比较基因组学的应用
Python Schema一种优雅的数据验证方式
导读 Konrad J. Karczewski, and Michael P. Snyder 撰写的关于整合多组学在疾病研究中的应用一文《Integrative omics for health and disease》,于 2018年2月26日发表在 nature reviews genetics (Nature系列综述, 2018
经常在跟医生交流技术的时候,他提到一个感兴趣的基因或者调控机制,小编能很快给出一系列相关研究资料,老师觉得很神奇是不是我之前研究过,或者这个研究已经很火热了,其实并不是的
我的生信生产系统/全自动分析系统开发过程- 1简单需求分析及技术实现 起因/背景 几张图片 实践问题一,图形化替代命令行脚本交互 实践问题二,解决迁移部署问题 实践问题三,解决环境搭建、软件安装问题 需求:分析流程(pipeline)能够快速部署迁移 技术实现:使用虚拟化技术: 最终软件架构设计如图: 自动运行结构如图(针对Illumina机型):
首先祝大家圣诞节快乐! 今天不废话直接看文章。 一篇来自发表于神经医学一线期刊《 Neurology》(IF=7.609)的文章。 (在本公众号输入 30171077 可下载该文章全文预览) 胶质瘤
在前几期的内容中,我反复强调孟德尔随机化得出的是“因果”推论。在今天这一期中,我将重点阐明这种“因果推断”的含义。同时,我还将对工具变量理论进行了更详细的解释,并用生物学
本网内容转载自“宏基因组”公众号,更佳阅读体验、更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号。 写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生,感觉图表丰富多样高大上,但...
已封装成函数,如下: compareRiskModal=function(os,ev,risks){ library('survRM2') library('Hmisc') require(survival) library(survcomp) library(prodlim) os=data$SURVIVAL_...
植物根际微生物组存在昼夜节律 文章2017年6月发表在Microbiome上,与2016年Cell发表《微生物组昼夜节律影响宿主转录组波动》的小鼠文章思路相似,但材料原创。 摘要背景 昼夜节律调控植物...
大家好, 今天和大家分享的是 2020 年 4 月发表在Biomed Pharmacother(IF:4.545)上的一篇文章,作者通过网络药理学结合生物信息学方法,分析了传统中药——家蚕对于肝癌的药理机制。 标题:Study on th
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。作为本系列的最后一讲,给大家介绍工具盒中批量生存分析和MRE统计算法,对ceRNA网络进行最后优化。
简要梳理R中常见的数据结构
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上一节课讲解如果使用工具盒中一键式WGCNA软件并且找到共表达模块,那么接下来我们看下如何获取目标模块基因集,已经目标模块的具体有哪些功能。1、功能模块基因获取;2、在线富集分析操作步骤;3、富集结果两种可视化方法。
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要通过相关性优化ceRNA网络,去除大量假阳性位点。
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我们整理了所有的TCGA数据,计算了所有的免疫微环境、微卫星不稳定性等等多种特征,整理了所有的临床信息,建立了一个 傻瓜式的 单基因泛癌分析工具,做到一键出图,并且是 毫无保留的矢量图呢,并且还配了视频讲解视频https://www.bilibili.com/video/BV1s7411P7fS/: 工具链接:http://sangerbox.com/AllTools?tool_id=9697971
本系统文章叫分析解读,即有详细的扩增子分析流程代码,又有本人对使用参数、备选参数意义的解读,可以让大部分人零基础学习并理解数据分析过程,并可亲自实践在自己的课题上,获得更好、更合理的实验结果。
想问一下,GEO小工具下载下来的临床数据中,OS是代表存活天数吗?以天为单位?OS_event中True代表存活,False代表死亡吗?求解答,谢谢