最近随着三代测序的火热,纯三代的基因组文章也遍地开花!技术的提升必然带来的基因组质量的提升,但是对做研究而言,最终还是得落到物种自身。下面这篇文章告诉你,没有熊猫血,怎么关注爆表。...
经常在跟医生交流技术的时候,他提到一个感兴趣的基因或者调控机制,小编能很快给出一系列相关研究资料,老师觉得很神奇是不是我之前研究过,或者这个研究已经很火热了,其实并不是的
比较基因组学的应用
Python Schema一种优雅的数据验证方式
作为本科学生物,后来转行生物信息的人,经常会被人问起,为啥学习生物信息了呢?这背后通常会带着一些困惑,生物信息分析好不好学?我读书的时候,实验室纯计算机出身的人员只占很小
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。作为本系列的最后一讲,给大家介绍工具盒中批量生存分析和MRE统计算法,对ceRNA网络进行最后优化。
导读 Konrad J. Karczewski, and Michael P. Snyder 撰写的关于整合多组学在疾病研究中的应用一文《Integrative omics for health and disease》,于 2018年2月26日发表在 nature reviews genetics (Nature系列综述, 2018
真的只要十元
我的生信生产系统/全自动分析系统开发过程- 1简单需求分析及技术实现 起因/背景 几张图片 实践问题一,图形化替代命令行脚本交互 实践问题二,解决迁移部署问题 实践问题三,解决环境搭建、软件安装问题 需求:分析流程(pipeline)能够快速部署迁移 技术实现:使用虚拟化技术: 最终软件架构设计如图: 自动运行结构如图(针对Illumina机型):
植物根际微生物组存在昼夜节律 文章2017年6月发表在Microbiome上,与2016年Cell发表《微生物组昼夜节律影响宿主转录组波动》的小鼠文章思路相似,但材料原创。 摘要背景 昼夜节律调控植物...
在前几期的内容中,我反复强调孟德尔随机化得出的是“因果”推论。在今天这一期中,我将重点阐明这种“因果推断”的含义。同时,我还将对工具变量理论进行了更详细的解释,并用生物学
上一节课讲解如果使用工具盒中一键式WGCNA软件并且找到共表达模块,那么接下来我们看下如何获取目标模块基因集,已经目标模块的具体有哪些功能。1、功能模块基因获取;2、在线富集分析操作步骤;3、富集结果两种可视化方法。
大家好, 今天和大家分享的是 2020 年 4 月发表在Biomed Pharmacother(IF:4.545)上的一篇文章,作者通过网络药理学结合生物信息学方法,分析了传统中药——家蚕对于肝癌的药理机制。 标题:Study on th
我们整理了所有的TCGA数据,计算了所有的免疫微环境、微卫星不稳定性等等多种特征,整理了所有的临床信息,建立了一个 傻瓜式的 单基因泛癌分析工具,做到一键出图,并且是 毫无保留的矢量图呢,并且还配了视频讲解视频https://www.bilibili.com/video/BV1s7411P7fS/: 工具链接:http://sangerbox.com/AllTools?tool_id=9697971
想问一下,GEO小工具下载下来的临床数据中,OS是代表存活天数吗?以天为单位?OS_event中True代表存活,False代表死亡吗?求解答,谢谢
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要通过相关性优化ceRNA网络,去除大量假阳性位点。
如果你对基因组学或者生物信息学感兴趣,那么关注解螺旋的矿工,你一定会有所收获的。
今日看文献,发现了一套关于疼痛的数据集GSE69901,诚然在GEO中检索时是长这样的: 实在是对该数据集有点兴趣,所以在pubmed上搜索了一下这个数据集: 从文献上来看并不是同一个作者的,那么...
这是一篇2017年的文章,文章从lncRNA的角度筛选lncRNA signature,该文章发表在Journal of Cancer上,影响因子如下: 文章题目为:Differentially Expressed lncRNAs in Gastric Cancer Patien...
话不多说先上图: 最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程,检索素材时发现了一篇文章,哦不,是两篇,他们长的几乎一样,且看:Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-exp...