爽儿
TCGA miRNASeq 数据生存分析
基于简易小工具下载TCGA表达数据做生存分析。软件工具：R。参考教程：https://www.biostars.org/p/153013/。有建议或问题希望指出，互相促进互相学习：）
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- 金晓妍
- 发布于 2017-05-22 05:46
- 阅读 ( 17516 )
金晓妍
TCGA CNV全攻略
TCGA里面主要是通过Affymetrix SNP6.0 array这款芯片来测拷贝数变异！
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- 生信菜鸟团
- 发布于 2017-06-16 17:28
- 阅读 ( 17454 )
生信菜鸟团
在GEO数据库如何找带有预后信息的数据？一分钟搞定，适用于找任何的样本特征数据
GEO数据库是目前基因表达谱数据数据库之一、里面包含了各种物种的各种测序和芯片平台的数据。详情介绍可以参考这篇文章：https://shengxin.ren/article/454，在这里我们主要介绍怎么快速的获取 ...
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- 祝让飞
- 发布于 2020-02-07 10:32
- 阅读 ( 17134 )
祝让飞
GSEA 富集分析简述
GSEA定义： Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分，一...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-14 15:07
- 阅读 ( 16848 )
GEO数据表达矩阵标准化前后箱线图制作
以文章Identification of differentially expressed genes and signaling pathways in ovarian cancer by integrated bioinformatics analysis的Figure1为例，简单几分钟制作如下图效果： 基本...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-05-26 23:22
- 阅读 ( 16470 )
R语言可以这么玩 |绘制地图与地点数据可视化
本期是我们R语言可以这么玩系列第四期。 小蟹君今天又来给大家介绍R的玩法了。这次，我们用R来画地图吧，利用可视化工具，我们更能轻松地得出结论哦~
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- 易统计
- 发布于 2017-05-02 10:46
- 阅读 ( 16273 )
易统计
组学生物
百迈客
illumina的450K芯片的beta值含义及计算方法
illumina的软件(Illumina GenomeStudio Software)自动就把450k芯片的IDAT原始文件转换成了甲基化信号文件,一般是3~8列值每个样本。A beta value was calculated for each CpG target with Illum...
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- 生信菜鸟团
- 发布于 2017-08-10 22:59
- 阅读 ( 15853 )
HeatmapCluster工具使用案例
本小工具无需您懂得R语言等繁琐的计算机语言，只需您的一份表达矩阵文件，瞬间帮您完成梦寐以求的Heatmap图片！！简单便捷，生信人出品，精品中的极品！生信人助您成为SCI达人！
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- oscarwang
- 发布于 2017-09-08 11:41
- 阅读 ( 15767 )
oscarwang
KEGG通路图定制化绘制工具
做组学离不开KEGG，离不开KEGG通路的标记和富集，KEGG通路图定制化绘制工具支持在KEGG 通路中任意标记你的目标基因及任意颜色
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-08 12:59
- 阅读 ( 15146 )
关于细胞自噬，这些你都知道吗？
细胞自噬是指在自噬相关基因的调控下，利用溶酶体降解自身受损的细胞器及大分子物质的过程，以此维持细胞自身的需要及细胞器的更新。 一、细胞自噬的基本概念及特征 1、自噬的过程
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- 生信分析流
- 发布于 2018-09-30 13:43
- 阅读 ( 14950 )
生信分析流
批量计算生存分析工具使用例子
以下我们使用GEO的一套数据来演示以下该工具使用 首先我们选择下载GSE25065数据集，下载之后使用GEO芯片数据转换器将数据提取出来，最终我们得到了这两个文件 打开SampleInfo.xls文件找到随访...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-08-16 15:39
- 阅读 ( 14833 )
