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RNAseq FPKM\TPM\Count相互转换及lncRNA提取工具

对于RNA-seq数据集，如TCGA RNA-seq，我们经常需要做一些转换，比如Count转FPKM 或者Count转TPM,或者FPKM转TPM,同时我们还经常需要从RNAseq数据中提取lncRNA,在这里我们开发了一个简易的工具，...

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admin
发布于 2021-08-19 10:47
阅读 ( 9739 )

转录组分析工具哪家强？

本文是导读版，生信宝典公众号同一期还有完整翻译版RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛，也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异

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shengxinbaodian
发布于 2018-08-23 19:01
阅读 ( 9737 )

基因表达与甲基化关联分析，挖掘表观诱导的潜在肿瘤标志物（生信分析方案）

通过基因表达与甲基化的关联分析，筛选启动子区域甲基化修饰改变而引起基因表达改变，从而对病人预后产生不良影响的基因。

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生信分析流
发布于 2018-07-27 14:46
阅读 ( 9709 )

转座子分析软件及用法

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SXR
发布于 2017-04-18 11:21
阅读 ( 9680 )

miRNA-mRNA网络构建

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要mRNA-miRNA的互作网络构建。

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调研图
发布于 2018-11-16 14:27
阅读 ( 9646 )

cytoscape蛋白互作基础

蛋白互做

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SXR
发布于 2017-04-13 13:40
阅读 ( 9568 )

使用TCGA做CeRNA又有了便捷的方法

在早先时候我介绍了CeRNA的一些做法，尤其是怎么构建CeRNA网络和怎么去对网络做剪枝，在视频中都是针对于不需要编程去操作，实际上如果你会R的话，下面介绍的工具会让你事半功倍。这是一篇上...

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祝让飞
发布于 2018-08-13 09:52
阅读 ( 9560 )

使用linux终端下载GEO数据

Bioconductor的GEOquery几个常用函数可以实现GEO数据的下载，但有时候我想直接通过终端下载而不是使用Rstudio然后运行脚本的方式，所以下面用shell脚本对GEOquery两个下载函数getGEO()以及getGEOSuppFiles()进行了简单的封装。

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王诗翔
发布于 2018-01-16 13:50
阅读 ( 9468 )

Meta分析全程教程

零基础，想“短平快”不做实验发SCI的同学；讲师郎中1987对于meta分析的专业程度是现在少有人可以相比的，他发的30多篇文章里90%都是Meta分析，足见他对Meta套路的熟谙。

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王国胜
发布于 2018-09-03 17:08
阅读 ( 9415 )

分享一个绘制带置信区间的ROC曲线的代码模板

效果图如： library(timeROC)library(survival)ROC.DSST=timeROC(T=time, delta=status ,marker=test.score, cause=1,weighting="marginal", times=c(12,12*3,1...

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祝让飞
发布于 2019-02-18 10:38
阅读 ( 9381 )

线粒体基因组测序策略和方法

背景介绍线粒体由于其较为保守，常用于物种进化分析和分类研究。而对于线粒体基因组测序分析的常用策略和方法，可能大家较为陌生，小编在此简单的介绍下常用的测序策略。方法 1、第...

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SXR
发布于 2017-04-14 11:45
阅读 ( 9374 )

R语言基础绘图——注解

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爽儿
发布于 2017-08-06 16:31
阅读 ( 9340 )

MECAT：PC组装人的基因组

今天给大家推荐一款牛叉的三代组装软件，号称资源浪费少，绿色又环保，而且在个人笔记本上毫无压力的软件——MECAT。

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张海伦
发布于 2017-06-26 16:31
阅读 ( 9329 )

桌面版SCI-Hub,简单易用，再也不用担心找不到可用的SCI-hub网址了

最近SCI-Hub风雨飘摇，今天收藏的网址明天就不能用了，心碎的很，某程序员同学一机灵就弄了个桌面版的SCI-Hub，丢到了工具盒中

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调研图
发布于 2017-12-22 11:08
阅读 ( 9310 )

解析一篇三分多的甲基化文章：全基因组甲基化分析鉴定结肠腺癌中的新型预后甲基化标志物

该文发表与2018年9月，二区，3.4分 DNA甲基化是一种主要的表观遗传机制，是基因表达的重要调节因子，可以抑制转录因子的结合或抑制蛋白的募集。以前的研究表明，表观遗传基因调控中的DNA 甲基...

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祝让飞
发布于 2019-02-18 13:27
阅读 ( 9248 )

爱学习：手把手教你复现一篇Nature子刊的基于WGCNA的生信分析+实验验证的文章

“Identifcation of the key genes and pathways involved in the tumorigenesis and prognosis of kidney renal clear cell carcinoma” 肾脏肾透明细胞癌的发生，发展及预后的关键基因和途径的鉴定发表于： 2020年3月6日， Scientific Reports 杂志上，还是热乎的。

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欢乐豆
发布于 2020-05-29 18:50
阅读 ( 9229 )

一键获取基因在不同肿瘤中不同临床分期的表达差异

众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析不同临床分期与基因表达的关系，比如T、N、M、Stage、性别和年龄。在这里我们...

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admin
发布于 2021-10-07 11:17
阅读 ( 9207 )

GO的obo文件解析Python代码

在现在的组学研究中几乎离不开GO分析，那么GO是干什么的呢，GO的诞生主要目的是来归类统一生物学方言的（不同的生物学数据库可能会使用不同的术语），它是一个有向无环图（DAG）本体,主要形式是一term标记，每个GO term代表一种功能描述，都属于ontology，而GO总共分成三个ontology:molecular function, cellular component和biological process