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TCGA简易下载工具使用总结

TCGA简易下载工具上线一周，有许许多多的同志们使用它来下载TCGA数据，也有部分同志反应了一些问题，也是这些问题让这个工具更新到了第六个版本，经过六次的更新，也解决了不少在极端情况下的下载使用问题，现在总结一下问的比较多的软件问题

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祝让飞
发布于 2017-04-11 20:46
阅读 ( 11712 )

作者通过对TCGA中32种癌症的10225例样本的分析，全面评估p53通路在这些癌症中的作用。发现TP53突变与增强的染色体不稳定性相关，包括癌基因扩增增加和抑癌基因深度缺失。TP53突变的肿瘤在RNA、miRNA和蛋白表达模式上与未突变的肿瘤不同，突变的TP53肿瘤表现出细胞周期进展基因和蛋白的增强表达。在11种癌症类型中，突变的TP53 RNA表达特征显示与生存率降低显著相关。因此，TP53突变对肿瘤细胞基因组结构、表达及临床前景具有重要的影响。

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柚子
发布于 2020-01-02 16:28
阅读 ( 11700 )

R语言基础绘图——3D散点图

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爽儿
发布于 2017-08-09 09:32
阅读 ( 11515 )

便捷ID转换器-V3使用教程

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调研图
发布于 2018-07-12 15:02
阅读 ( 11410 )

MCScanx:共线性分析软件

共线性研究的好软件。

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SXR
发布于 2017-04-01 16:36
阅读 ( 11319 )

ggalluvial：冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram

感谢“宏基因组0”群友李海敏、沈伟推荐此包绘制堆叠柱状图各成分连线：突出展示组间物种丰度变化。冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种，最初开发用于代表网络结构的时间变...

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刘永鑫
发布于 2018-02-17 14:49
阅读 ( 11307 )

R语言聚类分析--cluster, factoextra

R语言聚类分析--cluster, factoextra 本文转载自“R语言中文社区”，己获授权，宏基因组公众号编辑对内容进行测试、修改及补充。原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/M_rJqcHz6HUlGIHVeN4RkQ...

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刘永鑫
发布于 2018-02-06 20:51
阅读 ( 11071 )

Nature：拟南芥微生物组功能研究1培养组学—高通量细菌分离培养鉴定

本网对Markdown排版支持较差，请跳转植物微生物组公众号阅读背景介绍在近年来，随着宏基因组技术的发展，对原核生物的纯培养逐渐被忽视，但纯培养对于阐明这些微生物的功能是必需的。本...

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刘永鑫
发布于 2017-10-13 11:57
阅读 ( 11055 )

小工具下载地址专用

共享小工具，助力科研系列，响应广大坚持在一线科研的同志们的号召，提供生信人小工具，工具的主旨是无需安装，便捷易用，一目了然，本文专用小工具下载链接 1、GEO转换器： win64位：百度云...

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祝让飞
发布于 2017-09-07 18:29
阅读 ( 11050 )

TCGA ID转换器使用案例

以TCGA简易下载工具下载数据为例，首先下载工具下载之后合并矩阵会得到一个名字为：Merge_matrix.txt 的矩阵矩阵格式上满足本工具的要求：打开本工具界面极其简单如下：从图中可以看...

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祝让飞
发布于 2017-08-04 21:42
阅读 ( 11032 )

小白也能画漂亮的热图--赐你一个非编程热图工具

文章投稿，除了文好当然还要“颜好”！在这个看脸的世界，为了给文章加分，各位老师学生也是做足功课了！但是不会编程敲代码？——那必须学学各种绘图小工具了。

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组学生物
发布于 2018-07-13 10:03
阅读 ( 11011 )

R语言基础绘图——面积图

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爽儿
发布于 2017-07-25 08:51
阅读 ( 11001 )

如何利用自己已发表的数据来再发一篇SCI

话不多说，今天来安利一篇老少皆宜的数据挖掘的非编码RNA的“五分以上”文章，标题：Identification of a RNA-Seq based prognostic signature with five lncRNAs for lung squamous cell carcinoma，本文思路清晰，实现简单。