热门的文章 - 第19页

TCGA数据库

博士磕磕绊绊读到了第三年~ 终于进入了出成果的阶段了，也对生信这个学科建立了一些系统的理解，觉得应该做一些系统的梳理和记录了（虽然这个宏图大志从博一就有了但没有知识积累又懒。那么就从...

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cyn-111
发布于 2021-01-19 01:02
阅读 ( 6137 )

Sangerbox 3.0: 多个芯片数据集合并的简易工具

在做数据挖掘过程中经常会遇到数据集样本不够的情况，在此过程我们就需要对多个小数据集合并成大数据集的需要，在这里我们开发了一款芯片数据的多数据集合并的简易工具工具界面如下：输...

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admin
发布于 2021-07-20 15:49
阅读 ( 6136 )

水稻微生物组时间序列分析

中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律图文详解水稻根系微生物随时间变化吗？微生物组随时间变化的规律哪些菌门随时间呈现规律变化呢?哪些菌可以作为生育时间的biomarkers?猜...

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刘永鑫
发布于 2018-04-10 21:13
阅读 ( 6130 )

人类lncRNA 简介

Part 1.目前研究相对比较透彻的lncRNA汇总与癌症相关lncRNA lncRNA长度Cytoband癌症类型HOTAIR2158nt12q13.13乳腺癌MALAT1/a/NEAT27.5 kb11q13.1乳腺癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、宫颈癌、前...

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生信分析流
发布于 2018-09-13 15:37
阅读 ( 6127 )

富集分析工具汇总

富集分析文章解读

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SXR
发布于 2017-03-30 21:52
阅读 ( 6124 )

limma快速差异分析工具！

limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。

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柚子
发布于 2020-05-26 11:53
阅读 ( 6113 )

单基因泛癌分析工具

从早先的2.0版本更新而来，拆分成不同的部分，每个部分均可以定制分析

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admin
发布于 2021-11-10 18:11
阅读 ( 6109 )

limma快速差异分析工具

当我们拿到表达谱数据之后，做差异分析之前，有两个关键信息需要确认，一个是数据类型（芯片数据、FPKM、TPM、Count）,一个是哪些样本作为参照物，哪些样本作为处理组样本，也就是谁相对于...

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admin
发布于 2021-08-19 11:49
阅读 ( 6101 )

TCGA下载工具超级版，在线秒下载

终于TCGA数据下载的终结版上线了，下载地址如：http://sangerbox.com/TcgaDown 界面沿用了之前的风格，一张图秒懂：每种数据类型下载到个人中心后可以看到合并的数据和单个的原始TCGA下...

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祝让飞
发布于 2020-04-16 20:40
阅读 ( 6079 )

快速上手的中文版GSEA工具！

为了解决四个难题我们设计开发了“GSEA简易分析工具”和” GSEA结果可视化工具”

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柚子
发布于 2020-06-15 14:53
阅读 ( 6033 )

保藏微生物菌种方法

各种微生物由于遗传特性不同，因此适合采用的保藏方法也不一样。一种良好的有效保藏方法，首先应能保持原菌种的优良性状长期不变，同时还须考虑方法的通用性、操作的简便性和设备的普及性。下面介绍几种常用的菌种保藏方法：

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辉骏生物
发布于 2018-11-28 15:08
阅读 ( 6030 )

Oncologists — doctors who treat cancer — use many terms when they talk about this disease. These terms usually have very specific meanings that are important in cancer research, specifically in clinical trials. Your doctor may also use these ter

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生信分析流
发布于 2018-08-16 13:43
阅读 ( 6019 )

宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2：官方中文帮助文档

QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.9.10被引8335次)的全新版(不是升级版)，采用python3全新编写，并于2018年1月全面接档QIIME，是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准，我们跟着用就好了)

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刘永鑫
发布于 2017-10-13 20:09
阅读 ( 5997 )

ConsensusClusterPlus未选择最优阈值的用法案例

我们常用ConsensusCluster来做聚类或者寻找分子亚型，常见的用法是考虑CDF下降坡度稳定小，比如图B、D中应该是k=5，然而有时候选择该值未必完全遵循此规律。比如这篇CCR的文章，就没有按照...

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祝让飞
发布于 2018-10-08 09:10
阅读 ( 5975 )

服务器里删过SSL的后遗症,R不能正常的安装包了，错误：status was 'Peer certificate cannot be authenticated with given CA certificates

技术不小心删了openssl，然后没挽救回来，通过各种折腾终于能进系统了，各方便都感觉修复了，唯独这个R无法正常的使用install.packages和biocLite来安装依赖包，究其原因则是CA证书错误，status...

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祝让飞
发布于 2018-10-11 11:18
阅读 ( 5969 )

文章分享（六）膀胱癌特异性基因组改变，M2可能是巨噬细胞浸润的重要驱动因素？

作者从多个角度研究了膀胱癌中巨噬细胞浸润，特别是M2巨噬细胞，联系了肿瘤微环境与基因组改变，研究的角度方法值得借鉴，感兴趣的小伙伴可以仔细研读。

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柚子
发布于 2019-07-25 15:33
阅读 ( 5965 )

生信文章解析（第三篇）生物信息学分析膀胱癌不同亚型中免疫调节基因

通过仔细阅读文章小编了解到作者主要分析了五种来自癌症基因组图谱的膀胱癌（MIUC）的分子亚型的转录组图谱，使用CIBERSORT免疫细胞丰度测定工具进行分析，显示了MIUC亚型之间免疫细胞谱和丰度的显著差异。包括免疫刺激和抑制基因在内的67个基因的的表达模式显示出与亚型和DDR基因突变状态的显著关联。