生存分析——SPSS

应用SPSS软件对已有数据进行生存分析

  • 7
  • 1
  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-21 12:20
  • 阅读 ( 12111 )

TCGA简易下载工具使用总结

TCGA简易下载工具上线一周,有许许多多的同志们使用它来下载TCGA数据,也有部分同志反应了一些问题,也是这些问题让这个工具更新到了第六个版本,经过六次的更新,也解决了不少在极端情况下的下载使用问题,现在总结一下问的比较多的软件问题

  • 6
  • 19
  • 祝让飞
  • 发布于 2017-04-11 20:46
  • 阅读 ( 11853 )

R语言基础绘图——3D散点图

R语言基础绘图——3D散点图

  • 1
  • 1
  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-09 09:32
  • 阅读 ( 11696 )

便捷ID转换器-V3使用教程

便捷ID转换器-V3使用教程

  • 7
  • 3
  • 调研图
  • 发布于 2018-07-12 15:02
  • 阅读 ( 11648 )

ggalluvial:冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram

感谢“宏基因组0”群友李海敏、沈伟推荐此包绘制堆叠柱状图各成分连线:突出展示组间物种丰度变化。 冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种,最初开发用于代表网络结构的时间变...

  • 1
  • 1
  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-17 14:49
  • 阅读 ( 11621 )

MCScanx:共线性分析软件

共线性研究的好软件。

  • 4
  • 1
  • SXR
  • 发布于 2017-04-01 16:36
  • 阅读 ( 11513 )

Nature:拟南芥微生物组功能研究1培养组学—高通量细菌分离培养鉴定

本网对Markdown排版支持较差,请跳转植物微生物组公众号阅读 背景介绍 在近年来,随着宏基因组技术的发展,对原核生物的纯培养逐渐被忽视,但纯培养对于阐明这些微生物的功能是必需的。 本...

  • 2
  • 5
  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-13 11:57
  • 阅读 ( 11318 )

R语言聚类分析--cluster, factoextra

R语言聚类分析--cluster, factoextra 本文转载自“R语言中文社区”,己获授权,宏基因组公众号编辑对内容进行测试、修改及补充。 原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/M_rJqcHz6HUlGIHVeN4RkQ...

  • 0
  • 0
  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-06 20:51
  • 阅读 ( 11315 )

TCGA ID转换器使用案例

以TCGA简易下载工具下载数据为例,首先下载工具下载之后合并矩阵会得到一个名字为:Merge_matrix.txt 的矩阵 矩阵格式上满足本工具的要求: 打开本工具界面极其简单如下: 从图中可以看...

  • 9
  • 4
  • 祝让飞
  • 发布于 2017-08-04 21:42
  • 阅读 ( 11258 )

小工具下载地址专用

共享小工具,助力科研系列,响应广大坚持在一线科研的同志们的号召,提供生信人小工具,工具的主旨是无需安装,便捷易用,一目了然,本文专用小工具下载链接 1、GEO转换器: win64位:百度云...

  • 16
  • 9
  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-07 18:29
  • 阅读 ( 11217 )

Nature Microbiology:肠道菌群如何划分肠型

题目:基于肠道菌群组成的“肠型”如何定义? 认识肠道菌群领域的29位大佬,从熟悉他们的名字和单位开始。 作者:Paul I. Costea 1, Falk Hildebrand 1,2,3, Arumugam Manimozhiyan 4, Fredrik...

  • 1
  • 1
  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-25 21:58
  • 阅读 ( 11217 )

小白也能画漂亮的热图--赐你一个非编程热图工具

文章投稿,除了文好当然还要“颜好”!在这个看脸的世界,为了给文章加分,各位老师学生也是做足功课了!但是不会编程敲代码?——那必须学学各种绘图小工具了。

R语言基础绘图——面积图

R语言基础绘图——面积图

  • 1
  • 2
  • 爽儿
  • 发布于 2017-07-25 08:51
  • 阅读 ( 11206 )

如何利用自己已发表的数据来再发一篇SCI

话不多说,今天来安利一篇老少皆宜的数据挖掘的非编码RNA的“五分以上”文章,标题:Identification of a RNA-Seq based prognostic signature with five lncRNAs for lung squamous cell carcinoma,本文思路清晰,实现简单。

  • 25
  • 13
  • 祝让飞
  • 发布于 2017-07-01 17:09
  • 阅读 ( 11139 )

利用RNA数据识别SNP

今天跟大家分享一篇16年发在核酸研究上的在不借助参考基因组的情况下,利用转录组数据进行SNP分析的文章。 一、摘要 SNP是遗传标记,其识别对于关联分析至关重要。但是目前的分析更多的依赖...

  • 2
  • 1
  • SXR
  • 发布于 2017-03-30 21:45
  • 阅读 ( 11119 )

文章解读——基于20个基因的预后模型预测肺腺癌的生存

基于20个基因的预后模型预测肺腺癌的生存 Twenty-gene-based prognostic model predicts lung adenocarcinoma survival 肺腺癌(LAC)占非小细胞肺癌的一半以上,它具有高发病率和死亡率...

TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据

下载、处理及初步分析TCGA level3的RNA-seq数据

  • 11
  • 3
  • 文虎
  • 发布于 2017-12-24 15:51
  • 阅读 ( 11026 )

RegulomeDB和HaploReg数据库:后GWAS时代的数据整合

RegulomeDB和HaploReg数据库提供了将大量基因组学数据与非编码突变整合的思路。

  • 4
  • 5
  • Bryce
  • 发布于 2017-12-05 12:33
  • 阅读 ( 10969 )

Sangerbox 3.0:一站式的科研数据分析和写作投稿平台

从第一款简易TCGA下载工具开始,SangerBox便有了傻瓜式、易操作的基因,秉承简易、高效的原则,SangerBox已经进入 第三代系统。 第一代 SangerBox为一款 桌面式的 软件,易上手,但是 在不同电...

  • 0
  • 2
  • admin
  • 发布于 2021-06-16 15:37
  • 阅读 ( 10906 )

记录TCGA的somatic mutation文件在哪下载

很多地方都下载不到somatic mutation数据了,新版改版之后已经没有了这样的数据,找到下载不容易,且行且珍惜。

  • 2
  • 3
  • 祝让飞
  • 发布于 2017-03-31 11:48
  • 阅读 ( 10794 )