热门的文章 - 第7页

简易数据标准化工具使用说明

简易数据标准化工具

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调研图
发布于 2018-07-12 17:08
阅读 ( 15001 )

RNA pull down实验原理及操作步骤

RNA pull down原理-先将体外转录的RNA结合到Beads上，再将RNA-Beads和细胞裂解液孵育，这样与目标RNA结合的蛋白便会一起吸附在Beads上。洗涤掉不结合的蛋白后，用洗脱液将RNA-protein复合物从Beads洗脱下来，之后可以采用Western Blot技术检测特定的结合蛋白，还可以采用质谱方法鉴定与目标RNA结合的未知蛋白。

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辉骏生物
发布于 2021-04-25 16:26
阅读 ( 14953 )

RefSeq注释下载及加工

如何从UCSC下载refseq参考基因注释文件

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Jinwen
发布于 2017-11-21 15:47
阅读 ( 14926 )

GFF3格式说明

GFF3格式说明备忘

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deepxin
发布于 2017-06-19 13:11
阅读 ( 14912 )

功能很强大的数据集成工具ePlant介绍

系统生物学研究面临的一个重大挑战是不同的数据类型需要用到相对应的分析软件进行可视化等，而且这些分布范围比较广泛。为了个好的研究，每个物种都需要一个可以结合所有数据的强大的研究平台。...

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调研图
发布于 2017-09-02 14:02
阅读 ( 14853 )

DNA pull down实验技术

DNA pull down-MS是体外研究DNA与蛋白互作的有力工具。该技术将生物素标记的DNA片段结合在链霉亲和素磁珠上，再与细胞核蛋白孵育，纯化出与DNA片段互作的蛋白，洗涤洗脱得到的蛋白产物，做western-blot检测特定蛋白是否与靶DNA片段结合；做质谱鉴定即可筛选出与DNA片段可能互作的蛋白信息（如具体某个或某些转录因子/组蛋白等）。

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辉骏生物
发布于 2018-10-18 14:20
阅读 ( 14699 )

火山图绘制工具使用说明

本工具专门用来绘制火山图，可以自由定制颜色，横轴纵轴的最大最小值，导出发表级的图片。软件输入只需两列，一列为foldchang（有没有做log2转换即可），一列为p值（有没有log皆可）软件界...

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祝让飞
发布于 2017-09-29 10:28
阅读 ( 14664 )

R语言做主成分分析实例

主成分分析法是数据挖掘中常用的一种降维算法,是Pearson在1901年提出的,再后来由hotelling在1933年加以发展提出的一种多变量的统计方法，其最主要的用途在于“降维”，通过析取主成分显出的最大的个别差异,也可以用来削减回归分析和聚类分析中变量的数目，与因子分析类似。

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祝让飞
发布于 2017-06-01 12:37
阅读 ( 14627 )

snpEff : 突变位点注释的又一利器

欢迎关注"生信修炼手册"！之前的文章中介绍了annovar软件的使用，除了annovar以外，snpEff 也是常用的一款突变位点注释工具。这款软件基于java语言进行开发，安装过程相对简单，下载之后解压

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生信
发布于 2018-08-30 08:54
阅读 ( 14597 )

生信扯上免疫相关就是容易上五分啊

肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细胞的程度对预后有显着贡献，在肿瘤微环境中，免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的；基于ESTIMA...

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祝让飞
发布于 2019-03-11 20:53
阅读 ( 14481 )

手把手教你从TCGA乳腺癌的表达谱样本中提取出三阴性的样本的表达矩阵

刚好在做课件是有同学问怎么搞到三阴性乳腺癌的表达谱数据，故有此文首先使用TCGA简易下载工具下载乳腺癌的表达谱和临床随访信息。问句1：这是他的临床数据： ER PR在临床随访信息中...

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祝让飞
发布于 2018-08-21 22:02
阅读 ( 14413 )

来自6分新贵杂志的生信数据分析

《柳叶刀》旗下杂志，居然也收生信分析文章..

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生信分析流
发布于 2018-07-31 10:15
阅读 ( 14249 )

更新了！多数据集合并及去除批次效应工具使用详解！

批次效应表示样品在不同批次中处理和测量产生的试验期间记录与任何生物变异无关的技术差异。

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柚子
发布于 2020-05-26 11:36
阅读 ( 14199 )

文章解读：乳腺癌甲基化分型的TCGA公共数据挖掘文章思路解析

这是一篇发表在五分多的杂志上的纯生信的文章，思路清晰，数据获取简便，在其他的癌症的分析中可以套用。

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祝让飞
发布于 2018-05-01 15:04
阅读 ( 14194 )

DNA甲基化是最早发现的修饰途径之一，可能存在于所有高等生物中。DNA甲基化导致某些区域DNA构象变化，从而影响了蛋白质与DNA的相互作用，抑制了转录因子与启动区DNA的结合效率，能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。DNA甲基化的主要形式为5-甲基胞嘧啶，N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鸟嘌呤。在真核生物中，5-甲基胞嘧啶主要出现在CpG和CpXpG中，原核生物中CCA/TGG和GATC也常被甲基化

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祝让飞
发布于 2017-06-10 17:21
阅读 ( 14159 )

双向电泳（2D电泳）实验技术

双向电泳(Two-dimensional electrophoresis)的基本原理是利用蛋白质的等电点（pI)和分子量(Mr)不同而分离蛋白质：第一向电泳——等电聚焦（Isoelectric Focusing，IEF）根据蛋白质的等电点不同将蛋白质分离，第二向电泳——十二烷基硫酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳（Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis, SDS—PAGE）利用蛋白质的分子量大小不同将蛋白质分离。

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辉骏生物
发布于 2018-11-27 15:55
阅读 ( 14153 )

reset

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admin
发布于 2018-05-10 18:27
阅读 ( 14080 )

宏基因组实战4.基因注释Prokka

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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刘永鑫
发布于 2017-11-02 20:54
阅读 ( 13874 )

文献解读（7）TP53突变这么重要？

作者通过对TCGA中32种癌症的10225例样本的分析，全面评估p53通路在这些癌症中的作用。发现TP53突变与增强的染色体不稳定性相关，包括癌基因扩增增加和抑癌基因深度缺失。TP53突变的肿瘤在RNA、miRNA和蛋白表达模式上与未突变的肿瘤不同，突变的TP53肿瘤表现出细胞周期进展基因和蛋白的增强表达。在11种癌症类型中，突变的TP53 RNA表达特征显示与生存率降低显著相关。因此，TP53突变对肿瘤细胞基因组结构、表达及临床前景具有重要的影响。