文章 - 第26页 - 生信人

五彩进化树与热图更配-ggtree美颜进化树(宏基因组扩增子)

研究基因功能的人建个树，需要找近缘物种、外类群十几至几十个物种，费N天的劲才能做个树。而宏基因组领域的人不用去收集其它物种，因为研究的对像本身就有几百到几千的物种，为了方便阅读或展示主要信息，我们反而会挑选结果中前100以内的物种去分析并展示。这是我们绝对的优势。

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刘永鑫
发布于 2017-10-13 20:05
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生信人值得拥有的编程模板-Perl

为什么要学编程图1. 重复工作任务量与时间关系[1] 如上图，对于大量重复工作，非编程者(non-geek)工作量和时间是正相关的，就像富士康流水线上的工人，这种工作对于高智商的人是无法忍受(富...

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刘永鑫
发布于 2017-10-13 20:03
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PICRUSt：16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花

16S分析能获得的信息比较有限，一般找到差异OTU，就很难再深入分析了。如何把差异OTU与细菌自身的基因组功能建立联系呢？很多人在这方面做出了努力。

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刘永鑫
发布于 2017-10-13 20:02
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小白做差异分析

如何利用生信人工具把坑踩完，完成筛选差异。

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张海伦
发布于 2017-10-13 17:10
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你还不会安装Circos？其实就三步！！！

本文内容首发于【计算表观遗传学】公众号，对表观遗传学领域感兴趣的朋友可以移步了解更多。如有疑问可留言交流。

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Jason Y.J. Wei
发布于 2017-10-13 16:55
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植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析

本文内容首发植物微生物组公众号，更多阅读欢迎跳转植物微生物组公众号 MWAS简介微生物组关联分析(Microbiome/Metagenome-wide association studies , MWAS)是指捕获多维尺度上的互作作用，...

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刘永鑫
发布于 2017-10-13 11:59
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Nature：拟南芥微生物组功能研究1培养组学—高通量细菌分离培养鉴定

本网对Markdown排版支持较差，请跳转植物微生物组公众号阅读背景介绍在近年来，随着宏基因组技术的发展，对原核生物的纯培养逐渐被忽视，但纯培养对于阐明这些微生物的功能是必需的。本...

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刘永鑫
发布于 2017-10-13 11:57
阅读 ( 10583 )

Endnote X8云同步：家里单位实时同步文献笔记，有网随时读文献

本文适合已经在使用Endnote X8的用户。什么？你连软件都没用过，赶快后台回复“endnote”下载最新版。基本操作也不会用吗？

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刘永鑫
发布于 2017-10-13 11:55
阅读 ( 4357 )

exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes

exoRBase一个整合血液外泌体RNA的数据库。

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张海伦
发布于 2017-10-13 09:51
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你想要的宏基因组-微生物组知识全在这

本文转载自“宏基因组”，更多文章跳转公众号阅读宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“...

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刘永鑫
发布于 2017-10-12 23:03
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扩增子分析神器USEARCH简介

本文中引用统计采用Google学术，统计日期截止2017年10月9日。 Usearch简介主页：http://www.drive5.com/usearch/ Usearch是什么？它是超快的序列分析软件，在序列比对、聚类、操作等多领域...

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刘永鑫
发布于 2017-10-12 23:01
阅读 ( 6145 )

扩增子分析还聚OTU就真OUT了，试试unoise3

宏基因组领域是当今热门领域，也正是方法快速发展和变革的时代。之前还把 97%聚类OTU作为扩增子行业的金标准。转眼间各位大佬纷纷向OTU聚类方法拍砖，都不建议再使用。 Feature代替OTU是趋势...

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刘永鑫
发布于 2017-10-12 23:00
阅读 ( 6135 )

宏基因组分析教程-Analysis of Metagenomic Data

加拿大安大略研究所建立的生物信息网(https://bioinformatics.ca/)，每年组织多场生物信息学线下培训，并线上共享培训资料。有超多生信学习PPT和视频，每一份都价值不菲。2016年6月22-24日，在温哥华举办了宏基因组数据分析专题培训，我们可以点击主页中宏基因组专题栏目的 "Access Content" 访问这次培训的材料。