娄佳成
SXR
柚子
CeRNA网络美化篇
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要通过相关性优化ceRNA网络，去除大量假阳性位点。
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- 调研图
- 发布于 2018-11-16 16:14
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调研图
开怼：我免费提供 单基因泛癌分析 ，你抄袭录个视频收费一千？那我也录套视频免费送！
我们整理了所有的TCGA数据，计算了所有的免疫微环境、微卫星不稳定性等等多种特征，整理了所有的临床信息，建立了一个 傻瓜式的 单基因泛癌分析工具，做到一键出图，并且是 毫无保留的矢量图呢，并且还配了视频讲解视频https://www.bilibili.com/video/BV1s7411P7fS/： 工具链接：http://sangerbox.com/AllTools?tool_id=9697971
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- 柚子
- 发布于 2020-04-17 11:45
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百迈客
blusom 矩阵计算过程
模块替换矩阵BLOSUM(BLOcks SUbstitution Matrix),用于计算氨基酸替换频率。YouTube上看到一个关于讲解blusom 矩阵计算过程的视频，给出了一个例子：seq1 B A B A seq2 A A A C seq3 A A C C...
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- yami
- 发布于 2019-09-10 11:13
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yami
文献解读（1）用免疫风险评分预测黑色素瘤转移的风险
发表期刊：Front Bioeng Biotechnol 发表日期：2020 Mar 31 影响因子：5.12 DOI：10.3389/fbioe.2020.00206
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- 柚子
- 发布于 2020-06-15 15:37
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tian
文献解读（2）在鉴别肺腺癌患者与预后相关 immune signatures
发表期刊：Cellular Oncology 发表日期：2020 May 28 影响因子：5.52 DOI: 10.1007/s13402-020-00515-7
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- 柚子
- 发布于 2020-06-15 15:47
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实战系列（四）来自Aging(5分)的免疫微环境研究
这是我们今天要实战的文章，IF 5.515 DOI： 10.18632/aging.101415 这篇文章相对较难一些，不过想要模仿，我们仍有办法。先来看文章。 研究背景 肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细
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- 生信分析流
- 发布于 2019-07-08 16:00
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生信分析流
生信分析云平台产品开发 - 1简单需求分析及技术实现
我的生信生产系统/全自动分析系统开发过程- 1简单需求分析及技术实现 起因/背景 几张图片 实践问题一，图形化替代命令行脚本交互 实践问题二，解决迁移部署问题 实践问题三，解决环境搭建、软件安装问题 需求：分析流程（pipeline）能够快速部署迁移 技术实现：使用虚拟化技术： 最终软件架构设计如图： 自动运行结构如图（针对Illumina机型）：
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- 豆浆包子
- 发布于 2019-08-21 17:19
- 阅读 ( 4184 )
豆浆包子
视频教程：R语言recharts包绘制交互式图形
写在前面 你见过随月份变化的温度拆线图 你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图 互联网中铺天盖地的词云 线图、柱状图、堆叠图任意切换，不再为选择类型纠结 甚至...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-07 14:16
- 阅读 ( 4180 )
刘永鑫
一片看懂肠道菌群在人体中的作用
## 影片信息 日文名：腸内フローラ解明！驚異の細菌パワー 中文名：肠道细菌 / 肠道花园 类型：医療健康 时长：49min 官网：http://www.nhk.or.jp/special/detail/2015/0222/ ...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-13 20:25
- 阅读 ( 4163 )
Annual Review：人与微生物组
本公众号之前推荐并解读过一篇植物微生物组综述《Annu Rev：植物微生物组—系统见解与展望》，今天再给大家推荐一篇人类微生物组的综述。 本文是Rob Knight (https://knightlab.ucsd.edu/)...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-16 22:58
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Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究
本文“宏基因组”公众号原创。 作者：舟行天下编辑：metagenome 摘要 前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊：高通量&无偏差，分析微生物群落的新方法》。 文中摘要提到：1.几十年以来细...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-10 22:41
- 阅读 ( 4138 )
admin
文虎
文献解读(1）MiRNA表达模式与肺腺癌的肿瘤突变负担相关?
肿瘤突变负荷(Tumor mutational burden, TMB)已成为预测肺腺癌(LUAD)患者对免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors, ICIs)治疗反应的独立生物标志物。近年来，用于治疗NSCLC的免疫检查点抑制剂(ICIs)的引入革新了晚期NSCLC患者的治疗方法，极大地提高了某些患者的生存率，而MicroRNAs (miRNAs)在调节抗癌免疫反应中发挥重要作用，但miRNA表达模式与TMB在LUAD中的关系尚不明确，今天介绍的文献就是研究这一问题。
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- 柚子
- 发布于 2019-11-15 18:05
- 阅读 ( 4089 )
