这篇文章研究分析了五种胃肠道肿瘤(GI)患者的TCGA数据。利用cBioPortal的数据,研究了9种已知的癌症m1A相关酶的分子特征。利用多种生物信息学方法,研究了m1A调控因子对其下游信号通路的影响。为了进一步证实这一调控,还利用已发表的数据库中的RNA-seq数据,研究了m1A writer基因 ALKBH3敲除的效果。
基因组做之前的准备工作。
在敲了很多R脚本,然后需要互相引用的时候就会遇到路径问题了 1、如果获取当前工作目录使用: getwd() 2、获取R 包安装目录使用: .libPaths()[1] 3、获取R脚本当前目录咋整? 这个问题其...
相关性基础知识 “ 相关表和相关图可反映两个变量之间的相互关系及其相关方向,但无法确切地表明两个变量之间相关的程度。 相关系数是用以反映变量之间相关关系密切程度的统计指标。相关系数是按积差方法计算,同样以两变量与各自平均值的离差为基础,通过两个离差相乘来反映两变量之间相关程度;着重研究线性的单相关系数 ”
文件内容色彩变灰来维持价值
关于python程序输出的相关技巧介绍
本网内容转载自“宏基因组”公众号,更佳阅读体验、更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号。 写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生,感觉图表丰富多样高大上,但根...
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十元十元? 第一次写教程还是要标题党一下。不过十元并不夸张,十元真的买不了吃亏,买不了上当。作为一个临床外科小大夫,写生物分析教程,求专业级别的人放过。看中结果,忽略过程中的瑕疵。...
如何解决细胞感染病毒后高死亡率的问题? 1) 一些细胞株有类似E1区活性 若一定要使用该细胞株,改用较低MOI。 2) 细胞内含有内源性病毒(野生型腺病毒可产生辅助病毒样作用,使非重组腺病毒也能 感染细胞),更换冻存的细胞,初代培养的较适用。 3) 建议先进行目的细胞的转染预实验。
核心观点: 1,Most missense disease mutations appear not to impair protein folding or stability ,2,Interaction profiling helps distinguish disease mutations from non-disease var...
哈哈,如果你看到这个标题,千万不要想起咪蒙。小编可是好孩子。 话说也是好多年前的现在,小编懵懵懂懂,傻啦吧唧的选择了这个伟大光荣正确的专业。 那时候天真的认为,等我30岁,小编一定要...
“小提琴图 (Violin Plot) 用于显示数据分布及其概率密度”
自扯自蛋
作者通过对泛癌分析发现铁代谢在不同的癌症类型中都失调,并且这与患者生存显著相关,特别是在KIRC中。这一观察结果在肾癌组织中得到了证实。此外,DFO和erastin可抑制多种肿瘤细胞的增殖,影响多种铁相关基因的表达。因此,针对铁代谢的分子治疗可能对癌症的治疗有帮助。
Python 教程陈同 (chentong_biology@163.com)欢迎来到Python的世界,本教程将带你遨游Python,领悟Python的魅力。本教程专注于帮助初学者,尤其是生物信息分析人员快速学会Python的常用功能和使用方式,
最近小编读到一篇关于 m6A 修饰的文章,完全被震撼和折服了!!思路之清晰、手段之全面、机制之详尽,让小编甘愿奉上自己的膝盖 …… 毫不夸张的说够得上 Cell 级别(但是为什么没发 Cell
PMD:部分甲基化结构域(partial methylation domains) LINE-1/L1:长散布细胞核元件(long interspersed nuclear element-1) TMB:肿瘤突变负荷(tumor mutation burden)
8月2日,Google Scholar发布了2018年最新的学术期刊影响力排名。
火山图是差异分析中最直观的可视化方式,通过火山图可以直观的观察到表达倍数的整体分布和差异显著性的整体分布,因此是做差异分析必备的可视化方式之一 在这里我们开发了简易版本的火山图绘制...