ggrepel-解决散点图样品标签重叠,方便筛选样品

ggrepel解决标签之间重叠问题简介 有时样本比较多,而我们想在图形中添加标签的时候,容易出现标签遮盖的问题。 尤其是在扩增子研究中,在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-02 20:14
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全基因组重测序数据分析过程介绍

1. 简介(Introduction) 通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变,结构变异-SNV,包括重排突变(deletioin, duplication 以及copy number variation)以及SNP的座位;针对重排...

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-05 09:56
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N50多少,证明组装的好?

N50如何评估组装效果

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-06 09:42
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用GEO数据不做实验不用编程轻松发两三分的文章

    GEO是目前常用的数据库中收纳数据量最为全面的数据库之一,我们本次基于GEO数据开展一篇生信类型的文章,进行解读、复现、拓展三个方面的解析。     我们本次的总是就是PC端做生信,实现零...

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  • 调研图
  • 发布于 2018-06-15 21:04
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R来完成表达芯片分析全流程-有笔记有视频

需要学R语言,一站式学会表达芯片处理

南瓜基因组

南瓜基因组 万圣节将至,南瓜灯和糖果是其不可缺少的东西,今天小编给大家简单介绍南瓜基因组文章。 背景 南瓜为葫芦科(Cucurbitaceae)南瓜属(Cucurbita)中的一年生草本植物,起源于...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-10-20 14:39
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基于DNA甲基化特征的乳腺癌异质性分析

文章原创地址:"计算表观遗传学"微信公众号

叶绿体组装策略

小编在此主要介绍一下一篇文献中叶绿体组装策略,毕竟现在好多植物完成测序,从里面捞点叶绿体数据自己组装发篇小文章还是可以的,嘻嘻。 背景 第二代测序虽然也能完成对整个基因组序...

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-30 21:54
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PICRUSt:16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花

16S分析能获得的信息比较有限,一般找到差异OTU,就很难再深入分析了。 如何把差异OTU与细菌自身的基因组功能建立联系呢?很多人在这方面做出了努力。

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-13 20:02
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Cytoscape——简介

Cytoscape页面功能简介

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-09-07 12:26
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Nature Reviews:拥抱未知:解析土壤微生物组的复杂性

Fierer N. Embracing the unknown: disentangling the complexities of the soil microbiome. Nature Reviews Microbiology, 15:579-590 (2017) 本文今年8月21日在线发表的综述,翻译转载自"...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-28 12:57
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文章中的Figures制作流程

开源免费软件处理科技图片

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  • 文虎
  • 发布于 2018-03-01 00:09
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使用REST API批量下载ENCODE数据

玩转ENCODE项目的数据资源(二)(附示例代码)

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  • Bryce
  • 发布于 2017-11-26 11:26
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ggbiplot-最好看的PCA作图:样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献和相关

写在前面 https://github.com/vqv/ggbiplot/blob/master/README.md 前几天在《宏基因组0》微信讨论群看到了有人发了一个上面链接,点开一看居然是一条命令出帅图,真是太实用了。我立即使用本...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-12-23 09:27
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R语言基础绘图——韦恩图

R语言基础绘图——韦恩图

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-09 09:23
  • 阅读 ( 1529 )

R语言基础绘图——箱线图

R语言基础绘图——箱线图

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-02 10:17
  • 阅读 ( 1517 )

生存分析——基本概念

文章对生存分析的概念以及特点进行初步介绍

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-17 13:13
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StringTie:一个转录组软件

新的转录组标表达定量软件

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-01 15:27
  • 阅读 ( 1467 )

Annual Review:人与微生物组

本公众号之前推荐并解读过一篇植物微生物组综述《Annu Rev:植物微生物组—系统见解与展望》,今天再给大家推荐一篇人类微生物组的综述。 本文是Rob Knight (https://knightlab.ucsd.edu/)...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-16 22:58
  • 阅读 ( 1467 )