简易KM曲线绘制工具 使用教程

其实绘制KM曲线的软件有很多，KM曲线是1958年，E. L. Kaplan 和 Paul Meier 两位教授介绍的一种全新的、解决随访期间右删失 (right censoring) 问题的生存分析方法，被称作Kaplan-Meier方法，这种方法精确地记录并利用每个个体发生终点事件的具体时间，在任何一个终点事件发生的时间点计算出一个新的、基于之前所有信息的总生存率 (Cumulative survival) 。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-04-04 21:56
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关于Bootstrap的通俗讲解

本文介绍了一种面向应用的、 基于大量计算的统计推断--Bootstrap法 。 它是以原始数据为基础的模拟抽样统计推断法,用于研究原始数据的某统计量的分布特征, 特别适用于那些难以用常规方法导出的...

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-30 21:50
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一键式WGCNA，WGCNA的简易便捷分析软件

WGCNA加权基因共表达网络分析主要用来分析不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，WGCNA适用于复杂的数据模式，15个样品以上的数据，利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集，并与表型进行显著性关联分析，优势在于一是充分利用了信息，二是把数千个基因与表型的关联转换为数个基因集与表型的关联，免去了多重假设检验校正的问题。

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  • 调研图
  • 发布于 2018-09-03 09:05
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火山图绘制工具示例

1、首先我们选择一套GEO数据集GSEXXXX,然后使用GEO2R的在线工具（或者使用生信人的差异分析小工具*看这里：如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析）筛选差异表达基因，我们将得到所有基因的差...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-29 10:37
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关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲

首先来了解一下三个概念： 1、adapter是一段短的序列已知的核酸链，用于链接序列未知的目标测序片段。 2、barcode，也称为index，是一段很短的寡居核酸链，用于在多个样品混合测序时，标记不同的样品。 3、insert是用于测序的目标片段，因为是包括在两个adapter之间，所以被称为“插入”片段。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-03 19:04
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降解组测序简单了解

降解组测序

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-28 20:43
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GEO数据做生存分析

小编今日又一次以小白的身份完成了从下载GEO数据到批量运行生存分析。

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-10-24 21:53
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Cytoscape——美化

Cytoscape美化

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-09-07 13:01
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TCGA RNASeq数据归一化工具说明

TCGA RNASeq数据提供了三种下载格式，很多新手不知道下载哪种格式的数据比较好，因为一些筛选差异的包比如（edgR等）需要Counts，所以很多人去下载了Counts，然后后续却不知道怎么去处理，当然...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-01 16:49
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新手在TCGA中怎么找各类样本

经常遇到很多人问怎么在TCGA中找到正常样本，在这里详细给大家支个招

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-04-07 17:44
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零代码系列之三教你如何看懂WGCNA分析结果

上一节课已经成体系的讲解数据下载到处理完成完整过程，本节可开始讲解如何一键式WGCNA工具使用。1、WGCNA方法总结；2、一键式WGCNA操作说明；3、结果的解读以及参数的调试；4、目标模块分析。

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  • 调研图
  • 发布于 2018-12-10 15:54
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BRIG∣原核生物比较基因组圈图展示神器

原核生物比较基因组圈图如何展示，BRIG软件教您轻松搞定！

生存分析——在线工具

生存分析在线工具

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-28 20:11
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生存分析——基本概念

文章对生存分析的概念以及特点进行初步介绍

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-17 13:13
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KEGG Pathway 中基因的颜色怎么简单的标记上去

在组学的文章中经常会看到各种KEGG Pathway，上面的基因经常会被标记成不同的颜色，而不同的颜色代表基因的不同的差异水平，那么除了公司流程中能够将KEGG pathway的基因标上去颜色之外还有什么工具也能方便的标记呢，事实上这是一个数据可视化的过程，在做科研的过程中常常存在不同的需求

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-07-17 13:49
  • 阅读 ( 17709 )

关于TCGA RNA-Seq数据ID的转换方法

使用TCGA简易下载工具的同志们一直很好奇，RNA-Seq数据集中的ID是怎么转换的，今天就介绍一下原理 首先我们根据TCGA官网提供的RNA-Seq pipline（https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformat...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-01-14 19:18
  • 阅读 ( 17676 )

富集分析结果展示（一）——气泡图

记得在两年前刚学生信时，和很多小伙伴一样，在做完差异基因分析或者进行基因特异性筛选时，发现结果有几百个甚至上千个基因。心里想，这么多基因，如果每一个基因去NCBI、Gene Card等公共数据库上去注释基因功能，等注释完了，黄花菜都凉了。

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  • 柚子
  • 发布于 2020-05-26 10:57
  • 阅读 ( 17617 )

GEO数据挖掘之数据预处理

一套万金油GEO数据处理方式，对于下载Series Matrix File和MINiML formatted famliy file文件信息解读和便捷处理方法，绝对是分析新手的制胜法宝。 1、万金油处理思路； 2、Series Matrix F...

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  • 调研图
  • 发布于 2018-06-08 11:48
  • 阅读 ( 17540 )

记录clusterProfiler GO分析的一些疑问

闲暇时突然想写一个GO富集分析的小工具，说到富集分析的话不得不提Y叔的clusterProfiler了，简单的使用clusterProfiler提供的GO富集分析的例子： ## Not run:     data(geneList)de <- name...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-12-08 14:32
  • 阅读 ( 17476 )

TCGA miRNASeq 数据生存分析

基于简易小工具下载TCGA表达数据做生存分析。软件工具：R。参考教程：https://www.biostars.org/p/153013/。有建议或问题希望指出，互相促进互相学习：）

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  • 金晓妍
  • 发布于 2017-05-22 05:46
  • 阅读 ( 17317 )

今天，有什么经验需要分享呢？

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