TCGA简易下载工具V10更新
TCGA简易下载工具V10更新主要在于成熟体miRNA的数据合并上，支持miRNA的isoform合并，从中可以得到新的矩阵然后再使用便捷ID转换器就可以将miRNA的表达谱矩阵转换成-3p、5p的miRNA了
- 3
- 9
- 祝让飞
- 发布于 2018-01-28 17:24
- 阅读 ( 12873 )
祝让飞
相关性矩阵热图绘制工具使用案例
在我们的组学研究中经常会遇到各种相关性，今天这款小工具专注解决各种矩阵相关性问题，老司机不多说赶紧上车 软件界面如下： 一目了然，输入矩阵即可继续行的相关性或者列的相关性，可以选择...
- 5
- 6
- 祝让飞
- 发布于 2017-09-11 10:15
- 阅读 ( 12558 )
一键获取基因在不同肿瘤中不同临床分期的表达差异
众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 不同临床分期与基因表达的关系，比如T、N、M、Stage、性别和年龄。 在这里我们...
- 0
- 5
- admin
- 发布于 2021-10-07 11:17
- 阅读 ( 12543 )
admin
爽儿
调研图
Nature Microbiology：肠道菌群如何划分肠型
题目：基于肠道菌群组成的“肠型”如何定义？ 认识肠道菌群领域的29位大佬，从熟悉他们的名字和单位开始。 作者：Paul I. Costea 1, Falk Hildebrand 1,2,3, Arumugam Manimozhiyan 4, Fredrik...
- 1
- 1
- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-25 21:58
- 阅读 ( 12209 )
刘永鑫
TCGA简易下载工具使用总结
TCGA简易下载工具上线一周，有许许多多的同志们使用它来下载TCGA数据，也有部分同志反应了一些问题，也是这些问题让这个工具更新到了第六个版本，经过六次的更新，也解决了不少在极端情况下的下载使用问题，现在总结一下问的比较多的软件问题
- 6
- 19
- 祝让飞
- 发布于 2017-04-11 20:46
- 阅读 ( 12186 )
文章解读——基于20个基因的预后模型预测肺腺癌的生存
基于20个基因的预后模型预测肺腺癌的生存 Twenty-gene-based prognostic model predicts lung adenocarcinoma survival 肺腺癌（LAC）占非小细胞肺癌的一半以上，它具有高发病率和死亡率...
- 7
- 0
- 生信分析流
- 发布于 2018-09-18 15:48
- 阅读 ( 12127 )
生信分析流
小白也能画漂亮的热图--赐你一个非编程热图工具
文章投稿，除了文好当然还要“颜好”！在这个看脸的世界，为了给文章加分，各位老师学生也是做足功课了！但是不会编程敲代码？——那必须学学各种绘图小工具了。
- 5
- 4
- 组学生物
- 发布于 2018-07-13 10:03
- 阅读 ( 12089 )
组学生物
孟德尔随机化之基础概念与研究框架
在本期中，我将说明孟德尔随机化的基础概念与研究框架，并解释如何使用孟德尔随机化去解决常规流行病学问题。 2.1 什么是孟德尔随机化？ 孟德尔随机化是在非实验数据中使用遗传变异
- 0
- 0
- 米老鼠
- 发布于 2020-09-13 23:20
- 阅读 ( 12061 )
米老鼠
SXR
关于生信人问答平台金币产生及获取
生信人问答平台本着知识分享，互助共进的原则，提供给广大生信人分享知识，获取知识的网络平台，在本平台中采用金币作为唯一衡量知识贡献的标准，金币不提供充值，是本平台的知识的象征，他只能由知识产生，产生规则如下
- 0
- 6
- admin
- 发布于 2017-08-01 21:24
- 阅读 ( 11944 )
利用RNA数据识别SNP
今天跟大家分享一篇16年发在核酸研究上的在不借助参考基因组的情况下，利用转录组数据进行SNP分析的文章。 一、摘要 SNP是遗传标记，其识别对于关联分析至关重要。但是目前的分析更多的依赖...
- 2
- 1
- SXR
- 发布于 2017-03-30 21:45
- 阅读 ( 11933 )
转发：常见的PCA、tSNE、UMAP降维及聚类基本原理及代码实例
这篇文章详细介绍了 PCA、tSNE、UMAP，原始链接为：https://blog.csdn.net/qq_43337249/article/details/116612811 ，以下为备份 常见的降维方法基本原理及代码实例 0.前言：什么时候要降维聚...
- 0
- 2
- 祝让飞
- 发布于 2021-08-24 15:16
- 阅读 ( 11920 )
动态列线图简易绘制工具
同样是构建多因素回归模型，往往我们另一个主要目的是为了对结局事件的发生风险进行预测，那么是否也可以将预测模型的结果，像森林图那样可视化地展示出来呢?列线图(Nomogram)是一种最佳的展示...
- 0
- 1
- admin
- 发布于 2021-10-17 18:04
- 阅读 ( 11869 )
R语言聚类分析--cluster, factoextra
R语言聚类分析--cluster, factoextra 本文转载自“R语言中文社区”，己获授权，宏基因组公众号编辑对内容进行测试、修改及补充。 原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/M_rJqcHz6HUlGIHVeN4RkQ...
- 0
- 0
- 刘永鑫
- 发布于 2018-02-06 20:51
- 阅读 ( 11786 )
一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr
本文转载自“EasyChart”，己获授权。本平台编辑对内容进行测试、修改和补充。 Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是...
- 2
- 7
- 刘永鑫
- 发布于 2017-12-27 12:36
- 阅读 ( 11764 )
Nature：拟南芥微生物组功能研究1培养组学—高通量细菌分离培养鉴定
本网对Markdown排版支持较差，请跳转植物微生物组公众号阅读 背景介绍 在近年来，随着宏基因组技术的发展，对原核生物的纯培养逐渐被忽视，但纯培养对于阐明这些微生物的功能是必需的。 本...
- 2
- 5
- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-13 11:57
- 阅读 ( 11753 )
