析系统开发 - 1 需求分析及技术实现 图形化生物信息分析系统开发 - 2 样本信息处理 图形化生物信息分析系统开发 - 3 生信分析pipeline的进化 图形化生物信息分...
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- 豆浆包子
- 发布于 2019-09-27 14:23
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生信分析云平台产品开发 - 4 生信分析pipeline图形化
变量处理：要实现pipeline图形设计器，首先要先对用到的变量，做统一的设计 分析步骤/节点设计：前文提到，生信分析pipeline其实就是基于文件输入输出的工作流，这里对工作流做了简化，归纳起来工作流中有4种节点。 工作流设计： 最后，有了变量，和节点，最后就是工作流的设计了。用连接线，将以上4中节点连接起来，计算相互之间的依赖关系，用统一的格式保存起来。
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- 豆浆包子
- 发布于 2019-09-19 13:23
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blusom 矩阵计算过程
模块替换矩阵BLOSUM(BLOcks SUbstitution Matrix),用于计算氨基酸替换频率。YouTube上看到一个关于讲解blusom 矩阵计算过程的视频，给出了一个例子：seq1 B A B A seq2 A A A C seq3 A A C C...
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- yami
- 发布于 2019-09-10 11:13
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yami
生信分析云平台产品开发 - 3 生信分析pipeline的进化
接上两篇内容，本文主要讲述工作中NGS从科研进入医学临床领域，工作中接触到生信流程，以及最终在自动图形化开放式生信分析系统开发中生信workflow设计实现的过程。 1.手动命令行运行 2. 脚本连续运行 3.一个脚本 shell 文件运行整个分析流程 4. 自动扫描文件并运行脚本 5. 带报告的自动扫描并触发运行脚本
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- 豆浆包子
- 发布于 2019-09-09 18:19
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