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褪黑素通过调节小鼠肠道菌群预防肥胖

9分的微生物多样性文章怎么玩

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百迈客
发布于 2017-04-12 10:03
阅读 ( 5915 )

植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析

本文内容首发植物微生物组公众号，更多阅读欢迎跳转植物微生物组公众号 MWAS简介微生物组关联分析(Microbiome/Metagenome-wide association studies , MWAS)是指捕获多维尺度上的互作作用，...

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刘永鑫
发布于 2017-10-13 11:59
阅读 ( 5851 )

最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程，检索素材时发现了一篇文章，哦不，是两篇，他们长的几乎一样但是分数却相差近三倍，我们的目的就是零代码完美复现1、数据采用GEO公开数据集；2、老思路，通过sangerbox中的DEcenter来实现差异基因筛选，想必大家已经并不陌生；3、重头戏，sangerbox中的一键式WGCNA分析使用以及讲解老师的个人经验分享；4、结合临床信息筛选关键模块，通过万能的excel实现；5、hub基因筛选，以及预后相关性，在线网站统统搞定；6、最后就是外部数据验证。

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调研图
发布于 2018-12-10 14:56
阅读 ( 5825 )

各种平台的表达芯片跟mRNA-seq数据比较

文章见：http://journals.plos.org/plosone ... ournal.pone.0078644指定的细胞系是：Human CCR6+ CD4 memory T cell ，测了6个时间点，共12个样本表达芯片用的是Affymetrix GeneChip HT HG-U13...

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生信菜鸟团
发布于 2017-08-15 07:43
阅读 ( 5819 )

文献解读（4）NC甲状腺癌的刻画

在这项研究中，作者使用不同类型的测序技术，刻画了ATC和DTCs的基因组和转录组景观。使用突变谱证实了之前的描述，多次基因改变促进了TC的进展。此外，作者采用多种分析方法刻画了TCs转录组特征。

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柚子
发布于 2019-12-13 17:37
阅读 ( 5796 )

使用sigclust来评估你的聚类是否显著

看到文献中(doi:10.1080/2162402X.2017.1392427)有人使用sigclust来评估聚类是否合理，于是乎研究了这个包。 sigclust主要针对生物信息学数据(高维低样本)产生的聚类结果进行评估，一个基本假...

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祝让飞
发布于 2019-02-23 14:36
阅读 ( 5776 )

如何解决生信新手分析时常常遇到的数据问题

参考文献 Wagner, G.P., Kin, K. & Lynch, V.J. Measurement of mRNA abundance using RNA-seq data: RPKM measure is inconsistent among samples. Theory Biosci. 131, 281–285 (2012).

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柚子
发布于 2020-06-15 15:03
阅读 ( 5767 )

记录宏基因组分析时去除嵌合体没有usearch 64-bit怎么破

在做细菌16S的高通量数据处理时你不得不面对去除嵌合体这玩意，嵌合体是什么鬼，百度一下就知道了，在序列扩增时多数序列是顺着单条序列前进的，如Read1扩增产生新的Read1，Read2扩增产生新的Read2。但有时两条序列也可能缠在一起，扩增时产生的新序列前半段可能属于Read1，后半段属于Read2，形成了拥有两条序列信息的嵌合体序列

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祝让飞
发布于 2017-05-22 19:05
阅读 ( 5761 )

文献解读（3）在AML中是否存在RNA剪切差异？

发表期刊：Clinical Cancer Research 发表日期：2020 Mar 2. 影响因子：8.91 DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-20-0184

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柚子
发布于 2020-06-15 15:51
阅读 ( 5753 )

分边小提琴图绘制工具

分边小提琴图（Split violin plot）类似于分组小提琴图，但更便于进行两两（类似癌与癌旁、处理和对照、预后差和好等）比较，如下图本工具旨在快速简易的绘制分边小提琴图，采用的是长数据...

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admin
发布于 2021-06-28 17:08
阅读 ( 5753 )

R语言基础绘图——直方图

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爽儿
发布于 2017-07-25 08:29
阅读 ( 5726 )

纳米孔测序技术介绍

纳米测序即将来临。

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SXR
发布于 2017-03-30 21:57
阅读 ( 5704 )

文章分享（二）不同的肿瘤微环境中，缺氧及免疫与预后关系

在不同的肿瘤环境中，肿瘤内缺氧和免疫与患者预后有关。然而，由于缺乏有效的生物标志物，这些因素目前还没有被考虑用于头颈部癌症(HNC)的治疗中。在此，为大家介绍一篇发在Clinical cancer research上的关于预后相关低氧免疫分类器的文献

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柚子
发布于 2019-07-25 10:49
阅读 ( 5682 )

要研究细胞系，基因？你可能会对这个网站爱不释手哦

细胞系是很多基础研究的同学主要的研究的对象，也是体外实验不可缺少的步骤，我们往往会想知道某个基因在某个细胞系的表达情况，为啥呢？因为如果该细胞有某种表型B比如增殖能力

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生信分析流
发布于 2018-08-23 15:49
阅读 ( 5679 )

孟德尔随机化之因果推断的假设（二）

‍ ‍ ‍ ‍ ‍ ‍ ‍ 3.2‍ 查找有效的工具变量 ‍‍ ‍ ‍ ‍ ‍ ‍ ‍ ‍ ‍ ‍ ‍ 工具变量（IV ）技术是可用于估算因果效应的几种方法之一，而无需完全了解所有可能影响暴露- 结局??

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米老鼠
发布于 2020-09-13 23:22
阅读 ( 5673 )

DNA甲基化测序方法介绍

DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。 DNA 甲基化及CpG岛 DNA 甲基化是最

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祝让飞
发布于 2018-08-20 17:07
阅读 ( 5646 )

R语言一箭绘心

如何利用R语言中的arrows进行心的绘制。

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SXR
发布于 2017-03-28 20:38
阅读 ( 5643 )

SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法

方便快捷下载SRA、SAM及FASTQ文件

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文虎
发布于 2017-12-24 15:54
阅读 ( 5591 )

零代码对不同类型的RNA Seq数据进行差异分析

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要讲解TCGA中不同类型RNA-Seq数据差异分析方法。