文献解读（3）TIGS是一种有效的肿瘤内在生物标志物，可用于ICI应答预测
文章在泛癌中使用表达数据、临床数据以及结合免疫评估，差异表达，GSEA，生存分析等方法最终识别出了有效的生物学标志物，并对标志物的性能进行了测评，工作量很大。无论是研究预后还是免疫的小伙伴都可以借鉴文章的研究方法以及角度。
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- 柚子
- 发布于 2019-12-12 18:26
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柚子
预后模型与预后和基因表达热图绘制
在做预后建模的文章中，经常需要 观察预后模型与模型中基因表达的关系，比如这篇文章(Development of an Immune-Related Prognostic Signature in Breast Cancer)中的Fig3,这篇文章(Identificat...
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- admin
- 发布于 2021-09-16 14:26
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admin
文献分享（5）marker识别并分型
作者收集了TCGA数据以及其他的验证数据，对PTC的转录组数据进行了详细分析，使用非负矩阵分解，去卷积等方法，识别出了PTC中与免疫相关的基因signature，能够对PTC进行性分型，并对不同亚型进行了生存分析以及多层面刻画。概括来说这是一篇marker识别并分型的文章，其中无论是研究的方法还是流程以及角度都值得我们学习借鉴。
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- 柚子
- 发布于 2019-11-25 19:26
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生信分析云平台产品开发 - 3 生信分析pipeline的进化
接上两篇内容，本文主要讲述工作中NGS从科研进入医学临床领域，工作中接触到生信流程，以及最终在自动图形化开放式生信分析系统开发中生信workflow设计实现的过程。 1.手动命令行运行 2. 脚本连续运行 3.一个脚本 shell 文件运行整个分析流程 4. 自动扫描文件并运行脚本 5. 带报告的自动扫描并触发运行脚本
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- 豆浆包子
- 发布于 2019-09-09 18:19
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豆浆包子
视频教程：R语言recharts包绘制交互式图形
写在前面 你见过随月份变化的温度拆线图 你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图 互联网中铺天盖地的词云 线图、柱状图、堆叠图任意切换，不再为选择类型纠结 甚至...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-07 14:16
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刘永鑫
blusom 矩阵计算过程
模块替换矩阵BLOSUM(BLOcks SUbstitution Matrix),用于计算氨基酸替换频率。YouTube上看到一个关于讲解blusom 矩阵计算过程的视频，给出了一个例子：seq1 B A B A seq2 A A A C seq3 A A C C...
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- yami
- 发布于 2019-09-10 11:13
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yami
纯三代向日葵基因组登上Nature
看见文章小编只能说“又一个基因组被纯三代测序组装给攻克了”，吃瓜子群众看好了！ 研究背景 向日葵是重要的经济作物，其地位，小编不阐述了。想象一下，闲来无事，看看电视，嗑嗑瓜子是...
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- 百迈客
- 发布于 2017-05-25 07:26
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百迈客
SXR
从结构到功能-生物信息学如何有助于揭示我们的基因组功能（第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理）
第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理
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- 爽儿
- 发布于 2017-10-28 21:25
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爽儿
zlf
第三篇lncRNA signature的文章解析，IF五分胶质瘤
这是一篇比较老的建模的文章，发表在Neurobiology of Disease上，目前影响因子五分多点。 Long non-coding RNA expression profiles predict clinical phenotypes in glioma 本文从lncRNA...
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- zlf
- 发布于 2018-10-09 17:06
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生物信息之程序学习
作为本科学生物，后来转行生物信息的人，经常会被人问起，为啥学习生物信息了呢？这背后通常会带着一些困惑，生物信息分析好不好学？我读书的时候，实验室纯计算机出身的人员只占很小
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-27 20:18
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shengxinbaodian
TCGA RNA测序ID转换一文就够
“为了解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题，话不多说直接看教程，干货满满”
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- 柚子
- 发布于 2020-06-15 15:17
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欧洲银桦基因组登上Nature genetics！
最近随着三代测序的火热，纯三代的基因组文章也遍地开花！技术的提升必然带来的基因组质量的提升，但是对做研究而言，最终还是得落到物种自身。下面这篇文章告诉你，没有熊猫血，怎么关注爆表。...
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- 百迈客
- 发布于 2017-05-16 17:50
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继“Venn图”之后的新秀“山峦图”
“Sangerbox云平台有交互式、可视化分析，无需会编程，只需将数据进行简单整理，点击鼠标，即可出图，快速便捷，很是厉害”
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- 柚子
- 发布于 2020-06-15 15:21
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文虎
