TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据

下载、处理及初步分析TCGA level3的RNA-seq数据

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• 文虎
• 发布于 2017-12-24 15:51
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生信人问答平台文章发布注意事项

生信人问答平台文章发布注意事项

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• 生信人
• 发布于 2017-04-02 11:28
• 阅读 ( 11717 )

R语言基础绘图——面积图

R语言基础绘图——面积图

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• 爽儿
• 发布于 2017-07-25 08:51
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一个在线绘制热图的工具

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• SXR
• 发布于 2017-03-30 21:48
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TCGA ID转换器使用案例

以TCGA简易下载工具下载数据为例，首先下载工具下载之后合并矩阵会得到一个名字为：Merge_matrix.txt 的矩阵 矩阵格式上满足本工具的要求： 打开本工具界面极其简单如下： 从图中可以看...

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• 祝让飞
• 发布于 2017-08-04 21:42
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小白福音：TCGA突变瀑布图简易个性化绘制工具

突变相关分析的时候我们经常会选择瀑布图进行展示，瀑布图看起来十分的复杂高端，TCGA数据库中提供了近30种肿瘤的外显子测序数据，在这里我们开发了一个 个性化的工具 可以快速的展示指定基因在...

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• admin
• 发布于 2021-10-25 12:07
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简易一致性聚类分析软件（ConsensusClusterPlus）

一致性聚类是一种为确定数据集中可能的聚类的数量和成员提供定量证据的方法，例如作为微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用，在那里发现了新的疾病分子亚类。 一致性聚类方...

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• admin
• 发布于 2021-10-09 17:31
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RegulomeDB和HaploReg数据库：后GWAS时代的数据整合

RegulomeDB和HaploReg数据库提供了将大量基因组学数据与非编码突变整合的思路。

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• Bryce
• 发布于 2017-12-05 12:33
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小工具下载地址专用

共享小工具，助力科研系列，响应广大坚持在一线科研的同志们的号召，提供生信人小工具，工具的主旨是无需安装，便捷易用，一目了然，本文专用小工具下载链接 1、GEO转换器： win64位：百度云...

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• 祝让飞
• 发布于 2017-09-07 18:29
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如何利用自己已发表的数据来再发一篇SCI

话不多说，今天来安利一篇老少皆宜的数据挖掘的非编码RNA的“五分以上”文章，标题：Identification of a RNA-Seq based prognostic signature with five lncRNAs for lung squamous cell carcinoma，本文思路清晰，实现简单。

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• 祝让飞
• 发布于 2017-07-01 17:09
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Co-occurrence网络图在R中的实现

作者：陈亮 单位：中科院微生物所 编者按：上个月菌群月坛，在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验，不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识，更使我手上一个关于菌根的课题有极大...

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• 刘永鑫
• 发布于 2017-12-07 20:07
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身边没有电脑，如何让下载文献变得更简单

PC端下载文献的神器有很多，不论是用小软件还是sci-hub都可以做到。 但如果恰好身边没有电脑，或者只有一台公共电脑不适合存放私人的文件，这时候咋办呢？ 方法其实很简单 第一步，微

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• chris
• 发布于 2019-03-21 12:51
• 阅读 ( 11322 )

文献解读（1）癌症干性，肿瘤内异质性和跨癌症的免疫反应

这篇文章整合多个数据集对癌症的干性、免疫应答和瘤内异质性进行了综合分析，发现了抗肿瘤免疫与肿瘤干性之间的普遍负相关，以及肿瘤干性与肿瘤内异质性之间显著的正相关。无论是研究所用到的数据还是研究所采用的方法以及思路都值得我们学习借鉴。

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• 柚子
• 发布于 2020-04-07 16:41
• 阅读 ( 11260 )

怎么下载R的老版本

今天为了使用一个R包的缘故，试了好多个R版本，终于安装上 笑哭 那么问题来了，怎么下载老版本的R呢 嗯，记住这个链接：https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/ 所有的版本的R都...

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• 祝让飞
• 发布于 2017-11-02 15:05
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博士博后：这是我见过“最掏心窝子”的人才招聘了

招聘广告大家见的多了，无非是以下这样格式化的要求： 然而，近日一则招聘广告却让人 “耳目一新” ，这是来自于电子科技大学（成 都 ）邹权老师的博士后招聘，大家感受下： 欢迎您

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• 调研图
• 发布于 2018-12-20 12:40
• 阅读 ( 11161 )

记录TCGA的somatic mutation文件在哪下载

很多地方都下载不到somatic mutation数据了，新版改版之后已经没有了这样的数据，找到下载不容易，且行且珍惜。

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• 祝让飞
• 发布于 2017-03-31 11:48
• 阅读 ( 11140 )

GEO数据快速下载——终于不用去国外数据中下载数据了

我们通过研发的新的数据平台将常用的公共数据库全部同步到国内服务器中，并且每天同步更新，同时按照常规发表SCI的习惯对所有数据进行整合，编排，方便大家下载与使用。

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• 欢乐豆
• 发布于 2020-04-26 13:57
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RNAseq FPKM\TPM\Count相互转换及lncRNA提取工具

对于RNA-seq数据集，如TCGA RNA-seq，我们经常需要做一些转换，比如Count转FPKM 或者Count转TPM,或者FPKM转TPM,同时我们还经常需要从RNAseq数据中提取lncRNA,在这里我们开发了一个简易的工具，...

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• admin
• 发布于 2021-08-19 10:47
• 阅读 ( 10953 )

这篇五分多的signature建模文章有点机智啊

最近偶然看到一篇生信建模的文章，思路清奇，让人茅塞顿开。 从标题上来看 是一篇分析胰腺癌甲基化异常的 基因的预后signature，这个题材的文章 看个标题就差不多能猜出来干了什么事，但好奇...

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• 祝让飞
• 发布于 2019-03-11 14:34
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叶绿体组装策略

小编在此主要介绍一下一篇文献中叶绿体组装策略，毕竟现在好多植物完成测序，从里面捞点叶绿体数据自己组装发篇小文章还是可以的，嘻嘻。 背景 第二代测序虽然也能完成对整个基因组序...

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• SXR
• 发布于 2017-03-30 21:54
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