blusom 矩阵计算过程
模块替换矩阵BLOSUM(BLOcks SUbstitution Matrix),用于计算氨基酸替换频率。YouTube上看到一个关于讲解blusom 矩阵计算过程的视频，给出了一个例子：seq1 B A B A seq2 A A A C seq3 A A C C...
- 0
- 2
- yami
- 发布于 2019-09-10 11:13
- 阅读 ( 6154 )
yami
谁说动物不能进行光合作用？
前言：看到标题大家是不是充满了好奇心，在大家的认知中，光合作用应该是植物的“专利”，一般认为动物中是没有叶绿体（叶绿素）存在，也就无法进行光合作用，但事事无绝对，今天小编就带大家认识一下能进行光合作用的动物。
- 0
- 2
- 百迈客
- 发布于 2017-04-13 13:31
- 阅读 ( 6151 )
百迈客
视频教程：R语言recharts包绘制交互式图形
写在前面 你见过随月份变化的温度拆线图 你还见过可以鼠标点选显示详细信息、开关分组的散点图 互联网中铺天盖地的词云 线图、柱状图、堆叠图任意切换，不再为选择类型纠结 甚至...
- 0
- 1
- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-07 14:16
- 阅读 ( 6141 )
刘永鑫
SXR
文献分享（1）肿瘤细胞和正常细胞之间mRNA丰度的关联
肿瘤是由良性和恶性细胞组成的复杂混合物，这两类细胞共同构成了相互关联的肿瘤微环境。在肿瘤研究中，只有分析多个细胞群的组合才能去真正了解肿瘤临床表型的进展和起源。在这篇文章中，作者去刻画了组织样本、分解后的肿瘤细胞和正常细胞之间mRNA丰度的关联，发现使用分解后的肿瘤细胞mRNA表达谱较组织样本的mRNA表达谱去对肿瘤进行研究，前者能识别更鲁棒的基因标志物。总结来说，就是通过计算机模拟分解的肿瘤细胞和正常细胞mRNA表达有利于肿瘤之间复杂的转录网络、微环境和癌症侵袭的研究。
- 1
- 0
- 柚子
- 发布于 2019-11-25 18:46
- 阅读 ( 6117 )
柚子
生信分析云平台产品开发 - 3 生信分析pipeline的进化
接上两篇内容，本文主要讲述工作中NGS从科研进入医学临床领域，工作中接触到生信流程，以及最终在自动图形化开放式生信分析系统开发中生信workflow设计实现的过程。 1.手动命令行运行 2. 脚本连续运行 3.一个脚本 shell 文件运行整个分析流程 4. 自动扫描文件并运行脚本 5. 带报告的自动扫描并触发运行脚本
- 0
- 0
- 豆浆包子
- 发布于 2019-09-09 18:19
- 阅读 ( 6099 )
豆浆包子
admin
纯三代向日葵基因组登上Nature
看见文章小编只能说“又一个基因组被纯三代测序组装给攻克了”，吃瓜子群众看好了！ 研究背景 向日葵是重要的经济作物，其地位，小编不阐述了。想象一下，闲来无事，看看电视，嗑嗑瓜子是...
- 1
- 1
- 百迈客
- 发布于 2017-05-25 07:26
- 阅读 ( 6077 )
第三篇lncRNA signature的文章解析，IF五分胶质瘤
这是一篇比较老的建模的文章，发表在Neurobiology of Disease上，目前影响因子五分多点。 Long non-coding RNA expression profiles predict clinical phenotypes in glioma 本文从lncRNA...
- 8
- 0
- 祝让飞
- 发布于 2018-10-09 17:06
- 阅读 ( 6061 )
祝让飞
从结构到功能-生物信息学如何有助于揭示我们的基因组功能（第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理）
第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理
- 0
- 0
- 爽儿
- 发布于 2017-10-28 21:25
- 阅读 ( 6055 )
爽儿
继“Venn图”之后的新秀“山峦图”
“Sangerbox云平台有交互式、可视化分析，无需会编程，只需将数据进行简单整理，点击鼠标，即可出图，快速便捷，很是厉害”
- 0
- 1
- 柚子
- 发布于 2020-06-15 15:21
- 阅读 ( 6016 )
文虎
文献分享（5）marker识别并分型
作者收集了TCGA数据以及其他的验证数据，对PTC的转录组数据进行了详细分析，使用非负矩阵分解，去卷积等方法，识别出了PTC中与免疫相关的基因signature，能够对PTC进行性分型，并对不同亚型进行了生存分析以及多层面刻画。概括来说这是一篇marker识别并分型的文章，其中无论是研究的方法还是流程以及角度都值得我们学习借鉴。
- 0
- 0
- 柚子
- 发布于 2019-11-25 19:26
- 阅读 ( 5989 )
胶质瘤免疫治疗高分文章赏析
首先祝大家圣诞节快乐！ 今天不废话直接看文章。 一篇来自发表于神经医学一线期刊《 Neurology》（IF=7.609）的文章。 （在本公众号输入 30171077 可下载该文章全文预览) 胶质瘤
- 0
- 0
- 生信分析流
- 发布于 2018-12-26 14:13
- 阅读 ( 5961 )
生信分析流
宏基因组扩增子1图表解读-理解文章思路，零基础测序分析图表解读大全(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络)，老板再也不愁我的文献阅读了!
本网内容转载自“宏基因组”公众号，更佳阅读体验、更多相关文章，欢迎点我跳转至公众号。 写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生，感觉图表丰富多样高大上，但...
- 0
- 0
- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-01 18:36
- 阅读 ( 5944 )
TCGA RNA测序ID转换一文就够
“为了解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题，话不多说直接看教程，干货满满”
- 2
- 1
- 柚子
- 发布于 2020-06-15 15:17
- 阅读 ( 5933 )
如何做一个发表级的单基因在泛癌中基因组突变表达差异分析
众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 基因组变异与基因表达的关系 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析，...
- 0
- 0
- admin
- 发布于 2021-09-30 14:24
- 阅读 ( 5933 )
分享一段比较不同模型的C-index和RMS的代码
已封装成函数，如下： compareRiskModal=function(os,ev,risks){ library('survRM2') library('Hmisc') require(survival) library(survcomp) library(prodlim) os=data$SURVIVAL_...
- 0
- 0
- 祝让飞
- 发布于 2019-11-12 15:16
- 阅读 ( 5928 )
