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一键计算泛癌中基因表达与TMB、MSI、purity、ploidy、HRD、LOH、新抗原的关系

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析基因组异质性与基因表达的关系，比如 TMB：肿瘤突变负荷，TMB与PD-1/PD-L1抑制...

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admin
发布于 2021-10-05 11:51
阅读 ( 11082 )

KEGG富集分析还可以这么美化

上一讲，讲解富集方法以及结果的可视化，那么这堂课为实战篇复现以下文章中的结果，并使用cytoscape美化可视化结果。 1、开始画面，一如既往的是操作步骤流程图 2、文章中KEGG结果部分解读...

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调研图
发布于 2018-06-15 20:28
阅读 ( 11070 )

叶绿体组装策略

小编在此主要介绍一下一篇文献中叶绿体组装策略，毕竟现在好多植物完成测序，从里面捞点叶绿体数据自己组装发篇小文章还是可以的，嘻嘻。背景第二代测序虽然也能完成对整个基因组序...

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SXR
发布于 2017-03-30 21:54
阅读 ( 11035 )

基于源代码的RRA算法原理解析

使用RRA算法做基因表达meta分析的文章很多，基于某个好友博士答辩中涉及到此方法，需要对该算法深入解析，顺道抽空研究了一下（主要是实在看不下去文章直译牛头不对马嘴。。。。。他翻译如下）...

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祝让飞
发布于 2019-02-15 21:36
阅读 ( 11027 )

宏基因组实战8. 分箱宏基因组binning, MqaxBin, MetaBin, VizBin

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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刘永鑫
发布于 2017-11-21 09:25
阅读 ( 11025 )

KaplanMeier生存曲线绘制工具

在临床研究中，生存曲线（又称Kaplan-Meier曲线）是最常用图片之一，旨在描述各组患者的生存状况。一张漂亮的、专业的生存曲线图不仅可以令编辑、读者和审稿专家眼前一亮，同时也能为论文增色不...

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admin
发布于 2021-06-24 10:22
阅读 ( 11024 )

社区打赏功能使用教程

众人拾柴火焰高，为了鼓励广大生信爱好者分享知识，社区最新系统中增加了打赏功能以资鼓励生信人分享有用的知识。打赏功能设置如下：首先在账号设置（https://www.shengxin.ren/profile/bas...

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admin
发布于 2017-10-12 09:27
阅读 ( 10982 )

转座子分析软件及用法

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SXR
发布于 2017-04-18 11:21
阅读 ( 10935 )

转录组分析工具哪家强？

本文是导读版，生信宝典公众号同一期还有完整翻译版RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛，也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异

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shengxinbaodian
发布于 2018-08-23 19:01
阅读 ( 10890 )

甲基化芯片注释中的CpG shores, open sea 是什么

在甲基化芯片中，对于CpG位点所在的区域，会有对应的注释信息，比如CpG islands。CpG island是基因组上一段CpG位点密度较高的区域，这个概念是非常常见的，出了CpG island 之外，还会有CpG shores, CpG

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菜鸟新手
发布于 2018-08-22 09:10
阅读 ( 10872 )

爱学习：手把手教你复现一篇Nature子刊的基于WGCNA的生信分析+实验验证的文章

“Identifcation of the key genes and pathways involved in the tumorigenesis and prognosis of kidney renal clear cell carcinoma” 肾脏肾透明细胞癌的发生，发展及预后的关键基因和途径的鉴定发表于： 2020年3月6日， Scientific Reports 杂志上，还是热乎的。

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欢乐豆
发布于 2020-05-29 18:50
阅读 ( 10847 )

基因表达与甲基化关联分析，挖掘表观诱导的潜在肿瘤标志物（生信分析方案）

通过基因表达与甲基化的关联分析，筛选启动子区域甲基化修饰改变而引起基因表达改变，从而对病人预后产生不良影响的基因。

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生信分析流
发布于 2018-07-27 14:46
阅读 ( 10826 )

PASA：提升基因预测的利器

PASA牛叉的利用转录组预测基因

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SXR
发布于 2017-04-01 15:21
阅读 ( 10735 )

cytoscape蛋白互作基础

蛋白互做

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SXR
发布于 2017-04-13 13:40
阅读 ( 10701 )

一行命令从cds的fasta序列转换成bed

数据来源： http://www.plantkingdomgdb.com/tea_tree/data/cds/Teatree_CDS.fas 转换成bed命令： grep '>' Teatree_CDS.fas |awk -F '>' '{print $2}'|awk -F ' ' '{print $3"\t"$1}'...