基因功能验正的几种方法

通过信息分析得到的候选基因,如何进行试验上的功能验证呢

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-28 20:51
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GSEA (Gene Set Enrichment Analysis基因集富集分析)简介

官网 http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp

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  • 金晓妍
  • 发布于 2017-07-21 20:12
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视频讲解0实验成本的发文方法——基因家族分析

视频教程讲解基因家族分析方法,真正做到“用别人的数据,发自己的文章”!

关于Gene ID的转换问题简述

事实上很多时候都需要做基因ID的转换,与其依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,理解转换原理才能让你来去自如

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-14 19:48
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小工具下载地址专用

共享小工具,助力科研系列,响应广大坚持在一线科研的同志们的号召,提供生信人小工具,工具的主旨是无需安装,便捷易用,一目了然,本文专用小工具下载链接 1、GEO转换器: win64位:百度云...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-07 18:29
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用小提琴图来可视化基因差异表达之美化过程

为了表示基因在样本中的差异,对于许多个基因的话用火山图感觉挺高大上的,那么对于少数几个基因的话一般用什么来展示其表达差异呢,有很多种办法,比如箱线图,柱状图等等,今天主要用小提琴图来可视化几个基因的差异表达。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-07-03 21:09
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【DNA甲基化分析系列】450K甲基化谱分析,6篇讲义从零入门

本文由【计算表观遗传学】公众号首发,针对表观遗传领域中研究最为广泛的DNA甲基化修饰及其广泛应用的群体研究中甲基化水平检查芯片技术进行系列讲解,帮助初学者了解芯片甲基化数据的获取、处理及深入分析的流程。感兴趣者可在公众号和社区中留言交流。

测序简史

一文从一代到最新的测序技术,希望能够帮助你。

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-07-25 17:46
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Nature:地球微生物组计划首发成果

Thompson LR, Sanders JG, McDonald D, Amir A, Ladau J,Locey KJ et al (2017). A communal catalogue reveals Earth’s multiscalemicrobial diversity. Nature. 本文今年11月1日在线发表,23...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-28 15:24
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MECAT:PC组装人的基因组

今天给大家推荐一款牛叉的三代组装软件,号称资源浪费少,绿色又环保,而且在个人笔记本上毫无压力的软件——MECAT。

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-06-26 16:31
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Nature Microbiology:肠道菌群如何划分肠型

题目:基于肠道菌群组成的“肠型”如何定义? 认识肠道菌群领域的29位大佬,从熟悉他们的名字和单位开始。 作者:Paul I. Costea 1, Falk Hildebrand 1,2,3, Arumugam Manimozhiyan 4, Fredrik...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-25 21:58
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关于Bootstrap的通俗讲解

本文介绍了一种面向应用的、 基于大量计算的统计推断--Bootstrap法 。 它是以原始数据为基础的模拟抽样统计推断法,用于研究原始数据的某统计量的分布特征, 特别适用于那些难以用常规方法导出的...

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-30 21:50
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RegulomeDB和HaploReg数据库:后GWAS时代的数据整合

RegulomeDB和HaploReg数据库提供了将大量基因组学数据与非编码突变整合的思路。

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  • Bryce
  • 发布于 2017-12-05 12:33
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数据分析技巧、基因定位文献解读合辑

这一期的合辑包括数据分析技巧和基因定位经典文献的解读。

相关性矩阵热图绘制工具使用案例

在我们的组学研究中经常会遇到各种相关性,今天这款小工具专注解决各种矩阵相关性问题,老司机不多说赶紧上车 软件界面如下: 一目了然,输入矩阵即可继续行的相关性或者列的相关性,可以选择...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-11 10:15
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关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲

首先来了解一下三个概念: 1、adapter是一段短的序列已知的核酸链,用于链接序列未知的目标测序片段。 2、barcode,也称为index,是一段很短的寡居核酸链,用于在多个样品混合测序时,标记不同的样品。 3、insert是用于测序的目标片段,因为是包括在两个adapter之间,所以被称为“插入”片段。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-03 19:04
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R语言可以这么玩 |绘制地图与地点数据可视化

本期是我们R语言可以这么玩系列第四期。 小蟹君今天又来给大家介绍R的玩法了。这次,我们用R来画地图吧,利用可视化工具,我们更能轻松地得出结论哦~

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  • 易统计
  • 发布于 2017-05-02 10:46
  • 阅读 ( 2310 )

BRIG∣原核生物比较基因组圈图展示神器

原核生物比较基因组圈图如何展示,BRIG软件教您轻松搞定!

参考简易TCGA下载小工具简单介绍TCGA

TCGA产生背景       目前人们研究最多的疾病非癌症莫属。从人类基因组计划完成后,癌症研究也早已步入基因组学时代,正因如此,人们急需一个能整合多种癌症基因组测序数据的功能强大的数据库平...

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  • 金晓妍
  • 发布于 2017-05-07 22:28
  • 阅读 ( 2252 )

微生物多样性分析神器Qiime的centos 6.7的安装历程

QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology)是一个专门针对于微生物群落的分析pipline,可以进行OTU,以及多样性分析等等。拥有处理16s rRNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。所谓分析pipline必是集成软件,QIIME也不例外。因此安装起来超级麻烦。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-05-26 21:39
  • 阅读 ( 2217 )