功能很强大的数据集成工具ePlant介绍
系统生物学研究面临的一个重大挑战是不同的数据类型需要用到相对应的分析软件进行可视化等，而且这些分布范围比较广泛。为了个好的研究，每个物种都需要一个可以结合所有数据的强大的研究平台。...
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- 调研图
- 发布于 2017-09-02 14:02
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调研图
手把手教你从TCGA乳腺癌的表达谱样本中提取出三阴性的样本的表达矩阵
刚好在做课件是有同学问怎么搞到三阴性乳腺癌的表达谱数据，故有此文 首先使用TCGA简易下载工具下载乳腺癌的表达谱和临床随访信息。 问句1： 这是他的临床数据： ER PR在临床随访信息中...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-21 22:02
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祝让飞
Jinwen
TCGA现有数据汇总
今天看到一篇帖子， 193种已发表植物基因组汇总，简简单单多余的东西一概没有。唤起了我很多最初的想法和感动，见贤思齐，把我整理过的东西也发一发。 截止 2018年GDC的最新一次更新后
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- 生信分析流
- 发布于 2018-08-23 18:34
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生信分析流
admin
介绍几个DNA甲基化差异筛选的软件
DNA甲基化是最早发现的修饰途径之一，可能存在于所有高等生物中。DNA甲基化 导致某些区域DNA构象变化，从而影响了蛋白质与DNA的相互作用，抑制了转录因子与启动区DNA的结合效率，能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。DNA甲基化的主要形式为5-甲基胞嘧啶，N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鸟嘌呤。在真核生物中，5-甲基胞嘧啶主要出现在CpG和CpXpG中，原核生物中CCA/TGG和GATC也常被甲基化
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- 祝让飞
- 发布于 2017-06-10 17:21
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snpEff : 突变位点注释的又一利器
欢迎关注"生信修炼手册"！ 之前的文章中介绍了annovar软件的使用，除了annovar以外，snpEff 也是常用的一款突变位点注释工具。这款软件基于java语言进行开发，安装过程相对简单，下载之后解压
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- 生信
- 发布于 2018-08-30 08:54
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生信
DNA pull down实验技术
DNA pull down-MS是体外研究DNA与蛋白互作的有力工具。该技术将生物素标记的DNA片段结合在链霉亲和素磁珠上，再与细胞核蛋白孵育，纯化出与DNA片段互作的蛋白，洗涤洗脱得到的蛋白产物，做western-blot检测特定蛋白是否与靶DNA片段结合；做质谱鉴定即可筛选出与DNA片段可能互作的蛋白信息（如具体某个或某些转录因子/组蛋白等）。
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- 辉骏生物
- 发布于 2018-10-18 14:20
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辉骏生物
孤傲的小丑皇
RNA pull down实验原理及操作步骤
RNA pull down原理-先将体外转录的RNA结合到Beads上，再将RNA-Beads和细胞裂解液孵育，这样与目标RNA结合的蛋白便会一起吸附在Beads上。洗涤掉不结合的蛋白后，用洗脱液将RNA-protein复合物从Beads洗脱下来，之后可以采用Western Blot技术检测特定的结合蛋白，还可以采用质谱方法鉴定与目标RNA结合的未知蛋白。
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- 辉骏生物
- 发布于 2021-04-25 16:26
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文章解读：乳腺癌甲基化分型的TCGA公共数据挖掘文章思路解析
这是一篇发表在五分多的杂志上的纯生信的文章，思路清晰，数据获取简便，在其他的癌症的分析中可以套用。
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- 祝让飞
- 发布于 2018-05-01 15:04
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ORCID 注册和使用
学术活动是一个连续的、长时间的活动，那么怎样才能将你的所有研究活动关联在一起呢？这里就需要用到一个【学术身份证】——即ORCID，你所有的国外投稿都是需要用到这样一个系统的，今天，小编就...
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- 祝让飞
- 发布于 2021-05-05 13:12
- 阅读 ( 13372 )
生信扯上免疫相关就是容易上五分啊
肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细胞的程度对预后有显着贡献，在肿瘤微环境中，免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的；基于ESTIMA...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-03-11 20:53
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零代码系列之三教你如何做WGCNA数据准备
上一节课我们已经通篇解析待复现文章的整体思路，那么接下来开始我们正题数据预处理，1、GEO数据下载；2、数据选择已经多种标准化处理方法；3、缺失值补全；4、箱线图绘制；5、临床特征样本信息准备。那么下一节就是我们的重头戏，怎么使用一键式WGCNA已经模块筛选。
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- 调研图
- 发布于 2018-12-10 15:24
- 阅读 ( 13319 )
Nature Reviews：拥抱未知：解析土壤微生物组的复杂性
Fierer N. Embracing the unknown: disentangling the complexities of the soil microbiome. Nature Reviews Microbiology, 15：579-590 (2017) 本文今年8月21日在线发表的综述，翻译转载自"...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-28 12:57
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刘永鑫
WGCNA 一键式分析工具
加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集, 并根据基因集的内连性和基...
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- admin
- 发布于 2021-08-28 12:06
- 阅读 ( 13288 )
ggbiplot-最好看的PCA作图：样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献和相关
写在前面 https://github.com/vqv/ggbiplot/blob/master/README.md 前几天在《宏基因组0》微信讨论群看到了有人发了一个上面链接，点开一看居然是一条命令出帅图，真是太实用了。我立即使用本...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-12-23 09:27
- 阅读 ( 13179 )
GEO芯片数据转换器使用说明
随着微阵列芯片技术尤其是基因芯片的广泛应用，产生了海量的数据，为基因研究提供了大量的高通量数据资料，而GEO数据库就是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。用户不仅可以上传自己的数...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-08-10 10:36
- 阅读 ( 13017 )
双向电泳（2D电泳）实验技术
双向电泳(Two-dimensional electrophoresis)的基本原理是利用蛋白质的等电点（pI)和分子量(Mr)不同而分离蛋白质：第一向电泳——等电聚焦（Isoelectric Focusing，IEF）根据蛋白质的等电点不同将蛋白质分离，第二向电泳——十二烷基硫酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳（Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis, SDS—PAGE）利用蛋白质的分子量大小不同将蛋白质分离。
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- 辉骏生物
- 发布于 2018-11-27 15:55
- 阅读 ( 12963 )
