肿瘤研究不能不知道的TCGA数据库挖掘工具大全，TCGA再也不愁！

TCGA数据库的挖掘工具层出不穷，从数据下载到数据挖掘，这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全： http://www.cancerimagingarchive.net/ The Cancer Imaging Archive (TCIA) TCIA存储...

• 7
• 0
• 余繁荣
• 发布于 2019-03-21 12:36
• 阅读 ( 6763 )

用TCGA数据不用编程轻轻松松构建CeRNA网络

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。

• 5
• 2
• 调研图
• 发布于 2018-11-23 18:02
• 阅读 ( 6740 )

Nature：地球微生物组计划首发成果

Thompson LR, Sanders JG, McDonald D, Amir A, Ladau J,Locey KJ et al (2017). A communal catalogue reveals Earth’s multiscalemicrobial diversity. Nature. 本文今年11月1日在线发表，23...

• 0
• 3
• 刘永鑫
• 发布于 2017-11-28 15:24
• 阅读 ( 6737 )

R来完成表达芯片分析全流程-有笔记有视频

需要学R语言，一站式学会表达芯片处理

• 17
• 3
• 生信菜鸟团
• 发布于 2017-08-10 22:50
• 阅读 ( 6713 )

比PCA更好用的监督排序—LDA分析、作图及添加置信-ggord

线性判别分析LDA 线性判别分析，英文Linear Discriminant Analysis, 以下简称LDA。LDA在模式识别领域（比如人脸识别，舰艇识别等图形图像识别领域）中有非常广泛的应用，在生物学大数据研究中...

• 1
• 2
• 刘永鑫
• 发布于 2018-01-07 09:16
• 阅读 ( 6679 )

2017年柑橘Nature Genetics文章解读

最新的柑橘基因组文章解读

• 0
• 0
• 百迈客
• 发布于 2017-04-13 17:37
• 阅读 ( 6631 )

limma快速差异分析工具

当我们拿到表达谱数据之后，做差异分析之前，有两个关键信息需要确认，一个是 数据类型（芯片数据、FPKM、TPM、Count）,一个是 哪些样本作为参照物，哪些样本作为 处理组样本，也就是 谁相对于...

• 0
• 2
• admin
• 发布于 2021-08-19 11:49
• 阅读 ( 6630 )

limma快速差异分析工具！

limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。

• 1
• 0
• 柚子
• 发布于 2020-05-26 11:53
• 阅读 ( 6624 )

文献解读（4）识别与m6A相关的mRNA Signature 来预测胰腺癌患者的预后情况

发表期刊：Mol Ther Oncolytics 发表日期：2020 Apr 29 影响因子：5.71 DOI: 10.1016/j.omto.2020.04.011

• 2
• 0
• 柚子
• 发布于 2020-06-17 14:20
• 阅读 ( 6616 )

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180701)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。

• 2
• 18
• 刘永鑫
• 发布于 2017-10-31 20:15
• 阅读 ( 6589 )

R包装不上怎么办？不用怕分分钟教你如何搞定

最近小编发现大家再用小工具时候总是有一些R包安装不上，今天小编交给大家一个方法。这个是很多免安装的R包提供给大家，欢迎大家使用

• 1
• 0
• 调研图
• 发布于 2018-09-10 17:20
• 阅读 ( 6576 )

实战系列（一）手把手复现3分lncRNA经典小文章

DOI ：  10.1080/21691401.2017.1366334 17年发表的与肺鳞癌预后相关的lncRNA研究，影响因子3.026 此篇相对有点早，但是作为一个标准，如果不能完成这样的一个研究，想做近期热点的免疫研究是很难

• 2
• 1
• 生信分析流
• 发布于 2019-07-10 09:47
• 阅读 ( 6565 )

辉骏生物—串联亲和纯化/质谱（Tandem affinity purification，TAP/MS）

服务简介TAP/MS是Co-IP/MS的“近亲”，两者在寻找诱饵蛋白的互作蛋白以及纯化互作蛋白的原理方面非常相似。但是TAP/MS经过2步亲和纯化，而Co-IP/MS只有1步亲和纯化，故而TAP/MS可以有效减少非特异...

• 0
• 1
• 辉骏生物
• 发布于 2018-11-20 16:25
• 阅读 ( 6536 )

新出炉的Cytoscape视频教程

Cytoscape已成为网络图绘制的核心工具，基因表达调控网络、蛋白互作网络、miRNA-gene调节关系、分析流程、组织架构等任何与网络、结构、层级有关系的事情都可以用Cytoscape来绘制。前期的教程

• 0
• 0
• shengxinbaodian
• 发布于 2018-08-27 20:24
• 阅读 ( 6517 )

他山之石可以攻玉：又能发SCI，毕业了！

《诗经》里有一句话一直广为流传。“他山之石，可以攻玉”，意思是别的山头的石头坚硬，可以琢磨玉器。 作为一只科研汪，在科研上，我们同样可以借用“别人山头的石头”，来琢磨“

• 10
• 0
• 余繁荣
• 发布于 2018-11-21 13:26
• 阅读 ( 6513 )

孟德尔随机化之研究背景

久违的孟德尔随机化开始更新了，在今天的内容中，我将向大家介绍孟德尔随机化的基本概念及其背景知识，并举例说明何时可以使用该方法以及该方法为何能有效解释因果关系。本系列讲解内

• 0
• 0
• 米老鼠
• 发布于 2020-09-13 23:17
• 阅读 ( 6502 )

央视与遗传发育所合拍《走进科学-小菌株大作为》——枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加

我国是世界上最大的抗生素生产和使用国，同时也是细菌耐药性的重灾区。抗生素滥用问题在医疗特别是畜牧业领域尤其严重。畜牧业养殖户普遍将饲用抗生素添加到饲料中，当做保健品给动物防病，促...

• 0
• 1
• 刘永鑫
• 发布于 2018-03-25 22:20
• 阅读 ( 6493 )

TCGA数据库

博士磕磕绊绊读到了第三年~ 终于进入了出成果的阶段了，也对生信这个学科建立了一些系统的理解，觉得应该做一些系统的梳理和记录了（虽然这个宏图大志从博一就有了但没有知识积累又懒。那么就从...

• 2
• 0
• cyn-111
• 发布于 2021-01-19 01:02
• 阅读 ( 6490 )

基于DNA甲基化特征的乳腺癌异质性分析

文章原创地址："计算表观遗传学"微信公众号

• 0
• 1
• Jason Y.J. Wei
• 发布于 2017-10-24 09:49
• 阅读 ( 6489 )

基因表达与甲基化表达谱纯生信分析4分文章，你也可以

好久没有写稿子了，今天分享一篇纯生信文章,发表在scientific reports上，虽说很多人吐槽SR为水刊，个人认为其实人家发表的很多文章还是很值得学习的，比较喜欢直接一点，我们看图说话哈。...

• 7
• 1
• 余繁荣
• 发布于 2019-03-21 12:26
• 阅读 ( 6479 )