热门的文章 - 第7页

snpEff : 突变位点注释的又一利器

欢迎关注"生信修炼手册"！之前的文章中介绍了annovar软件的使用，除了annovar以外，snpEff 也是常用的一款突变位点注释工具。这款软件基于java语言进行开发，安装过程相对简单，下载之后解压

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生信
发布于 2018-08-30 08:54
阅读 ( 12127 )

测序简史

一文从一代到最新的测序技术，希望能够帮助你。

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张海伦
发布于 2017-07-25 17:46
阅读 ( 12103 )

生信扯上免疫相关就是容易上五分啊

肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细胞的程度对预后有显着贡献，在肿瘤微环境中，免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的；基于ESTIMA...

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祝让飞
发布于 2019-03-11 20:53
阅读 ( 12023 )

文章解读：乳腺癌甲基化分型的TCGA公共数据挖掘文章思路解析

这是一篇发表在五分多的杂志上的纯生信的文章，思路清晰，数据获取简便，在其他的癌症的分析中可以套用。

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祝让飞
发布于 2018-05-01 15:04
阅读 ( 12012 )

TCGA现有数据汇总

今天看到一篇帖子， 193种已发表植物基因组汇总，简简单单多余的东西一概没有。唤起了我很多最初的想法和感动，见贤思齐，把我整理过的东西也发一发。截止 2018年GDC的最新一次更新后

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生信分析流
发布于 2018-08-23 18:34
阅读 ( 11971 )

用GEO数据不做实验不用编程轻松发两三分的文章

GEO是目前常用的数据库中收纳数据量最为全面的数据库之一，我们本次基于GEO数据开展一篇生信类型的文章，进行解读、复现、拓展三个方面的解析。我们本次的总是就是PC端做生信，实现零...

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调研图
发布于 2018-06-15 21:04
阅读 ( 11948 )

手把手教你从TCGA乳腺癌的表达谱样本中提取出三阴性的样本的表达矩阵

刚好在做课件是有同学问怎么搞到三阴性乳腺癌的表达谱数据，故有此文首先使用TCGA简易下载工具下载乳腺癌的表达谱和临床随访信息。问句1：这是他的临床数据： ER PR在临床随访信息中...

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祝让飞
发布于 2018-08-21 22:02
阅读 ( 11896 )

GEO芯片数据转换器使用说明

随着微阵列芯片技术尤其是基因芯片的广泛应用，产生了海量的数据，为基因研究提供了大量的高通量数据资料，而GEO数据库就是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。用户不仅可以上传自己的数...

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祝让飞
发布于 2017-08-10 10:36
阅读 ( 11880 )

DNA甲基化是最早发现的修饰途径之一，可能存在于所有高等生物中。DNA甲基化导致某些区域DNA构象变化，从而影响了蛋白质与DNA的相互作用，抑制了转录因子与启动区DNA的结合效率，能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。DNA甲基化的主要形式为5-甲基胞嘧啶，N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鸟嘌呤。在真核生物中，5-甲基胞嘧啶主要出现在CpG和CpXpG中，原核生物中CCA/TGG和GATC也常被甲基化

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祝让飞
发布于 2017-06-10 17:21
阅读 ( 11823 )

零代码系列之三教你如何做WGCNA数据准备

上一节课我们已经通篇解析待复现文章的整体思路，那么接下来开始我们正题数据预处理，1、GEO数据下载；2、数据选择已经多种标准化处理方法；3、缺失值补全；4、箱线图绘制；5、临床特征样本信息准备。那么下一节就是我们的重头戏，怎么使用一键式WGCNA已经模块筛选。

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调研图
发布于 2018-12-10 15:24
阅读 ( 11813 )

一文解决各种ID转化成Gene Symbol

为了解决生信小白的困难，我们公司研发的一个网页板的小工具，里面内置了包括Ensembl、GPL570等常用的注释平台文件，你只需要上传自己的表达谱矩阵，点击鼠标即可完成各种ID之间的转换，非常方便。这么好的平台，亲们准备好了吗，和我一起去体验吧。

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柚子
发布于 2020-05-26 10:48
阅读 ( 11705 )

TCGA简易下载工具V10更新

TCGA简易下载工具V10更新主要在于成熟体miRNA的数据合并上，支持miRNA的isoform合并，从中可以得到新的矩阵然后再使用便捷ID转换器就可以将miRNA的表达谱矩阵转换成-3p、5p的miRNA了

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祝让飞
发布于 2018-01-28 17:24
阅读 ( 11678 )

多套数据集我们分别筛完了差异该怎么去整合？

之前讲到通过DEcenter做差异分析，利用多套数据集都得到各自的差异基因，简单粗暴的可以通过Veen图的方法观察多套数据集中同时差异的基因，通过RRA算法简易实现工具来尝试更为合理整合方法。

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调研图
发布于 2018-06-15 17:41
阅读 ( 11469 )

TCGA简易下载工具V16版升级详细教程

主要优化了三个方面：一、miRNA数据合并时同时合并出两个矩阵，一个是counts的，一个是FPKM的二、支持拷贝数变异的数据合并，可以用来直接跑GISTIC 三、优化了临床随访信息中疾病进展状态...

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祝让飞
发布于 2018-12-11 14:01
阅读 ( 11466 )

根据芯片平台提供的基因组位置来提取基因

在做GEO数据挖掘的时候经常会遇到注释信息很老的芯片平台，或者有些芯片平台压根就没提供基因的注释信息，此时要使用这样的芯片着实不好办，我今天就遇到这样的一个芯片平台https://www.ncbi.nl...

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祝让飞
发布于 2018-09-03 10:09
阅读 ( 11267 )

DNA pull down实验技术

DNA pull down-MS是体外研究DNA与蛋白互作的有力工具。该技术将生物素标记的DNA片段结合在链霉亲和素磁珠上，再与细胞核蛋白孵育，纯化出与DNA片段互作的蛋白，洗涤洗脱得到的蛋白产物，做western-blot检测特定蛋白是否与靶DNA片段结合；做质谱鉴定即可筛选出与DNA片段可能互作的蛋白信息（如具体某个或某些转录因子/组蛋白等）。