GSEA （Gene Set Enrichment Analysis基因集富集分析）简介
官网 http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp
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- 金晓妍
- 发布于 2017-07-21 20:12
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金晓妍
查询物种基因组大小的方式
相信大家在科研工作中，难免涉及到要查询某个物种的基因组大小。那么到目前为止，已经测过序的物种的基因组大小到底去哪里查询吗。小编整理了目前已有的可供查询基因组大小的数据库，供大家选择和使用，希望能够帮到你。
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- SXR
- 发布于 2017-03-28 20:28
- 阅读 ( 26633 )
SXR
拿一套GEO数据集用DECenter来花式做差异详解
之前很多人使用DECenter出现各种奇奇怪怪的错误，然后程序猿一直希望将学习成本降到最低，经过多次努力，已更新到了第四版本 这次就用V4来做一下一套GEO芯片数据的差异分析 这套芯片数据为：G...
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- 祝让飞
- 发布于 2017-10-26 15:20
- 阅读 ( 26510 )
祝让飞
蛋白质互作网络挖掘中Hub Genes该怎么选
Hub基因通常都是具有代表性的一些基因，如何从众多基因集中找出它的真身呢？今天小编给大家介绍以下Cytoscape中的Cytohubba模块。 Cytohubba是Cytoscape软件用于识别hub节点的插件，那...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-20 11:10
- 阅读 ( 26285 )
调研图
如果导师丢给你一个基因让你去研究，不妨试一下这两个五分的套路
很多研究都是集中在大样本的基因集中去筛选目标基因，这也是常规做数据挖掘的思路，但是做基础实验的常常关注某个基因，那么一个基因怎么做公共数据挖掘？ 这里有两个秘籍分享给大家 1、横向...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-02-22 12:10
- 阅读 ( 25633 )
快速差异分析工具——limma包
limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。
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- 欢乐豆
- 发布于 2020-05-26 19:47
- 阅读 ( 25283 )
欢乐豆
五分钟搞定一个芯片的重注释，让那些没有genesymbol的数据再次好用
我们做芯片数据分析的时候经常会遇到有些基因芯片根本没有geneSymbol，或者有些lncRNA芯片根本没有像样的名称，故此对我们后续的分析也造成了不少的麻烦，基于此 我们可以通过序列比对的方式将...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-30 21:44
- 阅读 ( 25261 )
GEO数据挖掘之原始数据下载
复现文章第一步，GEO数据下载，这里详细解释了GEO数据库中SOFT formatted famliy file、MINiML formatted famliy file、Series Matrix File和RAE.tar四种数据的异同点。 GEO数据库详细解读，包...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-08 10:23
- 阅读 ( 25250 )
关于Bootstrap的通俗讲解
本文介绍了一种面向应用的、 基于大量计算的统计推断--Bootstrap法 。 它是以原始数据为基础的模拟抽样统计推断法,用于研究原始数据的某统计量的分布特征, 特别适用于那些难以用常规方法导出的...
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- SXR
- 发布于 2017-03-30 21:50
- 阅读 ( 25008 )
如何快速的查询某学者的基金项目列表
用Sangerbox公众号，便捷快速。 近日公众号上线了新功能，可以根据人名或者人名+单位 就能检索此人的所有基金项目哦 此外还能预测与此人的亲密合作伙伴呢
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- 祝让飞
- 发布于 2019-12-13 11:07
- 阅读 ( 24943 )
爽儿
简易TCGA下载工具V8版升级简要说明
简易TCGA不知不觉已经更新到了第八个版本,之所以更新无非是有很多同志们遇到了各种各样的需求
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- 祝让飞
- 发布于 2017-06-10 19:03
- 阅读 ( 24874 )
手把手五分钟教会你如何做GESA富集分析
本节分析是文章中所没有提到的分析，作为我们文章外的拓展知识扩充进来，那么小编最近也是看到有些小伙伴也在问关于GESA的相关问题，那么这里就是给大家做出了演示以及怎么分析、结果怎么解读哦...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-15 17:10
- 阅读 ( 24429 )
ID便捷转换工具使用教程
为了方便平时的各种ID转换，工具盒里提供了便捷式的转换工具，主要提供两种方式 1、TCGA的RNA-Seq转换，内置TCGA RNA-Seq数据的ID对应关系无需导入背景文件的转换方式 2、自定义的转换方式，...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-01-14 21:24
- 阅读 ( 23858 )
