你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180701)
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-31 20:15
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刘永鑫
文章分享（六）膀胱癌特异性基因组改变，M2可能是巨噬细胞浸润的重要驱动因素？
作者从多个角度研究了膀胱癌中巨噬细胞浸润，特别是M2巨噬细胞，联系了肿瘤微环境与基因组改变，研究的角度方法值得借鉴，感兴趣的小伙伴可以仔细研读。
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- 柚子
- 发布于 2019-07-25 15:33
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柚子
新出炉的Cytoscape视频教程
Cytoscape已成为网络图绘制的核心工具，基因表达调控网络、蛋白互作网络、miRNA-gene调节关系、分析流程、组织架构等任何与网络、结构、层级有关系的事情都可以用Cytoscape来绘制。前期的教程
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-27 20:24
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shengxinbaodian
微生物组：3分和30分文章差距在哪里？
好的分析和可视化，可以提供大量的信息，同时兼顾简洁优雅。 今天我们抛开实验设计、方法和工作量等因素，仅从文章最吸引人的图片来讨论3分和30分(顶级)文章差距在哪里？
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-14 21:31
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宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2：官方中文帮助文档
QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.9.10被引8335次)的全新版(不是升级版)，采用python3全新编写，并于2018年1月全面接档QIIME，是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准，我们跟着用就好了)
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:09
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Nature：地球微生物组计划首发成果
Thompson LR, Sanders JG, McDonald D, Amir A, Ladau J,Locey KJ et al (2017). A communal catalogue reveals Earth’s multiscalemicrobial diversity. Nature. 本文今年11月1日在线发表，23...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-28 15:24
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文献解读（4）NC甲状腺癌的刻画
在这项研究中，作者使用不同类型的测序技术，刻画了ATC和DTCs的基因组和转录组景观。使用突变谱证实了之前的描述，多次基因改变促进了TC的进展。此外，作者采用多种分析方法刻画了TCs转录组特征。
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- 柚子
- 发布于 2019-12-13 17:37
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孟德尔随机化之因果推断的假设（二）
3.2 查找有效的工具变量 工具变量（IV ）技术是可用于估算因果效应的几种方法之一，而无需完全了解所有可能影响暴露- 结局??
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- 米老鼠
- 发布于 2020-09-13 23:22
- 阅读 ( 7164 )
米老鼠
illumina的bead 系列表达芯片扫盲
表达芯片大家最熟悉的当然是affymetrix系列芯片啦，而且分析套路很简单，直接用R的affy包，就可以把cel文件经过RMA或者MAS5方法得到表达矩阵。illumina出厂的芯片略微有点不一样，它的原始数据...
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- 生信菜鸟团
- 发布于 2017-08-10 22:58
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生信菜鸟团
生信分析流
ROC简易分析工具使用
ROC分析主要针对 存在一组真实的连续型数值数据设定阈值的不同对响应变量（二分类）的影响（真阳性率、假阳性率），它常用于 模型的构建过程中对结果预测的性能的一个评估，我们主要分为两类...
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- admin
- 发布于 2021-09-15 15:07
- 阅读 ( 7131 )
admin
exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes
exoRBase一个整合血液外泌体RNA的数据库。
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- 张海伦
- 发布于 2017-10-13 09:51
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张海伦
ConsensusClusterPlus未选择最优阈值的用法案例
我们常用ConsensusCluster来做聚类或者寻找分子亚型，常见的用法是考虑CDF下降坡度稳定小，比如图B、D中应该是k=5，然而有时候选择该值未必完全遵循此规律。 比如这篇CCR的文章，就没有按照...
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- zlf
- 发布于 2018-10-08 09:10
- 阅读 ( 7004 )
zlf
SXR
使用sigclust来评估你的聚类是否显著
看到文献中(doi:10.1080/2162402X.2017.1392427)有人使用sigclust来评估聚类是否合理，于是乎研究了这个包。 sigclust主要针对生物信息学数据(高维低样本)产生的聚类结果进行评估，一个基本假...
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- zlf
- 发布于 2019-02-23 14:36
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Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究
本文“宏基因组”公众号原创。 作者：舟行天下编辑：metagenome 摘要 前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊：高通量&无偏差，分析微生物群落的新方法》。 文中摘要提到：1.几十年以来细...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-10 22:41
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PCA、Umap和tSNE分析可视化工具
PCA、UMAP、tSNE是常见的几种降维方法，具体原理可以参考：常见的PCA、tSNE、UMAP降维及聚类基本原理及代码实例 在这里我们开发了一个简易的PCA、tSNE、UMAP的一键化工具，用来快速的做PCA、tS...
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- admin
- 发布于 2021-08-24 15:49
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