一键计算泛癌中基因表达与肿瘤干性指数的关系
众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 肿瘤细胞干性与基因表达的关系，我们从先前的研究中（Machine Learning Identif...
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- admin
- 发布于 2021-10-07 12:06
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admin
最新5+套路：免疫基因对已成过去式，新的对子再次出发！细胞与细胞相互作用换个角度看肿瘤预后
说起了小编很感慨，在19年的时候我们推出了免疫基因对的思路，并且当时做了好些个大肿瘤，伴随着早先的文章见刊，后面被录成了套路视频，各种层出不穷的基因对如火山般的爆发，尽管这个套路我们...
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- admin
- 发布于 2021-10-18 14:29
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做富集分析不一定非得用R,结果依然秀色可餐
那么经过前面一系列的操作后，终于拿到我们需要的差异基因，下面就要开始这些差异基因的表演了，估计大家首先想到就是这些基因有一个什么功能，首选就是KEGG和GO富集分析，目前大家常用的是...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-15 20:11
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调研图
What？PC跑转录组。
What？PC跑转录组。 简介 上次小编介绍了如何利用生信人小工具进行芯片数据的处理。但是相信大家有些时候还是需要从转录组数据开始的。 应用场景：比如之前的数据大家只是对编码的基因进...
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- 张海伦
- 发布于 2017-10-23 17:09
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张海伦
limma的两个弟弟：edgeR和DESeq2
01 — 研究背景 上一篇公众号我们为大家详细的介绍了R软件包limma筛选差异基因，limma包做差异分析要求数据满足正态分布或近似正态分布，如基因芯片、TPM格式的高通量测序数据。随着高...
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- 柚子
- 发布于 2020-05-26 11:09
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柚子
Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章
本文转载自“科研小榴莲”，己获授权。 今天小榴莲和大家一起探讨一篇17年十一月份发表在Nature的文章。 在西方以及中国部分地区高盐饮食是一种非常普遍的现象，高盐饮食已经成为高血压以及心...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-23 19:53
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刘永鑫
SXR
chendz
Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗？快看此文
关于测试数据共享文件声明 百度云是一种非常方便的文件共享方式，但是有时会出现文件无法通过审核，导致大家访问失败？之前团队分享视频(百度管片最严，你懂的，上周六的纪录片将扩展名mkv修改...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-16 00:05
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生信文章解析（第一篇）在乳腺癌中，MAPK通路的突变驱动扰动与肿瘤内免疫反应负相关？
基于免疫相关基因对乳腺癌样本重新划分具有不同免疫表型的病人，从多组学的角度刻画这些不同免疫表型病人的特征。
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- 柚子
- 发布于 2019-07-30 10:21
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Bryce
Genewise预测假基因的注意事项
1、genewise简介 Genewise软件是大家在基因组项目中经常用到的软件，可能主要用也基因预 测和假基因预测。基因预测以往的文章都提及过，对于假基因预测这部分，也说过，但是总觉得有一些注...
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- SXR
- 发布于 2017-03-30 21:36
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扩增子分析还聚OTU就真OUT了，试试unoise3
宏基因组领域是当今热门领域，也正是方法快速发展和变革的时代。之前还把 97%聚类OTU作为扩增子行业的金标准。转眼间各位大佬纷纷向OTU聚类方法拍砖，都不建议再使用。 Feature代替OTU是趋势...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-12 23:00
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mongodb内存占用过高可行的限制办法
最近服务器卡的要死，后来发现是用来MongoDB在后台建索引，占了 一半的内存，MongoDB本身是一个极耗内存的数据库，你有多少内存他都能吃进去，谷歌之后寻到解决办法如下： 服务器系统是CentOS7...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-12-27 08:40
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祝让飞
组学生物
生信分析流
扩增子分析神器USEARCH简介
本文中引用统计采用Google学术，统计日期截止2017年10月9日。 Usearch简介 主页：http://www.drive5.com/usearch/ Usearch是什么？它是超快的序列分析软件，在序列比对、聚类、操作等多领域...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-12 23:01
- 阅读 ( 6855 )
八种免疫浸润评分的简易计算工具
肿瘤免疫已经是热点中的热点，逐渐成为数据分析中的标准分析了，在这里我们封装了八种常见的免疫微环境评分的计算方法，界面非常简单，输入的是表达谱矩阵，行为基因，列为样本。 使用该工具是...
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- admin
- 发布于 2021-07-23 10:50
- 阅读 ( 6824 )
Sangerbox 3.0: 多个芯片数据集合并的简易工具
在做数据挖掘过程中经常会遇到数据集样本不够的情况，在此过程我们就需要对多个 小数据集合并成大数据集的需要，在这里我们开发了一款芯片数据的多数据集合并的简易工具 工具界面如下： 输...
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- admin
- 发布于 2021-07-20 15:49
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