热门的文章 - 第21页

零代码对不同类型的RNA Seq数据进行差异分析

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要讲解TCGA中不同类型RNA-Seq数据差异分析方法。

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调研图
发布于 2018-11-16 13:31
阅读 ( 5820 )

文献解读（1）用免疫风险评分预测黑色素瘤转移的风险

发表期刊：Front Bioeng Biotechnol 发表日期：2020 Mar 31 影响因子：5.12 DOI：10.3389/fbioe.2020.00206

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柚子
发布于 2020-06-15 15:37
阅读 ( 5819 )

第三篇lncRNA signature的文章解析，IF五分胶质瘤

这是一篇比较老的建模的文章，发表在Neurobiology of Disease上，目前影响因子五分多点。 Long non-coding RNA expression proﬁles predict clinical phenotypes in glioma 本文从lncRNA...

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祝让飞
发布于 2018-10-09 17:06
阅读 ( 5814 )

近期可以模仿的数据分析pipeline汇总

本次文章很多，需要细品，再仔细品。

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生信分析流
发布于 2019-10-28 19:51
阅读 ( 5794 )

SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法

方便快捷下载SRA、SAM及FASTQ文件

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文虎
发布于 2017-12-24 15:54
阅读 ( 5794 )

GSEA简易分析及可视化工具

Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析，GSEA)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分，一是已知...

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admin
发布于 2021-08-04 20:12
阅读 ( 5793 )

胶质瘤免疫治疗高分文章赏析

首先祝大家圣诞节快乐！今天不废话直接看文章。一篇来自发表于神经医学一线期刊《 Neurology》（IF=7.609）的文章。（在本公众号输入 30171077 可下载该文章全文预览) 胶质瘤

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生信分析流
发布于 2018-12-26 14:13
阅读 ( 5781 )

你想要的生物信息知识全在这——生信宝典文章目录

程序学习心得生物信息之程序学习如何优雅的提问生信宝典视频教程好色之旅-画图三字经转录组分析的正确姿势学习生信的系列教程学习生信的系列书籍教师节献礼 - 文章用图的修改和排版简单强大的...

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刘永鑫
发布于 2017-12-10 11:55
阅读 ( 5748 )

Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

本文“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下编辑：metagenome 摘要前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊：高通量&无偏差，分析微生物群落的新方法》。文中摘要提到：1.几十年以来细...

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刘永鑫
发布于 2018-02-10 22:41
阅读 ( 5746 )

宏基因组扩增子1图表解读-理解文章思路，零基础测序分析图表解读大全(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络)，老板再也不愁我的文献阅读了!

本网内容转载自“宏基因组”公众号，更佳阅读体验、更多相关文章，欢迎点我跳转至公众号。写在前面 (Introduction) 很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生，感觉图表丰富多样高大上，但...

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刘永鑫
发布于 2018-02-01 18:36
阅读 ( 5723 )

单细胞测序教程

小伙伴们，大家好，今天我们来开启一个新的话题，Single cell sequence，近来单细胞测序在探索生物过程、疾病机理等方面展现了前所未有的精度，通过对单细胞进行 DNA 和 RNAseq 我们得以高精度的了解单个细胞水平的体细胞突变情况，并且对于一个样本中细胞类型的组成和解析获得空前的认识。

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生信分析流
发布于 2019-09-05 15:24
阅读 ( 5718 )

文献解析（8）这篇文章为研究癌症干细胞特性相关基因提供了一个很好的思路，一起来看看把！

（1）基于WGCNA方法总共识别了11个模块；（2）通过计算与mRNAsi的相关性，得到与mRNAsi负相关明显的3个模块；（3）进一步卡MM > 0.8和GS > 0.5，最终在上述3个模块中识别了13个关键基因，这13个关键基因在膀胱癌干细胞维持中起着重要的作用；（4）通过控制上游的AURKB和PLK1基因可能有助于膀胱癌的治疗，这些基因可能是作为抑制膀胱癌干细胞特征的治疗靶点。

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柚子
发布于 2019-11-26 14:55
阅读 ( 5715 )

生信分析云平台产品开发 - 3 生信分析pipeline的进化

接上两篇内容，本文主要讲述工作中NGS从科研进入医学临床领域，工作中接触到生信流程，以及最终在自动图形化开放式生信分析系统开发中生信workflow设计实现的过程。 1.手动命令行运行 2. 脚本连续运行 3.一个脚本 shell 文件运行整个分析流程 4. 自动扫描文件并运行脚本 5. 带报告的自动扫描并触发运行脚本

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豆浆包子
发布于 2019-09-09 18:19
阅读 ( 5704 )

PCA、Umap和tSNE分析可视化工具

PCA、UMAP、tSNE是常见的几种降维方法，具体原理可以参考：常见的PCA、tSNE、UMAP降维及聚类基本原理及代码实例在这里我们开发了一个简易的PCA、tSNE、UMAP的一键化工具，用来快速的做PCA、tS...

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admin
发布于 2021-08-24 15:49
阅读 ( 5633 )

文章结果提供了MB干性的一个综合特征。基于mRNAsi的预后特征可能有助于SHH MB预后的个性化预测，并在临床实践中作为SHH MB预后潜在生物标志物。这篇文章的研究还提供了基于机器学习方法的策略，以系统地识别在MB干细胞和针对MB干细胞的药物方面分层的生物标志物。同时其对肿瘤浸润免疫细胞与MB干细胞之间相互作用的分析可能有助于预测针对MB干细胞的免疫治疗，并有助于确定哪些患者会对此类治疗产生反应。

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柚子
发布于 2019-11-26 15:09
阅读 ( 5631 )

生信分析云平台产品开发 - 1简单需求分析及技术实现

我的生信生产系统/全自动分析系统开发过程- 1简单需求分析及技术实现起因/背景几张图片实践问题一，图形化替代命令行脚本交互实践问题二，解决迁移部署问题实践问题三，解决环境搭建、软件安装问题需求：分析流程（pipeline）能够快速部署迁移技术实现：使用虚拟化技术：最终软件架构设计如图：自动运行结构如图（针对Illumina机型）：