两篇胃癌lncRNA signature文章解读之二（IF=3.2）
这是一篇2017年的文章，文章从lncRNA的角度筛选lncRNA signature，该文章发表在Journal of Cancer上，影响因子如下： 文章题目为：Differentially Expressed lncRNAs in Gastric Cancer Patien...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-10-09 09:06
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祝让飞
宏基因组-扩增子分析流程：中文首发,史上最详系,零基础自学
本系统文章叫分析解读，即有详细的扩增子分析流程代码，又有本人对使用参数、备选参数意义的解读，可以让大部分人零基础学习并理解数据分析过程，并可亲自实践在自己的课题上，获得更好、更合理的实验结果。
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 20:08
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刘永鑫
欧洲银桦基因组登上Nature genetics！
最近随着三代测序的火热，纯三代的基因组文章也遍地开花！技术的提升必然带来的基因组质量的提升，但是对做研究而言，最终还是得落到物种自身。下面这篇文章告诉你，没有熊猫血，怎么关注爆表。...
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- 百迈客
- 发布于 2017-05-16 17:50
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百迈客
柚子
分享一段比较不同模型的C-index和RMS的代码
已封装成函数，如下： compareRiskModal=function(os,ev,risks){ library('survRM2') library('Hmisc') require(survival) library(survcomp) library(prodlim) os=data$SURVIVAL_...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-11-12 15:16
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PCA、Umap和tSNE分析可视化工具
PCA、UMAP、tSNE是常见的几种降维方法，具体原理可以参考：常见的PCA、tSNE、UMAP降维及聚类基本原理及代码实例 在这里我们开发了一个简易的PCA、tSNE、UMAP的一键化工具，用来快速的做PCA、tS...
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- admin
- 发布于 2021-08-24 15:49
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admin
纯三代向日葵基因组登上Nature
看见文章小编只能说“又一个基因组被纯三代测序组装给攻克了”，吃瓜子群众看好了！ 研究背景 向日葵是重要的经济作物，其地位，小编不阐述了。想象一下，闲来无事，看看电视，嗑嗑瓜子是...
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- 百迈客
- 发布于 2017-05-25 07:26
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文献分享（1）肿瘤细胞和正常细胞之间mRNA丰度的关联
肿瘤是由良性和恶性细胞组成的复杂混合物，这两类细胞共同构成了相互关联的肿瘤微环境。在肿瘤研究中，只有分析多个细胞群的组合才能去真正了解肿瘤临床表型的进展和起源。在这篇文章中，作者去刻画了组织样本、分解后的肿瘤细胞和正常细胞之间mRNA丰度的关联，发现使用分解后的肿瘤细胞mRNA表达谱较组织样本的mRNA表达谱去对肿瘤进行研究，前者能识别更鲁棒的基因标志物。总结来说，就是通过计算机模拟分解的肿瘤细胞和正常细胞mRNA表达有利于肿瘤之间复杂的转录网络、微环境和癌症侵袭的研究。
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- 柚子
- 发布于 2019-11-25 18:46
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CeRNA终篇-生存分析优化CeRNA网络
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。作为本系列的最后一讲，给大家介绍工具盒中批量生存分析和MRE统计算法，对ceRNA网络进行最后优化。
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- 调研图
- 发布于 2018-11-16 17:30
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调研图
转录组Count数据差异分析工具
当我们拿到表达谱数据之后，做差异分析之前，有两个关键信息需要确认，一个是 数据类型（芯片数据、FPKM、TPM、Count）,一个是 哪些样本作为参照物，哪些样本作为 处理组样本，也就是 谁相对于...
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- admin
- 发布于 2021-08-19 11:40
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SXR
娄佳成
视频教程：R语言recharts包绘制交互式图形
写在前面 你见过随月份变化的温度拆线图 你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图 互联网中铺天盖地的词云 线图、柱状图、堆叠图任意切换，不再为选择类型纠结 甚至...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-07 14:16
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小编调研为什么比你快---桑格助手使用秘籍
经常在跟医生交流技术的时候，他提到一个感兴趣的基因或者调控机制，小编能很快给出一系列相关研究资料，老师觉得很神奇是不是我之前研究过，或者这个研究已经很火热了，其实并不是的
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- 生信分析流
- 发布于 2018-08-16 14:31
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生信分析流
谁说动物不能进行光合作用？
前言：看到标题大家是不是充满了好奇心，在大家的认知中，光合作用应该是植物的“专利”，一般认为动物中是没有叶绿体（叶绿素）存在，也就无法进行光合作用，但事事无绝对，今天小编就带大家认识一下能进行光合作用的动物。
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- 百迈客
- 发布于 2017-04-13 13:31
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从结构到功能-生物信息学如何有助于揭示我们的基因组功能（第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理）
第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理
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- 爽儿
- 发布于 2017-10-28 21:25
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爽儿
今天给大家介绍一篇19分来自Immunity的文章
Highlights Six identified immune subtypes span cancer tissue types and molecular subtypes Immune subtypes differ by somatic aberrations, microenvironment, and survival Multiple control modalities of molecular networks affect tumor-immune interactions Th
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- 生信分析流
- 发布于 2019-03-25 10:34
- 阅读 ( 4913 )
