重新定义生信分析

生物信息

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• 张海伦
• 发布于 2017-04-20 11:03
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用lasso做预后模型的简易工具

Lasso是Least Absolute Shrinkage and Selection Operator的简称，是一种采用了L1正则化（L1-regularization)的线性回归方法，采用了L1正则会使得部分学习到的特征权值为0，从而达到稀疏化和特...

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• admin
• 发布于 2021-09-16 20:15
• 阅读 ( 3727 )

三代全长转录组辅助基因预测

三代全长转录组辅助基因预测

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• SXR
• 发布于 2017-04-06 11:17
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桑格助手帮你更轻量级的检索信息

有那么一个公众号，不管你撩还是不撩，他都在那里，没有几次推送，但是当你需要知识时，他就会出现在你身边。 比如我想知道cox是什么，就回复cox如下： 他把生物医学领域几百个公众号教程啃...

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• 祝让飞
• 发布于 2018-06-14 09:20
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生信文章解析（第六篇）揭示MuBC的分子结构

通过研究MuBC和IDC样本之间基因表达，拷贝数和突变水平的差异，揭示MuBC的分子结构，表明MUC2基因的DNA甲基化异常可能是MuBC胞外粘蛋白产生的原因。

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• 柚子
• 发布于 2019-08-15 10:24
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分子互作的异常是导致孟德尔疾病的普遍原因

核心观点： 1，Most missense disease mutations appear not to impair protein folding or stability ,2，Interaction profiling helps distinguish disease mutations from non-disease var...

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• 涣醒
• 发布于 2018-01-08 20:35
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python：程序输出

关于python程序输出的相关技巧介绍

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• SXR
• 发布于 2017-04-20 10:07
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【资源网站集合2】免费在线编辑工具

【往期回顾】 点击文字跳转： 【功能群】 —专利检索下载网站 SCI Translate 8：科技论文全文翻译利器 在校外也可以访问Web of Science 五款在线 PDF编辑工具（几乎解决所有的PDF问题） PPT模板

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• 调研图
• 发布于 2018-09-17 16:26
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转录组Count数据差异分析工具

当我们拿到表达谱数据之后，做差异分析之前，有两个关键信息需要确认，一个是 数据类型（芯片数据、FPKM、TPM、Count）,一个是 哪些样本作为参照物，哪些样本作为 处理组样本，也就是 谁相对于...

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• admin
• 发布于 2021-08-19 11:40
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肿瘤研究不能不知道的TCGA数据库挖掘工具大全，TCGA再也不愁！

TCGA数据库的挖掘工具层出不穷，从数据下载到数据挖掘，这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全： http://www.cancerimagingarchive.net/ The Cancer Imaging Archive (TCIA) TCIA存储...

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• 余繁荣
• 发布于 2019-03-21 12:36
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Windows不用虚拟机或双系统，轻松实现linux shell环境：gitforwindows

windows缺少shell命令支持 用过Linux服务器分析数据的小伙伴，一定对Linux强大Shell命令所折服，经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。 还有想学习Linux Shell命令的小伙伴，一直没有...

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• 刘永鑫
• 发布于 2018-02-11 23:05
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在R语言中关于目录的问题小结

在敲了很多R脚本，然后需要互相引用的时候就会遇到路径问题了 1、如果获取当前工作目录使用： getwd() 2、获取R 包安装目录使用: .libPaths()[1] 3、获取R脚本当前目录咋整？ 这个问题其...

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• 祝让飞
• 发布于 2017-09-30 15:13
• 阅读 ( 3561 )

三思而后行的基因组项目

基因组做之前的准备工作。

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• SXR
• 发布于 2017-03-30 22:08
• 阅读 ( 3536 )

PCA、Umap和tSNE分析可视化工具

PCA、UMAP、tSNE是常见的几种降维方法，具体原理可以参考：常见的PCA、tSNE、UMAP降维及聚类基本原理及代码实例 在这里我们开发了一个简易的PCA、tSNE、UMAP的一键化工具，用来快速的做PCA、tS...

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• admin
• 发布于 2021-08-24 15:49
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TCGA RNA测序ID转换一文就够

“为了解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题，话不多说直接看教程，干货满满”

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• 柚子
• 发布于 2020-06-15 15:17
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富集分析结果展示（二）——富集分析圈图

“做cox比例分析和KM曲线结合分析，阈值该怎么选取，数据是否需要标准化等等问题的解决方法”

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• 柚子
• 发布于 2020-05-26 10:06
• 阅读 ( 3491 )

193种已发表植物基因组植物

截止 2018 年 4 月，约有 193 种植物完成了基因组测序，详情查看下图：

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• 生信分析流
• 发布于 2018-08-23 17:02
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4分+纯生信分析：免疫结合病毒如何实现抗肿瘤作用

大家好, 今天和大家分享的是 2020 年 4 月发表在Biomed Pharmacother(IF:4.545)上的一篇文章，作者通过网络药理学结合生物信息学方法，分析了传统中药——家蚕对于肝癌的药理机制。 标题：Study on th

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• 生信分析流
• 发布于 2020-07-07 14:25
• 阅读 ( 3491 )

生信文献解读（3）乳腺癌组织病理学与蛋白基因组学相关分析

这篇文章分析揭示了整合形态学信息和分子数据，使人们对组织形态学调控和蛋白质这一过程有更深的理解，有助于对癌症生物学和预后预测产生新的见解。

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• 柚子
• 发布于 2019-08-26 14:54
• 阅读 ( 3479 )

一篇曾经10+胃癌亚型预后相关的文章解析

从标题来看做的是基于TCGA数据分析胃癌四个亚型临床意义 n 研究背景： 胃癌在全球范围内最常见的癌症中排名第四，死亡率位居世界第三，每年约723,100人死于该疾病。2014年，TCGA数据...

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• 调研图
• 发布于 2019-06-28 10:17
• 阅读 ( 3458 )