热门的文章 - 第21页

Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

本文“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下编辑：metagenome 摘要前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊：高通量&无偏差，分析微生物群落的新方法》。文中摘要提到：1.几十年以来细...

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刘永鑫
发布于 2018-02-10 22:41
阅读 ( 6560 )

转录组Count数据差异分析工具

当我们拿到表达谱数据之后，做差异分析之前，有两个关键信息需要确认，一个是数据类型（芯片数据、FPKM、TPM、Count）,一个是哪些样本作为参照物，哪些样本作为处理组样本，也就是谁相对于...

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admin
发布于 2021-08-19 11:40
阅读 ( 6541 )

R语言一箭绘心

如何利用R语言中的arrows进行心的绘制。

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SXR
发布于 2017-03-28 20:38
阅读 ( 6538 )

单细胞测序教程

小伙伴们，大家好，今天我们来开启一个新的话题，Single cell sequence，近来单细胞测序在探索生物过程、疾病机理等方面展现了前所未有的精度，通过对单细胞进行 DNA 和 RNAseq 我们得以高精度的了解单个细胞水平的体细胞突变情况，并且对于一个样本中细胞类型的组成和解析获得空前的认识。

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生信分析流
发布于 2019-09-05 15:24
阅读 ( 6534 )

植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析

本文内容首发植物微生物组公众号，更多阅读欢迎跳转植物微生物组公众号 MWAS简介微生物组关联分析(Microbiome/Metagenome-wide association studies , MWAS)是指捕获多维尺度上的互作作用，...

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刘永鑫
发布于 2017-10-13 11:59
阅读 ( 6510 )

生信文章解析（第三篇）生物信息学分析膀胱癌不同亚型中免疫调节基因

通过仔细阅读文章小编了解到作者主要分析了五种来自癌症基因组图谱的膀胱癌（MIUC）的分子亚型的转录组图谱，使用CIBERSORT免疫细胞丰度测定工具进行分析，显示了MIUC亚型之间免疫细胞谱和丰度的显著差异。包括免疫刺激和抑制基因在内的67个基因的的表达模式显示出与亚型和DDR基因突变状态的显著关联。

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柚子
发布于 2019-07-30 16:52
阅读 ( 6504 )

存在cdf文件的芯片数据，但没有R包构建R包并安装cdf

关键命令： BiocManager::install('makecdfenv') library(makecdfenv) make.cdf.package("GPL15048_HuRSTA_2a520709.CDF.gz", "hursta2a520709cdf", species = "Homo sapiens", compress = T...

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祝让飞
发布于 2020-09-04 20:28
阅读 ( 6492 )

褪黑素通过调节小鼠肠道菌群预防肥胖

9分的微生物多样性文章怎么玩

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百迈客
发布于 2017-04-12 10:03
阅读 ( 6456 )

一键式获取基因在泛癌中的突变特征（棒棒糖图）

本工具是单基因在肿瘤中突变的棒棒糖图的升级版，目前的所有分析中工具只能查看单个肿瘤的单个基因的突变棒棒糖图如下：而本工具则提供了所有肿瘤中的突变信息在网页下方有详细的数据描述...

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admin
发布于 2021-09-30 13:47
阅读 ( 6438 )

PCA、Umap和tSNE分析可视化工具

PCA、UMAP、tSNE是常见的几种降维方法，具体原理可以参考：常见的PCA、tSNE、UMAP降维及聚类基本原理及代码实例在这里我们开发了一个简易的PCA、tSNE、UMAP的一键化工具，用来快速的做PCA、tS...

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admin
发布于 2021-08-24 15:49
阅读 ( 6407 )

文献解析（8）这篇文章为研究癌症干细胞特性相关基因提供了一个很好的思路，一起来看看把！

（1）基于WGCNA方法总共识别了11个模块；（2）通过计算与mRNAsi的相关性，得到与mRNAsi负相关明显的3个模块；（3）进一步卡MM > 0.8和GS > 0.5，最终在上述3个模块中识别了13个关键基因，这13个关键基因在膀胱癌干细胞维持中起着重要的作用；（4）通过控制上游的AURKB和PLK1基因可能有助于膀胱癌的治疗，这些基因可能是作为抑制膀胱癌干细胞特征的治疗靶点。

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柚子
发布于 2019-11-26 14:55
阅读 ( 6397 )

文章结果提供了MB干性的一个综合特征。基于mRNAsi的预后特征可能有助于SHH MB预后的个性化预测，并在临床实践中作为SHH MB预后潜在生物标志物。这篇文章的研究还提供了基于机器学习方法的策略，以系统地识别在MB干细胞和针对MB干细胞的药物方面分层的生物标志物。同时其对肿瘤浸润免疫细胞与MB干细胞之间相互作用的分析可能有助于预测针对MB干细胞的免疫治疗，并有助于确定哪些患者会对此类治疗产生反应。

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柚子
发布于 2019-11-26 15:09
阅读 ( 6381 )

R语言基础绘图——直方图

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爽儿
发布于 2017-07-25 08:29
阅读 ( 6332 )

记录宏基因组分析时去除嵌合体没有usearch 64-bit怎么破

在做细菌16S的高通量数据处理时你不得不面对去除嵌合体这玩意，嵌合体是什么鬼，百度一下就知道了，在序列扩增时多数序列是顺着单条序列前进的，如Read1扩增产生新的Read1，Read2扩增产生新的Read2。但有时两条序列也可能缠在一起，扩增时产生的新序列前半段可能属于Read1，后半段属于Read2，形成了拥有两条序列信息的嵌合体序列

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祝让飞
发布于 2017-05-22 19:05
阅读 ( 6316 )

零代码系列之三教你如何做WGCNA开篇复现文章解析

最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程，检索素材时发现了一篇文章，哦不，是两篇，他们长的几乎一样但是分数却相差近三倍，我们的目的就是零代码完美复现1、数据采用GEO公开数据集；2、老思路，通过sangerbox中的DEcenter来实现差异基因筛选，想必大家已经并不陌生；3、重头戏，sangerbox中的一键式WGCNA分析使用以及讲解老师的个人经验分享；4、结合临床信息筛选关键模块，通过万能的excel实现；5、hub基因筛选，以及预后相关性，在线网站统统搞定；6、最后就是外部数据验证。