exoRBase一个整合血液外泌体RNA的数据库。
中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律图文详解水稻根系微生物随时间变化吗?微生物组随时间变化的规律哪些菌门随时间呈现规律变化呢?哪些菌可以作为生育时间的biomarkers?猜...
为了解决四个难题我们设计开发了“GSEA简易分析工具”和” GSEA结果可视化工具”
共表达网络揭示组织特异性转录调控和剪接 背景 基因共表达网络在基因表达数据中可以捕获生物学上重要的模式,使基因的功能分析,生物标记的发现和遗传变异的解释成为可能。目前大多数的网...
从早先的2.0版本更新而来,拆分成不同的部分,每个部分均可以定制分析
各种微生物由于遗传特性不同,因此适合采用的保藏方法也不一样。一种良好的有效保藏方法,首先应能保持原菌种的优良性状长期不变,同时还须考虑方法的通用性、操作的简便性和设备的普及性。下面介绍几种常用的菌种保藏方法:
QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.9.10被引8335次)的全新版(不是升级版),采用python3全新编写,并于2018年1月全面接档QIIME,是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准,我们跟着用就好了)
为了更好的了解用户需求及对不同的工具的喜好程度,进一步改善和指导新工具的开发,同时也避免一些不法商贩拿到淘宝上卖欺骗消费者,生信人小工具统一加了登录框,登录使用本平台的账号即可。...
好的分析和可视化,可以提供大量的信息,同时兼顾简洁优雅。 今天我们抛开实验设计、方法和工作量等因素,仅从文章最吸引人的图片来讨论3分和30分(顶级)文章差距在哪里?
富集分析文章解读
1. 如果是以文件的格式将数据导入到云平台,平台默认无法读取Excel中的数据,必须将Excel文件转为以制表位符分割的文本文件,否则小工具将无法运行。 2. 森林图不仅能展示单因素cox比例分险结果,同样能展示多因素cox比例分险结果
Oncologists — doctors who treat cancer — use many terms when they talk about this disease. These terms usually have very specific meanings that are important in cancer research, specifically in clinical trials. Your doctor may also use these ter
终于TCGA数据下载的终结版上线了,下载地址如:http://sangerbox.com/TcgaDown 界面沿用了之前的风格,一张图秒懂: 每种数据类型下载到个人中心后可以看到 合并的数据 和 单个的原始TCGA下...
Part 1.目前研究相对比较透彻的lncRNA汇总 与癌症相关lncRNA lncRNA长度Cytoband癌症类型HOTAIR2158nt12q13.13乳腺癌MALAT1/a/NEAT27.5 kb11q13.1乳腺癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、宫颈癌、前...
参考文献 Wagner, G.P., Kin, K. & Lynch, V.J. Measurement of mRNA abundance using RNA-seq data: RPKM measure is inconsistent among samples. Theory Biosci. 131, 281–285 (2012).
技术不小心删了openssl,然后没挽救回来,通过各种折腾终于能进系统了,各方便都感觉修复了,唯独这个R无法正常的使用install.packages和biocLite来安装依赖包,究其原因则是CA证书错误,status...
作者从多个角度研究了膀胱癌中巨噬细胞浸润,特别是M2巨噬细胞,联系了肿瘤微环境与基因组改变,研究的角度方法值得借鉴,感兴趣的小伙伴可以仔细研读。
通过仔细阅读文章小编了解到作者主要分析了五种来自癌症基因组图谱的膀胱癌(MIUC)的分子亚型的转录组图谱,使用CIBERSORT免疫细胞丰度测定工具进行分析,显示了MIUC亚型之间免疫细胞谱和丰度的显著差异。包括免疫刺激和抑制基因在内的67个基因的的表达模式显示出与亚型和DDR基因突变状态的显著关联。
生信学习教程,视频
我们常用ConsensusCluster来做聚类或者寻找分子亚型,常见的用法是考虑CDF下降坡度稳定小,比如图B、D中应该是k=5,然而有时候选择该值未必完全遵循此规律。 比如这篇CCR的文章,就没有按照...