tian
两篇胃癌lncRNA signature文章解读之二（IF=3.2）
这是一篇2017年的文章，文章从lncRNA的角度筛选lncRNA signature，该文章发表在Journal of Cancer上，影响因子如下： 文章题目为：Differentially Expressed lncRNAs in Gastric Cancer Patien...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-10-09 09:06
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祝让飞
当在文献中看到一个GEO数据集却在GEO中没有权限下载的时候，应该想到ArrayExpress
今日看文献，发现了一套关于疼痛的数据集GSE69901，诚然在GEO中检索时是长这样的： 实在是对该数据集有点兴趣，所以在pubmed上搜索了一下这个数据集： 从文献上来看并不是同一个作者的，那么...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-03-07 13:59
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两篇文章一字之差，影响因子差了三倍，他们都干了啥？（第一篇）
话不多说先上图： 最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程，检索素材时发现了一篇文章，哦不，是两篇，他们长的几乎一样，且看：Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-exp...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-10-16 16:19
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百迈客
〖生物技术〗单细胞测序方法大比拼
导读 在单细胞研究的大潮中，新的测序方法层出不穷。不过，很少有人对这些方法进行系统的比对。慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队，在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一
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- 生信分析流
- 发布于 2018-09-03 10:27
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生信分析流
肿瘤研究不能不知道的TCGA数据库挖掘工具大全，TCGA再也不愁！
TCGA数据库的挖掘工具层出不穷，从数据下载到数据挖掘，这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全： http://www.cancerimagingarchive.net/ The Cancer Imaging Archive (TCIA) TCIA存储...
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- 余繁荣
- 发布于 2019-03-21 12:36
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余繁荣
富集分析结果展示（二）——富集分析圈图
“做cox比例分析和KM曲线结合分析，阈值该怎么选取，数据是否需要标准化等等问题的解决方法”
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 10:06
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柚子
GO、KEGG一键化富集分析工具
功能富集分析是解释在不同高通量实验中发现的基因列表的关键步骤，一般我们获得某个基因集（如差异基因）后，希望观察这些基因的功能或者通路时，做富集分析是一种最便捷的方法，在这里我们开发...
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- admin
- 发布于 2021-08-28 21:32
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admin
数据挖掘CeRNA网络构建数据预处理
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要数据准备和预处理。
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- 调研图
- 发布于 2018-11-16 12:58
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调研图
辉骏生物
Bioconda使用
### Conda包管理系统Conda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包，[https://www.anaconda.com/download/#download](https://www.an...
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-23 19:20
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shengxinbaodian
今天给大家介绍一篇19分来自Immunity的文章
Highlights Six identified immune subtypes span cancer tissue types and molecular subtypes Immune subtypes differ by somatic aberrations, microenvironment, and survival Multiple control modalities of molecular networks affect tumor-immune interactions Th
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- 生信分析流
- 发布于 2019-03-25 10:34
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学习生信的系列书籍
每次遇到有人问怎么学生信时，总会碰到一个尴尬的问题，“有没有什么书可以推荐下”。骤然之下，也不知道该怎么回答。这个问题有点大，想不到一本书可以囊括。而且对提问人的基础和学
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-27 20:19
- 阅读 ( 5593 )
高颜值的相关性计算工具——你爱了吗！
相关性基础知识 “ 相关表和相关图可反映两个变量之间的相互关系及其相关方向，但无法确切地表明两个变量之间相关的程度。 相关系数是用以反映变量之间相关关系密切程度的统计指标。相关系数是按积差方法计算，同样以两变量与各自平均值的离差为基础，通过两个离差相乘来反映两变量之间相关程度；着重研究线性的单相关系数 ”
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- 柚子
- 发布于 2020-06-15 15:25
- 阅读 ( 5592 )
NGS基础 - 高通量测序原理
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析、ChIP-seq分析、DNA甲基化分析、重测序分析五部分内容。 NGS基础系列文章包括高通量测序原理，测序数据获取和质量评估，常见文件格式解释和转换4部分。
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-27 20:22
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文章分享（五）这篇文章竟然能为癌症的治疗提供新的研究思路？
基于TCGA中8种癌症（BRCA, KIRC, KIRP, LGG, LIHC, LUAD, SARC和THCA8）的mRNA表达、miRNA表达、体细胞突变以及甲基化数据，通过泛癌的多组学数据对TERT高(TERThigh)和TERT低样本组(TERTlow)进行系统的分析，去找到那些在疾病中特异以及共同的影响TERT的关键基因，并系统而深入地分析这些基因的功能。
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- 柚子
- 发布于 2019-07-25 15:13
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文献解读(1）MiRNA表达模式与肺腺癌的肿瘤突变负担相关?
肿瘤突变负荷(Tumor mutational burden, TMB)已成为预测肺腺癌(LUAD)患者对免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors, ICIs)治疗反应的独立生物标志物。近年来，用于治疗NSCLC的免疫检查点抑制剂(ICIs)的引入革新了晚期NSCLC患者的治疗方法，极大地提高了某些患者的生存率，而MicroRNAs (miRNAs)在调节抗癌免疫反应中发挥重要作用，但miRNA表达模式与TMB在LUAD中的关系尚不明确，今天介绍的文献就是研究这一问题。
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- 柚子
- 发布于 2019-11-15 18:05
- 阅读 ( 5547 )
