Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章

本文转载自“科研小榴莲”，己获授权。 今天小榴莲和大家一起探讨一篇17年十一月份发表在Nature的文章。 在西方以及中国部分地区高盐饮食是一种非常普遍的现象，高盐饮食已经成为高血压以及心...

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• 刘永鑫
• 发布于 2018-01-23 19:53
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What？PC跑转录组。

What？PC跑转录组。 简介 上次小编介绍了如何利用生信人小工具进行芯片数据的处理。但是相信大家有些时候还是需要从转录组数据开始的。 应用场景：比如之前的数据大家只是对编码的基因进...

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• 张海伦
• 发布于 2017-10-23 17:09
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SesameFG：芝麻功能基因组学的综合数据库

SesameFG为芝麻功能基因组学研究和分子育种提供了宝贵的资源和工具

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• 调研图
• 发布于 2017-11-06 21:05
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丹参的抗旱机制

利用转录组数据研究丹参的抗旱机制。

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• 百迈客
• 发布于 2017-04-17 15:12
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肿瘤TMB的计算原理及数学模型

一种肿瘤TMB的计算原理及数学模型的方法

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• chendz
• 发布于 2019-12-09 11:07
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最新5+套路：免疫基因对已成过去式，新的对子再次出发！细胞与细胞相互作用换个角度看肿瘤预后

说起了小编很感慨，在19年的时候我们推出了免疫基因对的思路，并且当时做了好些个大肿瘤，伴随着早先的文章见刊，后面被录成了套路视频，各种层出不穷的基因对如火山般的爆发，尽管这个套路我们...

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• admin
• 发布于 2021-10-18 14:29
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一键计算泛癌中基因表达与肿瘤干性指数的关系

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 肿瘤细胞干性与基因表达的关系，我们从先前的研究中（Machine Learning Identif...

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• admin
• 发布于 2021-10-07 12:06
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mongodb内存占用过高可行的限制办法

最近服务器卡的要死，后来发现是用来MongoDB在后台建索引，占了 一半的内存，MongoDB本身是一个极耗内存的数据库，你有多少内存他都能吃进去，谷歌之后寻到解决办法如下： 服务器系统是CentOS7...

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• 祝让飞
• 发布于 2018-12-27 08:40
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社区会员开通步骤

想要成为生信分析达人么？想要了解社区视频的秘密么？

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• 生信分析流
• 发布于 2018-09-07 16:15
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Genewise预测假基因的注意事项

1、genewise简介 Genewise软件是大家在基因组项目中经常用到的软件，可能主要用也基因预 测和假基因预测。基因预测以往的文章都提及过，对于假基因预测这部分，也说过，但是总觉得有一些注...

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• SXR
• 发布于 2017-03-30 21:36
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Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗？快看此文

关于测试数据共享文件声明 百度云是一种非常方便的文件共享方式，但是有时会出现文件无法通过审核，导致大家访问失败？之前团队分享视频(百度管片最严，你懂的，上周六的纪录片将扩展名mkv修改...

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• 刘永鑫
• 发布于 2018-01-16 00:05
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limma的两个弟弟：edgeR和DESeq2

01 — 研究背景 上一篇公众号我们为大家详细的介绍了R软件包limma筛选差异基因，limma包做差异分析要求数据满足正态分布或近似正态分布，如基因芯片、TPM格式的高通量测序数据。随着高...

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• 柚子
• 发布于 2020-05-26 11:09
• 阅读 ( 6659 )

转录组结果分析，仅需149！

转录组结果分析，仅需149！

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• 组学生物
• 发布于 2018-04-03 11:40
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扩增子分析神器USEARCH简介

本文中引用统计采用Google学术，统计日期截止2017年10月9日。 Usearch简介 主页：http://www.drive5.com/usearch/ Usearch是什么？它是超快的序列分析软件，在序列比对、聚类、操作等多领域...

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-10-12 23:01
• 阅读 ( 6578 )

扩增子分析还聚OTU就真OUT了，试试unoise3

宏基因组领域是当今热门领域，也正是方法快速发展和变革的时代。之前还把 97%聚类OTU作为扩增子行业的金标准。转眼间各位大佬纷纷向OTU聚类方法拍砖，都不建议再使用。 Feature代替OTU是趋势...

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-10-12 23:00
• 阅读 ( 6576 )

肿瘤研究不能不知道的TCGA数据库挖掘工具大全，TCGA再也不愁！

TCGA数据库的挖掘工具层出不穷，从数据下载到数据挖掘，这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全： http://www.cancerimagingarchive.net/ The Cancer Imaging Archive (TCIA) TCIA存储...

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• 余繁荣
• 发布于 2019-03-21 12:36
• 阅读 ( 6518 )

桑基图绘制工具

桑基图主要由边、流量和支点组成，其中边代表了流动的数据，流量代表了流动数据的具体数值，节点代表了不同分类。边的宽度与流量成比例地显示，边越宽，数值越大。他常用与观察样本在不同亚组中...

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• admin
• 发布于 2021-11-10 17:26
• 阅读 ( 6505 )

使用REST API批量下载ENCODE数据

玩转ENCODE项目的数据资源（二）（附示例代码）

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• Bryce
• 发布于 2017-11-26 11:26
• 阅读 ( 6503 )

R来完成表达芯片分析全流程-有笔记有视频

需要学R语言，一站式学会表达芯片处理

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• 生信菜鸟团
• 发布于 2017-08-10 22:50
• 阅读 ( 6502 )

生信文章解析（第一篇）在乳腺癌中，MAPK通路的突变驱动扰动与肿瘤内免疫反应负相关？

基于免疫相关基因对乳腺癌样本重新划分具有不同免疫表型的病人，从多组学的角度刻画这些不同免疫表型病人的特征。

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• 柚子
• 发布于 2019-07-30 10:21
• 阅读 ( 6479 )