GEO数据挖掘之火山图和热图绘制
那么数据预处理、数据标准化都已搞定，接下来进入数据分析阶段，那么本节主要怎么通过sangerbox中的DEcenter进行差异分析、根据差异分析结果使用火山图工具以及热图绘制工具。 1、首先让我们看...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-15 15:50
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调研图
蛋白质互作网络挖掘中Hub Genes该怎么选
Hub基因通常都是具有代表性的一些基因，如何从众多基因集中找出它的真身呢？今天小编给大家介绍以下Cytoscape中的Cytohubba模块。 Cytohubba是Cytoscape软件用于识别hub节点的插件，那...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-20 11:10
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GSEA （Gene Set Enrichment Analysis基因集富集分析）简介
官网 http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp
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- 金晓妍
- 发布于 2017-07-21 20:12
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金晓妍
简易TCGA下载工具V8版升级简要说明
简易TCGA不知不觉已经更新到了第八个版本,之所以更新无非是有很多同志们遇到了各种各样的需求
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- 祝让飞
- 发布于 2017-06-10 19:03
- 阅读 ( 24362 )
祝让飞
查询物种基因组大小的方式
相信大家在科研工作中，难免涉及到要查询某个物种的基因组大小。那么到目前为止，已经测过序的物种的基因组大小到底去哪里查询吗。小编整理了目前已有的可供查询基因组大小的数据库，供大家选择和使用，希望能够帮到你。
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- SXR
- 发布于 2017-03-28 20:28
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SXR
五分钟搞定一个芯片的重注释，让那些没有genesymbol的数据再次好用
我们做芯片数据分析的时候经常会遇到有些基因芯片根本没有geneSymbol，或者有些lncRNA芯片根本没有像样的名称，故此对我们后续的分析也造成了不少的麻烦，基于此 我们可以通过序列比对的方式将...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-30 21:44
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GEO数据挖掘之原始数据下载
复现文章第一步，GEO数据下载，这里详细解释了GEO数据库中SOFT formatted famliy file、MINiML formatted famliy file、Series Matrix File和RAE.tar四种数据的异同点。 GEO数据库详细解读，包...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-08 10:23
- 阅读 ( 24146 )
如果导师丢给你一个基因让你去研究，不妨试一下这两个五分的套路
很多研究都是集中在大样本的基因集中去筛选目标基因，这也是常规做数据挖掘的思路，但是做基础实验的常常关注某个基因，那么一个基因怎么做公共数据挖掘？ 这里有两个秘籍分享给大家 1、横向...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-02-22 12:10
- 阅读 ( 23313 )
ID便捷转换工具使用教程
为了方便平时的各种ID转换，工具盒里提供了便捷式的转换工具，主要提供两种方式 1、TCGA的RNA-Seq转换，内置TCGA RNA-Seq数据的ID对应关系无需导入背景文件的转换方式 2、自定义的转换方式，...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-01-14 21:24
- 阅读 ( 23189 )
快速差异分析工具——limma包
limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。
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- 欢乐豆
- 发布于 2020-05-26 19:47
- 阅读 ( 23149 )
欢乐豆
手把手五分钟教会你如何做GESA富集分析
本节分析是文章中所没有提到的分析，作为我们文章外的拓展知识扩充进来，那么小编最近也是看到有些小伙伴也在问关于GESA的相关问题，那么这里就是给大家做出了演示以及怎么分析、结果怎么解读哦...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-15 17:10
- 阅读 ( 23101 )
爽儿
如何快速的查询某学者的基金项目列表
用Sangerbox公众号，便捷快速。 近日公众号上线了新功能，可以根据人名或者人名+单位 就能检索此人的所有基金项目哦 此外还能预测与此人的亲密合作伙伴呢
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- 祝让飞
- 发布于 2019-12-13 11:07
- 阅读 ( 22240 )
GEO数据挖掘开篇之文章解析
解读今年三月份发表在《Oncotargets & Therapy》（影响因子2.612）一篇基于GEO数据库挖掘卵巢癌差异表达基因和信号转导通路的整合生物信息学分析文章。 文章思路： 1、使用三套GEO数据；...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-07 23:24
- 阅读 ( 22212 )
关于Bootstrap的通俗讲解
本文介绍了一种面向应用的、 基于大量计算的统计推断--Bootstrap法 。 它是以原始数据为基础的模拟抽样统计推断法,用于研究原始数据的某统计量的分布特征, 特别适用于那些难以用常规方法导出的...
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- SXR
- 发布于 2017-03-30 21:50
- 阅读 ( 22212 )
关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲
首先来了解一下三个概念： 1、adapter是一段短的序列已知的核酸链，用于链接序列未知的目标测序片段。 2、barcode，也称为index，是一段很短的寡居核酸链，用于在多个样品混合测序时，标记不同的样品。 3、insert是用于测序的目标片段，因为是包括在两个adapter之间，所以被称为“插入”片段。
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- 祝让飞
- 发布于 2017-06-03 19:04
- 阅读 ( 22069 )
