Nature Reviews：拥抱未知：解析土壤微生物组的复杂性
Fierer N. Embracing the unknown: disentangling the complexities of the soil microbiome. Nature Reviews Microbiology, 15：579-590 (2017) 本文今年8月21日在线发表的综述，翻译转载自"...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-28 12:57
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刘永鑫
用GEO数据不做实验不用编程轻松发两三分的文章
GEO是目前常用的数据库中收纳数据量最为全面的数据库之一，我们本次基于GEO数据开展一篇生信类型的文章，进行解读、复现、拓展三个方面的解析。 我们本次的总是就是PC端做生信，实现零...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-15 21:04
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调研图
爽儿
ggbiplot-最好看的PCA作图：样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献和相关
写在前面 https://github.com/vqv/ggbiplot/blob/master/README.md 前几天在《宏基因组0》微信讨论群看到了有人发了一个上面链接，点开一看居然是一条命令出帅图，真是太实用了。我立即使用本...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-12-23 09:27
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TCGA简易下载工具V16版升级详细教程
主要优化了三个方面： 一、miRNA数据合并时同时合并出两个矩阵，一个是counts的，一个是FPKM的 二、支持拷贝数变异的数据合并，可以用来直接跑GISTIC 三、优化了临床随访信息中疾病进展状态...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-12-11 14:01
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祝让飞
基因集变异分析（GSVA）分析工具介绍
基因富集分析（Gene set enrichment analysis，GSEA）需要预先有一个有生物学意义的基因集（如同一个通路中的基因），再将基因集内（具有相同意义/功能）的基因一并计算并归纳为单个富集分数。...
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- admin
- 发布于 2021-09-30 11:49
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admin
多套数据集我们分别筛完了差异该怎么去整合？
之前讲到通过DEcenter做差异分析，利用多套数据集都得到各自的差异基因，简单粗暴的可以通过Veen图的方法观察多套数据集中同时差异的基因，通过RRA算法简易实现工具来尝试更为合理整合方法。
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- 调研图
- 发布于 2018-06-15 17:41
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全基因组重测序数据分析过程介绍
1. 简介(Introduction) 通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变，结构变异-SNV，包括重排突变（deletioin, duplication 以及copy number variation）以及SNP的座位；针对重排...
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- SXR
- 发布于 2017-04-05 09:56
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SXR
miRNA与lncRNA的关系网络构建
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要lncRNA与miRNA的关系对构建。
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- 调研图
- 发布于 2018-11-16 14:48
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五彩进化树与热图更配-ggtree美颜进化树(宏基因组扩增子)
研究基因功能的人建个树，需要找近缘物种、外类群十几至几十个物种，费N天的劲才能做个树。而宏基因组领域的人不用去收集其它物种，因为研究的对像本身就有几百到几千的物种，为了方便阅读或展示主要信息，我们反而会挑选结果中前100以内的物种去分析并展示。这是我们绝对的优势。
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:05
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张海伦
根据芯片平台提供的基因组位置来提取基因
在做GEO数据挖掘的时候经常会遇到注释信息很老的芯片平台，或者有些芯片平台压根就没提供基因的注释信息，此时要使用这样的芯片着实不好办，我今天就遇到这样的一个芯片平台https://www.ncbi.nl...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-09-03 10:09
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GEO芯片数据转换器使用说明
随着微阵列芯片技术尤其是基因芯片的广泛应用，产生了海量的数据，为基因研究提供了大量的高通量数据资料，而GEO数据库就是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。用户不仅可以上传自己的数...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-08-10 10:36
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简易矩阵操作工具使用教程
为了临床的童鞋更方便的处理大的表格矩阵，我们开发了一款简易的矩阵操作工具来对大的表格矩阵进行简单的数据处理 该简易矩阵操作工具主要包括以下几个功能： 1、从大的矩阵文件中提取指定列...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-21 21:34
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好用的在线GO富集分析工具
点击上方蓝字关注生信宝典，换个角度学生信。GeneOntology富集分析是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-23 19:13
- 阅读 ( 13284 )
shengxinbaodian
ggalluvial：冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram
感谢“宏基因组0”群友李海敏、沈伟推荐此包绘制堆叠柱状图各成分连线：突出展示组间物种丰度变化。 冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种，最初开发用于代表网络结构的时间变...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-17 14:49
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Sangerbox 3.0:一站式的科研数据分析和写作投稿平台
从第一款简易TCGA下载工具开始，SangerBox便有了傻瓜式、易操作的基因，秉承简易、高效的原则，SangerBox已经进入 第三代系统。 第一代 SangerBox为一款 桌面式的 软件，易上手，但是 在不同电...
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- admin
- 发布于 2021-06-16 15:37
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