NC：自体免疫水泡皮肤病中鉴定基因与微生物组互作(微生物组关联分析MWAS)

之前我们平台分享过《Nature：宏基因组关联分析》综述，让大家系统的了解这一领域。同时还分享过一篇《GigaScience:谷子产量与微生物组关联分析》是植物领域中的优秀工作。今天再分享一篇在动物...

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• 刘永鑫
• 发布于 2018-01-06 08:41
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生信文献解读（3）乳腺癌组织病理学与蛋白基因组学相关分析

这篇文章分析揭示了整合形态学信息和分子数据，使人们对组织形态学调控和蛋白质这一过程有更深的理解，有助于对癌症生物学和预后预测产生新的见解。

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• 柚子
• 发布于 2019-08-26 14:54
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生信分析云平台产品开发 - 4 生信分析pipeline图形化

变量处理：要实现pipeline图形设计器，首先要先对用到的变量，做统一的设计 分析步骤/节点设计：前文提到，生信分析pipeline其实就是基于文件输入输出的工作流，这里对工作流做了简化，归纳起来工作流中有4种节点。 工作流设计： 最后，有了变量，和节点，最后就是工作流的设计了。用连接线，将以上4中节点连接起来，计算相互之间的依赖关系，用统一的格式保存起来。

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• 豆浆包子
• 发布于 2019-09-19 13:23
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生信文章解析（第四篇）能不能找到与PTC分化相关的代谢基因，且进一步识别和PTC预后相关的代谢基因？

在上海复旦大学癌症研究中心头颈外科和肿瘤科的Ben Ma等研究员的研究中，他们试图去找到与PTC分化相关的代谢基因，且进一步识别和PTC预后相关的代谢基因

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• 柚子
• 发布于 2019-07-30 17:12
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谁来调控我感兴趣的DNA？100%可行的全面解决方案

本文关心的是直接调控，即哪个蛋白/RNA直接结合我感兴趣的DNA。研究哪个蛋白质结合某段DNA，有两种方法screen： Plan A：大量ChIP-seq公共数据 Plan B：motif分析预测

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• 生信分析流
• 发布于 2018-11-16 20:46
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超简单！每个样本只要10元的转录组分析教程

十元十元？ 第一次写教程还是要标题党一下。不过十元并不夸张，十元真的买不了吃亏，买不了上当。作为一个临床外科小大夫，写生物分析教程，求专业级别的人放过。看中结果，忽略过程中的瑕疵。...

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• 娄佳成
• 发布于 2018-01-18 15:55
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Endnote X8云同步：家里单位实时同步文献笔记，有网随时读文献

本文适合已经在使用Endnote X8的用户。什么？你连软件都没用过，赶快后台回复“endnote”下载最新版。基本操作也不会用吗？

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-10-13 11:55
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火山图快速绘制工具

火山图是差异分析中最直观的可视化方式，通过火山图可以直观的观察到表达倍数的整体分布和差异显著性的整体分布，因此是做差异分析必备的可视化方式之一 在这里我们开发了简易版本的火山图绘制...

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• admin
• 发布于 2021-07-14 17:40
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腺病毒实验5大问题及解决对策

如何解决细胞感染病毒后高死亡率的问题？ 1) 一些细胞株有类似E1区活性 若一定要使用该细胞株，改用较低MOI。 2) 细胞内含有内源性病毒（野生型腺病毒可产生辅助病毒样作用，使非重组腺病毒也能 感染细胞），更换冻存的细胞，初代培养的较适用。 3) 建议先进行目的细胞的转染预实验。

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• 辉骏生物
• 发布于 2018-11-22 13:47
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学R学系列-01-正则表达式

R语言学习教程-[学R学]：正则表达式

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• 文虎
• 发布于 2018-01-26 21:38
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单因素生存分析工具在线版等你来用！R语言都不用安装？

“做cox比例分析和KM曲线结合分析，阈值该怎么选取，数据是否需要标准化等等问题的解决方法”

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• 柚子
• 发布于 2020-05-26 10:25
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怎样使用SangerBox进行投稿选刊

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• 祝让飞
• 发布于 2019-12-17 15:16
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文献解读（5）对于那些存在整体甲基化水平缺失的病人，使用免疫治疗药物对于这一类病人的生存时间竟然会有显著地改善

PMD：部分甲基化结构域（partial methylation domains） LINE-1/L1：长散布细胞核元件（long interspersed nuclear element-1） TMB：肿瘤突变负荷（tumor mutation burden）

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• 柚子
• 发布于 2019-11-25 11:55
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生信文章解析（第六篇）揭示MuBC的分子结构

通过研究MuBC和IDC样本之间基因表达，拷贝数和突变水平的差异，揭示MuBC的分子结构，表明MUC2基因的DNA甲基化异常可能是MuBC胞外粘蛋白产生的原因。

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• 柚子
• 发布于 2019-08-15 10:24
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桑格助手帮你更轻量级的检索信息

有那么一个公众号，不管你撩还是不撩，他都在那里，没有几次推送，但是当你需要知识时，他就会出现在你身边。 比如我想知道cox是什么，就回复cox如下： 他把生物医学领域几百个公众号教程啃...

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• 祝让飞
• 发布于 2018-06-14 09:20
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生信人值得拥有的编程模板-Perl

为什么要学编程 图1. 重复工作任务量与时间关系[1] 如上图，对于大量重复工作，非编程者(non-geek)工作量和时间是正相关的，就像富士康流水线上的工人，这种工作对于高智商的人是无法忍受(富...

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-10-13 20:03
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多因素生存分析工具

生存分析是分析生存时间的统计学方法，其因变量需要用生存时间和结局状态两个变量来刻画，可以将终点事件是否发生以及发生终点事件所经历的时间相结合起来。生存分析的主要内容有生存时间的分布...

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• admin
• 发布于 2021-09-08 21:28
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小编：无话可说-----我从未见过如此……细致之文章

最近小编读到一篇关于 m6A 修饰的文章，完全被震撼和折服了！！思路之清晰、手段之全面、机制之详尽，让小编甘愿奉上自己的膝盖 …… 毫不夸张的说够得上 Cell 级别（但是为什么没发 Cell

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• 生信分析流
• 发布于 2019-08-21 09:37
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文献解读（4）预测前列腺癌患者预后的新型分层框架

这些结果凸显了使用更复杂的方法来分析基因组数据的重要性，可能有助于药物靶向，并允许构建结合DESNT和其他临床因素的列线图用于临床管理。

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• 柚子
• 发布于 2020-04-14 15:25
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文献分享（9）m6A调控子在33种癌症类型中的分子特征和临床相关性

通过以上分析作者发现m6A调控子存在广泛的遗传改变，并且它们的表达水平与癌症标志相关通路的活性显著相关。此外，发现m6A调控子可能对预后分层有用，将IGF2BP3鉴定为跨多种癌症类型的潜在致癌基因。该文章的结果提供了宝贵的资源，将指导m6A调控子在癌症中的作用的机理和治疗分析。

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• 柚子
• 发布于 2019-11-25 20:05
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