爽儿
blast中的m8结果文件格式介绍
经常使用blast，一般我都是使用m8格式作为blast结果的，但是blast的m8结果竟然没有标题，这是一个坑爹的事情，硬记时间长了肯定忘，那就记录一下吧
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- 祝让飞
- 发布于 2017-04-10 10:25
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祝让飞
张海伦
如何快速的查询某学者的基金项目列表
用Sangerbox公众号，便捷快速。 近日公众号上线了新功能，可以根据人名或者人名+单位 就能检索此人的所有基金项目哦 此外还能预测与此人的亲密合作伙伴呢
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- 祝让飞
- 发布于 2019-12-13 11:07
- 阅读 ( 18620 )
SXR
TCGA RNASeq数据归一化工具说明
TCGA RNASeq数据提供了三种下载格式，很多新手不知道下载哪种格式的数据比较好，因为一些筛选差异的包比如（edgR等）需要Counts，所以很多人去下载了Counts，然后后续却不知道怎么去处理，当然...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-09-01 16:49
- 阅读 ( 17992 )
关于Bootstrap的通俗讲解
本文介绍了一种面向应用的、 基于大量计算的统计推断--Bootstrap法 。 它是以原始数据为基础的模拟抽样统计推断法,用于研究原始数据的某统计量的分布特征, 特别适用于那些难以用常规方法导出的...
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- SXR
- 发布于 2017-03-30 21:50
- 阅读 ( 17977 )
关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲
首先来了解一下三个概念： 1、adapter是一段短的序列已知的核酸链，用于链接序列未知的目标测序片段。 2、barcode，也称为index，是一段很短的寡居核酸链，用于在多个样品混合测序时，标记不同的样品。 3、insert是用于测序的目标片段，因为是包括在两个adapter之间，所以被称为“插入”片段。
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- 祝让飞
- 发布于 2017-06-03 19:04
- 阅读 ( 17606 )
零代码系列之三教你如何看懂WGCNA分析结果
上一节课已经成体系的讲解数据下载到处理完成完整过程，本节可开始讲解如何一键式WGCNA工具使用。1、WGCNA方法总结；2、一键式WGCNA操作说明；3、结果的解读以及参数的调试；4、目标模块分析。
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- 调研图
- 发布于 2018-12-10 15:54
- 阅读 ( 17180 )
调研图
记录clusterProfiler GO分析的一些疑问
闲暇时突然想写一个GO富集分析的小工具，说到富集分析的话不得不提Y叔的clusterProfiler了，简单的使用clusterProfiler提供的GO富集分析的例子： ## Not run: data(geneList)de <- name...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-12-08 14:32
- 阅读 ( 16872 )
关于TCGA RNA-Seq数据ID的转换方法
使用TCGA简易下载工具的同志们一直很好奇，RNA-Seq数据集中的ID是怎么转换的，今天就介绍一下原理 首先我们根据TCGA官网提供的RNA-Seq pipline（https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformat...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-01-14 19:18
- 阅读 ( 16834 )
GEO数据挖掘之数据预处理
一套万金油GEO数据处理方式，对于下载Series Matrix File和MINiML formatted famliy file文件信息解读和便捷处理方法，绝对是分析新手的制胜法宝。 1、万金油处理思路； 2、Series Matrix F...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-08 11:48
- 阅读 ( 16683 )
TCGA miRNASeq 数据生存分析
基于简易小工具下载TCGA表达数据做生存分析。软件工具：R。参考教程：https://www.biostars.org/p/153013/。有建议或问题希望指出，互相促进互相学习：）
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- 金晓妍
- 发布于 2017-05-22 05:46
- 阅读 ( 16636 )
金晓妍
美吉生物
KEGG Pathway 中基因的颜色怎么简单的标记上去
在组学的文章中经常会看到各种KEGG Pathway，上面的基因经常会被标记成不同的颜色，而不同的颜色代表基因的不同的差异水平，那么除了公司流程中能够将KEGG pathway的基因标上去颜色之外还有什么工具也能方便的标记呢，事实上这是一个数据可视化的过程，在做科研的过程中常常存在不同的需求
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- 祝让飞
- 发布于 2017-07-17 13:49
- 阅读 ( 16484 )
富集分析结果展示（一）——气泡图
记得在两年前刚学生信时，和很多小伙伴一样，在做完差异基因分析或者进行基因特异性筛选时，发现结果有几百个甚至上千个基因。心里想，这么多基因，如果每一个基因去NCBI、Gene Card等公共数据库上去注释基因功能，等注释完了，黄花菜都凉了。
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 10:57
- 阅读 ( 16033 )
柚子
