分享一个绘制带置信区间的ROC曲线的代码模板
效果图如： library(timeROC)library(survival)ROC.DSST=timeROC(T=time, delta=status ,marker=test.score, cause=1,weighting="marginal", times=c(12,12*3,1...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-02-18 10:38
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祝让飞
SXR
miRNA-mRNA网络构建
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要mRNA-miRNA的互作网络构建。
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- 调研图
- 发布于 2018-11-16 14:27
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调研图
线粒体基因组测序策略和方法
背景介绍 线粒体由于其较为保守，常用于物种进化分析和分类研究。而对于线粒体基因组测序分析的常用策略和方法，可能大家较为陌生，小编在此简单的介绍下常用的测序策略。 方法 1、第...
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- SXR
- 发布于 2017-04-14 11:45
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基于源代码的RRA算法原理解析
使用RRA算法做基因表达meta分析的文章很多，基于某个好友博士答辩中涉及到此方法，需要对该算法深入解析，顺道抽空研究了一下（主要是实在看不下去文章直译牛头不对马嘴。。。。。他翻译如下）...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-02-15 21:36
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爽儿
WGCNA 一键式分析工具
加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集, 并根据基因集的内连性和基...
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- admin
- 发布于 2021-08-28 12:06
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admin
解析一篇三分多的甲基化文章：全基因组甲基化分析鉴定结肠腺癌中的新型预后甲基化标志物
该文发表与2018年9月，二区，3.4分 DNA甲基化是一种主要的表观遗传机制，是基因表达的重要调节因子，可以抑制转录因子的结合或抑制蛋白的募集。以前的研究表明，表观 遗传基因调控中的DNA 甲基...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-02-18 13:27
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2篇五分数据分析文章教你怎么正确的利用CeRNA假说
在pubmed上利用TCGA的数据及CeRNA假说整合分析所发表的文章已经快五十篇了，他们从不同程度上来诠释CeRNA假说以及应用场景，我们都知道ceRNA全称为competing endogenous RNA，是一种能够竞争结...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-17 14:38
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编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
写在前面 个人认为：是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python等(胶水语言，数据格式转换，软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。 之前分享过我个...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-18 22:55
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刘永鑫
文虎
生信菜鸟团
文献解读（1）癌症干性，肿瘤内异质性和跨癌症的免疫反应
这篇文章整合多个数据集对癌症的干性、免疫应答和瘤内异质性进行了综合分析，发现了抗肿瘤免疫与肿瘤干性之间的普遍负相关，以及肿瘤干性与肿瘤内异质性之间显著的正相关。无论是研究所用到的数据还是研究所采用的方法以及思路都值得我们学习借鉴。
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- 柚子
- 发布于 2020-04-07 16:41
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柚子
生信文章解析（第七篇）非小细胞肺癌中免疫应答相关的突变特征以及驱动基因
研究非小细胞肺癌免疫应答相关的signature的文章，整合了113例经过ICB治疗的非小细胞肺癌样本的体细胞突变谱以及临床信息。研究的目的是刻画经ICB治疗的非小细胞肺癌患者的突变特征和预后。
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- 柚子
- 发布于 2019-08-15 10:44
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2020年5+生信文章什么样？
话不多说，直奔主题。（看发表时间，很新鲜） 这杂志大家也不陌生，都是老朋友了，生信友好型杂志。 看看文章都干了什么： 1.故事背景 作者系统性的开发了一个跨越不同转录组平台和病人队...
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- 生信分析流
- 发布于 2020-03-30 11:33
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生信分析流
转录组分析工具哪家强？
本文是导读版，生信宝典公众号同一期还有完整翻译版RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛，也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异
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- shengxinbaodian
- 发布于 2018-08-23 19:01
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shengxinbaodian
美吉生物
