关于TCGA RNA-Seq数据ID的转换方法
使用TCGA简易下载工具的同志们一直很好奇，RNA-Seq数据集中的ID是怎么转换的，今天就介绍一下原理 首先我们根据TCGA官网提供的RNA-Seq pipline（https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformat...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-01-14 19:18
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祝让飞
爽儿
GSEA 富集分析简述
GSEA定义： Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分，一...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-14 15:07
- 阅读 ( 19177 )
慕谷·多泰 数据挖掘训练营第二期 开讲啦！
不是所有培训都能值回票价的，更不是所有培训都赠送价值几千元的线上视频课程！！
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- 生信分析流
- 发布于 2018-08-06 10:51
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生信分析流
记录clusterProfiler GO分析的一些疑问
闲暇时突然想写一个GO富集分析的小工具，说到富集分析的话不得不提Y叔的clusterProfiler了，简单的使用clusterProfiler提供的GO富集分析的例子： ## Not run: data(geneList)de <- name...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-12-08 14:32
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TCGA miRNASeq 数据生存分析
基于简易小工具下载TCGA表达数据做生存分析。软件工具：R。参考教程：https://www.biostars.org/p/153013/。有建议或问题希望指出，互相促进互相学习：）
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- 金晓妍
- 发布于 2017-05-22 05:46
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金晓妍
百迈客
一文解决各种ID转化成Gene Symbol
为了解决生信小白的困难，我们公司研发的一个网页板的小工具，里面内置了包括Ensembl、GPL570等常用的注释平台文件，你只需要上传自己的表达谱矩阵，点击鼠标即可完成各种ID之间的转换，非常方便。这么好的平台，亲们准备好了吗，和我一起去体验吧。
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 10:48
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柚子
R语言可以这么玩 |绘制地图与地点数据可视化
本期是我们R语言可以这么玩系列第四期。 小蟹君今天又来给大家介绍R的玩法了。这次，我们用R来画地图吧，利用可视化工具，我们更能轻松地得出结论哦~
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- 易统计
- 发布于 2017-05-02 10:46
- 阅读 ( 17721 )
易统计
GEO数据表达矩阵标准化前后箱线图制作
以文章Identification of differentially expressed genes and signaling pathways in ovarian cancer by integrated bioinformatics analysis的Figure1为例，简单几分钟制作如下图效果： 基本...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-05-26 23:22
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组学生物
R语言添加p-value和显著性标记
R语言添加p-value和显著性标记，原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/gRw0krS3LY7c0QK9y47EJw 作者简介 Introduction taoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。 个人博客: https://ytlogos.gi...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-18 13:38
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刘永鑫
ORCID 注册和使用
学术活动是一个连续的、长时间的活动，那么怎样才能将你的所有研究活动关联在一起呢？这里就需要用到一个【学术身份证】——即ORCID，你所有的国外投稿都是需要用到这样一个系统的，今天，小编就...
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- 祝让飞
- 发布于 2021-05-05 13:12
- 阅读 ( 17461 )
illumina的450K芯片的beta值含义及计算方法
illumina的软件(Illumina GenomeStudio Software)自动就把450k芯片的IDAT原始文件转换成了甲基化信号文件,一般是3~8列值每个样本。A beta value was calculated for each CpG target with Illum...
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- 生信菜鸟团
- 发布于 2017-08-10 22:59
- 阅读 ( 17080 )
生信菜鸟团
HeatmapCluster工具使用案例
本小工具无需您懂得R语言等繁琐的计算机语言，只需您的一份表达矩阵文件，瞬间帮您完成梦寐以求的Heatmap图片！！简单便捷，生信人出品，精品中的极品！生信人助您成为SCI达人！
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- oscarwang
- 发布于 2017-09-08 11:41
- 阅读 ( 17058 )
oscarwang
