今天给大家介绍一篇19分来自Immunity的文章
Highlights Six identified immune subtypes span cancer tissue types and molecular subtypes Immune subtypes differ by somatic aberrations, microenvironment, and survival Multiple control modalities of molecular networks affect tumor-immune interactions Th
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- 生信分析流
- 发布于 2019-03-25 10:34
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生信分析流
SXR
deepxin
tian
CeRNA网络美化篇
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要通过相关性优化ceRNA网络，去除大量假阳性位点。
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- 调研图
- 发布于 2018-11-16 16:14
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调研图
一个认真分享基因组学知识和生物信息技术的公众号
如果你对基因组学或者生物信息学感兴趣，那么关注解螺旋的矿工，你一定会有所收获的。
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- 解螺旋的矿工
- 发布于 2018-03-11 22:28
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解螺旋的矿工
百迈客
文献分享（5）marker识别并分型
作者收集了TCGA数据以及其他的验证数据，对PTC的转录组数据进行了详细分析，使用非负矩阵分解，去卷积等方法，识别出了PTC中与免疫相关的基因signature，能够对PTC进行性分型，并对不同亚型进行了生存分析以及多层面刻画。概括来说这是一篇marker识别并分型的文章，其中无论是研究的方法还是流程以及角度都值得我们学习借鉴。
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- 柚子
- 发布于 2019-11-25 19:26
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柚子
开怼：我免费提供 单基因泛癌分析 ，你抄袭录个视频收费一千？那我也录套视频免费送！
我们整理了所有的TCGA数据，计算了所有的免疫微环境、微卫星不稳定性等等多种特征，整理了所有的临床信息，建立了一个 傻瓜式的 单基因泛癌分析工具，做到一键出图，并且是 毫无保留的矢量图呢，并且还配了视频讲解视频https://www.bilibili.com/video/BV1s7411P7fS/： 工具链接：http://sangerbox.com/AllTools?tool_id=9697971
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- 柚子
- 发布于 2020-04-17 11:45
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Nature综述|整合组学分析护航健康，推动精准医学时代的到来！
导读 Konrad J. Karczewski, and Michael P. Snyder 撰写的关于整合多组学在疾病研究中的应用一文《Integrative omics for health and disease》，于 2018年2月26日发表在 nature reviews genetics (Nature系列综述, 2018
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-10-26 17:58
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shengxinbaodian
孟德尔随机化之因果推断的假设（一）
在前几期的内容中，我反复强调孟德尔随机化得出的是“因果”推论。在今天这一期中，我将重点阐明这种“因果推断”的含义。同时，我还将对工具变量理论进行了更详细的解释，并用生物学
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- 米老鼠
- 发布于 2020-09-13 23:21
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米老鼠
文献解读(1）MiRNA表达模式与肺腺癌的肿瘤突变负担相关?
肿瘤突变负荷(Tumor mutational burden, TMB)已成为预测肺腺癌(LUAD)患者对免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors, ICIs)治疗反应的独立生物标志物。近年来，用于治疗NSCLC的免疫检查点抑制剂(ICIs)的引入革新了晚期NSCLC患者的治疗方法，极大地提高了某些患者的生存率，而MicroRNAs (miRNAs)在调节抗癌免疫反应中发挥重要作用，但miRNA表达模式与TMB在LUAD中的关系尚不明确，今天介绍的文献就是研究这一问题。
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- 柚子
- 发布于 2019-11-15 18:05
- 阅读 ( 4963 )
生物信息之程序学习
作为本科学生物，后来转行生物信息的人，经常会被人问起，为啥学习生物信息了呢？这背后通常会带着一些困惑，生物信息分析好不好学？我读书的时候，实验室纯计算机出身的人员只占很小
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-27 20:18
- 阅读 ( 4956 )
一片看懂肠道菌群在人体中的作用
## 影片信息 日文名：腸内フローラ解明！驚異の細菌パワー 中文名：肠道细菌 / 肠道花园 类型：医療健康 时长：49min 官网：http://www.nhk.or.jp/special/detail/2015/0222/ ...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-11-13 20:25
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刘永鑫
文章分享（五）这篇文章竟然能为癌症的治疗提供新的研究思路？
基于TCGA中8种癌症（BRCA, KIRC, KIRP, LGG, LIHC, LUAD, SARC和THCA8）的mRNA表达、miRNA表达、体细胞突变以及甲基化数据，通过泛癌的多组学数据对TERT高(TERThigh)和TERT低样本组(TERTlow)进行系统的分析，去找到那些在疾病中特异以及共同的影响TERT的关键基因，并系统而深入地分析这些基因的功能。
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- 柚子
- 发布于 2019-07-25 15:13
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实战系列（四）来自Aging(5分)的免疫微环境研究
这是我们今天要实战的文章，IF 5.515 DOI： 10.18632/aging.101415 这篇文章相对较难一些，不过想要模仿，我们仍有办法。先来看文章。 研究背景 肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细
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- 生信分析流
- 发布于 2019-07-08 16:00
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RankComp包算法解析
数据准备： 1、表达矩阵，比如300个样本，20000个基因 2、表达矩阵分成癌症样本矩阵假设200个样本（C）和正常样本矩阵假设100个样本(E) 3、取正常样本矩阵E 4、取表达谱矩阵E中的任意基因g...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-05-01 19:27
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祝让飞
文虎
文献解读（2）通过膀胱癌肿瘤突变负荷和免疫治疗的关系来进行多组学分析
结合TCGA数据库中膀胱癌的体细胞突变数据计算病人的TMB值，基于该值的中位数值将样本划分为高TMB组合低TMB组，首先刻画高低TMB组生存的差异；接下来，结合膀胱癌病人的表达谱数据，识别高低TMB组差异的基因，使用单因素和多因素cox回归分析进而结合构建了由8个基因组成的膀胱癌预后模型；考虑到TMB值和免疫治疗的关系，使用CIBERSORT软件对膀胱癌病人中22中免疫细胞的组成刻画，基于单因素cox回归分析，找到潜在影响病人生存的免疫细胞类。
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- 柚子
- 发布于 2019-11-18 18:22
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