GEO数据挖掘之数据预处理
一套万金油GEO数据处理方式，对于下载Series Matrix File和MINiML formatted famliy file文件信息解读和便捷处理方法，绝对是分析新手的制胜法宝。 1、万金油处理思路； 2、Series Matrix F...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-08 11:48
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调研图
爽儿
TCGA miRNASeq 数据生存分析
基于简易小工具下载TCGA表达数据做生存分析。软件工具：R。参考教程：https://www.biostars.org/p/153013/。有建议或问题希望指出，互相促进互相学习：）
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- 金晓妍
- 发布于 2017-05-22 05:46
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金晓妍
记录clusterProfiler GO分析的一些疑问
闲暇时突然想写一个GO富集分析的小工具，说到富集分析的话不得不提Y叔的clusterProfiler了，简单的使用clusterProfiler提供的GO富集分析的例子： ## Not run: data(geneList)de <- name...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-12-08 14:32
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祝让飞
GSEA 富集分析简述
GSEA定义： Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分，一...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-14 15:07
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百迈客
GEO数据表达矩阵标准化前后箱线图制作
以文章Identification of differentially expressed genes and signaling pathways in ovarian cancer by integrated bioinformatics analysis的Figure1为例，简单几分钟制作如下图效果： 基本...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-05-26 23:22
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R语言可以这么玩 |绘制地图与地点数据可视化
本期是我们R语言可以这么玩系列第四期。 小蟹君今天又来给大家介绍R的玩法了。这次，我们用R来画地图吧，利用可视化工具，我们更能轻松地得出结论哦~
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- 易统计
- 发布于 2017-05-02 10:46
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易统计
组学生物
HeatmapCluster工具使用案例
本小工具无需您懂得R语言等繁琐的计算机语言，只需您的一份表达矩阵文件，瞬间帮您完成梦寐以求的Heatmap图片！！简单便捷，生信人出品，精品中的极品！生信人助您成为SCI达人！
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- oscarwang
- 发布于 2017-09-08 11:41
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oscarwang
illumina的450K芯片的beta值含义及计算方法
illumina的软件(Illumina GenomeStudio Software)自动就把450k芯片的IDAT原始文件转换成了甲基化信号文件,一般是3~8列值每个样本。A beta value was calculated for each CpG target with Illum...
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- 生信菜鸟团
- 发布于 2017-08-10 22:59
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生信菜鸟团
KEGG通路图定制化绘制工具
做组学离不开KEGG，离不开KEGG通路的标记和富集，KEGG通路图定制化绘制工具支持在KEGG 通路中任意标记你的目标基因及任意颜色
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-08 12:59
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R语言添加p-value和显著性标记
R语言添加p-value和显著性标记，原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/gRw0krS3LY7c0QK9y47EJw 作者简介 Introduction taoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。 个人博客: https://ytlogos.gi...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-18 13:38
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刘永鑫
关于细胞自噬，这些你都知道吗？
细胞自噬是指在自噬相关基因的调控下，利用溶酶体降解自身受损的细胞器及大分子物质的过程，以此维持细胞自身的需要及细胞器的更新。 一、细胞自噬的基本概念及特征 1、自噬的过程
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- 生信分析流
- 发布于 2018-09-30 13:43
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生信分析流
一文解决各种ID转化成Gene Symbol
为了解决生信小白的困难，我们公司研发的一个网页板的小工具，里面内置了包括Ensembl、GPL570等常用的注释平台文件，你只需要上传自己的表达谱矩阵，点击鼠标即可完成各种ID之间的转换，非常方便。这么好的平台，亲们准备好了吗，和我一起去体验吧。
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 10:48
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柚子
