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R堆叠柱状图各成分连线画法：突出展示组间物种丰度变化
作者：朱微金 李陈浩 堆叠柱状图连线画法提出问题 18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化 》。其中的图3基于堆叠柱状图...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-01 18:37
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刘永鑫
组学生物
文献解读（2）在鉴别肺腺癌患者与预后相关 immune signatures
发表期刊：Cellular Oncology 发表日期：2020 May 28 影响因子：5.52 DOI: 10.1007/s13402-020-00515-7
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- 柚子
- 发布于 2020-06-15 15:47
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柚子
易统计
Sangerbox 3.0: 多个芯片数据集合并的简易工具
在做数据挖掘过程中经常会遇到数据集样本不够的情况，在此过程我们就需要对多个 小数据集合并成大数据集的需要，在这里我们开发了一款芯片数据的多数据集合并的简易工具 工具界面如下： 输...
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- admin
- 发布于 2021-07-20 15:49
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admin
做重注释的简单思路记录一下
做生物信息一项必备的技能是寻找可用的数据，很多时候手头的数据不够，有很多的公共数据库数据可以使用，如何充分利用这些公共数据则显得尤为重要，GEO数据库中有大量的芯片数据，很多常见的芯...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-05-21 17:03
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祝让飞
参考简易TCGA下载小工具简单介绍TCGA
TCGA产生背景 目前人们研究最多的疾病非癌症莫属。从人类基因组计划完成后，癌症研究也早已步入基因组学时代，正因如此，人们急需一个能整合多种癌症基因组测序数据的功能强大的数据库平...
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- 金晓妍
- 发布于 2017-05-07 22:28
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金晓妍
文献解读（4）识别与m6A相关的mRNA Signature 来预测胰腺癌患者的预后情况
发表期刊：Mol Ther Oncolytics 发表日期：2020 Apr 29 影响因子：5.71 DOI: 10.1016/j.omto.2020.04.011
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- 柚子
- 发布于 2020-06-17 14:20
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limma快速差异分析工具！
limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 11:53
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Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗？快看此文
关于测试数据共享文件声明 百度云是一种非常方便的文件共享方式，但是有时会出现文件无法通过审核，导致大家访问失败？之前团队分享视频(百度管片最严，你懂的，上周六的纪录片将扩展名mkv修改...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-16 00:05
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孟德尔随机化之研究背景
久违的孟德尔随机化开始更新了，在今天的内容中，我将向大家介绍孟德尔随机化的基本概念及其背景知识，并举例说明何时可以使用该方法以及该方法为何能有效解释因果关系。本系列讲解内
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- 米老鼠
- 发布于 2020-09-13 23:17
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米老鼠
limma快速差异分析工具
当我们拿到表达谱数据之后，做差异分析之前，有两个关键信息需要确认，一个是 数据类型（芯片数据、FPKM、TPM、Count）,一个是 哪些样本作为参照物，哪些样本作为 处理组样本，也就是 谁相对于...
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- admin
- 发布于 2021-08-19 11:49
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Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章
本文转载自“科研小榴莲”，己获授权。 今天小榴莲和大家一起探讨一篇17年十一月份发表在Nature的文章。 在西方以及中国部分地区高盐饮食是一种非常普遍的现象，高盐饮食已经成为高血压以及心...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-23 19:53
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共表达网络揭示组织特异性转录调控和剪接
共表达网络揭示组织特异性转录调控和剪接 背景 基因共表达网络在基因表达数据中可以捕获生物学上重要的模式，使基因的功能分析，生物标记的发现和遗传变异的解释成为可能。目前大多数的网...
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- 张海伦
- 发布于 2017-11-19 10:15
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张海伦
扩增子分析神器USEARCH简介
本文中引用统计采用Google学术，统计日期截止2017年10月9日。 Usearch简介 主页：http://www.drive5.com/usearch/ Usearch是什么？它是超快的序列分析软件，在序列比对、聚类、操作等多领域...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-12 23:01
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Genewise预测假基因的注意事项
1、genewise简介 Genewise软件是大家在基因组项目中经常用到的软件，可能主要用也基因预 测和假基因预测。基因预测以往的文章都提及过，对于假基因预测这部分，也说过，但是总觉得有一些注...
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- SXR
- 发布于 2017-03-30 21:36
- 阅读 ( 7565 )
SXR
mongodb内存占用过高可行的限制办法
最近服务器卡的要死，后来发现是用来MongoDB在后台建索引，占了 一半的内存，MongoDB本身是一个极耗内存的数据库，你有多少内存他都能吃进去，谷歌之后寻到解决办法如下： 服务器系统是CentOS7...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-12-27 08:40
- 阅读 ( 7562 )
水稻微生物组时间序列分析
中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律图文详解水稻根系微生物随时间变化吗？微生物组随时间变化的规律哪些菌门随时间呈现规律变化呢?哪些菌可以作为生育时间的biomarkers?猜...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-04-10 21:13
- 阅读 ( 7554 )
