文章分享（二）不同的肿瘤微环境中，缺氧及免疫与预后关系
在不同的肿瘤环境中，肿瘤内缺氧和免疫与患者预后有关。然而，由于缺乏有效的生物标志物，这些因素目前还没有被考虑用于头颈部癌症(HNC)的治疗中。在此，为大家介绍一篇发在Clinical cancer research上的关于预后相关低氧免疫分类器的文献
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- 柚子
- 发布于 2019-07-25 10:49
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柚子
预后模型与预后和基因表达热图绘制
在做预后建模的文章中，经常需要 观察预后模型与模型中基因表达的关系，比如这篇文章(Development of an Immune-Related Prognostic Signature in Breast Cancer)中的Fig3,这篇文章(Identificat...
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- admin
- 发布于 2021-09-16 14:26
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admin
生信分析云平台产品开发 - 3 生信分析pipeline的进化
接上两篇内容，本文主要讲述工作中NGS从科研进入医学临床领域，工作中接触到生信流程，以及最终在自动图形化开放式生信分析系统开发中生信workflow设计实现的过程。 1.手动命令行运行 2. 脚本连续运行 3.一个脚本 shell 文件运行整个分析流程 4. 自动扫描文件并运行脚本 5. 带报告的自动扫描并触发运行脚本
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- 豆浆包子
- 发布于 2019-09-09 18:19
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豆浆包子
文献分享（5）marker识别并分型
作者收集了TCGA数据以及其他的验证数据，对PTC的转录组数据进行了详细分析，使用非负矩阵分解，去卷积等方法，识别出了PTC中与免疫相关的基因signature，能够对PTC进行性分型，并对不同亚型进行了生存分析以及多层面刻画。概括来说这是一篇marker识别并分型的文章，其中无论是研究的方法还是流程以及角度都值得我们学习借鉴。
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- 柚子
- 发布于 2019-11-25 19:26
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视频教程：R语言recharts包绘制交互式图形
写在前面 你见过随月份变化的温度拆线图 你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图 互联网中铺天盖地的词云 线图、柱状图、堆叠图任意切换，不再为选择类型纠结 甚至...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-07 14:16
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刘永鑫
blusom 矩阵计算过程
模块替换矩阵BLOSUM(BLOcks SUbstitution Matrix),用于计算氨基酸替换频率。YouTube上看到一个关于讲解blusom 矩阵计算过程的视频，给出了一个例子：seq1 B A B A seq2 A A A C seq3 A A C C...
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- yami
- 发布于 2019-09-10 11:13
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yami
纯三代向日葵基因组登上Nature
看见文章小编只能说“又一个基因组被纯三代测序组装给攻克了”，吃瓜子群众看好了！ 研究背景 向日葵是重要的经济作物，其地位，小编不阐述了。想象一下，闲来无事，看看电视，嗑嗑瓜子是...
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- 百迈客
- 发布于 2017-05-25 07:26
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百迈客
SXR
从结构到功能-生物信息学如何有助于揭示我们的基因组功能（第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理）
第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理
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- 爽儿
- 发布于 2017-10-28 21:25
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爽儿
祝让飞
第三篇lncRNA signature的文章解析，IF五分胶质瘤
这是一篇比较老的建模的文章，发表在Neurobiology of Disease上，目前影响因子五分多点。 Long non-coding RNA expression profiles predict clinical phenotypes in glioma 本文从lncRNA...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-10-09 17:06
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生物信息之程序学习
作为本科学生物，后来转行生物信息的人，经常会被人问起，为啥学习生物信息了呢？这背后通常会带着一些困惑，生物信息分析好不好学？我读书的时候，实验室纯计算机出身的人员只占很小
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-27 20:18
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shengxinbaodian
TCGA RNA测序ID转换一文就够
“为了解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题，话不多说直接看教程，干货满满”
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- 柚子
- 发布于 2020-06-15 15:17
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欧洲银桦基因组登上Nature genetics！
最近随着三代测序的火热，纯三代的基因组文章也遍地开花！技术的提升必然带来的基因组质量的提升，但是对做研究而言，最终还是得落到物种自身。下面这篇文章告诉你，没有熊猫血，怎么关注爆表。...
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- 百迈客
- 发布于 2017-05-16 17:50
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继“Venn图”之后的新秀“山峦图”
“Sangerbox云平台有交互式、可视化分析，无需会编程，只需将数据进行简单整理，点击鼠标，即可出图，快速便捷，很是厉害”
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- 柚子
- 发布于 2020-06-15 15:21
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文虎
如何做一个发表级的单基因在泛癌中基因组突变表达差异分析
众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 基因组变异与基因表达的关系 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析，...
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- admin
- 发布于 2021-09-30 14:24
- 阅读 ( 6157 )
