blast中的m8结果文件格式介绍

经常使用blast，一般我都是使用m8格式作为blast结果的，但是blast的m8结果竟然没有标题，这是一个坑爹的事情，硬记时间长了肯定忘，那就记录一下吧

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• 祝让飞
• 发布于 2017-04-10 10:25
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简易KM曲线绘制工具 使用教程

其实绘制KM曲线的软件有很多，KM曲线是1958年，E. L. Kaplan 和 Paul Meier 两位教授介绍的一种全新的、解决随访期间右删失 (right censoring) 问题的生存分析方法，被称作Kaplan-Meier方法，这种方法精确地记录并利用每个个体发生终点事件的具体时间，在任何一个终点事件发生的时间点计算出一个新的、基于之前所有信息的总生存率 (Cumulative survival) 。

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• 祝让飞
• 发布于 2018-04-04 21:56
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用小提琴图来可视化基因差异表达之美化过程

为了表示基因在样本中的差异，对于许多个基因的话用火山图感觉挺高大上的，那么对于少数几个基因的话一般用什么来展示其表达差异呢，有很多种办法，比如箱线图，柱状图等等，今天主要用小提琴图来可视化几个基因的差异表达。

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• 祝让飞
• 发布于 2017-07-03 21:09
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降解组测序简单了解

降解组测序

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• SXR
• 发布于 2017-03-28 20:43
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Cytoscape——美化

Cytoscape美化

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• 爽儿
• 发布于 2017-09-07 13:01
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一键式WGCNA，WGCNA的简易便捷分析软件

WGCNA加权基因共表达网络分析主要用来分析不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，WGCNA适用于复杂的数据模式，15个样品以上的数据，利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集，并与表型进行显著性关联分析，优势在于一是充分利用了信息，二是把数千个基因与表型的关联转换为数个基因集与表型的关联，免去了多重假设检验校正的问题。

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• 调研图
• 发布于 2018-09-03 09:05
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火山图绘制工具示例

1、首先我们选择一套GEO数据集GSEXXXX,然后使用GEO2R的在线工具（或者使用生信人的差异分析小工具*看这里：如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析）筛选差异表达基因，我们将得到所有基因的差...

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• 祝让飞
• 发布于 2017-09-29 10:37
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GEO数据做生存分析

小编今日又一次以小白的身份完成了从下载GEO数据到批量运行生存分析。

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• 张海伦
• 发布于 2017-10-24 21:53
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BRIG∣原核生物比较基因组圈图展示神器

原核生物比较基因组圈图如何展示，BRIG软件教您轻松搞定！

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• 美吉生物
• 发布于 2018-01-26 14:00
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生存分析——基本概念

文章对生存分析的概念以及特点进行初步介绍

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• 爽儿
• 发布于 2017-08-17 13:13
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生存分析——在线工具

生存分析在线工具

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• 爽儿
• 发布于 2017-08-28 20:11
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TCGA RNASeq数据归一化工具说明

TCGA RNASeq数据提供了三种下载格式，很多新手不知道下载哪种格式的数据比较好，因为一些筛选差异的包比如（edgR等）需要Counts，所以很多人去下载了Counts，然后后续却不知道怎么去处理，当然...

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• 祝让飞
• 发布于 2017-09-01 16:49
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零代码系列之三教你如何看懂WGCNA分析结果

上一节课已经成体系的讲解数据下载到处理完成完整过程，本节可开始讲解如何一键式WGCNA工具使用。1、WGCNA方法总结；2、一键式WGCNA操作说明；3、结果的解读以及参数的调试；4、目标模块分析。

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• 调研图
• 发布于 2018-12-10 15:54
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新手在TCGA中怎么找各类样本

经常遇到很多人问怎么在TCGA中找到正常样本，在这里详细给大家支个招

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• 祝让飞
• 发布于 2017-04-07 17:44
• 阅读 ( 19054 )

KEGG Pathway 中基因的颜色怎么简单的标记上去

在组学的文章中经常会看到各种KEGG Pathway，上面的基因经常会被标记成不同的颜色，而不同的颜色代表基因的不同的差异水平，那么除了公司流程中能够将KEGG pathway的基因标上去颜色之外还有什么工具也能方便的标记呢，事实上这是一个数据可视化的过程，在做科研的过程中常常存在不同的需求

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• 祝让飞
• 发布于 2017-07-17 13:49
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关于TCGA RNA-Seq数据ID的转换方法

使用TCGA简易下载工具的同志们一直很好奇，RNA-Seq数据集中的ID是怎么转换的，今天就介绍一下原理 首先我们根据TCGA官网提供的RNA-Seq pipline（https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformat...

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• 祝让飞
• 发布于 2018-01-14 19:18
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富集分析结果展示（一）——气泡图

记得在两年前刚学生信时，和很多小伙伴一样，在做完差异基因分析或者进行基因特异性筛选时，发现结果有几百个甚至上千个基因。心里想，这么多基因，如果每一个基因去NCBI、Gene Card等公共数据库上去注释基因功能，等注释完了，黄花菜都凉了。

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• 柚子
• 发布于 2020-05-26 10:57
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GEO数据挖掘之标准化及箱线图绘制

本节课主要讲解数据标准化，基于我们上一讲的数据预处理中使用RMA工具提取基因表达普数据，重现文章中的标准化结果，以及零代码实现标准化数据和箱线图绘制工具使用说明。 1、本节所讲内容如...

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• 调研图
• 发布于 2018-06-15 11:07
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在GEO数据库如何找带有预后信息的数据？一分钟搞定，适用于找任何的样本特征数据

GEO数据库是目前基因表达谱数据数据库之一、里面包含了各种物种的各种测序和芯片平台的数据。详情介绍可以参考这篇文章：https://shengxin.ren/article/454，在这里我们主要介绍怎么快速的获取 ...

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• 祝让飞
• 发布于 2020-02-07 10:32
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R语言基础绘图——饼图

R语言基础绘图——饼图

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• 爽儿
• 发布于 2017-08-09 09:29
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