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从结构到功能-生物信息学如何有助于揭示我们的基因组功能（第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理）

第十三届国际生物信息学研讨会报告内容整理

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爽儿
发布于 2017-10-28 21:25
阅读 ( 5148 )

Python Schema使用说明

Python Schema一种优雅的数据验证方式

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deepxin
发布于 2017-10-30 14:27
阅读 ( 5125 )

我的考研心得体会

生信人某小编的考研心路历程

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SXR
发布于 2017-04-24 10:41
阅读 ( 5104 )

三代组装小基因组研究综述

三代组装各种原理和方法都有。

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SXR
发布于 2017-03-30 22:05
阅读 ( 5102 )

Nature综述|整合组学分析护航健康，推动精准医学时代的到来！

导读 Konrad J. Karczewski, and Michael P. Snyder 撰写的关于整合多组学在疾病研究中的应用一文《Integrative omics for health and disease》，于 2018年2月26日发表在 nature reviews genetics (Nature系列综述, 2018

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shengxinbaodian
发布于 2018-10-26 17:58
阅读 ( 5101 )

文献分享（5）marker识别并分型

作者收集了TCGA数据以及其他的验证数据，对PTC的转录组数据进行了详细分析，使用非负矩阵分解，去卷积等方法，识别出了PTC中与免疫相关的基因signature，能够对PTC进行性分型，并对不同亚型进行了生存分析以及多层面刻画。概括来说这是一篇marker识别并分型的文章，其中无论是研究的方法还是流程以及角度都值得我们学习借鉴。

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柚子
发布于 2019-11-25 19:26
阅读 ( 5099 )

一个认真分享基因组学知识和生物信息技术的公众号

如果你对基因组学或者生物信息学感兴趣，那么关注解螺旋的矿工，你一定会有所收获的。

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解螺旋的矿工
发布于 2018-03-11 22:28
阅读 ( 5097 )

CeRNA网络美化篇

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要通过相关性优化ceRNA网络，去除大量假阳性位点。

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调研图
发布于 2018-11-16 16:14
阅读 ( 5089 )

GEO小工具下载

想问一下，GEO小工具下载下来的临床数据中，OS是代表存活天数吗？以天为单位？OS_event中True代表存活，False代表死亡吗？求解答，谢谢

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tian
发布于 2018-04-30 19:35
阅读 ( 5088 )

组装的贵人，原来是它们......

最近组装技术进展介绍

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百迈客
发布于 2017-04-11 11:33
阅读 ( 5086 )

生物信息之程序学习

作为本科学生物，后来转行生物信息的人，经常会被人问起，为啥学习生物信息了呢？这背后通常会带着一些困惑，生物信息分析好不好学？我读书的时候，实验室纯计算机出身的人员只占很小

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shengxinbaodian
发布于 2018-08-27 20:18
阅读 ( 5064 )

孟德尔随机化之因果推断的假设（一）

在前几期的内容中，我反复强调孟德尔随机化得出的是“因果”推论。在今天这一期中，我将重点阐明这种“因果推断”的含义。同时，我还将对工具变量理论进行了更详细的解释，并用生物学

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米老鼠
发布于 2020-09-13 23:21
阅读 ( 5062 )

开怼：我免费提供单基因泛癌分析，你抄袭录个视频收费一千？那我也录套视频免费送！

我们整理了所有的TCGA数据，计算了所有的免疫微环境、微卫星不稳定性等等多种特征，整理了所有的临床信息，建立了一个傻瓜式的单基因泛癌分析工具，做到一键出图，并且是毫无保留的矢量图呢，并且还配了视频讲解视频https://www.bilibili.com/video/BV1s7411P7fS/：工具链接：http://sangerbox.com/AllTools?tool_id=9697971

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柚子
发布于 2020-04-17 11:45
阅读 ( 5051 )

文献解读(1）MiRNA表达模式与肺腺癌的肿瘤突变负担相关?

肿瘤突变负荷(Tumor mutational burden, TMB)已成为预测肺腺癌(LUAD)患者对免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors, ICIs)治疗反应的独立生物标志物。近年来，用于治疗NSCLC的免疫检查点抑制剂(ICIs)的引入革新了晚期NSCLC患者的治疗方法，极大地提高了某些患者的生存率，而MicroRNAs (miRNAs)在调节抗癌免疫反应中发挥重要作用，但miRNA表达模式与TMB在LUAD中的关系尚不明确，今天介绍的文献就是研究这一问题。

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柚子
发布于 2019-11-15 18:05
阅读 ( 5044 )

关于国际期刊预警的整理

对于期刊和过去自己一些文章的检查，可以参考中科院amend学术论文预警系统

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chris
发布于 2023-01-31 13:22
阅读 ( 5011 )

文章分享（五）这篇文章竟然能为癌症的治疗提供新的研究思路？

基于TCGA中8种癌症（BRCA, KIRC, KIRP, LGG, LIHC, LUAD, SARC和THCA8）的mRNA表达、miRNA表达、体细胞突变以及甲基化数据，通过泛癌的多组学数据对TERT高(TERThigh)和TERT低样本组(TERTlow)进行系统的分析，去找到那些在疾病中特异以及共同的影响TERT的关键基因，并系统而深入地分析这些基因的功能。